View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20369_low_16 (Length: 289)

Name: NF20369_low_16
Description: NF20369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20369_low_16
NF20369_low_16
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-289)||(55663743-55664031)
chr4 (1-289)||(54860938-54861222)
chr4 (13-274)||(52983051-52983309)
chr4 (1-289)||(54629987-54630272)
chr4 (1-289)||(55619162-55619444)
chr4 (1-289)||(55626466-55626748)
chr4 (1-289)||(55657512-55657794)
chr4 (1-289)||(55636994-55637276)
chr4 (26-138)||(3671234-3671346)
chr4 (251-289)||(3671355-3671393)
chr4 (1-59)||(54630322-54630380)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-289)||(13403401-13403683)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (26-289)||(9891281-9891549)
chr8 (1-52)||(17220158-17220209)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Original strand, 55663743 - 55664031
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55663743 ttgacatctccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 55663842  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  55663843 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaatacgtaaactttcaatgtt 55663942  T
Q  201 gccagcatgaagtagggccagaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55663943 gccagcatgaagtagggccagaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 55664031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Original strand, 54860938 - 54861222
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  54860938 ttgacatctcccgtgttaccaaagcttttctccacttctccaaccttcagaatattctcaagaccttctagacagacagtaacaattcttggatcagggc 54861037  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  54861038 aaaccatcaaatcacacagaggcttaatgcaaccctggctaaccaagtaccttgtaataacaacaacatttggtaagttaatatgtaaactct-aatgtt 54861136  T
Q  201 gccagcatgaagtagggccag-aaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  54861137 gccagcatgaagcagagccagaaaataacaattaaaa----ataacttcacctacttgatttgctcgtgggtaccacctgatgtagcatt 54861222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 274
Target Start/End: Original strand, 52983051 - 52983309
Alignment:
Q  13 gtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaat 112  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52983051 gtgttacaaaaccttttctccgcttctccaaccttcagaatattctcaagacattctaaacagacaataataatttttggatcagggcaaacaagcaaat 52983150  T
Q  113 cacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgttgccagcatgaag 212  Q
    |||||||||| ||||||||| | | | ||||||||||||||| |||  |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52983151 cacacagaggcttaatgcaatcatagctcaccaagtaccttgtaataacaacaacatttggtgagttaataagtaaactctcaaagttgccagcatgaag 52983250  T
Q  213 tagggcca-gaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtacc 274  Q
     || ||||  ||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52983251 cagagccataaaataacaattaaaaatata----ttcacatacttgatttgctcaggggtacc 52983309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 54630272 - 54629987
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  || |||| ||| ||| ||||||||||||    
T  54630272 ttgacatctccggtgttacttatgcttttctctgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccttctagacaaacagtaactattcttggatcagggc 54630173  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  || | |  | |||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  54630172 aaactagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccctggctcaccaagtaccttgtaataacagcaacgtgtggttagttaatatgaaaactctcaatgtt 54630073  T
Q  201 gccagcatgaagtagggcca-gaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
    |||||||||||| || ||||  |||||||||||||||    ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  54630072 gccagcatgaagcagtgccataaaataacaattaaaa----ataacatcacctacttgatatgctcgtgggtaccaccagatgtaacatt 54629987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Original strand, 55619162 - 55619444
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  55619162 ttgacatctcccgtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccatctaaacagacagaaacaatttttggatcagggc 55619261  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||  || | | ||| || || |||||| |||||||||||||  |    
T  55619262 aaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccatggctcaccaagtaccttgcaataacagcaacattgggaaatttaatatgtaaactctcaataat 55619361  T
Q  201 gccagcatgaagtagggcc-agaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
       || || ||| || ||| | |||||||  ||||||    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  55619362 ---agtataaagcagagccaaaaaataaccgttaaaa----ataacttcacatacttgatttgctcatgagtaccatcagatgtagcatt 55619444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Original strand, 55626466 - 55626748
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  55626466 ttgacatctcccgtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccatctaaacagacagaaacaatttttggatcagggc 55626565  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||  || | | ||| || || |||||| |||||||||||||  |    
T  55626566 aaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccatggctcaccaagtaccttgcaataacagcaacattgggaaatttaatatgtaaactctcaataat 55626665  T
Q  201 gccagcatgaagtagggcc-agaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
