View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20362_low_17 (Length: 422)

Name: NF20362_low_17
Description: NF20362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20362_low_17
NF20362_low_17
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (25-412)||(6269121-6269510)
chr5 (25-228)||(30607749-30607953)
chr5 (25-231)||(14343878-14344085)
chr5 (25-229)||(9403708-9403913)
chr5 (25-228)||(7314374-7314578)
chr5 (25-228)||(34455583-34455787)
chr5 (25-228)||(11723844-11724048)
chr5 (25-228)||(11766145-11766349)
chr5 (40-228)||(24835148-24835335)
chr5 (40-228)||(33433996-33434183)
chr5 (63-216)||(30422192-30422344)
chr5 (67-224)||(34870280-34870437)
chr5 (228-300)||(1975311-1975383)
chr5 (241-299)||(1974154-1974212)
chr5 (228-298)||(40008711-40008781)
chr5 (242-299)||(3458012-3458069)
chr5 (137-190)||(42748256-42748309)
chr5 (228-297)||(1145141-1145210)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (25-229)||(26511069-26511274)
chr6 (25-229)||(26516185-26516390)
chr6 (25-229)||(3538436-3538641)
chr6 (25-228)||(34005894-34006098)
chr6 (25-228)||(24161793-24161996)
chr6 (40-228)||(9934570-9934757)
chr6 (63-208)||(26603636-26603780)
chr6 (68-228)||(31131276-31131436)
chr6 (41-228)||(15641714-15641899)
chr6 (137-208)||(2298307-2298378)
chr6 (65-230)||(5671645-5671810)
chr6 (228-297)||(14830392-14830461)
chr6 (137-190)||(18751341-18751394)
chr6 (228-300)||(35060904-35060976)
chr6 (80-229)||(24878405-24878554)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (25-228)||(38122605-38122809)
chr1 (20-230)||(16833313-16833524)
chr1 (25-228)||(12168744-12168948)
chr1 (25-228)||(13218603-13218807)
chr1 (25-228)||(33492764-33492967)
chr1 (63-231)||(39453343-39453511)
chr1 (63-230)||(13829592-13829759)
chr1 (63-228)||(16129000-16129164)
chr1 (112-229)||(25242405-25242523)
chr1 (228-297)||(33403135-33403204)
chr1 (228-301)||(3792556-3792629)
chr1 (112-190)||(7062712-7062789)
chr1 (228-297)||(50069243-50069312)
chr1 (149-228)||(432869-432949)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (25-229)||(354308-354513)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (25-228)||(117199-117403)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (25-228)||(3298191-3298395)
chr8 (25-228)||(27347436-27347640)
chr8 (25-228)||(28926712-28926916)
chr8 (25-229)||(22179898-22180103)
chr8 (25-228)||(27353516-27353720)
chr8 (25-228)||(8743936-8744140)
chr8 (25-228)||(9068735-9068939)
chr8 (25-228)||(36737431-36737632)
chr8 (90-226)||(1606594-1606730)
chr8 (25-101)||(28369650-28369726)
chr8 (154-228)||(16957897-16957972)
chr8 (63-228)||(24040002-24040166)
chr8 (149-228)||(4435540-4435620)
chr8 (149-229)||(21687377-21687459)
chr8 (149-229)||(21691701-21691783)
chr8 (172-228)||(28369585-28369642)
chr8 (252-300)||(4640828-4640876)
chr8 (252-300)||(34276189-34276237)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (25-228)||(7143047-7143251)
chr7 (25-228)||(10346874-10347078)
chr7 (25-228)||(12183255-12183459)
chr7 (25-228)||(22322452-22322656)
chr7 (25-228)||(23794483-23794687)
chr7 (25-230)||(31158844-31159050)
chr7 (25-228)||(2630810-2631013)
chr7 (25-228)||(2798109-2798313)
chr7 (27-228)||(45501201-45501404)
chr7 (63-228)||(22817828-22817994)
chr7 (40-228)||(19472845-19473032)
chr7 (36-228)||(31878011-31878204)
chr7 (66-228)||(2477070-2477233)
chr7 (149-228)||(31001380-31001460)
chr7 (63-229)||(31665183-31665348)
chr7 (144-216)||(8139848-8139920)
chr7 (63-228)||(24169331-24169488)
chr7 (164-228)||(20403075-20403140)
chr7 (228-300)||(1537255-1537327)
chr7 (241-297)||(31823589-31823645)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (25-228)||(3587789-3587993)
chr3 (25-228)||(27031355-27031559)
chr3 (25-228)||(52045451-52045655)
chr3 (25-228)||(7653789-7653992)
chr3 (25-228)||(4755426-4755630)
chr3 (25-228)||(8614914-8615117)
chr3 (40-231)||(52308578-52308768)
chr3 (25-228)||(36469998-36470201)
chr3 (96-228)||(10407589-10407722)
chr3 (120-226)||(11263597-11263705)
chr3 (67-228)||(33247298-33247458)
chr3 (50-126)||(11260392-11260469)
chr3 (228-297)||(42381615-42381684)
chr3 (228-298)||(53827670-53827740)
chr3 (63-100)||(10386673-10386710)
chr3 (228-297)||(15042015-15042084)
chr3 (228-297)||(19866733-19866802)
chr3 (236-298)||(42994912-42994974)
chr3 (228-297)||(7666971-7667040)
chr3 (149-228)||(45527010-45527090)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (25-228)||(955-1158)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (25-228)||(5274204-5274408)
chr4 (25-228)||(4839705-4839909)
chr4 (40-228)||(46692722-46692910)
chr4 (25-228)||(42533514-42533718)
chr4 (49-228)||(22047136-22047316)
chr4 (40-228)||(44432611-44432798)
chr4 (28-228)||(55326163-55326364)
chr4 (67-228)||(19248394-19248555)
chr4 (67-228)||(26069070-26069231)
chr4 (63-228)||(8894226-8894391)
chr4 (108-228)||(6639357-6639478)
chr4 (113-230)||(35417446-35417563)
chr4 (63-228)||(40996243-40996408)
chr4 (69-183)||(30219043-30219156)
chr4 (236-297)||(28796620-28796681)
chr4 (228-297)||(40450931-40451000)
chr4 (228-297)||(55523725-55523794)
chr4 (241-297)||(28798167-28798223)
chr4 (252-297)||(636617-636662)
chr4 (242-279)||(42099549-42099586)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (39-228)||(174034-174224)
scaffold0015 (19-228)||(185192-185402)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (25-228)||(8684008-8684213)
chr2 (63-228)||(29223103-29223269)
chr2 (63-228)||(29336402-29336568)
chr2 (25-185)||(32522419-32522579)
chr2 (67-228)||(36668450-36668611)
chr2 (164-228)||(29226729-29226794)
chr2 (164-228)||(29340028-29340093)
chr2 (228-297)||(22496085-22496154)
chr2 (149-228)||(31757714-31757795)
chr2 (164-216)||(29792584-29792636)
chr2 (241-298)||(18394992-18395049)
chr2 (149-228)||(27256909-27256989)
chr2 (231-306)||(2154253-2154328)
chr2 (228-299)||(11573631-11573702)
chr2 (163-226)||(40199500-40199564)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (41-228)||(17059-17245)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (20-228)||(79822-80012)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (63-231)||(10163-10331)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (25-228)||(1847-2048)
[»] scaffold0871 (1 HSPs)
scaffold0871 (149-228)||(4327-4407)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 6269510 - 6269121
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6269510 cttaagcgaagtgaccttggttcaagagcttccttcttttggtccttgcttgtcattttctgtataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 6269411  T
Q  125 gtaaaaa-tacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttacttt-gagcac 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6269410 gtaaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttacttttgagcac 6269311  T
Q  223 ttatcacatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaagttcaagacatgtaaacccgtt 322  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6269310 ttatcacatgcgcagggacattttggacatttacattgaaaatgagcgatactgtttggataatgagcagaattcaaagttcaagacatgtaaacccgtt 6269211  T
Q  323 ttgggattttgctcttttaacttcaaaaattgttatatttaacactccgaaaatagcaaaatacctgcagcagtaaataatcgccctttg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6269210 ttgggattttgctcttttaacttcaaaaattgttatatttaacactccgaaaatagcaaaatacctgcagcagtaattaatcgccctttg 6269121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 30607749 - 30607953
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30607749 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 30607848  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30607849 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 30607948  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  30607949 tatca 30607953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 25 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 14344085 - 14343878
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14344085 cttaagcgaacgaaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 14343986  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14343985 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 14343886  T
Q  224 tatcacat 231  Q
    ||||||||    
T  14343885 tatcacat 14343878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 9403913 - 9403708
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  9403913 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaata 9403814  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9403813 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 9403714  T
Q  224 tatcac 229  Q
    ||||||    
T  9403713 tatcac 9403708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7314578 - 7314374
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7314578 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaatttggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 7314479  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7314478 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 7314379  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  7314378 tatca 7314374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34455787 - 34455583
