View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20362_low_1 (Length: 749)

Name: NF20362_low_1
Description: NF20362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20362_low_1
NF20362_low_1
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (21-749)||(48966151-48966907)
chr4 (21-378)||(48958963-48959320)
chr4 (224-377)||(48963308-48963461)
chr4 (21-76)||(48963104-48963159)
chr4 (276-353)||(48952278-48952355)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (150-378)||(13441151-13441379)
chr2 (210-378)||(13462395-13462563)
chr2 (141-378)||(13449305-13449542)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (150-370)||(12640495-12640715)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (237-377)||(12541711-12541851)
chr5 (237-370)||(28386366-28386499)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (240-378)||(12482461-12482599)
chr6 (238-378)||(12589193-12589333)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (160-378)||(3416536-3416754)
[»] scaffold0536 (1 HSPs)
scaffold0536 (276-353)||(523-600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 749
Target Start/End: Original strand, 48966151 - 48966907
Alignment:
Q  21 cagtcaggtggatctttctccatgaaatactgaattggttcttggaggagcattgctccagcgtatagtttgccggaggaggcaagatcaggggtgttgg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48966151 cagtcaggtggatctttctccatgaaattctgaattggttcttggaggagcattgctcctgcgtatagtttgccggaggaggcaagatcaggggtgttgg 48966250  T
Q  121 acatggattcgacaccggaggggagaccaacttgttggtagggaaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagaaaggatctatggagggaagagatttgga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48966251 acatggattcgacaccggaggggagaccaacttgttggtaggggaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagagaggatctatggagggaagagatttgga 48966350  T
Q  221 aaggaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48966351 aaggaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagatagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggt 48966450  T
Q  321 gctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattgatcactgc--------tagatagatagaagaagagtaagatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  48966451 gctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattgatcactgctagatagatagatagatagaagaagagtaagatt 48966550  T
Q  413 tgttttctttgatttca---------------ggcaaaacaattatactctgttagg------tatggttggtgaagtcacgtttacaattattggattc 491  Q
    |||||||||||||||||               ||||||| | |||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48966551 tgttttctttgatttcagaaaagaaaagtgagggcaaaaaatttatactctgttgggtatggttatggttggtgaagtcacgtttacaattattggattc 48966650  T
Q  492 atgattcatccaacattcgacaagccaccacgtatttttctttttctctttaaaattttgacaatattggccaagtgtttaatttcaatgattgaactgt 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48966651 atgattcatccaacattcgacaagccaccacgtatttttctttttctctttaaaattttgacaatattggccaagtatttaatttcaatgattgaactgt 48966750  T
Q  592 ggctgcttaatcctgttataattgaaatagatgactactatttcattttctaataacatgcactttacagatgtacagtaccaaattcgtatgcccccat 691  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48966751 gggtgcttaatcctgttataattgaaatagatgactactatttcattttctaataacatgcactttacagatgtacagtaccaaattcgtatg-ccccat 48966849  T
Q  692 tgtagtgtcatggttcaaggtaatatttaagcttaattaccaaagttattaatagtgt 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48966850 tgtagtgtcatggttcaaggtaatatttaagcttaattaccagagttattaatagtgt 48966907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 21 - 378
Target Start/End: Original strand, 48958963 - 48959320
Alignment:
Q  21 cagtcaggtggatctttctccatgaaatactgaattggttcttggaggagcattgctccagcgtatagtttgccggaggaggcaagatcaggggtgttgg 120  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||  ||||||||||||| ||   |||||  |||||||||| | ||   || | ||||  ||    
T  48958963 cagtcaggtggatccttctccatgaaatcgtgaataggttcacggaggagcattgccccgtagtatatcttgccggaggtgtcaccgtcggaggtggagg 48959062  T
Q  121 acatggattcgacaccggaggggagaccaacttgttggtagggaaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagaaaggatctatggagggaagagatttgga 220  Q
    |||| ||||| || |||   ||||| |||||||||||| ||||||| |  ||   ||||| |||||||||||| ||||| |     |  ||||||||||     
T  48959063 acatagattcaacgccgtcagggaggccaacttgttgggagggaaagttgacaaggtgaaggcggaggaagaagggatcaacacttgagagagatttggt 48959162  T
Q  221 aaggaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggt 320  Q
    || ||||| || ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  48959163 aaagaagtgggagttggagggagtggtgatgattgtcacttgttggccatgggatgcaaacagagttgctatgtcacacatggggatcatatgcccaggt 48959262  T
