View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20381_high_1 (Length: 904)

Name: NF20381_high_1
Description: NF20381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20381_high_1
NF20381_high_1
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-589)||(15941700-15942288)
chr7 (1-586)||(15933360-15933945)
chr7 (237-688)||(7159315-7159754)
chr7 (682-889)||(7158014-7158230)
chr7 (1-197)||(7159951-7160146)
chr7 (1-209)||(47921049-47921256)
chr7 (230-509)||(22075210-22075490)
chr7 (27-194)||(22075679-22075846)
chr7 (27-169)||(3844936-3845076)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-589)||(18486801-18487391)
chr1 (1-589)||(18476706-18477295)
chr1 (318-563)||(7588407-7588658)
[»] scaffold0029 (4 HSPs)
scaffold0029 (234-889)||(87805-88457)
scaffold0029 (200-889)||(76046-76732)
scaffold0029 (1-197)||(75694-75890)
scaffold0029 (1-197)||(87419-87615)
[»] scaffold0177 (1 HSPs)
scaffold0177 (1-589)||(32896-33486)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (1-589)||(186821-187410)
[»] scaffold1407 (1 HSPs)
scaffold1407 (1-575)||(346-922)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (1-575)||(14224192-14224767)
chr4 (1-575)||(14234287-14234862)
chr4 (200-589)||(11164796-11165186)
chr4 (1-268)||(39372478-39372745)
chr4 (1-197)||(11165342-11165539)
chr4 (234-521)||(50879167-50879455)
chr4 (295-593)||(16636305-16636600)
chr4 (280-516)||(27079582-27079819)
chr4 (48-183)||(50878827-50878962)
chr4 (1-182)||(25157403-25157577)
chr4 (230-464)||(50884318-50884553)
chr4 (26-183)||(50883960-50884117)
chr4 (28-125)||(35975950-35976046)
chr4 (644-754)||(16636146-16636255)
chr4 (30-195)||(27078999-27079162)
chr4 (99-197)||(16636849-16636947)
chr4 (1-56)||(16636949-16637004)
chr4 (280-399)||(35975497-35975616)
[»] scaffold0035 (2 HSPs)
scaffold0035 (1-589)||(86851-87443)
scaffold0035 (1-589)||(96545-97137)
[»] scaffold0226 (1 HSPs)
scaffold0226 (1-575)||(4280-4856)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-575)||(28386745-28387322)
chr2 (295-497)||(23689448-23689651)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-575)||(19900615-19901189)
chr8 (461-575)||(18294310-18294424)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-575)||(20933084-20933659)
chr5 (1-427)||(20928761-20929187)
chr5 (200-594)||(19184010-19184403)
chr5 (200-589)||(34657764-34658154)
chr5 (199-534)||(31232990-31233319)
chr5 (1-168)||(19185635-19185801)
chr5 (1-209)||(34658298-34658504)
chr5 (160-197)||(19184559-19184596)
[»] scaffold0513 (1 HSPs)
scaffold0513 (1-382)||(5931-6312)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (1-427)||(116881-117308)
[»] scaffold0453 (4 HSPs)
scaffold0453 (200-633)||(12195-12627)
scaffold0453 (661-889)||(9947-10184)
scaffold0453 (1-197)||(12783-12979)
scaffold0453 (635-666)||(12174-12205)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (200-575)||(11176792-11177168)
chr3 (200-575)||(11296112-11296482)
chr3 (1-197)||(11176440-11176636)
chr3 (26-197)||(11295786-11295956)
chr3 (1-183)||(23047796-23047978)
chr3 (349-508)||(23047331-23047491)
chr3 (27-183)||(3791212-3791366)
chr3 (27-130)||(3828990-3829091)
chr3 (297-516)||(3779577-3779792)
chr3 (443-589)||(3829506-3829651)
chr3 (26-183)||(3780057-3780212)
chr3 (443-509)||(3791695-3791760)
chr3 (847-884)||(11296690-11296727)
chr3 (540-593)||(23047269-23047322)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (200-579)||(38191-38571)
scaffold0059 (1-197)||(37840-38035)
[»] scaffold0158 (4 HSPs)
scaffold0158 (196-577)||(35666-36045)
scaffold0158 (1-209)||(27913-28122)
scaffold0158 (1-209)||(35316-35525)
scaffold0158 (389-577)||(28133-28323)
[»] scaffold0334 (1 HSPs)
scaffold0334 (280-562)||(16906-17189)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (200-579)||(7960215-7960595)
chr6 (1-197)||(7845826-7846021)
chr6 (29-197)||(7839842-7840009)
chr6 (1-209)||(7960739-7960946)
[»] scaffold0267 (2 HSPs)
scaffold0267 (443-589)||(5199-5343)
scaffold0267 (37-129)||(4719-4809)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 15942288 - 15941700
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15942288 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 15942190  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942189 tgacgagagcccgaaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 15942090  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15942089 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 15941990  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15941989 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctatatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 15941890  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttat 499  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  15941889 gatatgaaaccggtatcactttatttcagctttcgccgtaaatattcatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcatgttacaatttct 15941790  T
Q  500 aatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    || ||||||| ||||||||| | ||  |||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15941789 aaacatacaacttaacagagtatcatcggtacgacgttcgtcacattccggactctataaaaatctactcagacatggtaattataataa 15941700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15933945 - 15933360
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15933945 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 15933847  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15933846 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 15933747  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15933746 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 15933647  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15933646 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctatatttcaaaatcaattcctaaaaattctacgatcagatacaggtttcactctttc 15933547  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttat 499  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15933546 gatatgaaaccggtatcactttatttcagctttcgccgtaaatattcatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttct 15933447  T
Q  500 aatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataa 586  Q
    || ||||||| ||||||||| | ||  |||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15933446 aaacatacaacttaacagagtatcatcggtacgacgttcgtcacattccggactctataaaaatctacgcagacatggtaattataa 15933360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 237 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 7159754 - 7159315
Alignment:
Q  237 cgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacg 336  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7159754 cgtattttaaactcacaagcgccagctttcgcatgtacgaccacaagtttaaaatagcctttttgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacg 7159655  T
Q  337 ctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctc 435  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |    
T  7159654 ctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattatactgtcatacacaggtttcactctttcgatatgaaaccggtatcactttatttcagctttcgc 7159555  T
Q  436 cgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgaca 535  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  7159554 cgtaaatattcatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcttgttacaatttataatcatacaatttaacagagtaccattggtacgaca 7159455  T
Q  536 ttcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataagcatgctactaaacattttttcaaacagggaacaatacaagtaaca 635  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||            ||||    
T  7159454 ttcatcacattccgaactatatggaaatctactcaaacatggtaattataataagcatgctactaaacat-ttttgaaacaggg------------aaca 7159368  T
Q  636 atacaagtaaataaacgtgaatagtagctaacctgaaatagttggatacttta 688  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7159367 atacaagtaaataaacatgaatagtagctaacctgaaatagttggatacttta 7159315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 682 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 7158230 - 7158014
Alignment:
Q  682 tactttatattagaataacaagcatggcagcagttgcaagcaaattgaattgaatggaaccgccactttgaaat---gcaacagaagaataagacagccg 778  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |    
T  7158230 tactttaaattagaataacaagcatggcagcagttgcaagcaaattgaattgaatggaaccgccactttgaaatgcagcaacagaagaataagacagcag 7158131  T
Q  779 tgcagcacacaaatt------gaaaacggcagcgacgaacagtaatgattaccaattagaatggaaacaagtgcagcaaaactaaagtattggaatttaa 872  Q
    |||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7158130 tgcagcacacaaattgaattcgaaaacggcagcggcgaacagtaacgattaccaattagaattgaaacaagtgcagcaaaactaaagtattggaatttaa 7158031  T
Q  873 gggttacgtatccatag 889  Q
     ||||||||||||||||    
T  7158030 aggttacgtatccatag 7158014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7160146 - 7159951
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||| |   ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  7160146 gtcaagtaccgttaactattgtcacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattggaaaaataacttgtttttaattacttt-aaa 7160048  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||    
T  7160047 tgacgagagcccggaatatattttgtgtcgaccgttgatgcttgctaaattgcattttattattgtaacaagataatattttcgcgcgtaaaaagaa 7159951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 47921049 - 47921256
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| || | ||    
T  47921049 gtcaagtaccgttatctattgtcacgttgtttatctaaggcgatgctaattaatttggttgtaaaattgggaaaataacttgttttaaattaattct-aa 47921147  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||| | ||   | |||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||  |    
