View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20368_high_1 (Length: 586)

Name: NF20368_high_1
Description: NF20368
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20368_high_1
NF20368_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-573)||(33698372-33698929)
chr2 (17-329)||(33681559-33681872)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (20-573)||(14087770-14088323)
chr6 (20-328)||(14092302-14092610)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-483)||(46461122-46461587)
chr1 (20-325)||(46453879-46454184)
chr1 (477-573)||(46458149-46458245)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (17-468)||(9954937-9955387)
chr7 (20-328)||(9950088-9950396)
chr7 (17-328)||(32213564-32213868)
chr7 (463-573)||(9953459-9953568)
chr7 (137-246)||(32213147-32213256)
chr7 (17-87)||(32213273-32213342)
chr7 (298-332)||(32213119-32213153)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (17-316)||(24876528-24876826)
chr8 (17-329)||(24881030-24881324)
chr8 (346-573)||(24876826-24877053)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-90)||(9360949-9361021)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 33698929 - 33698372
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698929 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 33698830  T
Q  117 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaa-ttgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctcca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698829 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctcca 33698730  T
Q  216 tcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698729 tcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttc 33698630  T
Q  316 acttattctcacaattctccacctcgttcaaaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaaca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698629 acttattctcacaattctccacctcgttcaaaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaaca 33698530  T
Q  416 tgttagaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacctgacacaaccttggttaacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcaca 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33698529 tgttagaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacctgacacaaccttggttaacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcgca 33698430  T
Q  516 agagaaatacgaccttcctctatcacatcccgtacaaaatgataccttacatcgatat 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698429 agagaaatacgaccttcctctatcacatcccgtacaaaatgataccttacatcgatat 33698372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 33681872 - 33681559
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33681872 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 33681773  T
Q  117 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaa-ttgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctcca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33681772 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctcca 33681673  T
Q  216 tcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33681672 tcctattattactcttatcctagagtaaacattccttttcattattctttgcactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttc 33681573  T
Q  316 acttattctcacaa 329  Q
    ||||||||||||||    
T  33681572 acttattctcacaa 33681559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 573
Target Start/End: Original strand, 14087770 - 14088323
Alignment:
Q  20 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgatatct 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14087770 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttattgtgatatct 14087869  T
Q  120 aaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcct 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14087870 aaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaataattcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcct 14087969  T
Q  220 attattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcactt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14087970 attattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcactt 14088069  T
Q  320 attctcacaattctccacctcgttcaaaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaacatgtt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14088070 attctcacaattctccacctcgttcaaaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaacatgtt 14088169  T
Q  420 agaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacctgacacaaccttggttaacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcacaagag 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14088170 agaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacctgacacaaccttggttaacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcgcaagag 14088269  T
Q  520 aaatacgaccttcctctatcacatcccgtacaaaatgataccttacatcgatat 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14088270 aaatacgaccttcctctatcacatcccgtacaaaatgataccttacatcgatat 14088323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 20 - 328
Target Start/End: Original strand, 14092302 - 14092610
Alignment:
Q  20 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgatatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14092302 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaaaaagaaagatgaacttctaataaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgatatct 14092401  T
Q  120 aaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14092402 aaattacaaaactcctaaacattttataataatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcct 14092501  T
Q  220 attattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcactt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14092502 attattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcattttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcactt 14092601  T
Q  320 attctcaca 328  Q
    |||||||||    
T  14092602 attctcaca 14092610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 46461587 - 46461122
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461587 agctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtgtaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 46461489  T
Q  117 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461488 tctaaattacaaaactccttaacattttatagtaacctacatgctaaaaattgagtgaacaatacctcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 46461389  T
Q  217 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461388 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 46461289  T
Q  317 cttattctcacaattctccacctcgttcaaaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaacat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46461288 cttattctcacaattctccaccttgttcataatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgcatcaacat 46461189  T
Q  417 gttagaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacctgacacaaccttggttaacatgt 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46461188 gttagaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacttgacacaaccttggttaacatgt 46461122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 20 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 46454184 - 46453879
Alignment:
Q  20 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgatatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46454184 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaaaaagaaagatgaacttctaataaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgatatct 46454085  T
Q  120 aaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46454084 aaattacaaaactcctaaacattttataataatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcct 46453985  T
Q  220 attattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcactt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46453984 attattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgctctttctatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcactt 46453885  T
Q  320 attctc 325  Q
    ||||||    
