View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2037_low_2 (Length: 738)

Name: NF2037_low_2
Description: NF2037
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2037_low_2
NF2037_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-722)||(54862819-54863525)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 722
Target Start/End: Original strand, 54862819 - 54863525
Alignment:
Q  16 gaaaatttgaaatcacccttggacaaaaagatttaaatgctttatatctaaaatttagaatccagacgtcaaaaagatgatcttagacaaaaatgtgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54862819 gaaaatttgaaatcacccttggacaaaaagatttaaatgctttatatctaaaatttagaatccagacgtcaaaaagatgatcttagacaaaaatgtgtat 54862918  T
Q  116 tttgctcattcgaattttagaatttgcatgttttaggaagcataatacacattaacatgagtaaaaaataactgaagcgattgtaataacaacaatttaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54862919 tttgctcattcgaattttagaatttgcatgttttaggaagcataatacacattaacaggagtaaaaaataactgaagcgattgtaataacaacaatttaa 54863018  T
Q  216 caaaatgtcgttgcatatgtaaagtgtattttgttccccaatcttttggtgagaaatgacatcatcctagatgcccccaagactcttatcttcaacctta 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54863019 caaaatgtcgttgcatatgttaagtgtattttgttccccaatcttttggtgagaaatgacatcatcctagatgcccccaagactcttatcttcaacctta 54863118  T
Q  316 gctacaatcgttgtaatgataaatgatttgatcgaatgtttggaatgattgatgaaccaaattggttattgatacatttaataatgatagttatttgaac 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54863119 gctacaatcgttgtaatgataaatgatttgatcgaatgtttggaatgattgatgaaccaaattggttattgatacatttaataatgatagttatttgaac 54863218  T
Q  416 tcttaagaataattcttacaatgcataattataaggttgcacaaataatccaagtgaaagattgttagatctttaatccaacattgacttcacgtgtgaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54863219 tcttaagaataattcttacaatgcataattataaggttgcacaaataatccaagtaaaagattgttagatctttaatccaacattgacttcacgtgtgaa 54863318  T
Q  516 caattatgtatcctagattgtcacttacgtcaattttaattaaaagtgctttattaacgtcgactaatacggacttatgaatatctatcaggtgtagaga 615  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  54863319 caattatgtatcgtagattgtcacttacatcaattttaattaaaagtgctttaataatgttgactaatgcggacttatgaatgtctatcaggtgtagaga 54863418  T
Q  616 taaaagagtgattctgttaaaaaggtaaaatcgaaatgatagtagataataagtgtttgagtggatcttagatattttattgaaccttttgttataatag 715  Q
     |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54863419 caaaagagtgattatgttaaaagggtaaaatcgaaatgatagtagataataagtgcttgagtgggtgtcagatattttattgaaccttttgttataatag 54863518  T
Q  716 ggctaag 722  Q
    |||||||    
T  54863519 ggctaag 54863525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University