View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20369_low_1 (Length: 1063)

Name: NF20369_low_1
Description: NF20369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20369_low_1
NF20369_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-1053)||(6990972-6991986)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1053
Target Start/End: Original strand, 6990972 - 6991986
Alignment:
Q  19 gaattgctacgctacaaggtttaggtatcattatcaacaacagtcaacacggtaaaacacccttcacgtgatttgcttgtgccgtccaccacttcatgtt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6990972 gaattgctacgctacaaggtttaggtatcattatcaacaacagtcaacacggtaaaacacccttcacgtgatttgcttgtgccatccaccacttcatgtt 6991071  T
Q  119 ttcacctaataatagatttataaatgatacaattcatgtttgaattttaaaagtaagatgttagtttaatatttactctttagtctgtatttgaattcat 218  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  6991072 ttcccctaataatagatttataaatgatacaattcatgtttgaattttaaaagtaagatgttagtttaatatttactctttagtc---------attcaa 6991162  T
Q  219 -aatctttaatttcttaatttt-aacttaaatcagatgaggtataaaacccttcataatgaatatttggaatgacaatgacattgacttaattactgtta 316  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991163 gaatctttaatttcttaatttttaacttaaatcagatgaggtataaaacccttcataatgaatatttggaatgacaatgacattgacttaattactgtta 6991262  T
Q  317 gccattacgatttttgcacaaactttttgcacaaactatatactttatagtctcacattgcgattttgccaaatttggcatcaaattaaaaagacacnnn 416  Q
    |||  |  ||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  6991263 gcccctgtgatttttgcacaaact-------------atatactttatagtctcacattgcgattttgccaaatttggcatcaaattaaaaagacatttt 6991349  T
Q  417 nnnnataaaaagaaaatacttaattgtattaaacaactcaagttgaaacgaaactacactcaaaatgttcaaatcatataggatttttcttcttctttgg 516  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991350 ttttataaaaagaaaatacttaattgtattaaacaactcaagttgaaacgaaactacactcaaaatgttcaaatcatataggatttttcttcttctttgg 6991449  T
Q  517 ataagacataatgctcaattcgtttggaacggcctttccaaagacatgcatctctacaccttctagaattttaacgttcttccaattcattggcgcacac 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  6991450 ataagacataatgctcaattcgtttggaacgacctttccaaaggcatgcatctctacaccttctagaattttaatgttcctccaattcattggcgcacac 6991549  T
Q  617 aagacaaggatccagcgcatcatgccactgatgctccacattttctatccaaaaaaccttcattcttactcaatcaaacaccggcttaagttttcatagc 716  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  6991550 aaggcaaggatccagcgcatcatgccactgatgctacacattttctatccaaaaaaccttcattcttactcaatcaaacaccgacttaagttttcataac 6991649  T
Q  717 taataaacaccacttcatcttcacgaagatgaagatgaacacttcatcttcgcgaaaatgaagtgatgcccaacatattcatcagttcggccaaccacgt 816  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6991650 taataaacactacttcatcttcacgaagatgaaaatgaacacttcatcttcgcgaagatgaagtgttgcccaacatattcatcagttcggccaaccaagt 6991749  T
Q  817 cggtccattcaagattcaactacttgaaccttttcatatgggagtggtccaaaacctagtggcaataaccgtaaatatacactagtacacaatctcgaaa 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991750 cggtccattcaagattcaactacttgaaccttttcatatgggagtggtccaaaacctagtggcaataaccgtaaatatacactagtacacaatctcgaaa 6991849  T
Q  917 atatggtctaacaaataatacaacctgtcaacaacaacttacagcctggaaagccattcccgctaatccaacgtggcaaaagtgtacaaattcaattcca 1016  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991850 atagggtctaacaaataatacaacctgtcaacaacaacttacagcctggaaagccattcccgctaatccaacgtggcaaaagtgtacaaattcaattcca 6991949  T
Q  1017 aaaactttcctatatatattctcttcctcacgttctt 1053  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991950 aaaactttcctatatatattctcttcctcacgttctt 6991986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University