T  46453884 attctc 46453879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 477 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 46458245 - 46458149
Alignment:
Q  477 aacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcacaagagaaatacgaccttcctctatcacatcccgtacaaaatgataccttacatcgatat 573  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46458245 aacatgtcagctgggttctcatcagtatgtaccttcgtatgagaaatacgaccttcctctatgacatcccgtacaaaatgataccttacatcgatat 46458149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 9955387 - 9954937
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9955387 agctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaaggtgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgtttttttgtgata 9955289  T
Q  117 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9955288 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatatttcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 9955189  T
Q  217 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9955188 cctattattactcctatcctagagtaaacattcatttacattattctttgcactttccatctttaaattattccatatttactaaacactaaatatttca 9955089  T
Q  317 cttattctcacaattctccacctcgttcaaaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaacat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9955088 cttattctcacaattctccacctcgttcataatttgaaaagaaacttcaaattttggacaaacaaattgcgtcttattatgcctccacacgaatcaacat 9954989  T
Q  417 gttagaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttcccacctgacacaa 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9954988 gttagaatattgagcaagtccagacaatgttggaacttctcacctgacacaa 9954937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 20 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9950396 - 9950088
Alignment:
Q  20 tagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgatatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9950396 tagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactatgttacactctacttgttttgttgtgatatct 9950298  T
Q  120 aaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaa-ttgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9950297 aaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcc 9950198  T
Q  219 tattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcact 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9950197 tattattactcttatcctagagtaaacattcctttacattattctttgcactttccatctttagattattccatatttaataaacactaaatatttcact 9950098  T
Q  319 tattctcaca 328  Q
    ||||||||||    
T  9950097 tattctcaca 9950088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 17 - 328
Target Start/End: Original strand, 32213564 - 32213868
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgtttt-gttgtgat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  32213564 agctagaacaataaacttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagataaacttctaattaataaactcactt-gttacactctatttgtttttgttgtgat 32213661  T
Q  116 atctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctcca 215  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||     
T  32213662 atctaaaatacaaaacttctgaacattttatagtaacgtacattctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaatctctgatgtactctcct 32213761  T
Q  216 tcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttc 315  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||      |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32213762 tcctattattactcttattccagagta------cctttgcattattctttacactttccatctttaaattattccatatttagtaaacactaaatatttc 32213855  T
Q  316 acttattctcaca 328  Q
    |||||||||||||    
T  32213856 acttattctcaca 32213868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 463 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 9953568 - 9953459
Alignment:
Q  463 acacaaccttggttaacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcacaagagaaatacgaccttcctctatcacatcccgtacaaaatgatacct 562  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  9953568 acacaaccttggt-aatatgtcagctgggttctcatcagtatgtacctttgtaagagaaatacgacctacctctatgaaatcccgtacaaaatgatacct 9953470  T
Q  563 tacatcgatat 573  Q
    |||||||||||    
T  9953469 tacatcgatat 9953459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 137 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 32213256 - 32213147
Alignment:
Q  137 aacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcct 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||||||||| |     
T  32213256 aacattttatagtaacgtacatcctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataatcctatgatgtaccctccttcctattattactcttattcc 32213157  T
Q  237 agagtaaaca 246  Q
    || |||||||    
T  32213156 agggtaaaca 32213147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 32213342 - 32213273
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactt 87  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  32213342 agctagaacaataaacttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaaaatgaacttctaattaataaactcactt 32213273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 298 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 32213153 - 32213119
Alignment:
Q  298 gtaaacactaaatatttcacttattctcacaattc 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32213153 gtaaacactaaatatttcacttattctcccaattc 32213119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 17 - 316
Target Start/End: Original strand, 24876528 - 24876826
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24876528 agctagaacaataaatttgtatgaaaa-atgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctatttgttttgttgtgata 24876626  T
Q  117 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24876627 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtatatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 24876726  T
Q  217 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24876727 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcattttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 24876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Original strand, 24881030 - 24881324
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24881030 agctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactctacttgttttgttgtgata 24881128  T
Q  117 tctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccat 216  Q
    ||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  24881129 tctaaattacaa-----------------tagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatatactttccat 24881211  T
Q  217 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgtactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24881212 cctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcgttattctttgcactttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 24881311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 346 - 573
Target Start/End: Original strand, 24876826 - 24877053
Alignment:
Q  346 aaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatgcctccacatgaatcaacatgttagaatattgagcaagtccagacaatg 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  24876826 aaatttgaaaagaaacttcaaattttggacgaacaaattgcgtcttattatacctccacatgaatcaacatgttagaatattgagctagtccaaacaatg 24876925  T
Q  446 ttggaacttcccacctgacacaaccttggttaacatgtcagctgagttctcatcagtatgtaccttcacaagagaaatacgaccttcctctatcacatcc 545  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24876926 ttggaacttcccacctgacagaaccttggttaacatgtcagctgggttctcattagtatgtacctttgcaagagaaatacgaccttcctctatgacatcc 24877025  T
Q  546 cgtacaaaatgataccttacatcgatat 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24877026 cgtacaaaatgataccttacatcgatat 24877053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 90
Target Start/End: Original strand, 9360949 - 9361021
Alignment:
Q  17 agctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgt 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9360949 agctagaacaataaatttgtatgaaaa-atgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgt 9361021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University