T  47921148 tgacaagagaccggaatataattcaagtcgacagtgagtacttgttaagttatattttattattgtaacaggacaatattttcgcgtttaaaaagaatta 47921247  T
Q  201 atttaaagg 209  Q
    |||||||||    
T  47921248 atttaaagg 47921256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 230 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 22075490 - 22075210
Alignment:
Q  230 ccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaa 329  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |  || |||||||||| |||    | ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||| |||||    
T  22075490 ccgaaaccgtattttaaactcacagacgccaactttcgcatgcacggttacgagtttaaaatagcgtttttaaaaattagtaatttctaaattatttaaa 22075391  T
Q  330 gaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatgaa-tcggtatcactgtatttcag 428  Q
     | || ||| |||||| |||| ||||| || |||| ||   | ||  |  ||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| |  ||||||||    
T  22075390 aagaaagctatcgctgaattttaaaattaattcctgaattatataaagagagatacaagtttcactctttcgatatcaaatcagtatcgcgttatttcag 22075291  T
Q  429 ctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaa 509  Q
     |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  22075290 ttttcactgtaaatattcatcgttaaaaattaggattttcacgcttaaaaataatccctgttacaactaataatcatacaa 22075210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 27 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22075846 - 22075679
Alignment:
Q  27 ttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataactt-gattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcg 125  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||  |  ||||| |||| ||||||||||    
T  22075846 ttgtttatctaatgcgatcctaattagttttgttgcaaaattgagaaaataactttgtttttaattaattttaac-gttgagagaccgggatataattcg 22075748  T
Q  126 tgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaa 194  Q
     ||||    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||| |||| || |||||||    
T  22075747 cgtcgatttttgatgcttgctaaattgtatcttaatattgtaacaggaaaatactttcgcgcgtaaaaa 22075679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 169
Target Start/End: Original strand, 3844936 - 3845076
Alignment:
Q  27 ttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgt 126  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||| |  || |||||||||||||    
T  3844936 ttgtttatctaaggcggtgctaattagtttgattgcaaaattaggaaattaacttgtttttaattacttt--aatgacgacataccagaatataattcgt 3845033  T
Q  127 gtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaac 169  Q
    || | || |  || |||| ||| || |||||||||||| ||||    
T  3845034 gtggaccatgtatacttgttaagttatattttattattataac 3845076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 18486801 - 18487391
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18486801 gtcaagtatcgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 18486900  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18486901 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 18487000  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18487001 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 18487100  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18487101 gaaaatttgaaatctctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 18487200  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  18487201 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaaatcagaatttttagactttaaaaataattcctgttacaatttc 18487300  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18487301 taatcatacaaattaacagagcaccgttggtacgacattcatcacattccggactctatgaaaatctactcagacatggtatatataataa 18487391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 18476706 - 18477295
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  18476706 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgacgcagattaatttggttgcaaa-ttgggataataacttgtttttaattacttttaaa 18476804  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18476805 tgacgagagcccgaaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacttgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 18476904  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18476905 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtgcgataccgtactttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 18477004  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18477005 taaaatttgaaatctctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 18477104  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || || ||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  18477105 gatatgaaaccgatatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaaatcagaatttttagactttaaaaataattcctgttacaatttc 18477204  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18477205 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccggactctatgaaaatctactcagacatggtatatataataa 18477295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 318 - 563
Target Start/End: Original strand, 7588407 - 7588658
Alignment:
Q  318 aaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactc-----ctaaaaa-ttctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatgaatcg 411  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||     ||||||| ||||||   ||||||   ||||||||||||||||||||| |     
T  7588407 aaattaattaaagaaaacgctctcgctgaattttaaaattaattctaattctaaaaaattctacaaacagataatagtttcactctttcgatatgaaacc 7588506  T
Q  412 -gtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaat 510  Q
     ||||| |  |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  7588507 agtatcgcgttattccagctttcgccctaaatattcatcgttaaaaatcagaagtatcaggcttaaaaataattctagttacaatttataatcatacaat 7588606  T
Q  511 ttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaat 563  Q
    |||||| || |||| ||||||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  7588607 ttaaca-agtaccattggtacgaggttcatcatattccggactctataaaaat 7588658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 234 - 889
Target Start/End: Original strand, 87805 - 88457
Alignment:
Q  234 taccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaa 333  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  87805 taccgtattttaaactcacaagcgccagctttcgcatgtacaaccacaagtttaaaatagcctttttgaatattagaaatttctaaattaattaaagaaa 87904  T
Q  334 acgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagcttt 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  87905 acgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacagtcagatacaggtttcactctttcgatatgaaaccggtatcactttatttcagcttt 88004  T
Q  433 ctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacg 532  Q
    | |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  88005 cgccgtaaatattcatcgttaaaaaccagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagtaccattggtacg 88104  T
Q  533 acattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataagcatgctactaaacattttttcaaacagggaacaatacaagta 632  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |            |    
T  88105 acattcatcacattccagaccctatggaaatctactcacacatggtaattataataagcatgctactaaaca-tttttcaaacagtg------------a 88191  T
Q  633 acaatacaagtaaataaacgtgaatagtagctaacctgaaatagttggatactttatattagaataacaagcatggcagcagttgcaagcaaattgaatt 732  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  88192 acaatacaagtaaataaacgtgaatagtagctaacctgaaatagttggatactttaaattagaataacaagcatggcagcagctgcaagcaaattgaatt 88291  T
Q  733 gaatggaaccgccactttgaaat---gcaacagaagaataagacagccgtgcagcacacaaatt------gaaaacggcagcgacgaacagtaatgatta 823  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  88292 gaatggaaccgccactttgaaatgcagcaacagatgaataagacagcagtgcagcacacaaattgaattcgaaaacggcagcggcgaacagtaacgatta 88391  T
Q  824 ccaattagaatggaaacaagtgcagcaaaactaaagtattggaatttaagggttacgtatccatag 889  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  88392 ccaattagaattgaaacaagtgcagcaaaactaaagtattggaatttaagggttacgtatccatag 88457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 200 - 889
Target Start/End: Original strand, 76046 - 76732
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  76046 aatttaaacgtaccgtcggctttcgcgcgcccggtaccgtattttaaactcacaagcgccagctttcgcatgtacaaccacaagtttaaaatagcctttt 76145  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  76146 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacagtcagatacaggtttcactcttt 76245  T
Q  400 cgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  76246 cgatatgaaaccggtatcactttatttcagctttcgccgtaaatattcatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcctgttgcaattta 76345  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataagcatgctac 598  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  76346 taatcatacaatttaacagagtaccattggtacgacattcatcatattccagaccctatggaaatctactcagacatggtaattataataagcatgctgc 76445  T
Q  599 taaacattttttcaaacagggaacaatacaagtaacaatacaagtaaataaacgtgaatagtagctaacctgaaatagttggatactttatattagaata 698  Q
    |||||| |||||||||||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  76446 taaaca-tttttcaaacagtg------------aacaatacaagtaaataaacgtgaatagtagctaacctgaaatagttggatactttaaattagaata 76532  T
Q  699 acaagcatggcagcagttgcaagcaaattgaattgaatggaaccgccactttgaaat---gcaacagaagaataagacagccgtgcagcacacaaatt-- 793  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||      
T  76533 aaaagcatggcagcagctgcaagcaaattgaattgaatggaaccgccactttgaaatgcagcaacagacgaataagacagcagtgcagcacacaaattga 76632  T
Q  794 ----gaaaacggcagcgacgaacagtaatgattaccaattagaatggaaacaagtgcagcaaaactaaagtattggaatttaagggttacgtatccatag 889  Q
        ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76633 attcgaaaatggcagcggcgaacagtaacgattaccaattagaattgaaacaagtgcagcaaaactaaagtattggaatttaagggttacgtatccatag 76732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 75694 - 75890
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattactttt-aa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  75694 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaattttgttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattactttttaa 75792  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |  ||||||||||    
T  75793 atgacgagagcccggaatgtaattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacaggataatattttcgcacgtaaaaagaa 75890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 87419 - 87615
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattactttt-aa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  87419 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatcaaaggcgatgcagattaatttcgttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattactttttaa 87517  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||    
T  87518 atgacgagagcccggaatgtaattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacaggataatattttcgcgcgtaaaaagaa 87615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 33486 - 32896
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33486 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 33387  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33386 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttggtgcttgctaaattgtattttattattataacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 33287  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33286 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagaatcaactttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaataaccttttt 33187  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33186 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgaatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 33087  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||||  |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  33086 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaaaccagaatttttagactttaaaaataattcctgttacaatttc 32987  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32986 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacaacattcatcacattccggactctataaaaatctactcagacatggtaattataataa 32896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 187410 - 186821
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  187410 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaaataacttgcttttaattacttttaaa 187312  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  187311 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgttaaattgtattttattattgtaacatgacaatatttttgcgtgtaaaaagaacaa 187212  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  187211 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 187112  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  187111 taaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgttatatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 187012  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcaga-cttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||| |||||   ||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||  ||||||| |||||||||||||||||     
T  187011 gatatgaaaccggtatcactttatttcaactttcattgtaaatattaattgtttaaaatcagaatttttagagtttaaaaataattcctgttacaatttc 186912  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  186911 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacaacattcatcacattccggactctatggaaatctactcagacatggtatatataataa 186821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1407 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1407
Description:

Target: scaffold1407; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Original strand, 346 - 922
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  346 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgccaattaatttggttgcaaaaatgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 445  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  446 tgacgagagtccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattatcacgtgtaaaaagaacaa 545  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  546 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcatcaactttcgcatgtacgaaagcaagtttaaaatagccttttt 645  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  646 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaaagctttcgctgtaattcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacatgtttcactctttc 745  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagactt-aaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || || ||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  746 gatatgaaaccgatatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaaatcagaatttttagacttaaaaaataattcctgttacaatttc 845  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  846 taatcatacaaattaacagagcatcattggtacgacattcatcacgttccggactttatgaaaatctactcagacat 922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 14224767 - 14224192
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  14224767 gtcaagtatcgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaattaacttgtttttaattacttttgaa 14224669  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||    
T  14224668 tgacgagagcccggaatataattcgtatcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaatattgcaa 14224569  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14224568 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 14224469  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14224468 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctaccgtcagatacaggtttcactctttc 14224369  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||| | |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  14224368 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaagtcagaatttttagactttaaaaataattcctgttacaatttc 14224269  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  14224268 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccggactctatggaaatctactcagacat 14224192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 14234862 - 14234287
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  14234862 gtcaagtatcgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaattaacttgtttttaattacttttgaa 14234764  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||    
T  14234763 tgacgagagcccggaatataattcgtatcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaatattgcaa 14234664  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14234663 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 14234564  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14234563 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctaccgtcagatacaggtttcactctttc 14234464  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||| | |||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||     
T  14234463 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaagtcagaatttttagactttaaaaataattcatgttacaatttc 14234364  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  14234363 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccggactctatggaaatctactcagacat 14234287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 200 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 11165186 - 11164796
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  11165186 aatttaaaggtaccgtcggctttcgcgcgcccggtaccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccacaaatttaaaatagcctttt 11165087  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  11165086 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgttttcactgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacagtcagatacatgtttcactcttt 11164987  T
Q  400 cgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11164986 cgatatgaaactggtatcactttatttcagctttcgccgtaaatattcatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttc 11164887  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    ||| ||||||| ||||||||| | ||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11164886 taaacatacaacttaacagagtatcatcagtacgacattcgtcacattccagaccctatggaaatctactcagacatggtaattataataa 11164796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 39372745 - 39372478
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |  |||     
T  39372745 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataagttgctttaaattaatactaa- 39372647  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattatt-gtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaaca 199  Q
    |||| |||| |||||||||||||   |||| ||||   | |||| ||| || |||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  39372646 tgacaagagaccggaatataatttacgtcgaccgtgagtacttgttaagttatattttattatttgcaacaggacaatattttcgcgtgtaaaaagaaca 39372547  T
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgc 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39372546 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgc 39372478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11165539 - 11165342
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattactttt-aa 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |   || | |  ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||    
T  11165539 gtcaagtaccgtagttaattgttacgttgtttatctaaggcgtttgtaaatgacatgggtgcaaaattggaaaaataacttgtttttaattaatttttaa 11165440  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||| |||||    
T  11165439 atgacgagagcccggaatgtaattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacaggataatattttcgcgcgtaagaagaa 11165342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 234 - 521
Target Start/End: Original strand, 50879167 - 50879455
Alignment:
Q  234 taccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaa 333  Q
    |||||||| |||||||||||| |  | |||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |    
T  50879167 taccgtatattaaactcacaaacgccggctttcgcgtgtacggccacaagtttaaaatagcatttttgaaaattagaaatttctaaattaattaaaaaga 50879266  T
Q  334 acgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatg-aatcggtatcactgtatttcagcttt 432  Q
    | | | |||||| |||| ||||| || || | ||   ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |  |||| ||| |||    
T  50879267 atgttgtcgctgaattttaaaattaattcttgaatcatctacggacagatacatgtttcactctttcgatatgaaaccggtatcgcattattccagtttt 50879366  T
Q  433 ctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagca 521  Q
    | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||  |||||||| ||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||| ||||    
T  50879367 caccgtaaatattcatcgttgataatcagaattttcaagcttaaaaataattcccattacaattactaatcatacagtttaacatagca 50879455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 295 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 16636600 - 16636305
Alignment:
Q  295 ctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcac 394  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||  |  ||||| |||||       |||||||    
T  16636600 ctttttggaaatttgtaatttctaaattaattaaagaaaacccttttgccgtatttcaaaatcaattcctggattttctatggtcaa------gtttcac 16636507  T
Q  395 tctttcgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttaca 493  Q
    | |||||||||||| | ||||||||| |||| || |||||   |||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  16636506 tgtttcgatatgaaaccggtatcactttattccatctttcgttgtaaatatccatcgttaaaactcagaattttcaaacttaaaaataattactgttaca 16636407  T
Q  494 atttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactc--agacatggtaattataataagc 591  Q
    ||   ||||||||||| |||||| |  | || | ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  16636406 atcagtaatcatacaacttaacatattatcattcgtacgacgttcatcacattccggactctataaaaatctactcaaaaacatggtaattataacaagc 16636307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 280 - 516
Target Start/End: Original strand, 27079582 - 27079819
Alignment:
Q  280 caagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtc 379  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||  |||||||||     
T  27079582 caagtttgaaata-cctttttaaaaattagtaatttctaaatcaattaaagaaaacactttcgatgtatttcaaaatcaatttctaaattttctacggta 27079680  T
Q  380 agatacaggtttcactctttcgatatg-----aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagactt 474  Q
      |||||||||| ||||||||||||||     ||    ||||||| |||||||||||| |  ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  27079681 ccatacaggttttactctttcgatatgaaagaaagaaatatcactttatttcagctttatttgtaaatatttattgttaaaaatcagaattttcagactt 27079780  T
Q  475 -aaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaaca 516  Q
     ||||| |||||||||    |||| ||||||||||| ||||||    
T  27079781 aaaaaataattcctgt----atttttaatcatacaacttaaca 27079819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 48 - 183
Target Start/End: Original strand, 50878827 - 50878962
Alignment:
Q  48 aattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgcta 147  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||  |||||||||||  ||||  |||||||||| ||||    
T  50878827 aattaatttggttgcaaaaatggaaaaataacttgtttttagtttctttttaatgacgagagcctcgaatataattcacgtcgatcgttgatgctagcta 50878926  T
Q  148 aattgtattttattattgtaacatgacaatattttc 183  Q
     |||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  50878927 cattgtattttattattataacatgaaaatattttc 50878962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 25157577 - 25157403
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||| ||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25157577 gtcaagtatcgttatttattgtcatgttgtttatctaaggcgatgct------tttggttgcaaaattgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 25157484  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatatttt 182  Q
     ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||   | |||| ||| || |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  25157483 -gacaagagaccggaatataattcgcgtcgaccgtgagtacttgttaagttatattttattattgtaacaggaaaatatttt 25157403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 230 - 464
Target Start/End: Original strand, 50884318 - 50884553
Alignment:
Q  230 ccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaa 329  Q
    |||||||||||||||||||| | |  | ||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  50884318 ccgataccgtattttaaacttatagacgtcagctttcgcgtgtacggtcacaagtttaaaatagcatttttgaaaattataaatttctaaattaattaaa 50884417  T
Q  330 gaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatg-aatcggtatcactgtatttcag 428  Q
     | ||   | | |||| |||| ||||| || || | ||   ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |  ||||  ||    
T  50884418 aagaataatgttgctgaattttaaaataaattcttgaatcatctacggacagatacatgtttcactcttccgatatgaaatcggtatcgcattattctag 50884517  T
Q  429 ctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaat 464  Q
     |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  50884518 ttttcaccgtaaatattcatcattaataatcagaat 50884553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 183
Target Start/End: Original strand, 50883960 - 50884117
Alignment:
Q  26 gttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcg 125  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||| ||||||  |    | ||||||||||||  ||||||||||||     
T  50883960 gttgtttatctaaggcgatgctaattaatttggttgcaaaaatgaaaaaacaacttgtttttaaaaaaaaattaatgacgagagcatggaatataattca 50884059  T
Q  126 tgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttc 183  Q
     ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||    
T  50884060 cgtcgatcgttgatgctagctaaattgtattttattattataacaggaaaatactttc 50884117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 28 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 35976046 - 35975950
Alignment:
Q  28 tgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcg 125  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||  | |||||||| || ||||||||||||    
T  35976046 tgtttatctaaggcgatgctaattaatttggttgcaaaattgggaacataagttgtttttaattactttt-gaggacgagagaccagaatataattcg 35975950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 644 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 16636255 - 16636146
Alignment:
Q  644 aaataaacgtgaatagtagct-aacctgaaatagttggatactttatattagaataacaagcatggcagcagttgcaagcaaattgaattgaatggaacc 742  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||  ||||||||||||| |||||||  |||  ||||||||||   |||||||| ||| | |||||||||||    
T  16636255 aaataaacgtgaataggagcagaacctgaaactgttggatactttaaattagaaatacagccatggcagcaa--gcaagcaatttgcaatgaatggaacc 16636158  T
Q  743 gccactttgaaa 754  Q
    | ||||||||||    
T  16636157 gtcactttgaaa 16636146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 195
Target Start/End: Original strand, 27078999 - 27079162
Alignment:
Q  30 tttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataac-ttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgtgt 128  Q
    |||||||||||  |||| || || ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||| ||||  |||||||||||||| ||    
T  27078999 tttatctaagg--atgctaaatagtttagttgcaaaattgggaaaataactttgtttttaattagtttt-aatgacaagagatcggaatataattcgcgt 27079095  T
Q  129 cgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaag 195  Q
    || || |   | || | ||| || |||||||||||| ||||| || |||||| || || ||||||||    
T  27079096 cgaccatgagtactagttaagttatattttattattataacaagaaaatattctcgcgcgtaaaaag 27079162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 99 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 16636947 - 16636849
Alignment:
Q  99 aatgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |||||| |||| || |||||||||||| |||| || |   | |||| ||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16636947 aatgacaagagaccagaatataattcgcgtcgaccctgagtacttgttaagttatattttattattgcaacaagacaatattttcacgcgtaaaaagaa 16636849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 16637004 - 16636949
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaattt 56  Q
    |||||||||||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16637004 gtcaagtaccgttatctattgtcacgttgtttatctaaggcgatgctaattaattt 16636949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 35975616 - 35975497
Alignment:
Q  280 caagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtc 379  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||  | ||| ||||||||||||||| |||||  | ||||||  ||| ||||| |||| || ||  |||||  |||    
T  35975616 caagtttaaaatagtgtttttgaaaatcagtaatatctaaattaattaaaaaaaacattatcgctgagttttaaaattaacttctgaattttctatagtc 35975517  T
Q  380 agatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| |||| ||||||    
T  35975516 agatacagttttccctcttt 35975497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 86851 - 87443
