View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20376_high_4 (Length: 565)

Name: NF20376_high_4
Description: NF20376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20376_high_4
NF20376_high_4
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (11-547)||(7703917-7704458)
chr2 (17-531)||(7745818-7746342)
chr2 (11-528)||(7733563-7734090)
chr2 (11-300)||(7699468-7699757)
chr2 (11-528)||(7726141-7726668)
chr2 (11-294)||(7711497-7711780)
chr2 (344-531)||(7699227-7699414)
chr2 (338-531)||(7711250-7711443)
chr2 (24-91)||(7774008-7774075)
chr2 (24-91)||(7766681-7766748)
chr2 (94-142)||(7766766-7766814)
chr2 (94-148)||(7774093-7774147)
chr2 (382-495)||(7749428-7749541)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (41-91)||(48521643-48521693)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 7704458 - 7703917
Alignment:
11 agagatgaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggctctttacca 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
7704458 agagatgaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggttctttacca 7704359  T
111 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccat----atactgtccacttcacacccctttttaggaccaaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7704358 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccatatacatactgtccacttcacacccctttttaggaccaaa 7704259  T
207 tcaatatttatcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccacttgcttta-nnnnn 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
7704258 tcaatatttatcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccacttgctttatttttt 7704159  T
306 nnnatcagcagatttcttagcaaaaagatttaaatatagaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattccttatt 405  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7704158 tttatcagcagatttcttagcaaaaagatttaaatatagaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattccttatt 7704059  T
406 gtccatggacaaaatggaagacttaaagttgagaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacctttacca 505  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7704058 gtccatgggcaaaatggaagacttaaagttgagaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacctttacca 7703959  T
506 gatattggagcagtgctaaaggggtttacacaagatcaatac 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7703958 gatattggagcagtgctaaaggggtttacacaagatcaatac 7703917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 531
Target Start/End: Original strand, 7745818 - 7746342
Alignment:
17 gaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggctctttaccaccatcc 116  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |   |||||||||| ||||||||||||    
7745818 gaatcctaatttagaagaaaccaaatcaaactccaatagattgtcctccaattggtgtccaccaatcacaacagcagttcttggctcattaccaccatcc 7745917  T
117 acaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccatatactgtccacttcacacccctttttaggaccaaatcaatattta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |      
7745918 acaaatccaagacatgctacatttttactcaccaaggccatagaatttccaccaaaaattgtccacttcacacccccttgtagcaccaaatcaatagtag 7746017  T
217 tcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccacttgctttannnnnnnnatcagcag 316  Q
      |||||||||||| || |||||||||  |||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||| |||||        ||||| ||    
7746018 gtacatccaatccagtattagtcctacgcatagtactcaaatcaaaacatgtttcaaatggtgccactgatgccactttcttta-ttttattatcagaag 7746116  T
317 atttcttagcaaaa-----------agatttaaatatagaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattccttatt 405  Q
      ||||||| ||||            | ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||  |||||  ||| ||| |||||||||||||| | |||||||    
7746117 ccttcttagtaaaatctctaacaagtggtttgaatatggaactatgtaacacagtgaagttcttcactgtgctaagttttgttccaccatttcccttatt 7746216  T
406 gtccatggacaaaatggaagacttaaagttgagaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacctttacca 505  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| | | || ||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    |    
7746217 gtcaatggacaaaatggaagacttaaagctaacaatttcaccaccaactttaattgatttcacatcaatgaaatattcataagaagcatcaccttgggaa 7746316  T
506 gatattggagcagtgctaaaggggtt 531  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
7746317 aatattggagcagtgctaaaggggtt 7746342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 11 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 7734090 - 7733563
Alignment:
11 agagatgaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggctctttacca 110  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | | |||||||| ||||| |||||||||||||  | | |||||||||||||||||    
