View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20362_low_21 (Length: 409)

Name: NF20362_low_21
Description: NF20362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20362_low_21
NF20362_low_21
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (17-395)||(49370176-49370554)
chr1 (17-329)||(27030427-27030739)
chr1 (17-329)||(10004406-10004718)
chr1 (66-190)||(28520323-28520447)
chr1 (35-99)||(48710700-48710764)
chr1 (55-174)||(26996591-26996710)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (17-395)||(8595666-8596044)
chr3 (17-371)||(23603695-23604049)
chr3 (17-373)||(3515115-3515471)
chr3 (17-345)||(17153242-17153570)
chr3 (17-388)||(42458737-42459110)
chr3 (17-303)||(9819561-9819847)
chr3 (22-204)||(10754663-10754845)
chr3 (221-343)||(48548015-48548137)
chr3 (35-204)||(16664576-16664745)
chr3 (272-333)||(52196756-52196817)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (17-395)||(17826216-17826594)
chr4 (17-371)||(29122873-29123227)
chr4 (126-386)||(22340997-22341257)
chr4 (17-389)||(23157585-23157957)
chr4 (17-389)||(51873100-51873472)
chr4 (187-388)||(4302809-4303009)
chr4 (17-389)||(36278654-36279010)
chr4 (17-395)||(15648502-15648880)
chr4 (20-187)||(25135920-25136087)
chr4 (35-204)||(36951801-36951970)
chr4 (228-332)||(3621980-3622084)
chr4 (35-190)||(17468581-17468736)
chr4 (50-94)||(51738650-51738694)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (17-395)||(74707-75085)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (17-395)||(40891199-40891577)
chr7 (17-395)||(587193-587571)
chr7 (17-373)||(12122017-12122373)
chr7 (17-332)||(20704927-20705242)
chr7 (17-332)||(20872971-20873286)
chr7 (17-393)||(37075025-37075401)
chr7 (82-345)||(9402630-9402893)
chr7 (17-395)||(34982256-34982634)
chr7 (86-329)||(24820172-24820415)
chr7 (38-190)||(47553903-47554055)
chr7 (30-189)||(18814882-18815041)
chr7 (35-190)||(22865201-22865356)
chr7 (38-137)||(47549491-47549590)
chr7 (28-93)||(5778507-5778572)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (17-373)||(57836-58187)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (17-392)||(11266437-11266812)
chr5 (17-373)||(27892135-27892491)
chr5 (17-395)||(6678029-6678391)
chr5 (18-204)||(31962108-31962295)
chr5 (21-204)||(38932369-38932552)
chr5 (35-204)||(29323392-29323561)
chr5 (21-150)||(38932768-38932897)
chr5 (35-99)||(22113599-22113663)
chr5 (47-99)||(27524980-27525032)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (17-389)||(30276301-30276673)
chr2 (17-395)||(21965002-21965380)
chr2 (17-213)||(1259052-1259248)
chr2 (351-395)||(38938880-38938924)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (17-395)||(26077173-26077551)
chr8 (17-308)||(29532862-29533151)
chr8 (38-190)||(10801136-10801288)
chr8 (53-94)||(15223628-15223669)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (28-395)||(28604333-28604700)
chr6 (17-389)||(18294831-18295203)
chr6 (17-303)||(2894704-2894990)
chr6 (17-395)||(7217785-7218163)
chr6 (35-190)||(5390970-5391125)
chr6 (20-83)||(17228611-17228674)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (17-344)||(224161-224488)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (42-94)||(5563-5615)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 49370554 - 49370176
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49370554 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgagtgtggagggtgttggaggagaaggaaagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 49370455  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49370454 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgagggagttgggtcgatttgatggcgtcagttaagccaaattagagctggtgtgggtttggcggagaa 49370355  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49370354 tacttggttggttgataacatagttaggaaggtaggagatgggagtactactatgttttggaaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagcgtcg 49370255  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49370254 ttttctagactttttgagttatcggaaaataaaaatgtcacagtaagggagatgtttctgttgggatggggggctgatg 49370176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 27030739 - 27030427
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| || |||||||||||| | |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||    
T  27030739 aaaagattacgggagttcaatttatctttactaggaaagtgggtgtggagggttttggaggatagggaaagtttatggaacgtggtgttgcgtgcgaaat 27030640  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  | || ||||||||| ||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||      
T  27030639 acggagagttgggggggagggtgtggttttgtgagggtgttggttcgatttggtggcgtcagttaaaccaagttagagctggtgtggggttggttgagtc 27030540  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  | || ||| |     
T  27030539 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccacattgttttgggaggattcttggttgttaaatgtccccctggccgtggct 27030440  T
Q  317 ttttctagacttt 329  Q
    |||||||||||||    
T  27030439 ttttctagacttt 27030427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 10004718 - 10004406
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| || ||||| |||||| | |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| ||||| |||||| |||| || ||||    
T  10004718 aaaagattacgggaattcaatttgtctttactaggaaagtgggtgtggagggttttggaggatagggaaagtttatggaacgtggtgttgcgtgcaaaat 10004619  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||  |||  |||      
T  10004618 acggagaggttggggggagggtgcggttttgtgagggtattggatcgatttggtggcgtcagttaaatcaggttagagctggtgtggggttggttgagtc 10004519  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  | |||||| |     
T  10004518 tacatggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggtgtaccacattgttttgggaggattcttggttgttaaatgttcccctggcagtggct 10004419  T
Q  317 ttttctagacttt 329  Q
    || ||||||||||    
T  10004418 ttctctagacttt 10004406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 190
Target Start/End: Original strand, 28520323 - 28520447
Alignment:
Q  66 gggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggagggtgcgg-tttggtgatggagttgggtcga 164  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||| |||||||| || || || |  || |||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||    
T  28520323 gggtgttggaggagagggagagtttgtgaaatttagtgcttcgagcgaagtatggggaggagggagggagggtgcggtttttgtga-ggggttggatcga 28520421  T
Q  165 tttggtggcgtcagttaaaccaaatt 190  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||    
T  28520422 tttggtggcgtaacttaaaccaaatt 28520447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 48710764 - 48710700
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgt 99  Q
    ||||||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48710764 aatatttctcttttaggtaagtgggtgtggaggttattggaggagagggagagtttgtggaatgt 48710700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 26996710 - 26996591
Alignment:
Q  55 atgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatgga 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | | ||||| |  || || || || |  |  ||||||||||||||||||   || ||     
T  26996710 atgggtgtggagggtgttggaggagagggagaatttgtggagtttagtgcttcaggcaaagtatggtggggagggtgggagggtgcggttttccgagggg 26996611  T