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  34455787 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcgggcatgtaaagcataaatg 34455688  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34455687 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 34455588  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  34455587 tatca 34455583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 11723844 - 11724048
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11723844 cttaagcgaacggaccttggttcatgagcttccttcttttggtcattgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 11723943  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11723944 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 11724043  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  11724044 tatca 11724048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 11766349 - 11766145
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11766349 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttcgtccttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 11766250  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11766249 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 11766150  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  11766149 tatca 11766145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24835335 - 24835148
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24835335 cttggttcaggaggttctttctt--ggtctttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 24835238  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24835237 aatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 24835148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33434183 - 33433996
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33434183 cttggttcaggaggttctttctt--ggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 33434086  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  33434085 aatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatca 33433996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 30422344 - 30422192
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||    
T  30422344 ttggtccttgcttgtcatttcctgcacaaattgagtagagtaagacatgtaaagcataaatggcaaaattacgat-aaatggtagtttttccttagataa 30422246  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttacttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  30422245 cttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaatatattacttt 30422192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 67 - 224
Target Start/End: Original strand, 34870280 - 34870437
Alignment:
Q  67 tccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttg 166  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  34870280 tcctggcttgtattttcctgcataaattgggcaaaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagtttttccttagataacttg 34870378  T
Q  167 caaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcactt 224  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34870379 caaaacaagccactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 34870437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 300
Target Start/End: Original strand, 1975311 - 1975383
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaa 300  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  1975311 acatgcgcatgggcattttggacatttactttggaaatgagcaatgctgtttagataatgagcagaattcaaa 1975383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 1974212 - 1974154
Alignment:
Q  241 cattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaa 299  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | | | |||||||||||||||||||    
T  1974212 cattttggacatttactttgggaatgagcgatactatctgggtaatgagcataattcaa 1974154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 40008781 - 40008711
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattca 298  Q
    ||||||| | || |||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  40008781 acatgcgcaggggcattttagacatttactttgagaatgagcgataatgtttaggtaatgagcagaattca 40008711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 242 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3458069 - 3458012
Alignment:
Q  242 attttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaa 299  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  3458069 attttggacatttactttggaaatgagcaatacggtttcggtaatgagcagaattcaa 3458012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 190
Target Start/End: Original strand, 42748256 - 42748309
Alignment:
Q  137 tcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgccta 190  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  42748256 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgccta 42748309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 1145210 - 1145141
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||| |||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||    
T  1145210 acatgcgtagaggcattttggtcatttactttgggaatgagcgaaactgtttggataatgagcataattc 1145141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 26511069 - 26511274
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26511069 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 26511168  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26511169 gtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 26511268  T
Q  224 tatcac 229  Q
    ||||||    
T  26511269 tatcac 26511274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 26516185 - 26516390
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26516185 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 26516284  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26516285 gtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 26516384  T
Q  224 tatcac 229  Q
    ||||||    
T  26516385 tatcac 26516390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3538641 - 3538436
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3538641 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttcgtccttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 3538542  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3538541 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 3538442  T
Q  224 tatcac 229  Q
    ||||||    
T  3538441 tatcac 3538436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34006098 - 34005894
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  34006098 cttaagcgaacggacattggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcattttatgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatg 34005999  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34005998 gtaaaattgcactcaaatggtagcatttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 34005899  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  34005898 tatca 34005894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 24161793 - 24161996
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  24161793 cttaagcgaactgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctacataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatg 24161892  T
Q  125 gt-aaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcac 222  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||  || ||||||| |||||||||    
T  24161893 gtaaaaaatacactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtctctaatttgcctaagttaacacat--aaaatgttacttttgagcac 24161990  T
Q  223 ttatca 228  Q
    ||||||    
T  24161991 ttatca 24161996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Original strand, 9934570 - 9934757
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9934570 cttggttcaggaggttctttctt--ggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 9934667  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  9934668 aatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatca 9934757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26603780 - 26603636
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||| |||||||||||||||    
T  26603780 ttggtgcttgcttgtcatttcctgcacaaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtaca-acaattggtacattttccttagataa 26603682  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatat 208  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  26603681 cttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaatat 26603636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 68 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31131436 - 31131276
Alignment:
Q  68 ccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgc 167  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||    
T  31131436 ccttgcttgtcattttctgcataaattgggcagaattagacacataaagcataaatggtataaatacaa-caattgatagattttccttagataacttgc 31131338  T
Q  168 aaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  31131337 aaaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttaagcacttatca 31131276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 15641899 - 15641714
Alignment:
Q  41 ttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaa 140  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||||||| |||||||  || | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  15641899 ttggttcatgagcttctttcttgt--tccttgcttgtcatttccagcataaaagggttggaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtaca-acaa 15641803  T
Q  141 atggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||  |||||| | ||| ||  |||| |||||||||||||||    
T  15641802 ttggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaaatacctaatttaacataagaattaaattacttttgagcacttatca 15641714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 137 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2298378 - 2298307
Alignment:
Q  137 tcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatat 208  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||||||    
T  2298378 tcaaattgtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaagtgtctaaaataacacatgaaatat 2298307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 230
Target Start/End: Original strand, 5671645 - 5671810
Alignment:
Q  65 ggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataact 164  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| |||  ||||||| | || ||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | || |||||| |||||||||    
T  5671645 ggtcctggcttgtattttcctgcacaaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataact 5671743  T
Q  165 tgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcaca 230  Q
    || | |||||||||||||| ||||||  |||||| | ||||||| | || |||||||||||||||||    
T  5671744 tgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcacttatcaca 5671810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 14830461 - 14830392
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  ||||| | ||||||||    
T  14830461 acatgtgtagggacattttggacatttactttgggaatgagcgatactgtttgagtaataaacataattc 14830392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 190
Target Start/End: Original strand, 18751341 - 18751394
Alignment:
Q  137 tcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgccta 190  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  18751341 tcaaattgtagtttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgccta 18751394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 300
Target Start/End: Original strand, 35060904 - 35060976
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaa 300  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||  |   ||| ||||||||||| ||||||||    
T  35060904 acatgcgtaggggcattttggacatttactttggaaatgagcggaatcatttgggtaatgagcagaattcaaa 35060976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 80 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24878554 - 24878405
Alignment:
Q  80 tttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcac 179  Q
    ||||||||| |||  ||||||| | || ||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | || |||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  24878554 tttcctgcacaaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcac 24878456  T
Q  180 taaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcac 229  Q
    |||| ||||||   ||||| | ||||||| | || ||||||||||||||||    
T  24878455 taaaatgcctaaactaacataagaaatatatcacttttgagcacttatcac 24878405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 38122605 - 38122809
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38122605 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 38122704  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38122705 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 38122804  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  38122805 tatca 38122809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Original strand, 16833313 - 16833524
Alignment:
Q  20 gttttcttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcat 119  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  16833313 gtttgcttaagcgagctgaccttggttcaggagcctccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcat 16833412  T
Q  120 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttga 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  16833413 aaatggtaaaaatacaatcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttga 16833512  T
Q  219 gcacttatcaca 230  Q
    ||||||||||||    
T  16833513 gcacttatcaca 16833524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 12168744 - 12168948
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12168744 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 12168843  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12168844 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 12168943  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  12168944 tatca 12168948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 13218603 - 13218807
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13218603 cttaagcgaactgaccttggttcaggagcttccttcttttggttcttgcttatcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 13218702  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtta-ctttgagcact 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  13218703 gtataaatacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattacctagattaacacatgaaatatgttagttttgagcagt 13218802  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  13218803 tatca 13218807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 33492764 - 33492967
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  33492764 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtcctttcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatg 33492862  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33492863 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 33492962  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  33492963 tatca 33492967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 39453511 - 39453343
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| | || ||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  39453511 ttggtccttgcttgtcatttcctacacaaattgagtagagtaaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataa 39453413  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcacat 231  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  39453412 cttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatattacttttgagcacttatcacat 39453343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 63 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 13829759 - 13829592
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||| | || |||||| ||||||| ||||||    
T  13829759 ttggtccttgcttgtcatttcctgcacaaattgagtagaatcaggcatgtaaagcacaaatagtaaaagtacaat-aattggtagcttttcctcagataa 13829661  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtta-ctttgagcacttatcaca 230  Q
    |||| |  |||||| |||||| ||| ||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  13829660 cttgtaggacaagttactaaaatgcataatttaacacatgaaatatattacctttgagcacttatcaca 13829592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16129164 - 16129000
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||  | || |||  |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | | ||||||||||||||    
T  16129164 ttggtccttgcttgtcatt-cctgcacaagttgagtagcgtaaggcatcgaaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataa 16129067  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  16129066 cttgcaaaacaagtcattaaaatgcctattttaacacatgaaagatggtacttttgagcacttatca 16129000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 25242523 - 25242405
Alignment:
Q  112 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtt 211  Q
    |||||||||||||||||||| |  |   ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  |||||||||  ||||||||    
T  25242523 taaagcataaatggtaaaaaaatgcaacaatagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcattaaaatgcctaaattaacacatagaatatgtt 25242424  T
Q  212 a-ctttgagcacttatcac 229  Q
    |  ||||||||||||||||    
T  25242423 agttttgagcacttatcac 25242405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Original strand, 33403135 - 33403204
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  33403135 acatgcgtaggggcattttcgacttttactttggaaatgagcgatactgtttgggtaatgagcataattc 33403204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 3792629 - 3792556
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaag 301  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||| | | ||| ||||||||||| |||||||||    
T  3792629 acatgcgtaagggcattttggacttttactttggaaatgagcgaaactatttgggtaatgagcagaattcaaag 3792556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 7062789 - 7062712
Alignment:
Q  112 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgccta 190  Q
    ||||||||||||||||   || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  7062789 taaagcataaatggtatttattca-tcaaattgtagtttttctttagataacttgcaaaacaagtaactaaagtgccta 7062712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Original strand, 50069243 - 50069312
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  50069243 acatgcgcaggggcattttggacatttactttgggaatgagcgatgctgtttgggtaatgagcagaattc 50069312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Original strand, 432869 - 432949