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  86851 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 86949  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  86950 tgacgagagcacggaatataatttgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 87049  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  87050 atctaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcatcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 87149  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  87150 gaaaatttgaaaattctaaattaattaaagaaaatgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaacattctacggtcagatacaggtatcactctttc 87249  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagactt----aaaaacaattcctgttacaat 495  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||   |||||  || || ||| ||||| ||||||||  |||||    ||||| |||||||||||||||    
T  87250 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaactttcattgtaaaggttaattgtttaaaatcagaatttttggactttaaaaaaaataattcctgttacaat 87349  T
Q  496 ttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    || |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  87350 ttctaattatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacatttcgaactctatgaaaatctactcagacatggtatatataataa 87443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 96545 - 97137
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  96545 gtcaagtaccataattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 96643  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  96644 tgacgagagctcggaatataatttgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 96743  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  96744 atctaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcatcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 96843  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  96844 gaaaatttgaaacttctaaattaattaaagaaaatgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaacattctacggtcagatacaggtatcactctttc 96943  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagactt----aaaaacaattcctgttacaat 495  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||   |||||  || || ||| ||||| ||||||||  |||||    ||||| |||||||||||||||    
T  96944 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaactttcattgtaaaggttaattgtttaaaatcagaatttttggactttaaaaaaaataattcctgttacaat 97043  T
Q  496 ttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    || |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  97044 ttctaattatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacatttcgaactctatgaaaatctactcagacatggtatatataataa 97137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0226 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0226
Description:

Target: scaffold0226; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 4856 - 4280
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4856 gtcaagtatcgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcggtgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgtttttaattacttttaaa 4757  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4756 tgacgagagcctgtaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 4657  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4656 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagcttttgcatctacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 4557  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4556 aaaaatttgaaatctctaaattaattaaagaaaacgctttctctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 4457  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcaga-cttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |  ||||||||||||||| |||||   |||||| || || ||| ||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||     
T  4456 gatatgaaacctttatcactgtatttcaactttcattgtaaatgttaattgtttaaaatcagaatttttagaccttaaaaataattcctgttacaatttc 4357  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    || |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  4356 tagtcatacaaattaacagagcatcattggtacaacattcatcacattccggactctataaaaatctactctgacat 4280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 28387322 - 28386745
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  28387322 gtcaagtatcgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaattaacttgtttttaattacttttaaa 28387224  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||    
T  28387223 tgacgagagcccggaatataatttgtatcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaatatttcaa 28387124  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28387123 atttaaaggcactgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 28387024  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28387023 gaaaattttaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgagtttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 28386924  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattca-tcgttaaaaattagaattttcagac--ttaaaaacaattcctgttacaatt 496  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||| |||||   |||||| || | |  || ||||| |||||||| ||||  ||||||| | ||||||||||||||    
T  28386923 gatatgaaaccggtatcactctatttcaactttcattgtaaatgttaattaatttaaaatcagaatttttagacttttaaaaatatttcctgttacaatt 28386824  T
Q  497 tataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    | ||||||||||| ||||||| ||| || |||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  28386823 tctaatcatacaaattaacagggcatcattggtgcgacattcatcatattccggactcaatggaaatctactcagacat 28386745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 295 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 23689651 - 23689448
Alignment:
Q  295 ctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcac 394  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||  | ||||||||||||||||||||||     
T  23689651 cttttcgaaaattagtaatttctaaatcaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaatttctgaatttcctacggtcagatacaggtttcaa 23689552  T
Q  395 tctttcgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttaca 493  Q
    |||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||| | | ||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  23689551 tctttcgatatgaaaccggtgtcactttatttcagctttcgctgaaaatatttagctttaaaaatcagaattttcagacttaaaaataattcatgttaca 23689452  T
Q  494 attt 497  Q
    ||||    
T  23689451 attt 23689448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Original strand, 19900615 - 19901189
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||     
T  19900615 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgctttaaattaatactaa- 19900713  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||| ||||   | |||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19900714 tgacaagagaccggaatataattcacgtcgaccgtgagtacttgttaagttatattttattattgtaacaggacaatattttcgcgtgtaaaaagaacaa 19900813  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19900814 atttaaaggcaccatcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 19900913  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  19900914 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctccggtcagatacaggtttcactctttt 19901013  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||    |||||| || || ||| ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  19901014 gatatgaaaccggtatcactgtatttcaacttttattgtaaatgttaattgtttaaaatcagaatttttagactttaaaaataattcctgttacaatttc 19901113  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  19901114 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccggactctatg-gaatctactcagacat 19901189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 461 - 575
Target Start/End: Original strand, 18294310 - 18294424
Alignment:
Q  461 gaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaa 560  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||  | |||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||    
T  18294310 gaatttttagacttcaaaataattcatgttacaatttctaatcatacaacttaacaatgtaccattggtacgacaatcatcacattccagactctataaa 18294409  T
Q  561 aatctactcagacat 575  Q
    |||||||||| ||||    
T  18294410 aatctactcaaacat 18294424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Original strand, 20933084 - 20933659
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||     
T  20933084 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgctttaaattaatactaa- 20933182  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||| ||||   | |||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20933183 tgacaagagaccggaatataattcacgtcgaccgtgagtacttgttaagttatattttattattgtaacaggacaatattttcgcgtgtaaaaagaacaa 20933282  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20933283 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtatgttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccacaagtttaaaatagccttttt 20933382  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20933383 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaatgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 20933482  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||| ||||    |||||| || || ||| ||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||     
T  20933483 gatatgaaaccggtatcattgtatttcaactttaattgtaaatgttaattgtttaaaatcagaatttttagactttaaaaataattcctgttataatttc 20933582  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||    
T  20933583 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccggactctatggaaatctagtcggacat 20933659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 20929187 - 20928761
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||     