Q  321 gctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattg 378  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||  | || |||||||||||||||||    
T  48959263 gctggatatggaatgaagtgaagtttcataggtctatcaacttcaacaccttccattg 48959320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 224 - 377
Target Start/End: Original strand, 48963308 - 48963461
Alignment:
Q  224 gaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgct 323  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||||| || |||||     
T  48963308 gaagtgggcgttggagggagtggtgatgattgtgacttgttggccacgggacgcaaacagagctgctatgtcacccaaaggaatcatatgaccaggtgca 48963407  T
Q  324 agatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccatt 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| || ||||||    
T  48963408 agatatggaatgaagtgaagtttcaatggtcgttcaacttcaacgccctccatt 48963461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 76
Target Start/End: Original strand, 48963104 - 48963159
Alignment:
Q  21 cagtcaggtggatctttctccatgaaatactgaattggttcttggaggagcattgc 76  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  48963104 cagtcaggtggatccttctccatgaaatcctgaattggtccgtggaggagcattgc 48963159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 353
Target Start/End: Original strand, 48952278 - 48952355
Alignment:
Q  276 gcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggt 353  Q
    ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||| || |||| |||||  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  48952278 gcaaagagagaagctatgtcacataaagggatcatgtgccctgctgctaagtatggaatgaagtaaagtttgagtggt 48952355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 4e-40; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 150 - 378
Target Start/End: Original strand, 13441151 - 13441379
Alignment:
Q  150 acttgttggtagggaaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagaaaggatctatggagggaagagatttggaaaggaagttggcgttagagggagttgtga 249  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||| | |||||||||||| | | |   ||| |  ||||||||||  ||| | |  ||||| |||||||| ||||    
T  13441151 acttgttgggagggaaagtcgacggtgtggaagcggaggaagaaggaagccgcggatgagagagatttggttagggattgagcgttggagggagtggtga 13441250  T
Q  250 tgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcag 349  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13441251 tgattgtgacttgttggccacgggatgcaaacatagttgctatgtcacaaagagggatcatatgtccagatgctagatatggaatgaagtgaattttcag 13441350  T
Q  350 tggtcgtttaatttcaacaccttccattg 378  Q
    ||||||||  | |||||||||||||||||    
T  13441351 tggtcgttccacttcaacaccttccattg 13441379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 210 - 378
Target Start/End: Original strand, 13462395 - 13462563
Alignment:
Q  210 agagatttggaaaggaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatca 309  Q
    |||||||||| |||| | | | |||| |||||||| |||||||  ||||| ||||||||| | |||||||| | | ||||||||||| | | ||||||||    
T  13462395 agagatttggtaagggattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatca 13462494  T
Q  310 tatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattg 378  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||    
T  13462495 tatgtccagatgctagatatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttctacaccttccattg 13462563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 141 - 378
Target Start/End: Original strand, 13449305 - 13449542
Alignment:
Q  141 gggagaccaacttgttggtagggaaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagaaaggatctatggagggaagagatttggaaaggaagttggcgttagagg 240  Q
    ||||| || ||||||||| |||| || |||||||||||||  || |||||  ||||| |   ||| |  |||||||||| |||| | || ||||| | ||    
T  13449305 gggaggccgacttgttgggaggggaagtcaacggtgtgaagacgaaggaatgaaggagcgtcggatgagagagatttggtaagggattttgcgttggcgg 13449404  T
Q  241 gagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagtg 340  Q
    |||| |||||||  || ||||| |||||| | |||||||| | ||||||||||||| | | |||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||||     
T  13449405 gagtggtgatgactgttacttgctggccacgggatgcaaacatagttgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgcaagaaatggaatgaagta 13449504  T
Q  341 aagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattg 378  Q
    || ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||    
T  13449505 aactttcaatggttgttcaacttcaacaccttccattg 13449542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 150 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 12640715 - 12640495
Alignment:
Q  150 acttgttggtagggaaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagaaaggatctatggagggaagagatttggaaaggaagttggcgttagagggagttgtga 249  Q