7734090 agagctgaatcctaatttagaagaaaccaaatcaaactccaatacaatgtcctccaactggtgtccaccaataacaacagctgttcttggctctttacca 7733991  T
111 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccatatactgtccacttcacacccctttttaggaccaaatcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | | |||||||| |||||| | || ||| |||||| |||    
7733990 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttactcaccaagaccatagaatttccaccaaaaattgtccactccacacctccttctagcaccaaaccaa 7733891  T
211 tatttatcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccacttgctttannnnnnnnat 310  Q
    || |   ||||||||||||| || ||||| |||||||||  || |||||||||||||   ||||| ||| |||||||||||||| |||||        ||    
7733890 tagtaggcacatccaatccagtattagtcttaccaatagtgctcaaatcaaaacatgtatcaaatggtgccactgatgccactttcttta-tttttttat 7733792  T
311 cagcagatttcttagcaaaa-----------agatttaaatatagaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattc 399  Q
    ||| ||  ||||||| ||||            | ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |    
7733791 cagaagccttcttagtaaaatctctaacaagtggtttgaatatggaactatgcaacacagtgaaggacttcattgtgctaagttttgttccaccatttcc 7733692  T
400 cttattgtccatggacaaaatggaagacttaaagttgagaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacct 499  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||     
7733691 cttattgtcaatggacaaaagggaagacttgaagctcagaacttcaccaccaactttaattgatttcacatcaataaagtattcataagaagcatcacca 7733592  T
500 ttaccagatattggagcagtgctaaaggg 528  Q
    |    | ||||||||||||||||||||||    
7733591 tcggtaaatattggagcagtgctaaaggg 7733563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7699757 - 7699468
Alignment:
11 agagatgaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggctctttacca 110  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||    
7699757 agagctgaatcctaatttagatgaaactaaatcaaactccagtagattgtcctccaattggtgcccaccaataacaactgatgttgttggctttttacca 7699658  T
111 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccatatactgtccacttcacacccctttttaggaccaaatcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||  ||||| | || ||| ||||||||||    
7699657 ccatccacaaatccaagacttgctacctttttattcaccaacaccattgaatttccaccgtaaattgtccactctacaccaccttgtagaaccaaatcaa 7699558  T
211 tatttatcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccacttgcttta 300  Q
    || ||   |||||||||||| || ||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||    
7699557 tagttggtacatccaatccagtattagtcctaccaatggtgctaaaatcaaaacatgctccaaatggtgccactaatgccactttcttta 7699468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 7726668 - 7726141
Alignment:
11 agagatgaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggctctttacca 110  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | | |||||||| ||||| |||||||||||||  | | |||||||||||||||||    
7726668 agagctgaatcctaatttagaagaaaccaaatcaaactccaatacaatgtcctccaactggtgtccaccaataacaacagctgttcttggctctttacca 7726569  T
111 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccatatactgtccacttcacacccctttttaggaccaaatcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | | | |||||| |||||| | || ||| ||||||  ||    
7726568 ccatccacaaatccaagacatgcaacatttttattcaccaaaaccattgaatttccaccgaaaattatccactccacaccaccttctagcaccaaactaa 7726469  T
211 tatttatcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccacttgctttannnnnnnnat 310  Q
    || |   ||||||||||||| || ||||| |||||||||  || |||||||||||||   ||||| ||| |||||||| ||||| |||||        ||    
7726468 tagtaggcacatccaatccagtattagtcttaccaatagtgctcaaatcaaaacatgtatcaaatggtgccactgatgacactttcttta-tttttttat 7726370  T
311 cagcagatttcttagcaaaa-----------agatttaaatatagaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattc 399  Q
    ||| ||  ||||||| ||||            | ||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||| ||||||||| |||| | |    
7726369 cagaagccttcttagtaaaatctctaacaagtggtttcagtatggaactatgcaaaacagtgaagggattcattgtgctaagttttgttccgccatttcc 7726270  T
400 cttattgtccatggacaaaatggaagacttaaagttgagaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacct 499  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
7726269 cttattgtcaatggacaaaagggaagacttgaagttcagaacttcaccaccaactttaattgatttcacatcaataaagtattcataagaagcatcacct 7726170  T
500 ttaccagatattggagcagtgctaaaggg 528  Q
    |    | ||||||||||||||||||||||    
7726169 tcggtaaatattggagcagtgctaaaggg 7726141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 7711780 - 7711497
Alignment:
11 agagatgaatcctaatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattgatcttcttggctctttacca 110  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  | | |||||||||||||||||    