T  20929187 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaacttggttgcaaaattgggaaaataacttgctttaaattaatactaa- 20929089  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||| ||||   | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20929088 tgacaagagaccggaatataattcacgtcgaccgtgagtacttgttaagttatattttattattgtaacatgacaatattttcgcgtgtaaaaagaacaa 20928989  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20928988 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 20928889  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20928888 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttta 20928789  T
Q  401 gatatg-aatcggtatcactgtatttca 427  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||    
T  20928788 gatatgaaaccggtatcactgtatttca 20928761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 200 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 19184403 - 19184010
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| |||||||  |||||   | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  19184403 aatttaaaggtaccgtcggttttcgcgtgcccgataccgtattttaaactcacaagcgccagctttcgcatgtacgaccataagtttaaaatagtctttt 19184304  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||    
T  19184303 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaatgctttaactgtatttcaaaatcaattcctaaaaattccatgatcagatacagatttcactcttt 19184204  T
Q  400 cgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||| || |||| ||||| ||||||| ||||| | ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  19184203 cgatatgaaaccggtgtcactttatttcaactttcgctgtaaatattaattgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaatttctgttacagtttc 19184104  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataagcatg 594  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19184103 taatcatacaacttaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccgga--ctctggaaatctactcggacatggtaattataataagcatg 19184010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 200 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 34658154 - 34657764
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  || ||| |||||||||||||||||| |  |  |||||||| | |||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  34658154 aatttaaaggtaccgtcggctttcgcgcgcccgttaccgtattttaaactcatagacgccagctttcacgtgtacgcctacaagtttaaaatagcctttt 34658055  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34658054 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgttgtatttcaaaaccaatttctgaatcttctacggtcagatacaggtttcactcttt 34657955  T
Q  400 cgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||     
T  34657954 cgatatgaaatcggtatcactttatttcaactttcgctgtaaatattaatcgttaaaaatcagaattttcaaacttaaaaacaattccaattacaatttc 34657855  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
    ||| ||||||| ||||||||| |  |  |||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34657854 taaacatacaacttaacagagtattatcggtacgacgttcgtcacattccggactctataaaaatctactcagacatggtaattataataa 34657764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 199 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 31233319 - 31232990
Alignment:
Q  199 aaatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttt 298  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||  |  | ||||||||   | | ||  ||||||||||||| |||||    
T  31233319 aaatttaaaggtagcgtcggctttcgcgcgcccgttaccgtattttaaactcacagacgcccgctttcgcgcatgccactacaagtttaaaata-ccttt 31233221  T
Q  299 ttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctt 398  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | || ||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  31233220 ttgaaaattagtaatttctaaatcaattaaagaaaacactttcgctgtatttcaaaattcatttctgaaatttctaaggttagatacaagtttcactctt 31233121  T
Q  399 tcgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattt 497  Q
    |||| ||| || |  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||      |||||  | ||||| ||    
T  31233120 tcgacatgaaacctatatcactttatttcagctttcgccgtaaatatttatccttaaaaatcagaatttccagactt------aattcacgctacaactt 31233027  T
Q  498 ataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgac 534  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||    
T  31233026 ataatcatacaatttaacggagtaccgttggtacgac 31232990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 19185801 - 19185635
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    ||||||||| || ||  ||||| | ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  19185801 gtcaagtactgttatctattgtcacgttgtttatctaaggcgaaacaaattattttggttgcaaaattgggaaaataacttgtttttaattac-tttaaa 19185703  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaa 168  Q
    |||||||||| || |||  |||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19185702 tgacgagagcgcgtaatgcaatttgtgtcgaccattgatgcttgctaaattgcattttattattgtaa 19185635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 34658504 - 34658298
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgatttta-attacttttaa 99  Q
    |||||||||||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| |||| || | |    
T  34658504 gtcaagtaccgttatctattgtcacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggctacaaaattgggaaaataactt--ttttagattaattct-a 34658408  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaaca 199  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||  || | ||||   | |||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||      
T  34658407 atgacaagagaccggaatataattcacgttgaccgtgagtacttgttaagttatattttattattgtaacaggacaatatttttgcgcgtaaaaagaatt 34658308  T
Q  200 aatttaaagg 209  Q
    ||||||||||    
T  34658307 aatttaaagg 34658298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 19184596 - 19184559
Alignment:
Q  160 ttattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  19184596 ttattgtaacaagacaatattttcgcgtgtaaaaagaa 19184559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0513 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0513
Description:

Target: scaffold0513; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 6312 - 5931
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6312 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 6213  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6212 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttggtgcttgctaaattgtattttattattataacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 6113  T
Q  201 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6112 atttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagtttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagccttttt 6013  T
Q  301 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcaga 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6012 gaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcaga 5931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 117308 - 116881
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||     
T  117308 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgctttaaattaatactaa- 117210  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattatt-gtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaaca 199  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  ||||  |||   | |||| ||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  117209 tgacaagagaccggaatataattcacgtcgatcgtgagtacttgttaagttatattttattatttgtaacaggacaatattttcgcgtgtaaaaagaaca 117110  T
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  117109 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaaagcaagtttaaaatagcctttt 117010  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  117009 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 116910  T
Q  400 cgatatg-aatcggtatcactgtatttca 427  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  116909 cgatatgaaaccggtatcactgtatttca 116881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 4)
Name: scaffold0453
Description:

Target: scaffold0453; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 200 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 12627 - 12195
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||  || ||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12627 aatttaaaggtaccgttggctttcgcgcgcccggtaccgtattttaaactctcaagcgccagctttcgcatgtacgaccacaagtttaaaatagcctttt 12528  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||| |||||||||||    
T  12527 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtattttaaaatcaattcctaaaaattttactttcatatacagttttcactcttt 12428  T
Q  400 cgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12427 cgatatgaaaccggtatcactttatttcagctttcgccgtaaatattcattgttaaaaatcagaattttcagacttaaatacaattcctgttacaattta 12328  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataagcatgctac 598  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12327 taatcatacaatttaacagagtactattggtacgacattcatcacattccggaccctatggaaatctactcagacatggtaattataataagcatgctac 12228  T
Q  599 taaacattttttcaaacagggaacaatacaagtaa 633  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12227 taaacat-ttttcaaacagtgaa-aatacaagtaa 12195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 661 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 10184 - 9947
Alignment:
Q  661 agctaacctgaaatagttggatactttatattagaataacaagcatggcagcagttgcaagcaaattgaattgaatggaaccgccactttgaaat---gc 757  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||    
T  10184 agctaacctgaaatagttggatactttaaattagaataacaagcatggcagcagctgcaagaaaattgaattgaatggaaccaccactttgaaatacagc 10085  T