    ||||||||| |||| || || |||||||||| ||||||||| || ||||| | | |||  |||||||||| || ||| | |||||| |||||||| ||||    
T  12640715 acttgttgggaggggaagtcgacggtgtgaaggcggaggaaaaacggatcgacgaaggagagagatttggtaaagaaatgggcgttggagggagtggtga 12640616  T
Q  250 tgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcag 349  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||| || ||| |||||||| || ||||||||| ||||||  | | |||||||||     
T  12640615 tgatcgtgacttgttggccatgggatgcaaacaaagctgctatgtcacccaaaggaatcatatgaccaggtgctagaaatggaagtatgagaagtttcaa 12640516  T
Q  350 tggtcgtttaatttcaacacc 370  Q
    ||| |||| || | |||||||    
T  12640515 tggccgttcaactccaacacc 12640495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 237 - 377
Target Start/End: Original strand, 12541711 - 12541851
Alignment:
Q  237 gagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatga 336  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||| | |||||||||||| || | ||||| |||||||||||    
T  12541711 gagggagtggtgatgattgtgacttgttggccatgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagagggatcatatgtccagatgctaaatatggaatga 12541810  T
Q  337 agtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccatt 377  Q
    |||||| ||| | |||||| | || ||||||||||||||||    
T  12541811 agtgaatttttaatggtcgatcaacttcaacaccttccatt 12541851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 370
Target Start/End: Original strand, 28386366 - 28386499
Alignment:
Q  237 gagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatga 336  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| | ||||||||| ||||| |  || |||||||| || | |||| |||| |||||||    
T  28386366 gagggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatatgtccagatgctggatacggaatga 28386465  T
Q  337 agtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacacc 370  Q
    |||||||||||| ||||| || || |||||||||    
T  28386466 agtgaagtttcaatggtctttcaacttcaacacc 28386499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 240 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 12482599 - 12482461
Alignment:
Q  240 ggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagt 339  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||| | |||||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||    
T  12482599 ggagtggtgatgattgtgacatgatggccacgtgatgcaaacagagttgcaatcttgcacatagggatcatatgcccaggtgctggaaatggaatgaagt 12482500  T
Q  340 gaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattg 378  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  12482499 gaagtttcaatggtcgttcaacttcaacaccttccattg 12482461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 238 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 12589333 - 12589193
Alignment:
Q  238 agggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaa 337  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  12589333 agggagtggtggtgattgtgacttgttggccacgggatgcaaacagggttgcaatgtcacatagagggatcatatgcccaggtgatagatatggaatgaa 12589234  T
Q  338 gtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattg 378  Q
    ||||||||| | |||| ||| ||||||||| |||| |||||    
T  12589233 gtgaagttttaatggttgttcaatttcaacgcctttcattg 12589193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 160 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 3416754 - 3416536
Alignment:
Q  160 agggaaaatcaacggtgtgaatgcggaggaagaaaggatctatggagggaagagatttggaaaggaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgac 259  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||| |     | | ||||||||| | ||| || ||||| || |||||||| |||||||| |||||    
T  3416754 agggaaagtcgacggtgtgaaggcggaggaagaagggagcggcataagaaagagattttgtaagaaatttggcattggagggagtggtgatgattgtgac 3416655  T
Q  260 ttgttggccatgagatgcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgttta 359  Q
     ||||||||||| |||||||| | || |||||| ||| | | ||||||||||||||  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||      
T  3416654 atgttggccatgggatgcaaacatagctgctatatcagaaagagggatcatatggctagatgcaagataaggaatgaagtgaattttcagtggtcgttct 3416555  T
Q  360 atttcaacaccttccattg 378  Q
    | |||||||||| ||||||    
T  3416554 acttcaacacctaccattg 3416536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 276 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 600 - 523
Alignment:
Q  276 gcaaagagagttgctatgtcacacatagggatcatatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggt 353  Q
    ||||||||||  || |||||||| | ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  600 gcaaagagagaggcaatgtcacaaagagggatcatgtgacctgctgctagatatggaatgaagtaaagtttgagtggt 523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University