Alignment:
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||  |||||| | ||||||| | || |||||||||||||||    
T  432869 ttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcacttatca 432949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 354308 - 354513
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  354308 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 354407  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  354408 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgtctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 354507  T
Q  224 tatcac 229  Q
    ||||||    
T  354508 tatcac 354513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 117199 - 117403
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  117199 cttaagcgaacggaccttggttcatgagcttccttcttttggtccttgtttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 117298  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  117299 gtataaacacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattgcctagattaacacatgaaatatgttacttttgagcact 117398  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  117399 tatca 117403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3298395 - 3298191
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3298395 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttcgtccttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 3298296  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3298295 gtaaaaataaactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 3298196  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  3298195 tatca 3298191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27347640 - 27347436
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  27347640 cttaagcgaacggaccttggttcaagagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatg 27347541  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27347540 gtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 27347441  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  27347440 tatca 27347436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 28926712 - 28926916
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28926712 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 28926811  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28926812 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaaaaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 28926911  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  28926912 tatca 28926916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22180103 - 22179898
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  22180103 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 22180004  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  22180003 gtaaaattacactcaaatggtagattttccttagataacttgcgaaacaagtcactaatttgcctaagttaacgcataaaatatgttacttttgagcact 22179904  T
Q  224 tatcac 229  Q
    ||||||    
T  22179903 tatcac 22179898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27353720 - 27353516
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27353720 cttaagcgaacggaccttggttcaagagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 27353621  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27353620 gtaaaattgcactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 27353521  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  27353520 tatca 27353516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 8743936 - 8744140
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  8743936 cttaagcgaacagaccttggttcaagagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaata 8744035  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
     ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8744036 ataatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaataatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 8744135  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  8744136 tatca 8744140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 9068735 - 9068939
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9068735 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttacttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 9068834  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9068835 gtaaagttgcactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgggcact 9068934  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  9068935 tatca 9068939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 36737431 - 36737632
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36737431 cttaagcgaactgaccttggttcaggagcttctttctt--ggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 36737528  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||| | |||||  ||| || |||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||    
T  36737529 gtatagataca-acaattgatagcctttccttagataacttgcagaacaagtcaccaaaatgcctagattaacacataaaatatggtactttttagcact 36737627  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  36737628 tatca 36737632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1606730 - 1606594
Alignment:
Q  90 aaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcct 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||  || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1606730 aaattgggtagaatcagacatgtaaaacataaatggtaaaagtacaa-caattgaaagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcct 1606632  T
Q  190 aggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttat 226  Q
    |  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  1606631 aaattaacacatgaaatatattacttttgagcacttat 1606594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 25 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 28369726 - 28369650
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtaga 101  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28369726 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcgtgtcatttcctgcataaattgggtaga 28369650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16957972 - 16957897
Alignment:
Q  154 cttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  16957972 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatatgcctagattaacgcataaaatatgttacttttgagcacttatca 16957897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24040166 - 24040002
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| || ||| ||||  | || |||  |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | | ||||||||| ||||    
T  24040166 ttggtccttgcttgccatt-cctgcacaagttgagtagtgtaaggcatcgaaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttatataa 24040069  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||    
T  24040068 cttacaaaacaagtcactaaaatgcctattttaacacatgaaagataatacttttgagcacttatca 24040002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Original strand, 4435540 - 4435620
Alignment:
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||| ||||||| | || |||||||||||||||    
T  4435540 ttttccatagataacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatca 4435620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 149 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 21687459 - 21687377
Alignment:
Q  149 ttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcac 229  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  21687459 ttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcac 21687377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 149 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 21691783 - 21691701
Alignment:
Q  149 ttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcac 229  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  21691783 ttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcac 21691701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28369642 - 28369585
Alignment:
Q  172 caagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28369642 caagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 28369585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 300
Target Start/End: Original strand, 4640828 - 4640876
Alignment:
Q  252 tttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  4640828 tttactttggaaatgagcgatacagtttgggtaatgagcagaattcaaa 4640876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 34276237 - 34276189
Alignment:
Q  252 tttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaa 300  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  34276237 tttactttggaaataagcgatattgtttgggtaatgagcagaattcaaa 34276189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7143251 - 7143047
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7143251 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 7143152  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7143151 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattttcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 7143052  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  7143051 tatca 7143047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 10346874 - 10347078
