View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20376_high_13 (Length: 335)

Name: NF20376_high_13
Description: NF20376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20376_high_13
NF20376_high_13
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (17-321)||(42852740-42853044)
chr4 (119-305)||(13568491-13568677)
chr4 (117-280)||(54301124-54301287)
chr4 (117-305)||(40976157-40976345)
chr4 (122-288)||(667194-667360)
chr4 (167-305)||(23543115-23543253)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (112-314)||(4675435-4675635)
chr3 (107-311)||(18867289-18867492)
chr3 (119-305)||(27901041-27901230)
chr3 (122-288)||(4501647-4501813)
chr3 (122-288)||(4506972-4507138)
chr3 (17-96)||(4675709-4675788)
chr3 (197-283)||(546453-546538)
chr3 (12-96)||(18867561-18867644)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (106-314)||(28442955-28443161)
chr7 (106-314)||(41542969-41543175)
chr7 (119-305)||(9702252-9702438)
chr7 (119-305)||(43364761-43364947)
chr7 (117-288)||(37522330-37522501)
chr7 (122-288)||(41454439-41454605)
chr7 (151-288)||(48455915-48456049)
chr7 (17-96)||(28443223-28443302)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (106-314)||(10806794-10807000)
chr6 (106-314)||(24908930-24909136)
chr6 (106-314)||(7826497-7826704)
chr6 (112-314)||(14118076-14118276)
chr6 (106-314)||(14122028-14122234)
chr6 (119-305)||(18766200-18766386)
chr6 (148-314)||(10800125-10800289)
chr6 (117-288)||(1051750-1051921)
chr6 (106-253)||(14115876-14116021)
chr6 (186-283)||(13105654-13105751)
chr6 (17-96)||(14115735-14115814)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (106-314)||(44611752-44611958)
chr2 (106-314)||(33034259-33034465)
chr2 (123-288)||(43670303-43670468)
chr2 (186-284)||(22600450-22600548)
chr2 (17-96)||(33034533-33034612)
chr2 (205-300)||(28392730-28392827)
[»] scaffold0045 (2 HSPs)
scaffold0045 (112-311)||(2258-2455)
scaffold0045 (112-311)||(8640-8837)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (117-284)||(2267872-2268039)
chr8 (117-288)||(44245428-44245599)
chr8 (117-288)||(38657774-38657936)
chr8 (153-288)||(5063562-5063695)
chr8 (116-244)||(27666599-27666727)
chr8 (119-305)||(9906430-9906616)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (106-288)||(9334660-9334840)
chr5 (167-314)||(40820901-40821046)
chr5 (154-288)||(4693775-4693907)
chr5 (107-216)||(20899936-20900045)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (117-288)||(47294550-47294721)
chr1 (153-288)||(9316491-9316626)
chr1 (107-216)||(21818092-21818201)
chr1 (188-295)||(43102618-43102725)
chr1 (212-287)||(21815349-21815424)
[»] scaffold1487 (1 HSPs)
scaffold1487 (119-257)||(1610-1748)
[»] scaffold0265 (2 HSPs)
scaffold0265 (107-216)||(14608-14717)
scaffold0265 (212-287)||(17385-17460)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 321
Target Start/End: Original strand, 42852740 - 42853044
Alignment:
Q  17 tcgccatggcgagaacacctactagcgaggtgaggtgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagcaagagaggatccagatagaac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42852740 tcgccatggcgagaacacctactcgcgaggcgagttgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagcaagagaggatccagatagaac 42852839  T
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42852840 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaacggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 42852939  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttcttagttcc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42852940 catgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgttgttgtttgttcttagttcc 42853039  T
Q  317 ctttg 321  Q
    |||||    
T  42853040 ctttg 42853044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13568677 - 13568491
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13568677 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 13568578  T
Q  219 tgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  13568577 tgacaatgagtagctagactctttttgttgggattaaatgtaattaactctattggtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 13568491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 54301124 - 54301287
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54301124 ttaaggagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 54301223  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgta 280  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54301224 catgacaatgagtagctagactctttttgttgggattaaatgtaatcaactctattagtatgta 54301287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 305
Target Start/End: Original strand, 40976157 - 40976345
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40976157 ttaaggagcaaggggcagaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctctttgtaaggttac 40976256  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  40976257 catgacaatgagtagttagactctttttgttgggattaaatgtaattaactctattagcatgtattccctttgattatgatgttgtttg 40976345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 122 - 288
Target Start/End: Original strand, 667194 - 667360
Alignment:
Q  122 gagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  667194 gagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttacaatga 667293  T
Q  222 caatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  667294 caatgagtagctaaactctttttgttgtgattaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 667360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 167 - 305
Target Start/End: Original strand, 23543115 - 23543253
Alignment:
Q  167 catcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaac 266  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  23543115 catcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaataagtagctagactctttttgttgggattaaatgcaatcaac 23543214  T
Q  267 tctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
      ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  23543215 aatattagtatgtattctctttgattatgatgttgtttg 23543253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 112 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 4675635 - 4675435
Alignment:
Q  112 agaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4675635 agaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctccttgtaag 4675538  T
Q  212 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttctta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  4675537 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttgttctta 4675438  T
Q  312 gtt 314  Q
    |||    
