View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20377_low_4 (Length: 400)

Name: NF20377_low_4
Description: NF20377
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20377_low_4
NF20377_low_4
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-392)||(6759817-6760206)
chr3 (1-392)||(6456642-6457031)
chr3 (70-392)||(49963483-49963805)
chr3 (336-378)||(42104063-42104105)
chr3 (32-70)||(49963835-49963873)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (70-389)||(42631914-42632233)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-287)||(39676273-39676564)
chr7 (341-378)||(22027189-22027226)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (70-392)||(38175175-38175496)
chr2 (102-392)||(15229056-15229346)
chr2 (32-73)||(38175107-38175148)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 6760206 - 6759817
Alignment:
Q  1 ctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |    
T  6760206 ctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatggcaacgtgtggtggtgtcaattggctggtg 6760107  T
Q  101 ctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnn 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |        
T  6760106 ctttgttggttctgttatggtgttggtaggcatgttgctactgttgtgttgtgggttttgtttcctgttaaattgtgtaccgtatttttacggcgc-ttt 6760008  T
Q  201 nnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacag 300  Q
       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||         ||||    
T  6760007 tttatcttctgtttgttttgtgaactttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacatgcttctgttttgctcgaaatacg-ttttttttacag 6759909  T
Q  301 gatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6759908 gatattgattatggtcagcttctggtattgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcactgctggcctatgct 6759817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Original strand, 6456642 - 6457031
Alignment:
Q  1 ctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |    
T  6456642 ctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgtgtggtggtgtcaattggctggtg 6456741  T
Q  101 ctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnn 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |  |||||||||||| |        
T  6456742 ctttgttggttctgttatggtgttggtaggcatgctgctactgttgtgttgtgggttttgtttcctgttaaattgtgtgccgtatttttacggcgc-ttt 6456840  T
Q  201 nnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacag 300  Q
       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         ||||    
T  6456841 tttatcttctgtttgttttgtgaactttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacatgcttctgttttgctctaaatacg-ttttttttacag 6456939  T
Q  301 gatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 392  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  6456940 gatattgattatggtcaacttctggtgttgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaataagtgcaagcactgctggcctatgct 6457031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 70 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 49963805 - 49963483
Alignment:
Q  70 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 169  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  49963805 ggtaacgcatggtggtgtcaattggccgacgttttgttggttatgttatggtgttggtaggcatgttgctactgttgtgctgtgggttctatttcctgtt 49963706  T
Q  170 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 269  Q
    ||||||||||   ||||||||||           |||||||||||||||||| ||  || ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  49963705 aaattgtgtatcgtatttttacgaatttttttttatcttctgtttgttttgtaagaattttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttc 49963606  T
Q  270 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 369  Q
    |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  49963605 tgttttcctctaaatacgtttttcattacaggatattgattatggtcagcttctggtactgatgggatctgctaaaacaacgagtgtggtaaggaatgag 49963506  T
Q  370 tgcaagcactgttggcctatgct 392  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  49963505 tgcaagcactgctggcctatgct 49963483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 378
Target Start/End: Original strand, 42104063 - 42104105
Alignment:
Q  336 attttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 378  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42104063 atttgctaaaacagaaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 42104105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 49963873 - 49963835
Alignment:
Q  32 attggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatg 70  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49963873 attggatattctccaactggcttgtatgtattacaaatg 49963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 70 - 389
Target Start/End: Original strand, 42631914 - 42632233
Alignment:
Q  70 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 169  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  42631914 ggtaacgcatggtggtgtcaattggccggtgttttgttgggtcggttatggtgttggtaggcctgctgctacggttgtgttgtgggttctgtttcctgct 42632013  T
Q  170 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 269  Q
    |||||||||||  ||| |||| |||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42632014 aaattgtgtaccgtatctttatggccctttttgtatcttctgtttgttttgtgagctttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacctgcttc 42632113  T
Q  270 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 369  Q
    | ||||||||||| ||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42632114 tattttgctctaagtacgtattttattacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatgggatctgctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 42632213  T
Q  370 tgcaagcactgttggcctat 389  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  42632214 tgcaagcactgctggcctat 42632233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 39676273 - 39676564
Alignment:
Q  1 ctttgctgaaaatgtgtccatgattcatatcattggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggc- 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  39676273 ctttgctgaaaatgtatccatgattcatatcattggatattctccaactggcttgtatgtattgcaaatggtaacgcgtggtggtgtcaactggccggcg 39676372  T
Q  100 ----gctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcc 195  Q
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| || |||     
T  39676373 ctttgctttgttggttctgttatggtgttggtaggcctactgctactgttgtgttgtgggttctgtttcctattaaattgtgtaccgtatttctagggct 39676472  T
Q  196 cnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgctctaaatacg 287  Q
    |       ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  39676473 ctttttttatcttatgtttgttttgtgagctttttagtgtgtcttgttgttctgaattttatcaaacttgcttcggttttgctctaaatacg 39676564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 378
Target Start/End: Original strand, 22027189 - 22027226
Alignment:
Q  341 ctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 378  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22027189 ctaaaacaaaaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcac 22027226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 70 - 392
Target Start/End: Original strand, 38175175 - 38175496
Alignment:
Q  70 ggtaacgcgtggtggtgtcaattggccggcgctttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgtt 169  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||  |||||| ||| |||||    
T  38175175 ggtaacgtgtggtggtgtcaattgaccgacgttttgttggttatgttatggtgttggtaggcctactgttattgttgtgttgcaggttctattttctgtt 38175274  T
Q  170 aaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnnnnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttc 269  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||       ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  38175275 aaattgtgtaccgtatttttacgaccctctttttatctt-tgtttgttttgtgagttttttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttc 38175373  T
Q  270 tgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacaggatattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgag 369  Q
    |||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38175374 tgttttcctctaaatacgtttttcattacaggatattgattatggtcagcttctggtactgatgggatctgctaaaacatcgagtgtggtaaggaatgag 38175473  T
Q  370 tgcaagcactgttggcctatgct 392  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  38175474 tgcaagcactgctggcctatgct 38175496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 102 - 392
Target Start/End: Original strand, 15229056 - 15229346
Alignment:
Q  102 tttgttggttatgttatggtgttggtaggcctgctgcttctgttgtgttgtgggttctctttcctgttaaattgtgtacaatatttttacggcccnnnnn 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||| | ||| | ||||||||||||   ||||||||| |||         
T  15229056 tttgctggttatgttatggtgttggtaggcctgctgctactgttgtgttgcagattctatgtccagataaattgtgtaccgaatttttacgacccttttt 15229155  T
Q  202 nnatcttctgtttgttttgtgagctttatagtgtgtcttgttgttcagaattttatcaaacctgcttctgttttgctctaaatacgnnnnnnnnnacagg 301  Q
      |||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||         |||||    
T  15229156 ttatcttcagtttgttttctgagctttttagtgtgccttgttgttctgaattttatcaaatatgcttctgttttgctcttaatacgttttttattacagg 15229255  T
Q  302 atattgattatggtcagcttctggtattgatggtattttctaaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcactgttggcctatgct 392  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  15229256 atattgattatggtcagcttttggtactgatggcatatgataaaacagcaagtgtggtaaggaatgagtgcaagcaatgcttgcctatgct 15229346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 73
Target Start/End: Original strand, 38175107 - 38175148
Alignment:
Q  32 attggaaattctctaactggcttgtatgtattacaaatggta 73  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38175107 attggatattctccaactgacttgtatgtattacaaatggta 38175148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University