Q  155 gttgggtcgatttggtggcg 174  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  26996610 gttgggtcgatttggtggcg 26996591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 8596044 - 8595666
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  8596044 aaaaggctgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggaaagtttgtggaatgtggtgttgcgcgcgaaat 8595945  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8595944 acggagaggttgatgggagggtgcggtttggtgagggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 8595845  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  8595844 tacttggttggttgataacatagttaggaaggtaggagatgggagtactaccatgttttgggaggatgcttggttgtcagatgttccgttagcagtttcg 8595745  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  8595744 ttttttagactttttgatttgtcggaaaacagaaatgtcactgctagggagatgtttatgttgggatggggggttgatg 8595666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 17 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 23604049 - 23603695
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  23604049 aaaaggttgcgggagtttaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagcgggagagtttgtggaatgaggtgttgcgcgcgaaat 23603950  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||      
T  23603949 acggagaagttggagggagggtgcggtttggtgagggagtagggtcgatttggtggcgtcagtttaaccatattagagctggtgtggggttggcggagcc 23603850  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23603849 tacttggttggttgataacatatttagaaaggtaggagatgggagtaataccttgttttgggaggatgcttggttggtagatgttccgttagcagtgtcg 23603750  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgt 371  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  23603749 ttttctagactttttgcattgtcggaaaacaaaaatgtcatggtaagggagatgt 23603695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 3515471 - 3515115
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  3515471 aaaagattgctggagttcaatatgtctttattaggcaagtgggtatggagggttttggaggataaggaaagcttatggaatgtggtgctgcgtgcgaaat 3515372  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  3515371 acggagagtttggagggagggtgcggttttgtgagggtgttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagaa 3515272  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | ||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| |     
T  3515271 tacgtggttggttgataacataggcaggaaagtaggtgatgggagtaccactttgttttgggaggattcttggttgttaaatgttccgctggcagtggct 3515172  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgttt 373  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || ||||||||||||    
T  3515171 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtgacggtgagggagatgttt 3515115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 345
Target Start/End: Original strand, 17153242 - 17153570
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  17153242 aaaagattgcgggagttcgatatctctttattaggaaagtgggtgtggagggtcttggaggatagggagagtttatggaatgtggtgttgcgagcaaaat 17153341  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  |||| |||      
T  17153342 acggagagtttggagggagggtgcgcttttgtgagggtgttgggtcgatatggtggcgtcagttaaatcaaattagaaatggtgtggggttggcagagtc 17153441  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
      | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| | ||||||||     
T  17153442 aacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccaccatgttttgggaggattcctggttgttaaatgttccgctggcagtgtcc 17153541  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaa 345  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  17153542 ttttctagactttttgaattgtcggaaaa 17153570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Original strand, 42458737 - 42459110
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||| ||||||| ||||  |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |    
T  42458737 aaaaggttgagggagtttaatacctctttatcggggaaataggtgtggagggtgttggaggagagggagagtttgtggaatgtggtgttgcgagcaaagt 42458836  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    | || || || || ||||||||||||||| |||| || || | |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||        
T  42458837 atggggaggtaggagggagggtgcggtttagtgagggtgtcgagtcgatttggtggcgtcatttaaaccaaattcgatctggtgtgggtgtggcgggtgc 42458936  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactacc--atgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgt 314  Q
    |   ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||   || |||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  42458937 taggtggttggttgataactttgttatgaaggtaggagacgggagcaccaccatatgttttgggaggatccgtggttgtttgatgttccgttagcggtgt 42459036  T
Q  315 cgttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggg 388  Q
      ||| | ||||||||| |  |||||| ||| ||| | | ||| || ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  42459037 tttttccaagactttttcagttgtcggcaaataaagaggccacggtgagggagatgtttttgttaggatggggg 42459110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 9819847 - 9819561
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| || |||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| | ||  ||||| ||||| |||||| |||| |||||||    
T  9819847 aaaagattacgggagttcaatttgtctttattaggaaagtgggtgtggagggttttcgaggataggggaagtttatggaacgtggtgttgcgtgcgaaat 9819748  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||  |||  |||      
T  9819747 acggagagtttggggggagggtgcggttttgtgagggtgttggatcgatttggtggtgtcagttaaaccaagttagagatggtgtggggttggttgagtc 9819648  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttcc 303  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  9819647 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccacattgttttgggaggattcttggttgttaaatgttcc 9819561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 10754845 - 10754663
Alignment:
Q  22 gttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacgga 121  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||    
T  10754845 gttgcgggaatttaatatttctttattgggtaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtagtgcttcgtgcgaagtatgga 10754746  T
Q  122 gaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggg 204  Q
    || ||||| ||||||||||||||| |||| || || || ||| |||||||||||||  ||||||||||| || | ||||||||    
T  10754745 gaggttggagggagggtgcggttttgtgagggggtgggatcggtttggtggcgtcacataaaccaaattcgatccggtgtggg 10754663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 221 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 48548137 - 48548015
Alignment:
Q  221 tggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgtttt 320  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||  |||||| ||||||| ||||| ||||    
T  48548137 tggttgattgataacatagttaggaaggtcggagatgggcacaccaccatgttttgggaggatccttggatgtctgatgtttcgttagctgtgtcttttt 48548038  T
Q  321 ctagactttttgacctgtcggaa 343  Q
    |||||||||||||  ||||||||    
T  48548037 ctagactttttgagttgtcggaa 48548015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 16664745 - 16664576
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtggga 134  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||| |||||| |  | ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  16664745 aatatttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtctgtggaaggtggtgttaagtgcgaagtatggagaggttggaggga 16664646  T