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10346874 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 10346973  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10346974 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaaaatgttacttttgagcact 10347073  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  10347074 tatca 10347078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 12183459 - 12183255
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  12183459 cttaagcgaactgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtgaagcataaatg 12183360  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12183359 gtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaggtcactaatttacataagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 12183260  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  12183259 tatca 12183255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 22322452 - 22322656
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  22322452 cttaagcgaacagaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaattaggtatgtaaagcataaatg 22322551  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22322552 gtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcgctaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 22322651  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  22322652 tatca 22322656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 23794687 - 23794483
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  23794687 cttaagcgaacgaaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagaataaatg 23794588  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23794587 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 23794488  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  23794487 tatca 23794483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 25 - 230
Target Start/End: Original strand, 31158844 - 31159050
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31158844 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttcgtccttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 31158943  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31158944 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 31159043  T
Q  224 tatcaca 230  Q
    |||||||    
T  31159044 tatcaca 31159050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2631013 - 2630810
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2631013 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtcctttcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatg 2630915  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2630914 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 2630815  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  2630814 tatca 2630810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 2798109 - 2798313
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  2798109 cttaagcgaactgaccttgactcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattggatagaatcaggtatgtaaagcataaatg 2798208  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtta-ctttgagcact 223  Q
    ||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||| ||||    
T  2798209 gtataaatacactcaaatgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaattgcctagattaacacataaaatatgttatttttgaacact 2798308  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  2798309 tatca 2798313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 45501201 - 45501404
Alignment:
Q  27 taagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggt 126  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  45501201 taagcgaacagaccttggttcatgagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttactgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggt 45501300  T
Q  127 aaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaac-aagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcactt 224  Q
    | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45501301 ataaatacactcaaatgatagcttttccttagataaatttcaaaactaagtcactaaattgcctagattagcacatgaaatatgttacttttgagcactt 45501400  T
Q  225 atca 228  Q
    ||||    
T  45501401 atca 45501404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22817994 - 22817828
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22817994 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataa 22817895  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22817894 cttgcaaaacaagtcactattttgcctaagttaacacctgaaatatgttacttttgagcacttatca 22817828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Original strand, 19472845 - 19473032
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19472845 cttggttcaggaggttctttctt--ggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaattaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 19472942  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  19472943 aaaggtagcttttccttagataacttgcaaaataagtcactaatttgcctaaattaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatca 19473032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 36 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31878204 - 31878011
Alignment:
Q  36 tgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaataca 135  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  31878204 tgaccttgattcagaagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctacataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaataca 31878105  T
Q  136 ctcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtt-actttgagcacttatca 228  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||||||||||  | ||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||    
T  31878104 ctcaaatgatagcttttccctagataacttgcaggataagtcactaaattacctatattaacacataaaatatattaactttaagcacttatca 31878011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 66 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2477233 - 2477070
Alignment:
Q  66 gtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataactt 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||    
T  2477233 gtccttgcttgtcatttcctgcataaattaggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtaaaaatacactcaattagtagctttttcttagataagtt 2477134  T
Q  166 gcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  2477133 gcaaaacaagtcactaaaatgcctaggttaacgcataaaatatgttacttttgatcacttatca 2477070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Original strand, 31001380 - 31001460
Alignment:
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31001380 tttttcttagataacttggagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatca 31001460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 229
Target Start/End: Original strand, 31665183 - 31665348
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||  | ||| ||||| | | |||| ||||||||||||||||| |  |||  ||| || | | ||||||||||||||    
T  31665183 ttggtccttgcttgccatt-cctgcaccagttgagtagagtaaaacatttaaagcataaatggtaagatcacaa-caattgattgcttttccttagataa 31665280  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcac 229  Q
    |||||| |||||||||||  | ||| ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  31665281 cttgcataacaagtcactgtaatgcatattttaacacatgaaatatattacttttgagcacttatcac 31665348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 216
Target Start/End: Original strand, 8139848 - 8139920
Alignment:
Q  144 gtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttacttt 216  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| |||||||    
T  8139848 gtagcttttccttagataacctgcaaaataagtcactaaagtgcctaaaataacacatgaaatatattacttt 8139920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Original strand, 24169331 - 24169488
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||||| | |         |||||| |||  |||||||||  |||    
T  24169331 ttggtccttgcttgtactttcctgcacaaattgggtagaataaggcacctaaagcataaattgca---------tcaaattgtaacttttccttaagtaa 24169421  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||   ||| ||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  24169422 cttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaaataatacatgaaatatatcacttttgagcacttatca 24169488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 20403140 - 20403075
Alignment:
Q  164 ttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||| ||||||| | || |||||||||||||||    
T  20403140 ttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatca 20403075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 300
Target Start/End: Original strand, 1537255 - 1537327
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaa 300  Q
    ||||||| | || ||||||| |||||||| |||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1537255 acatgcgcaggggcattttgaacatttactttgagaatgaacgatactgtttgggtaatgagcagaattcaaa 1537327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 241 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 31823645 - 31823589
Alignment:
Q  241 cattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  31823645 cattttggatatttattttgggaatgagcgatattgtttgggtaatgagcagaattc 31823589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3587993 - 3587789
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3587993 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttacttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 3587894  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3587893 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 3587794  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  3587793 tatca 3587789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 27031355 - 27031559
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27031355 cttaagcgaacaggccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcttgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 27031454  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27031455 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 27031554  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  27031555 tatca 27031559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 52045451 - 52045655
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  52045451 cttaagcgaacggaccttggttcagaagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattggctagaatcaggcatgtaaagcataaatg 52045550  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52045551 gtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcacaaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 52045650  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  52045651 tatca 52045655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 7653789 - 7653992
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  7653789 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtcctttcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatg 7653887  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7653888 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 7653987  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  7653988 tatca 7653992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 4755426 - 4755630
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4755426 cttaagcgaactgaccttggttcaagatctcccttcttttggtctttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaggcataaatg 4755525  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4755526 gtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaatttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 4755625  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  4755626 tatca 4755630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8615117 - 8614914
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8615117 cttaagcgaacggaccttggttcagaagcttccttcctttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 8615018  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8615017 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 8614919  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  8614918 tatca 8614914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 40 - 231
Target Start/End: Original strand, 52308578 - 52308768
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52308578 cttggttcaggaggttctttctt--ggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattacactca 52308675  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcacat 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52308676 aatggtagcttttccttagataacttgcaaagcaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcacat 52308768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 36469998 - 36470201
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||    
T  36469998 cttaagcgaactccccttggttcaggagcatcattcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgg-tagaatcaggcatgtaaagcataattg 36470096  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  36470097 gtataaatacactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaaatcactaaattgcctagattaacacattaaatatggtacttttgagcact 36470196  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  36470197 tatca 36470201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 96 - 228
Target Start/End: Original strand, 10407589 - 10407722
Alignment:
Q  96 ggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggtta 195  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  10407589 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 10407688  T
Q  196 acacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10407689 acacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 10407722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 120 - 226
Target Start/End: Original strand, 11263597 - 11263705
Alignment:
Q  120 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac--tttg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  11263597 aaatggtaaaaatacactcaaatgctagcgttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttactttttg 11263696  T
Q  218 agcacttat 226  Q
    |||||||||    
T  11263697 agcacttat 11263705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 67 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 33247458 - 33247298
Alignment:
Q  67 tccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttg 166  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||||||||  ||||  |  | |||| ||||||||||||||||||    
T  33247458 tccttgcttgtcgtttcctgcataaaaggtgaata-tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttagtagcttttccttagataacttg 33247361  T
Q  167 caaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  33247360 cagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatca 33247298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 50 - 126
Target Start/End: Original strand, 11260392 - 11260469
Alignment:
Q  50 gagcttccttcttttg-gtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggt 126  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11260392 gagcttccttcttttgtgtcattgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaaacatgtaaaacataaatggt 11260469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 42381684 - 42381615
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  42381684 acatgcgtaagggcattttggacatttactttggaaatgagcgatgttgtttaggtaatgagcagaattc 42381615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 298
Target Start/End: Original strand, 53827670 - 53827740
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattca 298  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||    
T  53827670 acatgcgtaggggcattttggacatttactttgggaatgagcgatactatttaggtaatgagcagaattca 53827740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 100
Target Start/End: Original strand, 10386673 - 10386710
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10386673 ttggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtag 10386710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Original strand, 15042015 - 15042084
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  15042015 acatgcgtaggggcattttcgacttttactttgggaatgagcgatattgtttgggtaatgagcagaattc 15042084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 19866802 - 19866733
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  19866802 acatgcgtaggggcatttttgacttttactttgggaatgagcgatactgtttgggtaatgagcagaattc 19866733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 236 - 298
Target Start/End: Original strand, 42994912 - 42994974
Alignment:
Q  236 atggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattca 298  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||    
T  42994912 atgggcattttagacatttactttgggaatgagcgatactatttaggtaatgagcagaattca 42994974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Original strand, 7666971 - 7667040
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  7666971 acatgcgtaggggcatttttgacttttattttgggaatgagcgatactgtttgggtaatgagcaaaattc 7667040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 45527090 - 45527010
Alignment:
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||| ||  |||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  45527090 ttttccttagataatttgtataacaagtcactgaaatgcatattttaacataagaaatatattacttttgagcacttatca 45527010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1158 - 955
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1158 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 1059  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1058 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 960  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  959 tatca 955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 5274204 - 5274408
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  5274204 cttaagcgaacaaaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgcgtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 5274303  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5274304 gtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 5274403  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  5274404 tatca 5274408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 4839705 - 4839909