T  4675437 gtt 4675435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 107 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 18867492 - 18867289
Alignment:
Q  107 cagatagaacttaa-ggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||| ||||||||||||    
T  18867492 cagagagaacttaaaggagcaaggagcacaaggattaaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctattcttttctcct 18867395  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  18867394 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgagattaaatgtaatcaactctattaatatgtattccttttgattatgatgttgtttg 18867295  T
Q  306 ttctta 311  Q
    ||||||    
T  18867294 ttctta 18867289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 27901230 - 27901041
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccat---ctcttcttttctccttgtaaggtta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  27901230 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatgatctcttcttttctccttgtaaggtta 27901131  T
Q  216 ccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27901130 ccatgacaatgagtagctagactctttttgttgggattaaatgtaatcaactcttttagtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 27901041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 122 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4501813 - 4501647
Alignment:
Q  122 gagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 221  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4501813 gagcaagaggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 4501714  T
Q  222 caatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4501713 caatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 4501647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 122 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4507138 - 4506972
Alignment:
Q  122 gagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 221  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4507138 gagcaaagggcacaaggattgaaaggattcacaagatcattgagacataatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 4507039  T
Q  222 caatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4507038 caatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 4506972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 4675788 - 4675709
Alignment:
Q  17 tcgccatggcgagaacacctactagcgaggtgaggtgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagca 96  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4675788 tcgccatggcgagaacacctactcgcgaggcgagttgagtcagatcaaaactatataaaggccattcactcagatcagca 4675709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 197 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 546538 - 546453
Alignment:
Q  197 ttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattc 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||  |||||| || |||||||||    
T  546538 ttttctccttgtaaggttaccatgaaaatgagtagctaaacac-ttttgttgggattaaatgtaatatactctactaatatgtattc 546453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 18867644 - 18867561
Alignment:
Q  12 acaaatcgccatggcgagaacacctactagcgaggtgaggtgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagca 96  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18867644 acaactcgccatggcaagaacacctactcgcgaggcgagttgagtcagaac-ttactatataaaagccattcactcatatcagca 18867561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 28443161 - 28442955
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  28443161 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 28443064  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  28443063 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattagatgtaatcaactctattagtatgtattccttttgattatgatgttgtttg 28442964  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  28442963 ttcttagtt 28442955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 41543175 - 41542969
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  41543175 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctctaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 41543078  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  41543077 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 41542978  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  41542977 ttcttagtt 41542969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9702438 - 9702252
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9702438 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 9702339  T
Q  219 tgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  9702338 tgacaatgagtagctagactctttttgttgggattaaatgtaattaactctattggtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 9702252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 43364947 - 43364761
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43364947 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 43364848  T
Q  219 tgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    | |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  43364847 taacaatgagtagctagactttttttgttgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 43364761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37522501 - 37522330
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37522501 ttaaggagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttattttctccttgtaaggttac 37522402  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||    
T  37522401 catgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattaccttt 37522330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 122 - 288
Target Start/End: Original strand, 41454439 - 41454605
Alignment:
Q  122 gagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41454439 gagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatga 41454538  T
Q  222 caatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||    
T  41454539 caatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattaccttt 41454605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 151 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 48456049 - 48455915
Alignment:
Q  151 tccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattggg 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||| | |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48456049 tccaagatcattgagacatcatggcttggtt--attccttttctcttcttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactcttttt-ttggg 48455953  T
Q  251 attaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  48455952 attaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 48455915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 28443302 - 28443223
Alignment:
Q  17 tcgccatggcgagaacacctactagcgaggtgaggtgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagca 96  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  28443302 tcgccatggcgagaacacctactcgcgaggcgagttgagtcagatcaaaactatataaagaccattcactcagatcagca 28443223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Original strand, 10806794 - 10807000
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  10806794 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgagggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 10806891  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  10806892 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 10806991  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  10806992 ttcttagtt 10807000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 24909136 - 24908930
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  24909136 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 24909039  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  24909038 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgactatgatgttgtttg 24908939  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  24908938 ttcttagtt 24908930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 7826704 - 7826497
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  7826704 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagtaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 7826607  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactcttttta-ttgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgttt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  7826606 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactcttttttgttgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgttt 7826507  T
Q  305 gttcttagtt 314  Q
    ||||||||||    
T  7826506 gttcttagtt 7826497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 112 - 314
Target Start/End: Original strand, 14118076 - 14118276
Alignment:
Q  112 agaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14118076 agaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctccttgtaag 14118173  T
Q  212 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttctta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  14118174 gttaccatgacaatgtgtagctaaactatttttgtcgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtatttcctttgattatgatgttgtttgttctta 14118273  T
Q  312 gtt 314  Q
    |||    
T  14118274 gtt 14118276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Original strand, 14122028 - 14122234
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  14122028 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 14122125  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||    
T  14122126 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactatttttgtcgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattacctttgaatatgatgttgtttg 14122225  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  14122226 ttcttagtt 14122234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 18766386 - 18766200
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18766386 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggattcgcaagatcattgagacatcatggtttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 18766287  T
Q  219 tgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  18766286 tgacaatgagtagctagactctttttgttgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 18766200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 148 - 314
Target Start/End: Original strand, 10800125 - 10800289
Alignment:
Q  148 atctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttatt 247  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10800125 atctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgtt 10800222  T
Q  248 gggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttcttagtt 314  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10800223 gggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttgttcttagtt 10800289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 117 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 1051921 - 1051750
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    |||||||||||   |||||| ||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1051921 ttaaggagcaacaggcacaaagattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 1051822  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||    
T  1051821 catgacaatgagtagttaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattaatatgtattcccttt 1051750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 106 - 253
Target Start/End: Original strand, 14115876 - 14116021
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  14115876 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgct--catttcatctcttcttttctcct 14115973  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggatt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14115974 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggatt 14116021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 186 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 13105751 - 13105654
Alignment:
Q  186 tccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattc 283  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  13105751 tccatctcttatcttctccttgtaaggtttccatgagaatgaataactaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctactaatatatattc 13105654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Original strand, 14115735 - 14115814
Alignment:
Q  17 tcgccatggcgagaacacctactagcgaggtgaggtgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagca 96  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  14115735 tcgccatggcgagaacacctactcgcgaggcgagttgagtcagatcaaaactatataaagaccattcactcagatcagca 14115814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 44611958 - 44611752
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  44611958 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagtaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 44611861  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  44611860 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattgaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttg 44611761  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  44611760 ttcttagtt 44611752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 106 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 33034465 - 33034259