Q  135 gggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggg 204  Q
    ||||||||||| |||| || || || | |||||||||||| ||  ||||| ||||| ||  |||||||||    
T  16664645 gggtgcggttttgtgacggggtgggatagatttggtggcgccatataaactaaattcgatttggtgtggg 16664576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 52196817 - 52196756
Alignment:
Q  272 ttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctagactttttga 333  Q
    |||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||    
T  52196817 ttttgggaggatacgtggttggaagatgttccgttagctgtgtcttttcctaggctttttga 52196756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 17826216 - 17826594
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  17826216 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtgtagggtgttggaggagagggagagtttgtggaatgtggtgttgcgcgcgaaat 17826315  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||     
T  17826316 acggagaagttggagggagggtgcggttttgtgagggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccagattagagttggtgtgggtttggcggagac 17826415  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  17826416 tacatggttggttgataacatagttaggaaggtaggagatgggagcactaccatgttttgggaggatccttggttgttagatgttctgttagctgtgtcg 17826515  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  |||||||||||||    
T  17826516 ttttctagactttttgagttgtcggaaaacaaaaatgtcacagtgagggagatgtttatgttggagtggggggctgatg 17826594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 371
Target Start/End: Original strand, 29122873 - 29123227
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29122873 aaaaggttgcgggagtttaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagcggaagagtttgtggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 29122972  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||      
T  29122973 acggagaagttggagggagagtgctgtttggtgagggagtagggtcgatttggtggcgtcagttaaaccatattagagctggtgtggggttggcggagcc 29123072  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29123073 tacttggttggttgataacatagtcaggaaggtaggagatgggagtaataccttgttttgggaggatgcttggttggtagatgttccgttagcagtgtcg 29123172  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgt 371  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29123173 ttttctagactttttgagttgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgt 29123227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 126 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 22341257 - 22340997
Alignment:
Q  126 ttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaattcttggtt 225  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||    
T  22341257 ttggagggagagtgcggtttggtgagggagtagggtcgatttggtggcgtcagttaaaccatattagagctggtgtgggtttggcggagcctacttggtt 22341158  T
Q  226 ggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctaga 325  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22341157 ggttgataacatagttaggaaggtaggagatgggagtaataccttgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctaga 22341058  T
Q  326 ctttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggg 386  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  22341057 ctttttgagttgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtgtctgttggggtggg 22340997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Original strand, 23157585 - 23157957
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||  ||||||    
T  23157585 aaaagattgcgggagttcaatatgtttttattaggaaagtgggtgtggagggttttggaggataaggaaagtttatggaatgtggtgttgcgtccgaaat 23157684  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    || ||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||      
T  23157685 acagagagtttggagggagggtgcggttttgtgagggtgttgggttgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagtc 23157784  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  23157785 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggagatgggagtaccaccatgttttaggaggattcttggttgttagatgttccgctggcagtgtct 23157884  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatgggggg 389  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || |||| |||||||  ||| ||||||||||    
T  23157885 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtaacggtgagggggatgtttttgttaggatgggggg 23157957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 51873472 - 51873100
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  51873472 aaaagattgcgggagttcaatatgtctttattagggaagtgggtgtggagggttttggaggatagggaaagtttatggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 51873373  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||      
T  51873372 acggagagtttggagggagggtgcggttttgtgaaggtgttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagtc 51873273  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||  |     
T  51873272 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaagtaggtgatgggagtaccacattgttttgggaggattcttggttgttaaatgttccgctaggagtaact 51873173  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatgggggg 389  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || ||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  51873172 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtgacggtgagggagatgtttttgttaggatgggggg 51873100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 187 - 388
Target Start/End: Original strand, 4302809 - 4303009
Alignment:
Q  187 aattagagctggtgtgggtgtggcggagaattcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgct 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  4302809 aattagagctggtgtgggtgtggcggagaatatttggttggttgataacatagttaggaaggtaggagatgggcgtactaccatattttaggaggatgct 4302908  T
Q  287 tggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggg 386  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4302909 tagttgctagatgttccgttagcagtgtcgttttctagactttttgacttgtcggaaaataaaaatgtcacagtaa-ggagatgtttcagttgggatggg 4303007  T
Q  387 gg 388  Q
    ||    
T  4303008 gg 4303009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Original strand, 36278654 - 36279010
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  || ||| || ||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  36278654 aaaagattgtgggagttcaatatgtctttattagaaaagtggatgaggagggttttggaggataaggaaagtttatggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 36278753  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    || ||||  |||| |||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||      
T  36278754 acagagagtttggagggagggtg----------------ttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagtc 36278837  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||     
T  36278838 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggagatgggagtaccaccatgttttaggaggattcttggttgttaaatgttccgctggcagtgtct 36278937  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatgggggg 389  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || ||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  36278938 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtaacggtgagggagatgtttttgttaggatgggggg 36279010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 15648502 - 15648880
