View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20365_high_11 (Length: 433)

Name: NF20365_high_11
Description: NF20365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20365_high_11
NF20365_high_11
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (19-422)||(1696136-1696539)
chr7 (39-413)||(2099017-2099391)
chr7 (39-296)||(2245113-2245370)
chr7 (44-296)||(2114525-2114777)
chr7 (39-382)||(2135683-2136025)
chr7 (44-296)||(2066322-2066574)
chr7 (44-312)||(2126399-2126667)
chr7 (41-296)||(2691290-2691545)
chr7 (44-296)||(2139018-2139270)
chr7 (44-327)||(2073398-2073681)
chr7 (109-281)||(2057041-2057213)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 1696136 - 1696539
Alignment:
Q  19 atttcaggaggtgaaaccggtttgttgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1696136 atttcaggaggtgaaaccggtttgttgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatg 1696235  T
Q  119 tgactatttcatctactttatcgaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcgg 218  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1696236 tgactatttcatcaactttaccgaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagttgg 1696335  T
Q  219 attttttcatctgccgaaattgagatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttcagcctaatgcactcacccaaata 318  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1696336 aatttttcatctaccgaaattgagatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttcagcctaatgcactcacccaaata 1696435  T
Q  319 ggacttgattcaactagcttctatggtacaataccagcatccattggaaaagttggttctttaaaagtactatcaatttcaaattgcaattttttcggtc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1696436 ggacttgattcaactagcttctatggtacaataccagcatccattggaaaagttggttctttaaaagtactatcaatttcaaattgcaattttttcggtc 1696535  T
Q  419 ctat 422  Q
    ||||    
T  1696536 ctat 1696539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 39 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 2099391 - 2099017
Alignment:
Q  39 tttgttgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctacttta 138  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  2099391 tttgttgcaactcaaattgtctagtctcagaagcataattcaaaactcaacaaaaattgagatcctttttcttagttttgtgacaatttcatctacttta 2099292  T
Q  139 tcgaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaat 238  Q
     |  | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |  ||||| || ||| | |||||||| || || |    
T  2099291 ccagagacactcacaaatctaacttcgttgaaagcactatctctatacaattctgaattgtatggagcgtttccggttggagtatttcatcttccaaact 2099192  T
Q  239 tgagatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttcagcctaatgcactcacccaaataggacttgattcaactagctt 338  Q
    ||  |  | ||||||||||| |||| | ||||||||| || || ||||| ||||||||| ||| | ||||||||    |||||||||||  |||  | ||    
T  2099191 tggaacttctggatttgagatataatccaaatctcaatggaagtttgcctgagtttcagtctagttcactcaccaggttaggacttgatcaaacaggttt 2099092  T
Q  339 ctatggtacaataccagcatccattggaaaagttggttctttaaaagtactatcaatttcaaattgcaatttttt 413  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||| ||  || |||||||||   | |||||||||||| ||||| |||||||    
T  2099091 ctatggtacactgccagtatccattgggaagcttagttctttaattcttctatcaatttcagattgccatttttt 2099017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 39 - 296
Target Start/End: Original strand, 2245113 - 2245370
Alignment:
Q  39 tttgttgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctacttta 138  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2245113 tttgttgcaactcaaattgtctagtctcagaagcataattcaaaactcaacaaaaattgagatcctttttcttagttatgtgactatttcatctacttta 2245212  T
Q  139 tcgaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaat 238  Q
     |  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||| ||| | |||||||| || || |    
T  2245213 ccagacacactcacaaatctaacttcgttgaaagcactgtctctatacaattctgaattgtatggagagtttccagttggagtatttcatcttccaaact 2245312  T
Q  239 tgagatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttca 296  Q
    ||  |  | |||||||| || ||||   ||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  2245313 tggaacttctggatttgggatataattcaaatctcaatggtagtttgcctgagtttca 2245370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 44 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 2114777 - 2114525
Alignment:
Q  44 tgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctactttatcgaa 143  Q
    |||| ||| ||||||| | ||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  2114777 tgcaactcaaattgtccattctcaaaagcataattcaaaactcaacaaaactcgagatcctttttcttagttttgtgactatttcatctactttaccaaa 2114678  T
Q  144 cacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaattgaga 243  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| ||| | || ||||| || || |||| |    
T  2114677 cacactcacaaatctaacttcgttgaaaaaactatctctttacaattctgagctgtatggcgaatttccagttggagtattacatcttccaaacttgaaa 2114578  T
Q  244 tatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttca 296  Q
      |||||||||| || |||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  2114577 attttggatttgggatataatccaaatctcaatggtagtttgcctgagtttca 2114525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2136025 - 2135683
Alignment:
Q  39 tttgttgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctacttta 138  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2136025 tttgttgcaactcaaattgtctagtctcagaagcataattcaaaactcaacaaaaattgagatcctttttcttagttttgtaactatttcatctacttta 2135926  T
Q  139 tcgaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaat 238  Q
     |  |||||||| | |||||||||||  | |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||| || || |    
T  2135925 ccagacacactcacgaatctaacttc-ataaaaaaactatctctttacaattctgaattgtatggtgcatttccagttggagtatttcatcttccaaact 2135827  T
Q  239 tgagatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttcagcctaatgcactcacccaaataggacttgattcaactagctt 338  Q
    ||  |  | | ||||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||||| |||||| || ||| | |||||||  || ||| ||||| |   ||  | ||    
T  2135826 tggaacttctagatttgagatataatccaaatctcaatggtagattgcctgagtttgagtctagttcactcactgaattagcacttggtgggacaggttt 2135727  T