7711780 agagctgaatcctaatttagaagaaatcaaatcaaactccaatagattgtcctccaattggtgtccaccaatcacaacagctgttcttggctctttacca 7711681  T
111 ccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcaccaacaccattgaatttccaccatatactgtccacttcacacccctttttaggaccaaatcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||| | || ||| |||||| |||    
7711680 ccatccacaaatccaagacatgcaacatttttactcaccaacaccattgaatttccaccaaaaattgtccactccacacctccttctagcaccaaaccaa 7711581  T
211 tatttatcacatccaatccaataatagtcctaccaatagcacttaaatcaaaacatgctccaaattgtgtcactgatgccactt 294  Q
    || |   |||||||||||||  | ||| |||||||||||  || ||||||||||||| | ||||| ||| |||||||| |||||    
7711580 tagtaggcacatccaatccagcattagacctaccaatagtgctcaaatcaaaacatgtttcaaatggtgccactgatgacactt 7711497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 344 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 7699414 - 7699227
Alignment:
344 gaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattccttattgtccatggacaaaatggaagacttaaagttgagaactt 443  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||| |||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
7699414 gaactatgcaacactgagaaagatttcatggtgctaatttttgtcccaccatttcccttattgtcaatggacaaaagggaagacttaaagttaagaattt 7699315  T
444 tgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacctttaccagatattggagcagtgctaaaggggtt 531  Q
      | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||    
7699314 caccaccaactttaattgatttcacatcaatgaaatattcataagaagcatcacctttagtaaatattggagcagtgctaaaggggtt 7699227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 338 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 7711443 - 7711250
Alignment:
338 aatatagaactatgcaacactgtgaaggacttcatggtggtaaattttgttccaccatattccttattgtccatggacaaaatggaagacttaaagttga 437  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| | |    
7711443 aatatggaactatgaaacacagtgaaggacttcattgtgctaagttttgttccaccatttcccttattgtcaatggacaaaagggaggacttgaagctca 7711344  T
438 gaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatattcataaaaagcatcacctttaccagatattggagcagtgctaaaggggtt 531  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||    
7711343 gaacttcaccaccaactttaattgatttcacatcaataaagtattcataagaagcatcaccttcagtaaatattggagcagtgctaaaggggtt 7711250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 91
Target Start/End: Original strand, 7774008 - 7774075
Alignment:
24 aatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattga 91  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
7774008 aatttggaagaagctaaatcaaacaccaaaagattgtcctccaattgatgtccaccaataacaattga 7774075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 91
Target Start/End: Original strand, 7766681 - 7766748
Alignment:
24 aatttggaagaaactaaatcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattga 91  Q
    |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||    
7766681 aatttggaagaagccaaatcaaacaccaaaagattgtcttccaattgatgtccaccaataacaattga 7766748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 142
Target Start/End: Original strand, 7766766 - 7766814
Alignment:
94 ttcttggctctttaccaccatccacaaatccaagacatgctacattttt 142  Q
    ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
7766766 ttcttggctctgtccctccatcaacaaatccaagacatgctacattttt 7766814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 94 - 148
Target Start/End: Original strand, 7774093 - 7774147
Alignment:
94 ttcttggctctttaccaccatccacaaatccaagacatgctacatttttattcac 148  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
7774093 ttcttggctctgtccctccatcaacaattccaagacatgctacatttttcttcac 7774147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 7749541 - 7749428
Alignment:
382 ttttgttccaccatattccttattgtccatggacaaaatggaagacttaaagttgagaactttgcaaccaactttaattgatttcacatcaattaaatat 481  Q
    |||||||||||  | | |||| ||||| ||||||||||  |||||| ||| |||||||  ||||| | ||| ||||||| |||||||||| || || ||     
7749541 ttttgttccacattttcccttgttgtcaatggacaaaagagaagacctaatgttgagacttttgccagcaattttaatttatttcacatctatgaagtac 7749442  T
482 tcataaaaagcatc 495  Q
    |||||| |||||||    
7749441 tcataagaagcatc 7749428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 91
Target Start/End: Original strand, 48521643 - 48521693
Alignment:
41 atcaaactccaatagattctcctccaattggtgcccaccaataacaattga 91  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
48521643 atcaaactccacaagattatcctccaattgatgcccaccaataataattga 48521693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University