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||| |||| |||||||    
T  15648502 aaaagattgagggagttcaatatttctttgttaggtaaatggatttggagggttttggaggatagggagagtctttggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 15648601  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    | || ||  |||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||   |||||||||  |||| ||       
T  15648602 atggtgagtttggagggagggtgcgattttgtgagggggttgggtagatttggtggcggcagttaaatcaaatcaggagtggtgtggggttggccgaatc 15648701  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
      | ||||||||||||||  || | ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| || ||  |     
T  15648702 gacgtggttggttgataatttagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccaccatgttttgggaggattactggttgttaaatgttccgttggctgtagct 15648801  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||| |||  ||| || || ||||||||||||   || || |||||||||||||    
T  15648802 ttttctcgactttttgatttgtcggaaaataaaggtgtaacggtgagggagatgtttttattaggctggggggctgatg 15648880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 25136087 - 25135920
Alignment:
Q  20 aggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacg 119  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | | ||||| || ||||| || |    
T  25136087 aggttgagggagtttaatatttctttaatggggaaatgggtgtggaaggtgtcggaggagagggagagtttgtggagtttagtgcttcgtgcgaagtatg 25135988  T
Q  120 gagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaa 187  Q
    |||| |  || ||||||||||||||| | ||  | ||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  25135987 gagaggagggagggagggtgcggttttgcgagagggttggttctatttggtggcgtcacttaaaccaa 25135920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 36951970 - 36951801
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtggga 134  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||| |  ||| |  | ||||| || ||||| ||||||||||    
T  36951970 aatatttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtctgtggaaggcagtgttaagtgcgaagtatggagaggttggtggga 36951871  T
Q  135 gggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggg 204  Q
    |||||||||||  ||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||    
T  36951870 gggtgcggttttatgagggggtgggatcgatttggtggcgtcatttaaaccaaattcgatcaggtgtggg 36951801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 228 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3622084 - 3621980
Alignment:
Q  228 ttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctagact 327  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  3622084 ttgataacattgttaggaaggtcggagatgggtgtaccaccatgttttgggaggatccttggttgcttgatgttccgttagctgtgtctttttctagact 3621985  T
Q  328 ttttg 332  Q
    |||||    
T  3621984 ttttg 3621980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 190
Target Start/End: Original strand, 17468581 - 17468736
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtggga 134  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||   ||||||| ||||||| |||||| |  | ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  17468581 aatatttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgatggaggaaggggagagtatgtggaaggtggtgttaagtgcgaagtatggagaggttggaggga 17468680  T
Q  135 gggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaatt 190  Q
    ||||||||||| |||| || || || |||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  17468681 gggtgcggttttgtgagggggtgggatcgatttggtggcgccacataaaccaaatt 17468736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 94
Target Start/End: Original strand, 51738650 - 51738694
Alignment:
Q  50 gggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtgg 94  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  51738650 gggaagtgggtttggagggtgctggaggagagggagagtttgtgg 51738694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 75085 - 74707
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  75085 aaaagattgcgggagttcaatatttctttgttgggaaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtagtgttgcgcgcgaaat 74986  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||||     
T  74985 acggagaggttggagggagggtgcgcttttgtgagggagttgggtcaatttggtggagtcatttaaatcaaattagatctggtgtggggttggcagagac 74886  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  74885 tacgtggttggttgataacatagttagaaaggtagaagatgagagtaccaccatgttttgggaggatccttggttgttagatgttccgttggcagtgtct 74786  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| ||||    
T  74785 ttttctagactttttgagttgtcggaaaataaagatgtcacagtgagggagatgtttttgttggggtggggggccgatg 74707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 40891199 - 40891577
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  40891199 aaaagattgcgggagttcaatatttctttgttgggaaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtagtgttgcgcgcgaaat 40891298  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||||     
T  40891299 acggagaggttggagggagggtgcgcttttgtgagggagttgggtcaatttggtggagtcatttaaatcaaattagatctggtgtggggttggcagagac 40891398  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  40891399 tacgtggttggttgataacatagttagaaaggtagaagatgagagtaccaccatgttttgggaggatccttggttgttagatgttccgttggcagtgtct 40891498  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| ||||    
T  40891499 ttttctagactttttgagttgtcggaaaataaagatgtcacagtgagggagatgtttttgttggggtggggggccgatg 40891577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 587571 - 587193
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||| || | |||||||    
T  587571 aaaagattgcgggagtttaatatttctttattaggtaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagcctgtggaatgtggtgttgtgtgcgaaat 587472  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    | ||||| || || ||||||||||  |||  ||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| | ||||||||    
T  587471 atggagaggtcggagggagggtgcaattttctgagggtgttgggccgatttggtggcgtcagttaaatcaaattagatgtggtgtgggtttagcggagaa 587372  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  ||| ||| |||||||||||||| ||||| | ||| | |||||||| ||||||||     
T  587371 tgcgtggttggttgataacatagttaggaaggtcggagatgggagtaccaccttgttttgggaggatccttggcttttaaacgttccgttggcagtgtct 587272  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  || | ||||| |||  |||  | || ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  587271 ttttctagactttttgagttggcagaaaataaaggtgtttcggtgagggagatgtttttgttgggatggggggccgatg 587193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 12122373 - 12122017
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||  |||||||    
T  12122373 aaaagattgcaggagttcaatatgtctttattaggaaagtgggtgtggagggttttggaggatagggaaagtttatggaatgtggtgttgcatgcgaaat 12122274  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||      
T  12122273 acggagagtttggagggagggtgcggttttgtgagggtgttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagtc 12122174  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||  |     
T  12122173 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaagtaggggatgggagtaccacattgttttgggaggattcttggttgttaaatgttccgctagaagtaact 12122074  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgttt 373  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || ||||||||||||    