Q  339 ctatggtacaataccagcatccattggaaaagttggttctttaa 382  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  2135726 ctctggtacactaccagtatccattggaaaggttagttctttaa 2135683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 2066574 - 2066322
Alignment:
Q  44 tgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctactttatcgaa 143  Q
    |||| ||| |||| || ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||  |||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |  |    
T  2066574 tgcaactcaaattatccagtctcaaaagcataattcaaaactcaacaaaacttgagaccctttttcttagttatgtaacaatttcatctactttaccaga 2066475  T
Q  144 cacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaattgaga 243  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| || || |||  |    
T  2066474 tacactcgcaaatctaacttcattgaaaaaactatctctacacaattctgaattgtatggtgaatttcctgttggagtatttcatcttccaaacttggaa 2066375  T
Q  244 tatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttca 296  Q
    ||| |||||||||||  ||| | ||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  2066374 tatctggatttgagatttaatctaaatctcaatggtagttttcccgagtttca 2066322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 2126667 - 2126399
Alignment:
Q  44 tgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctactttatcgaa 143  Q
    |||| ||| |||| || ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||  ||| |||||||| |||| || ||||||||||||||| |  |    
T  2126667 tgcaactcaaattatccagtctcaaaagcataattcaaaactcaacaaaacttgagacccttcatcttagtcatgtaacaatttcatctactttaccaga 2126568  T
Q  144 cacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaattgaga 243  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||| ||| | |||||||| || || |||  |    
T  2126567 tacactcacaaatctaacttcgttgaaagcactgtctctatacaattctgaattgtatggagagtttccagttggagtatttcatcttccaaacttggaa 2126468  T
Q  244 tatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttcagcctaatgcactcacc 312  Q
      | ||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| | ||||||||    
T  2126467 cttctggatttgagatataatccaaatctcaatggtagtttgcctgagtttcagtctagttcactcacc 2126399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 41 - 296
Target Start/End: Original strand, 2691290 - 2691545
Alignment:
Q  41 tgttgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctactttatc 140  Q
    ||||||| ||| ||||||| || |||| |||||| ||| |||| |  |||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  2691290 tgttgcaactcaaattgtccagcctcaaaagcataattaaaaattccacaaaacttgagatcctttttcttagtgatgtgacaatttcatctactttacc 2691389  T
Q  141 gaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaattg 240  Q
      |||||||| ||||| |||| || ||||||| ||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || |||    
T  2691390 agacacactcacaaatttaacatcattgaaagaactatctctatacaattcggatttgtatggtgaatttccagttggagtatttcatcttccaaacttg 2691489  T
Q  241 agatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttca 296  Q
    | |  | | ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  2691490 aaagttctagatttgagatataatcaaaatctcaatggtagtttgcctgagtttca 2691545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 44 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 2139270 - 2139018
Alignment:
Q  44 tgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctactttatcgaa 143  Q
    |||| ||| |||| || ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||  |||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |  |    
T  2139270 tgcaactcaaattatccagtctcaaaagcataattcaaaactcaacaaaacttgagaccctttttcttagttatgtaacaatttcatctactttaccaga 2139171  T
Q  144 cacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaattgaga 243  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||  |||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| || || |||  |    
T  2139170 tacactcgcaaatctaacttcattgaaaaaactaactctacacaattctgaattgtatggtgaatttcctgttggagtatttcatcttccaaacttggaa 2139071  T
Q  244 tatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttca 296  Q
    ||| ||||||||||| |||| | ||||||||| || || || |||||||||||    
T  2139070 tatctggatttgagatataatccaaatctcaatggaagtttacccgagtttca 2139018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 2073681 - 2073398
Alignment:
Q  44 tgcagctcgaattgtctagtctcagaagcatcattcaaaacttgacaaaactcgagatactttatcttagttatgtgactatttcatctactttatcgaa 143  Q
    |||| ||| |||| || ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||||  ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||| |  |    
T  2073681 tgcaactcaaattatccagtctcaaaagcataattcaaaactcaacaaaacttgagaccctttatcttagttctgtaacaatttcatctaatttaccaga 2073582  T
Q  144 cacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaatttccagtcggattttttcatctgccgaaattgaga 243  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| || || |||  |    
T  2073581 tacactcacaaatctaacttcattgaaagcactgtctctatacaattctgaattgtatggtgaatttcctgttggagtatttcatcttccaaacttggaa 2073482  T
Q  244 tatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtaggttgcccgagtttcagcctaatgcactcacccaaataggacttgat 327  Q
      | |||||||||||  ||| | |||||||||||| || || || ||||||||| ||| | |||||||| |  |||||||||||    
T  2073481 gttctggatttgagatctaatccaaatctcaaaggaagtttacctgagtttcagtctagttcactcaccaagttaggacttgat 2073398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 109 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 2057213 - 2057041
Alignment:
Q  109 cttagttatgtgactatttcatctactttatcgaacacactctcaaatctaacttcgttgaaagtactatctctttacaattgtgaattgtatggtgaat 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2057213 cttagttttgtgactatttcatctactttaccagacacactcacaaatctaacttcgttgaaaaaactatctctttacaattctgaattgtatggtgaat 2057114  T
Q  209 ttccagtcggattttttcatctgccgaaattgagatatttggatttgagagataaccaaaatctcaaaggtag 281  Q
    |||| || ||| | |||| ||| || || |||  |  | |||||||| || |||| ||||||||||| |||||    
T  2057113 ttcctgttggagtatttcgtcttccaaacttggaacttctggatttgggatataatcaaaatctcaatggtag 2057041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University