       || || ||| || ||| | |||||||  ||||||    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  55626666 ---agtataaagcagagccaaaaaataaccgttaaaa----ataacttcacatacttgatttgctcatgagtaccatcagatgtagcatt 55626748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Original strand, 55657512 - 55657794
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  55657512 ttgacatctcccgtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccatctaaacagacagaaacaatttttggatcagggc 55657611  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||  || | | ||| || || |||||| |||||||||||||  |    
T  55657612 aaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccatggctcaccaagtaccttgcaataacagcaacattgggaaatttaatatgtaaactctcaataat 55657711  T
Q  201 gccagcatgaagtagggcc-agaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
       || || ||| || ||| | |||||||  ||||||    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  55657712 ---agtataaagcagagccaaaaaataaccgttaaaa----ataacttcacatacttgatttgctcatgagtaccatcagatgtagcatt 55657794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 55637276 - 55636994
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| || ||||| | | ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| |||||||| ||     
T  55637276 ttgacatctcccgtgtttccatagcttttatcggcttctccaaccttcagaaaattctcaagaccttctagacaaacagtaacaattcttggatcatgga 55637177  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||| |||  |||| | || ||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  55637176 tagcaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccttggctctccaagtaccttgtaatatcaacaacatatggcaagttaatacgtaaactctcaatgtg 55637077  T
Q  201 gccagcatgaagtagggccag-aaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
    ||||||| ||   || ||||| |||||| |||| |||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  55637076 gccagcacga---agagccagaaaataaaaatttaaa----atagcttcacatacttgatttgctcatgggtaccaccagatgtaacatt 55636994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 26 - 138
Target Start/End: Original strand, 3671234 - 3671346
Alignment:
Q  26 ttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggttt 125  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||    
T  3671234 ttttctccgcttctccaaccttcagaaaattctcaagacattgcaaacagacagtaacaatttttggatcagagcaaacgagcaaatcacacagaggctt 3671333  T
Q  126 aatgcaaccctgg 138  Q
    |||||||||||||    
T  3671334 aatgcaaccctgg 3671346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 289
Target Start/End: Original strand, 3671355 - 3671393
Alignment:
Q  251 atacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3671355 atactcgatttgctcatgggtactgccagatgtagcatt 3671393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 54630380 - 54630322
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctc 59  Q
    |||||||| || ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  54630380 ttgacatctcccgtgttaccaaatcttttctctgcttctccaaccttcagaaatttctc 54630322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13403683 - 13403401
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggc 100  Q
    |||||||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||    
T  13403683 ttgacatctcccgcgttaccaaagcttttctctgcttctccaatcttcagaatattctcaagaccttctaaacagacggtaacaattcttggatcggggc 13403584  T
Q  101 aaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgtt 200  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |||  | |||||||||||||  |  |||| ||| ||| ||    
T  13403583 aaacaagaagatcacacagaggcttaatgcaaccctggctcaccaagtaccttgtaa---caaaaatatttggtaagttatcacctaaaatcttaatttt 13403487  T
Q  201 gccagcatgaagtagggcc-agaaataacaattaaaattatataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
     || |||||||| || ||| | ||||||  |||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13403486 tccggcatgaagcagcgccaaaaaataaatattaaaa----atcacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 13403401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9891549 - 9891281
Alignment:
Q  26 ttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggttt 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  9891549 ttttccccgcttctccaaccttcagaaaatcctcaagacattgtaaacagacagtaacaatttttggatcagagcaaacaagcaaatcacacagaggctt 9891450  T
Q  126 aatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagttaataagtaaactctcaatgttgccagcatgaagtagggccag-aaa 224  Q
    ||||||||||||| || |||| || |||| ||   |||| | |||||||||||||||| |||||| ||| |||  |||| ||||||| |  ||||| |||    
T  9891449 aatgcaaccctggctcgccaaataacttgtaacaacaacaacatttggtaagttaatatgtaaacactcgatgcggccaacatgaagcaaagccagaaaa 9891350  T
Q  225 taacaatt---aaaattat-ataacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcatt 289  Q
    ||||||||   ||||  || | ||  |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9891349 taacaatttaaaaaaaaataaaaaaatcacgtactcgatttgctcatgggtactgccagatgtagcatt 9891281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 17220209 - 17220158
Alignment:
Q  1 ttgacatcgccggtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctccagaa 52  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17220209 ttgacatctcccgtgttaccaaagcttttctccgcttctccaaccttcagaa 17220158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University