T  12122073 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtgacggtgagggagatgttt 12122017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Original strand, 20704927 - 20705242
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| | || ||||| |    
T  20704927 aaaaggttgaaggagttcaatatttctttgttggggaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtcgtgttacgcgcgaagt 20705026  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| || | ||||||||  ||| |||       
T  20705027 acggagaggttggagggagggtgtggttttgtgagggagtcgggtcgatatggtggcgtcatttaaaccatattcgatcaggtgtggggttggtggatgc 20705126  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | |||||||| | ||||| ||  |||||||||| |||||||||  ||| |||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||     
T  20705127 tacttggttgttggataatattgttaggaaggttggagatgggtgtacaaccacgttttgggaggatccttggttgcttgatgttccgttagcagtgtct 20705226  T
Q  317 ttttctagactttttg 332  Q
    ||||||||||||||||    
T  20705227 ttttctagactttttg 20705242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Original strand, 20872971 - 20873286
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| | || ||||| |    
T  20872971 aaaaggttgaaggagttcaatatttctttgttggggaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtcgtgttacgcgcgaagt 20873070  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| || | ||||||||  ||| |||       
T  20873071 acggagaggttggagggagggtgtggttttgtgagggagtcgggtcgatatggtggcgtcatttaaaccatattcgatcaggtgtggggttggtggatgc 20873170  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | |||||||| | ||||| ||  |||||||||| |||||||||  ||| |||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||     
T  20873171 tacttggttgttggataatattgttaggaaggttggagatgggtgtacaaccacgttttgggaggatccttggttgcttgatgttccgttagcagtgtct 20873270  T
Q  317 ttttctagactttttg 332  Q
    ||||||||||||||||    
T  20873271 ttttctagactttttg 20873286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Original strand, 37075025 - 37075401
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| ||| |||| |||||||| | ||||||| | |||||  ||||| ||||||||||||    
T  37075025 aaaagattgagggagttcaatatctctttatcaggtaagtgggtttggcgggttttggaggatagggagagtctttggaacatggtgttgcgagcgaaat 37075124  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||| ||  |||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  |||| ||       
T  37075125 acggtgagtttggagggagggtgcgattttgtgagggtgttgggtcgatttggtggcgtcagttaaatcaaattagaattggtgtggggttggcagaatc 37075224  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
      | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||| || ||  |     
T  37075225 aacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggcgatgggagtaccaccatgttttgggaggattcctggttgttaaatgttctgttggctgtagct 37075324  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctga 393  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| |||  ||| || || ||||||||||||   || || |||||||||||    
T  37075325 ttttctaggctttttgatttgtcggaaaataaaggtgtaacggtgagggagatgtttgtattaggttggggggctga 37075401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 82 - 345
Target Start/End: Original strand, 9402630 - 9402893
Alignment:
Q  82 ggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagtta 181  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9402630 ggagagtttatggaatgtggtgttgcgagcgaaatacggtgagtttggagggagggtgcgattttgtgagggtgttgggtcgatttggtggcgtcagtta 9402729  T
Q  182 aaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaattcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggagg 281  Q
    || |||||||||  |||||||||  |||| ||     | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  9402730 aatcaaattagaattggtgtggggttggcagaatcaacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccaccatgttttgggagg 9402829  T
Q  282 atgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctagactttttgacctgtcggaaaa 345  Q
    || | ||||||||| |||||||||| |||||  | |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9402830 attcctggttgttaaatgttccgttggcagtagctttttctagactttttgatttgtcggaaaa 9402893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 34982634 - 34982256
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||| | |||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||| |||| |||||||    
T  34982634 aaaagattgagggagttcaatatttctttgttaggtaactggatttggagggttttggaggatagggagagtctttggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 34982535  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    | || ||  |||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||   |||||||||  |||| ||       
T  34982534 atggtgagtttggagggagggtgcgattttgtgagggggttgggtcgatttggtggcggcagttaaatcaaatcaggagtggtgtggggttggccgaatc 34982435  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
      | ||||||||||||||  || | ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| || ||  |     
T  34982434 gacgtggttggttgataatttagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccaccatgttttgggaggatttctggttgttaaatgttccgttggctgtagct 34982335  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||| |||  ||| || || ||||||||||||   || || |||||||||||||    
T  34982334 ttttctcgactttttgatttgtcggaaaataaaggtgtaacggtgagggagatgtttttattaggctggggggctgatg 34982256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 86 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 24820415 - 24820172
Alignment:
Q  86 agtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaacc 185  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24820415 agtttatggaacgtggtgttgcgtgcaaaatacggagagcttggggggagggtgcggttttgtgagggtgttggatcgatttggtggcgtcagttaaacc 24820316  T
Q  186 aaattagagctggtgtgggtgtggcggagaattcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgc 285  Q
    || ||||||||||||||||  |||  |||  | | ||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| |    
T  24820315 aagttagagctggtgtggggttggttgagtctacgtggttagttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccacattgttttgggaggattc 24820216  T
Q  286 ttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctagacttt 329  Q
    |||||||||| |||||||  | |||||| | || ||||||||||    
T  24820215 ttggttgttaaatgttcccctggcagtggctttctctagacttt 24820172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 38 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 47554055 - 47553903
Alignment:
Q  38 atttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggaggg 137  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| | |||| |  | ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  47554055 atttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtttgtggaaggcggtgttaagtgcgaagtatggagaggttggagggaggg 47553956  T
Q  138 tgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaatt 190  Q
    |||||||| |||| || |  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47553955 tgcggttttgtgagggggagggatcgatttggtggcgtcatttaaaccaaatt 47553903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Original strand, 18814882 - 18815041
Alignment:
Q  30 agttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttgg 129  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| || ||||| || || || |  ||    
T  18814882 agtttaatatttctttaatggggaaatgagtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggagtttagtgcttcgggcgaagtatggtgaggaggg 18814981  T
Q  130 tgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaat 189  Q
     |||||||||||||||| ||| || ||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  18814982 agggagggtgcggtttgctgagggggtctgctcgatttggtggcgacatctaaaccaaat 18815041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 190
Target Start/End: Original strand, 22865201 - 22865356
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtggga 134  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||| | |||| |    ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  22865201 aatatttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtctgtggaaggcggtgttaactgcgaagtatggagaggttggaggga 22865300  T
Q  135 gggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaatt 190  Q
    ||||||||||| |||| || || || ||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  22865301 gggtgcggttttgtgagggggtgggatcggtttggtggcgtcatataaaccaaatt 22865356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 47549590 - 47549491
Alignment:
Q  38 atttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggaggg 137  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||| | |||| |  | ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  47549590 atttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatgaggagagtctgtggaaggcggtgttaagtgcgaagtatggagaggttggagggaggg 47549491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 93
Target Start/End: Original strand, 5778507 - 5778572
Alignment:
Q  28 ggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtg 93  Q
    |||||| ||| | ||||||||||  |||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  5778507 ggagtttaatttatctttattagataaatgggtctcgagagtgttggaggagagggagagtttgtg 5778572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 373
Target Start/End: Original strand, 57836 - 58187
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  57836 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtagtgctgcgcgcgaagt 57935  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      
T  57936 acggagaggttggagggagggtgcggttttgtgagggagttgggtcgatttggtggcgtcatttaaaccaaattagatctggtgtgggtttggcggagtc 58035  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||   | |||||||| ||||||| |||||     
T  58036 tacgtggttggttgataacatagttaggaaggtatgagatgggcgcaccaccatgttttgggaggatccttg---gctagatgtttcgttagctgtgtc- 58131  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgttt 373  Q
     ||| | ||||||||||  |||||||||| ||| | |||||||| || |||||||||    
T  58132 -ttttttgactttttgagttgtcggaaaataaataggtcacagtgagtgagatgttt 58187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 11266812 - 11266437
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  11266812 aaaaggttacgggaatttaatatttctttattgggaaaatgggtttggagggtgttggaggatagggatagtttgtggaatgtggtgttgcgtgcaaaat 11266713  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||      
T  11266712 acggagaggttggtgggagggtgcggttttgtgagggagttgggtctatctagtggcgtcatttaaaccaaattagagctggtgtgggggtggcggagtc 11266613  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    ||     
T  11266612 tacgtggttggttgataacatagtgaggaaggtaggagatgggcgtaccaccatgttttgggaggatccttggttgttagatgttcctttagctacatct 11266513  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctg 392  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||   |||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  11266512 ttttctagactttttgagttgtcggaaaataaaggggtcacagtgagggagatgtttttgttggggtggggggctg 11266437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 27892491 - 27892135
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  27892491 aaaaggttgcgggaattcaatatttctttattggggaaatgggtatggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtggtgttgcgcgcgaagt 27892392  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||  |||| ||       
T  27892391 acggagaggttggagggagggtgcggttttgtgagggagttgggtcgatttggtggcgtcatttaaaccatattagatcaggtgtggggttggcagatgc 27892292  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||   || |||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| |||||     
T  27892291 tacgtggttgattcataacatagttaggaaggtcggagatgggtgcaccaccatgttttgggaggatccttggctgcttgatgttccgttagctgtgtct 27892192  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgttt 373  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||   ||| | ||||| || ||||||||||||    
T  27892191 ttttctagactttttgcgttgtcggaatttaaagaggtcacggtgagggagatgttt 27892135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 6678029 - 6678391
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  6678029 aaaagattgagggagttcaatatctctttattaggtaagtgggtttggagggttttggaggatagggagagtctttggaatgtggtgttgcgagcgaaat 6678128  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    || | ||  |||| |||||||||                |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  |||| ||       
T  6678129 acagtgagtttggagggagggtg----------------ttgggtcgatttggtggcgtcagttaaatcaaattagaattggtgtggggttggcagaatc 6678212  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
      | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| || ||  |     
T  6678213 aacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggcgatgggagtaccaccatgttttgggaggattcctggttgttaaatgttccgttggctgtagct 6678312  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||  ||| || || ||||||||||||   || || |||||||||||||    
T  6678313 ttttctagactttttgatttgtcggaaaataaaggtgtaacggtgagggagatgtttttattaggttggggggctgatg 6678391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 31962108 - 31962295
Alignment:
Q  18 aaaggttgcgggagttcaatatttcttt-attagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||| |    
T  31962108 aaaggttgcgggaatttaatattttttttattggggaaatgggtgtggagagggttggaggagagggagagtttgtggaatatagtgcttcgagcgaagt 31962207  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggg 204  Q
    | || ||  |||| ||||||||||||||| |||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||    
T  31962208 atggtgagattggagggagggtgcggtttagtgagggggtaggatcgatttggtggcgtcagttaaatcaaattcgatttggtgtggg 31962295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 38932552 - 38932369
Alignment:
Q  21 ggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacgg 120  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||    
T  38932552 ggttgagggaatttaatatttctttattggataaatgggtgtggagggtgatggaggatagggagagtttgtggaatgtggtgttacgtgcgaagtatgg 38932453  T
Q  121 agaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggg 204  Q
     || ||||| ||||||||||||||| |||| || || || ||| |||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||    
T  38932452 tgaggttggagggagggtgcggttttgtgagggggtgggatcgctttggtggcgtcacataaaccaaattcgatctggtgtggg 38932369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 29323561 - 29323392