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  33034465 ccagagagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctcct 33034368  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  33034367 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgagattgaatgtaatcaactctattaatatgtattcccattgattatgatgttgtttg 33034268  T
Q  306 ttcttagtt 314  Q
    |||||||||    
T  33034267 ttcttagtt 33034259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 123 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 43670468 - 43670303
Alignment:
Q  123 agcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgac 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43670468 agcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatgacttgctttcattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgac 43670369  T
Q  223 aatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  43670368 aatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 43670303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 186 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 22600548 - 22600450
Alignment:
Q  186 tccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcc 284  Q
    |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22600548 tccatctcttttcttttccttgtaaggttaccatgacaatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtaatcaactctactagtatgtattcc 22600450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 33034612 - 33034533
Alignment:
Q  17 tcgccatggcgagaacacctactagcgaggtgaggtgagtcagaacagaactatataaaggccattcactcatatcagca 96  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33034612 tcgccatggcgagagcacctactcgcgaggcgagttgagtcagaacataactatataaaggccattcactcagatcagca 33034533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 205 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 28392827 - 28392730
Alignment:
Q  205 ttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctat--tagtatgtattccctttaattatgttgtt 300  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  ||| |||||| ||||    
T  28392827 ttgtaaggttaccatgaaaatgcgtaactaaactctttttgttgggattaaatgtaatcaactatatactagtatgtattcttttttattatgatgtt 28392730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 112 - 311
Target Start/End: Original strand, 2258 - 2455
Alignment:
Q  112 agaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaag 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2258 agaacttaaggaacaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctccttgtaag 2355  T
Q  212 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttctta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| |||||||||||||||    
T  2356 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgagattaaatctaatcaactctattagtatgtatttattttgattatgatgttgtttgttctta 2455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 112 - 311
Target Start/End: Original strand, 8640 - 8837
Alignment:
Q  112 agaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaag 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  8640 agaacttaaggaacaaggagcacaaggattgaaggaatctccaagatcattgagacatcatggcttgctc--atttcatttcttcttttctccttgtaag 8737  T
Q  212 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttctta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| |||||||||||||||    
T  8738 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgagattaaatctaatcaactctattagtatgtatttattttgattatgatgttgtttgttctta 8837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 284
Target Start/End: Original strand, 2267872 - 2268039
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2267872 ttaaggagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 2267971  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcc 284  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  2267972 catgacaatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgcattcc 2268039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 288
Target Start/End: Original strand, 44245428 - 44245599
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44245428 ttaaggagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacatcatgccttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 44245527  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  44245528 catgacaatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 44245599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 117 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 38657936 - 38657774
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||          |||||||||||||    
T  38657936 ttaaggagcaaggggcacaaagattgaagggattcacaagatcattgatacatcatggcttgcttttattccatctc----------cttgtaaggttac 38657847  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttatt-gggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||    
T  38657846 catgacaatgagtagctaaactctttttgttggggattaaatgcagttaactctattagtatgtattcccttt 38657774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 153 - 288
Target Start/End: Original strand, 5063562 - 5063695
Alignment:
Q  153 caagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggat 252  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||| | |||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5063562 caagatcattgagacatcatggcttggtt--attccttttctcttcgtcttcttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggat 5063659  T
Q  253 taaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  5063660 taaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 5063695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 116 - 244
Target Start/End: Original strand, 27666599 - 27666727
Alignment:
Q  116 cttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggtta 215  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||   |||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27666599 cttaaggaacaaggagcacaaggattgaagagattcacaagatcattgagacatcaaggcttgcttccatttcatcttttcttttctccttgtaatgtta 27666698  T
Q  216 ccatgacaatgtgtagctaaactcttttt 244  Q
    ||||||||||| || |||| |||||||||    
T  27666699 ccatgacaatgagttgctatactcttttt 27666727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Original strand, 9906430 - 9906616
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagc-acaaggattgaag-ggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||  | |||||||||| |||||| |||| ||| ||  ||||| | |||  | ||||||||||||||||||    
T  9906430 aaggaacaaggagctacaaggattgaagaggacttgcaagatcattgagacattatggtttggtt--attccttttctcttcttctccttgtaaggttac 9906527  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttg 305  Q
    |||||||||| |||  || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  9906528 catgacaatgagtatgtagactctttttgttgggattaaatgtaattaactctactagtatgtattccttttgattatgatgttgtttg 9906616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 106 - 288
