View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20341_low_1 (Length: 704)

Name: NF20341_low_1
Description: NF20341
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20341_low_1
NF20341_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-692)||(5269141-5269826)
chr2 (7-675)||(5266248-5266925)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-446)||(36148261-36148700)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 692
Target Start/End: Original strand, 5269141 - 5269826
Alignment:
Q  7 gacatcatcaaaattctacgtaaagcgaaatcattcaacacgttaatccgtttgctcaaaaccacacaaatcatcaaccaaattaactcacagctggtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5269141 gacatcatcaaaattctacgtaaagcgaaatcattcaacacgttaatccgtttgctcaaaaccacacaaatcatcaaccaaattaactcacagctggtga 5269240  T
Q  107 caacaaaaaacggtggtttaaccatccttgcacctgatgacggtgccttttcgcagctcaaagccggatacttcaactccctcggtgaacgccaacagaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5269241 caacaaaaaacggtggtttaaccatccttgcacctgatgacggtgcctttttgcagctgaaagccggatacttcaactccctcggtgaacgccaacagaa 5269340  T
Q  207 agaactgatacagtttcatgttcttcctgtttacgtctccagctcaaattttgattcgcttagcaacccggtgctgacacttgccagtgatagcccttct 306  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5269341 agaattgatacagtttcatgttcttcctgtttacgtctccagctcaaattttgattcgcttagcaacccggtgctgacacttgccagtgatagcccttct 5269440  T
Q  307 ggttatcatatgaatgtgactgcttatggaaacaatgttaatatatcaactgggcctgttaatgctacactcacagggattgtttactctgataagacac 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5269441 ggttatcatatgaatgtgactgcttatggaaacaatgttaatatatcaactgggccggttaatgctacactcacagggattgtttactctgataagacac 5269540  T
Q  407 ttgctatatatcatgttgataaggtgcttattccattggacttctctaagcctaaggctctagctcctgctccttctacggcaaaggcgcctaaagctga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5269541 ttgctatatatcatgttgataaggtgcttattccattggacttctctaagcctaaggctctagctcctgctccttctacggcaaaggcgcctaaagcaga 5269640  T
Q  507 taaggatggttcatctgaagatggtgatcaaggagagtcaactaaagctacttctggtggaaacaatttgattagccttcaaggaacaatgtttgtgtcc 606  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5269641 taaggatagttcatctgaagatggtgatcaaggagagtcaactaaagctacttctggtgcaaacaatttgattagccttcaaggaacaatgtttgtgtcc 5269740  T
Q  607 cttttggttgcagcagtaaccatgttcagttgatgaagaccaacacatttgaaggctgttatgttttttgaaattatattgtgttc 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5269741 cttttggttgcagcagtaaccatgttcggttgatgaagaccaacacatttgaaggctgttatgttttttgaaattctattgtgttc 5269826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 675
Target Start/End: Original strand, 5266248 - 5266925
Alignment:
Q  7 gacatcatcaaaattctacgtaaagcgaaatcattcaacacgttaatccgtttgctcaaaaccacacaaatcatcaaccaaattaactcacagctggtga 106  Q
    |||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5266248 gacatcattaaaatcctaagaaaagctaaatcattcaacacactaatccgcttgctcaaaaccacacaaatcatcaaccaaattaactcacagctggtga 5266347  T
Q  107 caacaaaaaacggtggtttaaccatccttgcacctgatgacggtgccttttcgcagctcaaagccggatacttcaactccctcggtgaacgccaacagaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  5266348 caacaaaaaacggtggtttaaccatcctcgcaccagatgatggtgccttttcccagctcaaagccggatacttcaattccctcggtgaacaccaacagaa 5266447  T
Q  207 agaactgatacagtttcatgttcttcctgtttacgtctccagctcaaattttgattcgcttagcaacccggtgctgacacttgccagtgatagcccttct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5266448 agaactgatacagtttcatgttcttcctgtttacgtctcaagctcaaattttgattcgcttagcaaccctgtgctgacacttgccagtgatagcccttct 5266547  T
Q  307 ggttatcatatgaatgtgactgcttatggaaacaatgttaatatatcaactgggcctgttaatgctacactcacagggattgtttactctgataagacac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  5266548 ggttatcatatgaatgtgactgcatatggaaacaatgtgaatatatcaactgggcctgttaatgctacactcacagggattgtgtattctgataagacac 5266647  T
Q  407 ttgctatatatcatgttgataaggtgcttattccattggacttctctaagcctaaggctctagctcctgctccttctacggcaaaggcgcctaaagctga 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5266648 ttgctatatatcatgttgataaggtgcttattcctttggacttctctaagcctaaggctctagctcccgctccttctacggcgaaggcacctaaagctga 5266747  T
Q  507 taaggatggttcatctgaagatggtgatcaaggagagtcaactaaagctacttctggtggaaacaatttgattagccttcaaggaacaatgtttgtgtcc 606  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  5266748 taaggatagttcatctgaagatggtgatcagggtgagacaactaaggctacttctggtgccaacaatttgattagccatcaaggaacaatgtttgtgtct 5266847  T
Q  607 ct---------tttggttgcagcagtaaccatgttcagttgatgaagaccaacacatttgaaggctgttatgtttttt 675  Q
    ||         ||| ||||||||  |||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5266848 ctttttgttggtttagttgcagctataactatctccatttgatgaagaccaacacatttgaaggctgttatatttttt 5266925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 7 - 446
Target Start/End: Original strand, 36148261 - 36148700
Alignment:
Q  7 gacatcatcaaaattctacgtaaagcgaaatcattcaacacgttaatccgtttgctcaaaaccacacaaatcatcaaccaaattaactcacagctggtga 106  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||  ||||||| || |    
T  36148261 gacataatcaagattctaagaaaagccaaatcattcaacacactaatccgtttgctcaaaacaactcaaatcatcaaccaagtcaatgcacagcttgtaa 36148360  T
Q  107 caacaaaaaacggtggtttaaccatccttgcacctgatgacggtgccttttcgcagctcaaagccggatacttcaactccctcggtgaacgccaacagaa 206  Q
    | |||||||| || || || || || |||||||| ||||| |||||||||||  | |||||||| || |||||||| ||| | || ||| | ||||| ||    
T  36148361 ctacaaaaaatggaggcttgacaattcttgcaccagatgatggtgccttttcagaactcaaagcaggttacttcaattccttgggagaaagacaacaaaa 36148460  T
Q  207 agaactgatacagtttcatgttcttcctgtttacgtctccagctcaaattttgattcgcttagcaacccggtgctgacacttgccagtgatagcccttct 306  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||||  || || || || || ||||||||||| || |||||||| ||| ||||| | || |||||||||||        
T  36148461 agaattgattcagtatcatgttcttcctgaatatgtatcaagttctaattttgattcactcagcaaccctgtgttgacattagcaagtgatagcccacaa 36148560  T
Q  307 ggttatcatatgaatgtgactgcttatggaaacaatgttaatatatcaactgggcctgttaatgctacactcacagggattgtttactctgataagacac 406  Q
    || | ||| || |||||||| || |||||||||| ||| ||||| ||||| |||  |||| || | ||  ||||||| ||||||||  | ||||||||||    
T  36148561 ggatttcagattaatgtgacggcatatggaaacagtgtgaatatttcaaccggggttgttgatacaaccatcacaggaattgtttatgcagataagacac 36148660  T
Q  407 ttgctatatatcatgttgataaggtgcttattccattgga 446  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||    
T  36148661 ttgctatatatcatgtgaataaggttcttattcctttgga 36148700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University