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtggga 134  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||| | |||| |  | ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  29323561 aatatttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtctgtggaaggcggtgttaagtgcgaagtatggagaggttggaggga 29323462  T
Q  135 gggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggg 204  Q
    ||||||||||| |||| || || || |||||||||||||||||  ||||||||||| || | ||||||||    
T  29323461 gggtgcggttttgtgagggggtgggatcgatttggtggcgtcatataaaccaaattcgatcaggtgtggg 29323392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 38932897 - 38932768
Alignment:
Q  21 ggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacgg 120  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||| |  ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||    
T  38932897 ggttgagggaatttaatatttctttattggataaatgggtgtgaagggtgatggaggatagggagagtttgtggaatgtggtgttacgtgcgaagtatgg 38932798  T
Q  121 agaagttggtgggagggtgcggtttggtga 150  Q
     || ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  38932797 tgaggttggagagagggtgcggttttgtga 38932768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 99
Target Start/End: Original strand, 22113599 - 22113663
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgt 99  Q
    ||||||||| | ||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22113599 aatatttctcttttaggtaagtgggtgtggaggttgttggaggagagggagagtttgtggaatgt 22113663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 27525032 - 27524980
Alignment:
Q  47 ttagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgt 99  Q
    ||||| || |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27525032 ttaggtaagtgggtgtggaggttgctggaggagagggagagtttgtggaatgt 27524980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 30276673 - 30276301
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  30276673 aaaagattgcgggagtttaatatgtctttattaggaaagtgggtgtggagggttttggaggataaggaaagtttatggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 30276574  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||| ||  |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  |||      
T  30276573 acggtgagtttggagggagggtgcggttttgtgagggtgttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgaggttggttgagtc 30276474  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| |     
T  30276473 tacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccaccatgttttgaaaggattcttggttgttaaatgttccgctggcagtggct 30276374  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatgggggg 389  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || ||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  30276373 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgttacggtgagggagatgtttttgttaggatgggggg 30276301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 21965380 - 21965002
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||| | ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  21965380 aaaagattgcgggaattcaatatttctttattaggcaagtgggtatggaggattttggaggatagggagagtctttggaatgtggtgttgcgagcgaaat 21965281  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||| ||  |||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  || | ||       
T  21965280 acggtgagtttggagggagggtgcgattttgtgagggtgttgggtcgatttggtggcgtcagttaaatcaaattagaattggtgtggggttgccagaatc 21965181  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
      | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| ||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||  |     
T  21965180 aacgtggttggttgataacatagtcaggaaggtaggtgatgggagtaccaccttgttttgggaggatccctggttgttaaatgttccgttggcagtagct 21965081  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||  |||  | || ||||||||||||   || || |||||||||||||    
T  21965080 ttttctagactttttgatttgtcggaaaataaaggtgtatcggtgagggagatgtttttattaggttggggggctgatg 21965002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 1259248 - 1259052
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  1259248 aaaaggttgcggaaatttaatatttctttattgggaaaatgggtgtggaggatgttggaggacagggagagtttgtggaatgtggtgcttcgtgcgaagt 1259149  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcgga 213  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||  |||||||    
T  1259148 atggagaggttggagggagggtgcggtttagtgagggggtgggatcgatttggtggcgtcacataaaccaaatttgatctggtgtggggttggcgga 1259052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 351 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 38938924 - 38938880
Alignment:
Q  351 atgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  38938924 atgtcacagtgagggagatgtttttgttggggtggggggctgatg 38938880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 26077173 - 26077551
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| |||||||| |||||||| | ||| || || |||||||||||| |||| |||||||    
T  26077173 aaaagattgcgggagttcaatatgtctctattaggcaagtgggtatggagggttttggaggatagggaaagcttatggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 26077272  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  26077273 acggagagtttggagggagggtgcggttttgtgagggtgttgggtcgatttggtggtgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagaa 26077372  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| |     
T  26077373 tacgtggttggttgataacataggcaggaaagtaggagatgggagtaccactttgttttgggaggatccttggttgttaaatgttccgctggcagtggct 26077472  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || ||||||||||||  ||| || ||||||| |||||    
T  26077473 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtgacggtgagggagatgtttttgttaggttggggggttgatg 26077551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 29533151 - 29532862
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||| ||||| || |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||| |    
T  29533151 aaaagattgcgagagtttaacatttctcttttggggaaatgggtgtggagggtgttggaggagagggagagtttgtggaatgtggtgcttcaagtgaagt 29533052  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||| |  ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||||   |    
T  29533051 acggtgtggttggagggagggtgcggtttggtgagggagtcggatcgatttggtggcgtcacttaaaccaaattcgatctggtgtgggt-ttgcgg---a 29532956  T
Q  217 ttct--tggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttag 308  Q
    | ||   ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  29532955 tgctaggggttgcttgataacattgttaggaaggtaggagatggtcgttcaaccatgttttgggaggatccatggctgttagatgttccgttag 29532862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 38 - 190
Target Start/End: Original strand, 10801136 - 10801288
Alignment:
Q  38 atttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtgggaggg 137  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| | |||| |  | ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  10801136 atttctttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtttgtggaaggcggtgttaagtgcgaagtatggagaggttggagggaggg 10801235  T
Q  138 tgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaatt 190  Q
    |||||||| |||| || |  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10801236 tgcggttttgtgagggggagggatcgatttggtggcgtcatttaaaccaaatt 10801288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 94
Target Start/End: Original strand, 15223628 - 15223669