Target Start/End: Original strand, 9334660 - 9334840
Alignment:
Q  106 ccagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcct 205  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||| ||||||||||||||||||    
T  9334660 ccagagagaacctaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattgagacatcatggcttgcac--atttcatctcttcttttctcct 9334757  T
Q  206 tgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  9334758 tgtaaggttaccatgaaaatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 9334840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 167 - 314
Target Start/End: Original strand, 40820901 - 40821046
Alignment:
Q  167 catcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaac 266  Q
    ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  40820901 catcatggcttgctc--atttcatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggattgaatgtaatcaac 40820998  T
Q  267 tctattagtatgtattccctttaattatgttgttgtttgttcttagtt 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  40820999 tctattagtatgtattccctttgattatgatgttgtttgttcttagtt 40821046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 154 - 288
Target Start/End: Original strand, 4693775 - 4693907
Alignment:
Q  154 aagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggatt 253  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||| | |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4693775 aagatcatcgagacatcatggcttggtt--attccttttctcatattctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttgttgggatt 4693872  T
Q  254 aaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4693873 aaatgtagttaactctattagtatgtattcccttt 4693907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 107 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 20900045 - 20899936
Alignment:
Q  107 cagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcctt 206  Q
    |||| ||||| |||||| ||| || || ||||||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  20900045 cagagagaacctaaggatcaaagatcataaggattgaagagattcacaagatcattgagacatcatggctggcttccattccatctcttcctttctcctt 20899946  T
Q  207 gtaaggttac 216  Q
    ||||||||||    
T  20899945 gtaaggttac 20899936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 124; Significance: 9e-64; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 47294721 - 47294550
Alignment:
Q  117 ttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttac 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||   || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47294721 ttaaggagcaaggggcacaaggattgaagggattcacaggatcattgagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccctgtaaggttac 47294622  T
Q  217 catgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  47294621 catgacaatgagtagctaaactctttttgttgggattaaatgtagttaactttattagtatgtattcccttt 47294550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 153 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 9316626 - 9316491
Alignment:
Q  153 caagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggat 252  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  9316626 caagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttataaggttaccatgacaatgagtagctagactctttttgttgggat 9316527  T
Q  253 taaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9316526 taaatgtaatcaactctattagtatgtattcccttt 9316491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 107 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 21818201 - 21818092
Alignment:
Q  107 cagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcctt 206  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21818201 cagagagaacctaaggagcaaggatcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacgtcatggcttgcttccattccatctcttcttttctcctt 21818102  T
Q  207 gtaaggttac 216  Q
    ||||||||||    
T  21818101 gtaaggttac 21818092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 188 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 43102725 - 43102618
Alignment:
Q  188 catctcttcttttctccttgtaaggttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctt 287  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  43102725 catctcttttcttctccttgtaaggttaccatgacaatgagtagataaactctttttgttgggattaaatgtaatctactctattagtatgcattccttt 43102626  T
Q  288 taattatg 295  Q
    | ||||||    
T  43102625 tgattatg 43102618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 212 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 21815424 - 21815349
Alignment:
Q  212 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctt 287  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  21815424 gttaccatgacaatgagtatctagactctttttgttgggattaaatgtaatcaactcaattagtttgtattccctt 21815349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1487 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1487
Description:

Target: scaffold1487; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 119 - 257
Target Start/End: Original strand, 1610 - 1748
Alignment:
Q  119 aaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 218  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1610 aaggagaaaggaacacaatgattgaagggattcacaagatcattgagacatcatggcttgcttccattccatctcttcttttctccttgtaaggttacca 1709  T
Q  219 tgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaat 257  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  1710 tgacaatgagtagctagactctttttgtcgggattaaat 1748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0265 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0265
Description:

Target: scaffold0265; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 107 - 216
Target Start/End: Original strand, 14608 - 14717
Alignment:
Q  107 cagatagaacttaaggagcaaggagcacaaggattgaagggatctccaagatcattaagacatcatggcttgcttctattccatctcttcttttctcctt 206  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14608 cagagagaacctaaggagcaaggatcacaaggattgaagggattcacaagatcattgagacgtcatggcttgcttccattccatctcttcttttctcctt 14707  T
Q  207 gtaaggttac 216  Q
    ||||||||||    
T  14708 gtaaggttac 14717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0265; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 212 - 287
Target Start/End: Original strand, 17385 - 17460
Alignment:
Q  212 gttaccatgacaatgtgtagctaaactctttttattgggattaaatgtaatcaactctattagtatgtattccctt 287  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  17385 gttaccatgacaatgagtatctagactctttttgttgggattaaatgtaatcaactcaattagtttgtattccctt 17460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University