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4839705 cttaagcgaacggaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 4839804  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4839805 gtaaaattgcactcaaatggtagcttttcctcagataacttgcaaaacaaatcactaattcgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcact 4839904  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  4839905 tatca 4839909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Original strand, 46692722 - 46692910
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46692722 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgacatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactca 46692821  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttactttgagcacttatca 228  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  46692822 aatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatattactttgagcacttatca 46692910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 42533514 - 42533718
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  42533514 cttaagcaaactgaccttggctcatgagcttccttcttttggtccttacttgtcatttcctgcataaaatggatagaatcaggcatgtaaagcataaatg 42533613  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42533614 gtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacatgaaatatgttacttttgagcact 42533713  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  42533714 tatca 42533718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 49 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22047316 - 22047136
Alignment:
Q  49 ggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaga 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||     
T  22047316 ggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagc 22047217  T
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22047216 ttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 22047136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Original strand, 44432611 - 44432798
Alignment:
Q  40 cttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 139  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44432611 cttggttcaggaggttctttctt--ggtccttgcttgtcgtatcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactca 44432708  T
Q  140 aatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44432709 aatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 44432798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 55326364 - 55326163
Alignment:
Q  28 aagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggta 127  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  55326364 aagcgaactgaccttggtttaggagcttccttgttttggtcctcgcttgtcatttcctgtataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcgtaaatggta 55326265  T
Q  128 aaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttat 226  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  55326264 caaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaacttcctagattaatacataaaatatgttacttttgagcacttat 55326165  T
Q  227 ca 228  Q
    ||    
T  55326164 ca 55326163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 67 - 228
Target Start/End: Original strand, 19248394 - 19248555
Alignment:
Q  67 tccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttg 166  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||||||    
T  19248394 tcctggcttgtattttcctgcataaattggacaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagattttccttagataacttg 19248492  T
Q  167 caaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||    
T  19248493 caaaacaagccactaaagtgcctagattaacacataaaatgtgttgcttttgagcacttatca 19248555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 26069231 - 26069070
Alignment:
Q  67 tccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaat-cagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaat-ggtagattttccttagataact 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||  || | ||||| |||| |||||||||||    
T  26069231 tccttgcttgtcatttcctgcataaaa-gggaagaattcaggcatgtaaagcataaatggtaaaataacac--aattaggtagctttttcttagataact 26069135  T
Q  165 tgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  26069134 tgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatca 26069070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8894391 - 8894226
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||| || ||  |||||||||||||| | || |||| |||||| |||| ||| ||||||||||    
T  8894391 ttggtccttgcttgcattttcctgcacaaattgggtacaataaggcacataaagcataaatggcataattaca-tcaaattgtagctttaccttagataa 8894293  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtta-ctttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| | |  |||||||||||||||    
T  8894292 cttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaatatatcagttttgagcacttatca 8894226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 108 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 6639478 - 6639357
Alignment:
Q  108 catgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||   |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  6639478 catgtaaagcataaatggtaaaattacaacaagttggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaccaaaatgcctaaattaacacatgaaata 6639379  T
Q  208 tgttact-ttgagcacttatca 228  Q
    | ||||| ||||||||||||||    
T  6639378 tattactcttgagcacttatca 6639357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 230
Target Start/End: Original strand, 35417446 - 35417563
Alignment:
Q  113 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgtta 212  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||| ||  ||    
T  35417446 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataatttgcaaaacaagtcactaaaatgccttatttaacacatgaaagatagta 35417544  T
Q  213 c-tttgagcacttatcaca 230  Q
    | |||||||||||||||||    
T  35417545 cttttgagcacttatcaca 35417563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Original strand, 40996243 - 40996408
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| || ||| ||||  | || |||  |||||||||||||| ||| |||| | ||||| | | ||||||||||||||    
T  40996243 ttggtccttgcttgccatt-cctgcacaagttgagtagtgtaaggcatcgaaagcataaatggtcaaattacaat-aaatgattgcttttccttagataa 40996340  T
Q  163 cttg-caaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||    
T  40996341 cttgacaaaacaagtcactaaaatacctattttaacacatgaaagataatacttttgagcacttatca 40996408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 183
Target Start/End: Original strand, 30219043 - 30219156
Alignment:
Q  69 cttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgca 168  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| || || | || |||||||||||||||| || ||| ||||  ||| || | | ||||||||||||||||||||    
T  30219043 cttgcttgtcatttcctgcacaagttgagtggagtgaggcatgtaaagcataaattgtgaaattacaa-caattgattgtttttccttagataacttgca 30219141  T
Q  169 aaacaagtcactaaa 183  Q
     ||||||||||||||    
T  30219142 gaacaagtcactaaa 30219156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 28796681 - 28796620
Alignment:
Q  236 atggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  28796681 atggacattttggacatttactttgagaatgagcgatattgtttgggtaatgagcagaattc 28796620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 40451000 - 40450931
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  40451000 acatgcgtaggggcattttcgacttttactttgggaatgagcgatactgtttaggtaatgagcagaattc 40450931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 55523794 - 55523725
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  55523794 acatgcgtaggggcattttcgacttttactttgaaaatgagcgataatgtttggataatgagcagaattc 55523725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 297
Target Start/End: Original strand, 28798167 - 28798223
Alignment:
Q  241 cattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  28798167 cattttggacatttactttgagaatgagcgatactgtttgggtaatgagcagaattc 28798223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 297
Target Start/End: Original strand, 636617 - 636662
Alignment:
Q  252 tttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  636617 tttactttggaaataagcgatactgtttgggtaatgagcataattc 636662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 279
Target Start/End: Original strand, 42099549 - 42099586
Alignment:
Q  242 attttggacatttacattggaaatgagcgataatgttt 279  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  42099549 attttggacatttactttggaaatgagcgatattgttt 42099586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 39 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 174224 - 174034
Alignment:
Q  39 ccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactc 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  174224 ccttggttcaggagcttccttcttttcgtccttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactc 174125  T
Q  139 aaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  174124 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 174034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 185402 - 185192
Alignment:
Q  19 agttttcttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagca 118  Q
