View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20346_low_1 (Length: 752)

Name: NF20346_low_1
Description: NF20346
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20346_low_1
NF20346_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-739)||(49202892-49203610)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 49203610 - 49202892
Alignment:
Q  19 aaagtatgacggacacatggactagaaaacttactgtcatgatgattgatctaaattcaggatctctaacctctcttagcttggaatccatcatacaaag 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49203610 aaagtatgacgggcacatggactagaaaacttactgtcatgatgattgatctaaattcaggatctctaacctctcttagcttggaatccatcatagaaag 49203511  T
Q  119 ccttgacttcaattcctcacaactcttggctaaattcaactgcacatcatctttttctgggctcatatcacccacattttcagcatgctttgggactata 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49203510 ccttgacttcaattcctcacaactcttggctaaattcaactgcacatcatctttttctgggctcatatcacccacattttcagcatgccttgggactata 49203411  T
Q  219 gcctcatctgttttatcctctcttgtatccaaggctggttccaaacctttaacttcctctgaatcctggtaaaagtaaatnnnnnnnnntgagagagttg 318  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||    
T  49203410 acctcatctgttttatcctctcttgtatccaaggctggttccaaacctttaacttcctctgaatcctggtaaaagtaaataaaaaaa--tgagagagttg 49203313  T
Q  319 ttaatttattatctgtcaaccaatggtatggaacattatatgccaccaccgtgttgaactaaaactaaaaaatttcaagtttgcatatggtggtgcctaa 418  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49203312 ttaatttattatctatcaaccaatggtatggaacattatatgccaccaccgtgttgaactaaaactaaaaaattttaagtttgcatatggtggtgcctaa 49203213  T
Q  419 cagacagatgactggcaacttgataggcacgacaaaatgaaaaattaactatgttattcatattatactgcaatgtatgtccacagaaaatggccactgt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203212 cagacagatgactggcaacttgataggcacgaaaaaatgaaaaattaactatgttattcatattatactgcaatgtatgtccacagaaaatggccactgt 49203113  T
Q  519 ttcttcataatccaagtaacttgtgagagagagattcatgataaaaactttgaaggaaagtagctcactcttagaggtggaggtatgttttcaattccac 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203112 ttcttcataatccaagtaacttgtgagagagagattcatgataaaaactttgaaggaaagtagctcactcttagaggtggaggtatgttttcaattccac 49203013  T
Q  619 tgggcaccctatcttttagcacattaatttggttggacggatcctgtttgatatcaccatttactggtagcaaaactggtgaagatggtgggctgatgag 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203012 tgggcaccctatcttttagcacattaatttggttggacggatcctgtttgatatcaccatttactggtagcaaaactggtgaagatggtgggctgatgag 49202913  T
Q  719 gactaccttcagtttcttctc 739  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  49202912 gactaccttcagtttcttctc 49202892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University