Alignment:
Q  53 aaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtgg 94  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  15223628 aaatgggtttggagggtgttggaggagagggagcgtttgtgg 15223669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 28 - 395
Target Start/End: Original strand, 28604333 - 28604700
Alignment:
Q  28 ggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagtt 127  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||  ||    
T  28604333 ggagttcaatatttctttgttggggaaatgggtatggagggtgttggaggatagggagagtttgtggaatgtggtgttacgcgcgaagtacggagagatt 28604432  T
Q  128 ggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaattcttggttgg 227  Q
    || |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||  |||||||   | | ||||||     
T  28604433 ggagggagggtgcagttttgtgagggagttgggtcgatttggtggcgtcatttaaaccatattagatcaggtgtggggttggcggatgctacgtggttga 28604532  T
Q  228 ttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcgttttctagact 327  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||| || || |||||||||||| |||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  28604533 ttgataacattgttaggaaggtcggagatgggtgtaccactatattttgggaggatccttggttgcttgatgttccgttaactgtgtctttttctagact 28604632  T
Q  328 ttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    |||||   ||||||||   ||| | || || || ||||||||||||  ||| |||||||||| |||||    
T  28604633 ttttgcgttgtcggaatttaaagaggttacggtgagggagatgtttttgttaggatggggggttgatg 28604700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Original strand, 18294831 - 18295203
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  18294831 aaaagattgcgggagttcaatatgtctttattaggaaggtgggtgtggagggttttggaggatagggaaagtttatggaatgtggtgttgcgtgcgaaat 18294930  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    | | ||   |||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||      
T  18294931 atgaagtgtttggagggagggtgcggttttgtgagggtgttgggtcgatttggcggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtggggttggctgagtc 18295030  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| |     
T  18295031 tacatggttggttgataacatagtcaggaaagtaggtgatgggagtaccacattgttttgggaggattcttggttgttaaatgttccgctggcagtgact 18295130  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatgggggg 389  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||| || || |||||||||| |  ||| ||||||||||    
T  18295131 ttctctagactttttgagttgtcagaaaataaaggtgtgacggtgagggagatgtgtttgttaggatgggggg 18295203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 2894990 - 2894704
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||| || |||||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| || ||||    
T  2894990 aaaagattacgggagtttaatttgtctttattaggaaagtgggtgtggagggttttggaggataaggaaagtttatggaatgtggtgttgcgtgctaaat 2894891  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||      
T  2894890 acggagagtttggggggagggtgcggttttgtgagggtgttggatcgatttggtggcgtcagttaaaccaagttagagctggtgtggggttggttgagtc 2894791  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttcc 303  Q
    | | ||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||  ||||||  |||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  2894790 tacgtggttggttgataacataggcaggaaggtaggtgatgggagtactactttgttttgggaggactcttggttgttaaatgttcc 2894704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 7217785 - 7218163
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    |||||||||  ||| || |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| || |    
T  7217785 aaaaggttgaaggaatttaatacttctttgttggggaaatgggtgtggagggtgttggaggagagggagattttgtggaatgtggtgttgcgagctaagt 7217884  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    | || || || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||  | ||       
T  7217885 atggggaggtaggtggaagggtgcggtttagtgatggtgttgggtcagtttggtggcgtcaactaaaccaaattcgatctggtgtgggtgtaacagatgc 7217984  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    |   ||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||  | | ||  |||||||||||||| ||||| || |  ||| | ||||||| | |       
T  7217985 taggtggttggttgataacgttgttaggaaggtaggcgatgggagtgccactttgttttgggaggatccttgggtggttaatggttcgttagcggagctt 7218084  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaaacaaaaatgtcacagtaagggagatgtttcagttgggatggggggctgatg 395  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||| ||| | | ||| ||  |||||||||||  ||| ||||||||||| ||||    
T  7218085 tttcctagactttttgaattgtcggaaaataaagaggccacggtgtgggagatgtttgtgttaggatggggggcggatg 7218163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 190
Target Start/End: Original strand, 5390970 - 5391125
Alignment:
Q  35 aatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaatacggagaagttggtggga 134  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||| | |||| |  | ||||| || || || ||||||||||    
T  5390970 aatatttcgttattgggaaaatgggtgtggagagtgttggaggatggggagagtctgtggaaggcggtgttaagtgcgaagtatggtgaggttggtggga 5391069  T
Q  135 gggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaatt 190  Q
     |||||||||| |||| || || || ||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  5391070 aggtgcggttttgtgagggggtgggatcgatttggtgacgtcatataaaccaaatt 5391125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 17228674 - 17228611
Alignment:
Q  20 aggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaagg 83  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  17228674 aggttgagggagtttaatatttctttgttagggaaatgggtttggagggtgttggacgagaagg 17228611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 224161 - 224488
Alignment:
Q  17 aaaaggttgcgggagttcaatatttctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtggaatgtggtgctgcgagcgaaat 116  Q
    ||||||||| |||| || ||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| || |    
T  224161 aaaaggttgagggaatttaatacatctttgttggggaaatgggtgtggagggtgttggaggagagggagagtttgtggaatgtggtgttgcaagctaagt 224260  T
Q  117 acggagaagttggtgggagggtgcggtttggtgatggagttgggtcgatttggtggcgtcagttaaaccaaattagagctggtgtgggtgtggcggagaa 216  Q
    |  | || || || ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||| ||  ||||       
T  224261 atagggaggtaggagggagggtgcggtttagtgatggtgttgggtcaatttggtggcgtcaactaaaccaaattcgatctggtgtgggagtaacggatgc 224360  T
Q  217 ttcttggttggttgataacataattaggaaggtaggagatgggcatactaccatgttttgggaggatgcttggttgttagatgttccgttagcagtgtcg 316  Q
    |   ||||||||||||||| |  | ||||||||||| ||||||  ||| ||  | |||||||||||| ||||||||||  ||| | ||||||| | |       
T  224361 taggtggttggttgataacgttgtaaggaaggtaggcgatgggagtaccacttttttttgggaggatccttggttgtttaatggttcgttagcggagctt 224460  T
Q  317 ttttctagactttttgacctgtcggaaa 344  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||    
T  224461 tttcctagactttttgaattgtcggaaa 224488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 94
Target Start/End: Original strand, 5563 - 5615
Alignment:
Q  42 ctttattagggaaatgggtgtggagggtgttggaggagaaggagagtttgtgg 94  Q
    ||||||||||||| |||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5563 ctttattagggaagtggtgttggcgggtgttggtggagaaggagagtttgtgg 5615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University