    ||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  185402 agtttgcttaagcgaacggcccttggttcaggagcttccttcttttcgtccttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagca 185303  T
Q  119 taaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttg 217  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  185302 taaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtcattaattttcctaagttaacacatgaaatatgttacttttg 185203  T
Q  218 agcacttatca 228  Q
    |||||||||||    
T  185202 agcacttatca 185192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Original strand, 8684008 - 8684213
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  8684008 cttaagcaaactgaccttggttcaggagcctccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggtatgtaaagcataaatg 8684107  T
Q  125 gt-aaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcac 222  Q
    || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  8684108 gtaaaaaatacactcaaacggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattttcctaagttaacacatgaaatattttacttttgagcac 8684207  T
Q  223 ttatca 228  Q
    ||||||    
T  8684208 ttatca 8684213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29223269 - 29223103
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29223269 ttggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataa 29223170  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29223169 cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 29223103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 63 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29336568 - 29336402
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29336568 ttggtccttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataa 29336469  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29336468 cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 29336402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 32522579 - 32522419
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32522579 cttaagcgaactgaccttgattcatgagcttccttctattggtccttgcttgtcatttcctgcgtaaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatg 32522480  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaatt 185  Q
    ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32522479 gtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaatt 32522419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 228
Target Start/End: Original strand, 36668450 - 36668611
Alignment:
Q  67 tccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttg 166  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  36668450 tcctggcttgtattttcctgcataaattgggcaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagcttttccttagataacttg 36668548  T
Q  167 caaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  36668549 caaaacaagccactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttgcttttgagcacttatca 36668611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29226794 - 29226729
Alignment:
Q  164 ttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29226794 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 29226729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29340093 - 29340028
Alignment:
Q  164 ttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29340093 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatca 29340028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 297
Target Start/End: Original strand, 22496085 - 22496154
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattc 297  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  22496085 acatgcgtaagggcattttagacatttactttgaaaatgagcgatactatttaggtaatgagcataattc 22496154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31757795 - 31757714
Alignment:
Q  149 ttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  31757795 ttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatca 31757714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 29792636 - 29792584
Alignment:
Q  164 ttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttacttt 216  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  29792636 ttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttt 29792584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 241 - 298
Target Start/End: Original strand, 18394992 - 18395049
Alignment:
Q  241 cattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattca 298  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  18394992 cattttggacaattactttgggaatgagcgatattgtttgggtaatgagcagaattca 18395049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27256989 - 27256909
Alignment:
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||  |||||| | ||||||| | || |||||||||||||||    
T  27256989 ttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcacttatca 27256909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 231 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 2154328 - 2154253
Alignment:
Q  231 tgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaaagttcaa 306  Q
    |||||| ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  2154328 tgcgtagggacattttgatcttttactttgggaatgagcgatattgtttgggtaatgagcagaattccaaattcaa 2154253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 228 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 11573702 - 11573631
Alignment:
Q  228 acatgcgtatggacattttggacatttacattggaaatgagcgataatgttttggtaatgagcataattcaa 299  Q
    |||| |||| || |||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  11573702 acatacgtaggggcatttttgacttttactttgggaatgagcgatattgtttgggtaatgagcagaattcaa 11573631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 163 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 40199564 - 40199500
Alignment:
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttat 226  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  40199564 cttgcaaaacaaggcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttat 40199500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 228
Target Start/End: Original strand, 17059 - 17245
Alignment:
Q  41 ttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaa 140  Q
    |||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  17059 ttggctcaggagcttctttctt--ggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaagcacgtaaagcataaatggtacaaatacaatcac 17156  T
Q  141 atggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
     | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  17157 ttagtggcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaacaagcctaggttaacacataaaatatgttacttttgagcacttatca 17245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 228
Target Start/End: Original strand, 79822 - 80012
Alignment:
Q  20 gttttcttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcat 119  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  79822 gtttgcttaagcgaaccgaccttggttcaagagcctccttcttttggtctttgcttgtcatttcctacataaattgggtagaataaggcatgtaaagcat 79921  T
Q  120 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttga 218  Q
    |                   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  79922 a-------------------aatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttga 80002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 63 - 231
Target Start/End: Original strand, 10163 - 10331
Alignment:
Q  63 ttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataa 162  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  10163 ttggtccttgcttgtcatttcctacacaaattgagtagaataaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataa 10261  T
Q  163 cttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatcacat 231  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10262 cttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatattacttttgagcacttatcacat 10331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2048 - 1847
Alignment:
Q  25 cttaagcgaagtgaccttggttcaggagcttccttcttttggtccttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatg 124  Q
    |||||||| | |||| |||||||| ||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||  ||    |||||| |||||||||||||||||    
T  2048 cttaagcgtactgactttggttcatgagcttctttcttgt--tccttgcttgtcatttcctgcataaaagggaggaaatcaggcatgtaaagcataaatg 1951  T
Q  125 gtaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcact 223  Q
    ||||||  ||||  |  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  1950 gtaaaagaacaca-atttggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtaactaaaatgcctaaattaacacataaaatatgttacttttgagcact 1852  T
Q  224 tatca 228  Q
    |||||    
T  1851 tatca 1847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0871 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0871
Description:

Target: scaffold0871; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4407 - 4327
Alignment:
Q  149 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttac-tttgagcacttatca 228  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | ||||||||||||| | | || |||||||||||||||    
T  4407 ttttccatagataacttgtaaaatcagtcactaaaatgcctaagctaacacatgaaatctatcacttttgagcacttatca 4327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University