Q  758 aacagaagaataagacagccgtgcagcacacaaatt------gaaaacggcagcgacgaacagtaatgattaccaattagaatggaaacaagtgcagcaa 851  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10084 aacagatgaataagacagcagtgcatcacacaaattgaattcgaaaacggcagcggcgaacagtaacgattaccaattagaattgaaacaagtgcagcaa 9985  T
Q  852 aactaaagtattggaatttaagggttacgtatccatag 889  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9984 aactaaagtattggaatttaagggttacgtatccatag 9947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 12979 - 12783
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattactttt-aa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  12979 gtcaagtaccgtaattaattgttatgttgtttatctaaggcgacgcagattaatttggttgcaaa-ttgggaaaataacttgtttttaattactttttaa 12881  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || ||||||||||    
T  12880 atgacgaaagcctagaatgtaattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacaggatgatattttcgcgagtaaaaagaa 12783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 635 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 12205 - 12174
Alignment:
Q  635 aatacaagtaaataaacgtgaatagtagctaa 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12205 aatacaagtaaataaacgtgaatagtagctaa 12174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 200 - 575
Target Start/End: Original strand, 11176792 - 11177168
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11176792 aatttaaaggtaccgtcggctttcgcgcgcccgataccgtattttaaactcacaagcgccagctttcgcatgtacgaccacaagtttaaaatagcctttt 11176891  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11176892 tgaaaattaaaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcactgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacagtcagatacaggtttcactcttt 11176991  T
Q  400 cgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11176992 cgatatgaaaccggtatcactttatttcagctttcgccgtaaatattcatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 11177091  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11177092 taatcatacaaattaacagagcaccattggtacgacattcatcacattccggactctatgaaaatctactcagacat 11177168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 200 - 575
Target Start/End: Original strand, 11296112 - 11296482
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11296112 aatttaaaggtaccgtcggctttcgcgcgcccggtaccgtattttaaactcacaagct------ttcgcatgtacgaccacaagtttaaaatagcctttt 11296205  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||    
T  11296206 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcactgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctatggacagagacaagtttcactcttt 11296305  T
Q  400 cgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    | || || || ||||||| |  |||||||| ||||   ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||      
T  11296306 caatgtgaaaccggtatcgcgttatttcagttttcattgtacatattcatcgttaaaaatcaaaattttcagacttaaaaataattcatgttacaattag 11296405  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacat 575  Q
     ||| |||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  11296406 caatgatacaaattaacagagcatcattggtacggcattcatcatattccggactctataaaaatctactaagacat 11296482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 11176440 - 11176636
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattactttt-aa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  11176440 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgacgcagattaatttggttgcaaa-ttgagaaaataacttgtttttaattactttttaa 11176538  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  | ||||||||||    
T  11176539 atgacgagagtccggaatgtaatttgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacaggataatattttcgagcgtaaaaagaa 11176636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 26 - 197
Target Start/End: Original strand, 11295786 - 11295956
Alignment:
Q  26 gttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcg 125  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  11295786 gttgtttatctaaggcgatgtaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataatttgtttttaattacttt-aaatgacgagagcccggaatataattta 11295884  T
Q  126 tgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||| |||||| || ||||||||||    
T  11295885 tgtcgaccgttgatgcttgctaaattgcattttattgttgtaactggacaacattttcgcgcgtaaaaagaa 11295956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 23047978 - 23047796
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaatt-acttttaa 99  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||| |    
T  23047978 gtcaagtatcgttatctattgtcacgttgtttatctaaggcgatgctaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgtttctaattaatttttta 23047879  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttc 183  Q
    | ||| ||||  |||||||||||||| |||  | ||  || |||| ||| || ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  23047878 aagacaagaggtcggaatataattcgcgtcaacggtgaatacttgttaagttatatttaataattgtaaca-gacaatattttc 23047796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 349 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 23047491 - 23047331
Alignment:
Q  349 ttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactctttcgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattca 447  Q
    ||||||||||| | || ||  ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| |  ||||||| ||||| | |||||||||      
T  23047491 ttcaaaatcaatttctgaattttctacaatcagatacaggtttcactctctcaatatgaaaccggtatcgcattatttcaactttcgctgtaaatatttg 23047392  T
Q  448 tcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcataca 508  Q
    |  |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||    
T  23047391 tatttaaaaatcagaattttcagatttaaaaataattccggttacaattattaatcataca 23047331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 183
Target Start/End: Original strand, 3791212 - 3791366
Alignment:
Q  27 ttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgt 126  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||  ||||| ||||| ||||||| || |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  3791212 ttgtttatctaaggtgatgctaattagtttgattgtgaaattaggaaattaacttgtttctaattattttt--atgacgagagaccggaatataattcgt 3791309  T
Q  127 gtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttc 183  Q
    ||||  |||  || |||  ||| || ||| |||||||| ||||| || |||||||||    
T  3791310 gtcgatcgtgaatacttcttaagttatatcttattattataacaagaaaatattttc 3791366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 130
Target Start/End: Original strand, 3828990 - 3829091
Alignment:
Q  27 ttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgt 126  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||  ||||| ||||| ||||||| || |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  3828990 ttgtttatctaaggtgatgctaattagtttgattgtgaaattaggaaattaacttgtttctaattattttt--atgacgagagaccggaatataattcgt 3829087  T
Q  127 gtcg 130  Q
    ||||    
T  3829088 gtcg 3829091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 297 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 3779792 - 3779577
Alignment:
Q  297 ttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactc 396  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||| |||||||  ||||||     |||||| |||||||||    
T  3779792 ttttgaaaattagtaatttctaaattaattaaagaaaatgctctgactgtattttaaaatcaattcctaaatcttctac-----gatacatgtttcactc 3779698  T
Q  397 tttcgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaat 495  Q
    |||| | ||| |||  |||||||  |||| ||  ||||   || || |||||  ||||||||| | ||  || ||||||||| | |||| || |||||||    
T  3779697 tttcaagatgaaatgagtatcacattattccaattttcaatgttaaaattcaatgttaaaaataaaaaaatttagacttaaatataatttctcttacaat 3779598  T
Q  496 ttataatcatacaatttaaca 516  Q
    || ||||||||||| ||||||    
T  3779597 ttctaatcatacaacttaaca 3779577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 443 - 589
Target Start/End: Original strand, 3829506 - 3829651
Alignment:
Q  443 attcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatca 542  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| | ||||| ||| ||||||||||| ||||||||  | || || ||  || |||||||    
T  3829506 attcatcgttaaaaataa-aattttcagacttaaatataattcattttacagtttctaatcatacaacttaacagaaaatcattgatagaacgttcatca 3829604  T
Q  543 cattccggaccctatgaaaatctactc-agacatggtaattataataa 589  Q
     |||||  || |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3829605 tattcc-aactctataaaattctactcaagacatggtaattataataa 3829651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 3780212 - 3780057
Alignment:
Q  26 gttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcg 125  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||| |||| |||| ||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||  ||||| |||| |  |||||||||| |    
T  3780212 gttgtttatctaaggtagtgctaattagtttgattgcgaaattagaaaattaacttgtttttaattattttt--atgacaagagacaagaatataatttg 3780115  T
Q  126 tgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttc 183  Q
    |||||  ||   || |||| ||| || |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3780114 tgtcgatcgcgaatacttgttaagttatattttattattgtaacaggaaaatattttc 3780057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 443 - 509
Target Start/End: Original strand, 3791695 - 3791760
Alignment:
Q  443 attcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaa 509  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| | ||||| ||| |||||||||||    
T  3791695 attcatcgttaaaaataa-aattttcagacttaaatataattcattttacattttctaatcatacaa 3791760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 847 - 884
Target Start/End: Original strand, 11296690 - 11296727
Alignment:
Q  847 agcaaaactaaagtattggaatttaagggttacgtatc 884  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11296690 agcaaaacaaaagtattggaatttaaaggttacgtatc 11296727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 540 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 23047322 - 23047269
Alignment:
Q  540 tcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataagcat 593  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  23047322 tcacattccggactctataaaaatgtactcaaacatggtaattgtaacaagcat 23047269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 200 - 579
Target Start/End: Original strand, 38191 - 38571
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  38191 aatttaaaggtaccgtcggctttcgcgcgcccggtaccgtattttaaactcacaagcgccagctttcgcatgtacgatcacaagtttaaaatagcctttt 38290  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38291 tgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacgttcagatacaggtttcactcttt 38390  T
Q  400 cgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38391 cgatatgaaaccggtatcactttatttcaactttcaccgtaaatattaatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttc 38490  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggta 579  Q
    ||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  38491 taaacatacaacttaacagagtatcattggtacgacgttcatcatattccggactctatagaaatctactcagacatggta 38571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 37840 - 38035
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  37840 gtcaagtaccgtaattaattgttacgttgtttatctaaggcgatgcagattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgtttttaattac-tttaaa 37938  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||    
T  37939 tgacgagagcccgaaatataatttgtgtcgaccgttgatgcttactaaattgcattttattattgtaacaggataatattttcgcgcgtaaaaagaa 38035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158 (Bit Score: 215; Significance: 1e-117; HSPs: 4)
Name: scaffold0158
Description:

Target: scaffold0158; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 196 - 577
Target Start/End: Original strand, 35666 - 36045
Alignment:
Q  196 aacaaatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcc 295  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35666 aacaaacttaaaggcaccgtcgacttacgcacgtccgttaccgtattttaaactcacaagcgtcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcc 35765  T
Q  296 tttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcact 395  Q
    |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  35766 tttttgaaaatttgaaatttcta----aattaaagaaaacgctctcgctgtatttcaaaaccaattcctaaaaattctacagtcagatacaagtttcgct 35861  T
Q  396 ctttcgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagac-ttaaaaacaattcctgttaca 493  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||    ||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||    
T  35862 ctttcgatatgaaaccggtatcactttatttcaactttgattgtaaatattaattgtttaaaatcagaatttttagactttaaaaataattcctgttaca 35961  T
Q  494 atttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatgg 577  Q
    |||| |||||||  || |||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  35962 atttctaatcatgtaaattaacagagcaccattagtacaacattcatcacattccggactctatggaaatctactcaggcatgg 36045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 27913 - 28122
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaa-ttgggaaaataacttgattttaattacttttaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   || | || ||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27913 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgtttgtaaatgatatgggtgcaaaaattaggaaaataacttgtttttaattacttttaa 28012  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaaca 199  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  28013 atgacgagagcccgaaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcgcgtgtaaaaagaatt 28112  T
Q  200 aatttaaagg 209  Q
    ||||||||||    
T  28113 aatttaaagg 28122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 35316 - 35525
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgc-aaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaa 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |   || | || ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35316 gtcaagtacagtaattaattgttacgttgtttatcaaaggcgtttgtaaatgatatgggtgcaaaaattgggaaaataacttgtttttaattacttttaa 35415  T
Q  100 atgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaaca 199  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||      
T  35416 atgacgagagcccgaaatataattcgtgttgtccgttgatacttgctaaattgtattttattattgtaacaagacaatattttcgcgtgtaaaaagaatt 35515  T
Q  200 aatttaaagg 209  Q
    ||||||||||    
T  35516 aatttaaagg 35525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 389 - 577
Target Start/End: Original strand, 28133 - 28323
Alignment:
Q  389 tttcactctttcgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagactt-aaaaacaattcc 486  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||   || || |||  | ||| |||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  28133 tttcgctctttcgatatgaaaccggtatcactttatttcaactttcattgttaacattatttgtttaaaatttgaatttttagactttaaaaataattcc 28232  T
Q  487 tgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatgg 577  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28233 tgttacaatttctaatcatacaaattaatagagcaccattggtacaacagtcatcacattccagactctatgaaaatctactcagacatgg 28323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0334 (Bit Score: 200; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0334
Description:

Target: scaffold0334; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 280 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 17189 - 16906
Alignment:
Q  280 caagtttaaaatagcctttttgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtc 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  17189 caagtttaaaatagcctttttgaaaattagaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaattcctaaaaattctacagtc 17090  T
Q  380 agatacaggtttcactctttcgatatg-aatcggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaa 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||    
T  17089 agatataggtttcactctttcgatatgaaatcgatatcactttattccagctttcgccgtaaatattcatcttttaaaatcagaattttcaaacttaaaa 16990  T
Q  479 acaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaa 562  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16989 ccaattcctgttacaatttaaaatcatacaatttaacagagtaccattggtacgacgttcatcacattccggactctataaaaa 16906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 9e-88; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 200 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 7960595 - 7960215
Alignment:
Q  200 aatttaaaggcaccgtcgactttcgtacgtccgataccgtattttaaactcacaagcttcagctttcgcatgtacgaccgcaagtttaaaatagcctttt 299  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||  || ||| |||||||||||||||||| |  |  |||||||||| |||||| |  ||||||||||||||| | ||    
T  7960595 aatttaaaggtaccgtcagctttcgcgcgcccgttaccgtattttaaactcatagacgccagctttcgcgtgtacgcctacaagtttaaaatagcttgtt 7960496  T
Q  300 tgaaaatttgaaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctgtatttcaaaatcaactcctaaaaattctacggtcagatacaggtttcactcttt 399  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||  |||||  || ||||||||||||||||||||    
T  7960495 tgaaaattagcaatttctaaattaattaaagaaaacgctttcgctatatttcaaaaccaatttctaaattttctatagttagatacaggtttcactcttt 7960396  T
Q  400 cgatatgaatc-ggtatcactgtatttcagctttctccgtaaatattcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaattta 498  Q
    ||||||||| | |||||| || ||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  7960395 cgatatgaaaccggtatcgctttatttcaactttcgctgtaaatattaatcgttaaaaatcagaattttcagacttaaaaacaatttctgttaaaatttc 7960296  T
Q  499 taatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatcacattccggaccctatgaaaatctactcagacatggta 579  Q
    ||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  | || |||||||||||||||    
T  7960295 taaacatacaacttaacagagtatcattggtacgacgttcatcatattccggactctatagagatatactcagacatggta 7960215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7846021 - 7845826
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||| ||  ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  7846021 gtcaagtaccgttatatattgtcacattgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaatttggaaaataacttgtttttaattac-tttaaa 7845923  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||   |||||| ||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7845922 tgacgagagcccgaaatataatttgtgccgactgtgagtgcttgttaagttatatattattattgtaacaggacaatattttcacgcgtaaaaagaa 7845826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7840009 - 7839842
Alignment:
Q  29 gtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgtgt 128  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  7840009 gtttatctaaggcgatacaaattaatttggttgcaaaatttgaaaaataacttgtttttaattac-tttaaatgacgagagtccggaatataatttgtgt 7839911  T
Q  129 cgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaa 197  Q
    |  || |   |||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||    
T  7839910 caaccatgagtgcttgttaagttatattttattattgtaacaggacaatattttcgcacgtaaaaagaa 7839842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7960946 - 7960739
Alignment:
Q  1 gtcaagtaccgtaattaattgttaagttgtttatctaaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaa 100  Q
    |||||||||||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | ||    
T  7960946 gtcaagtaccgttatctattgtcacgttgtttatctaaggcgatgcaaattagtttggttgcaaaattgggaaaataacttgttttaaattaattct-aa 7960848  T
Q  101 tgacgagagcccggaatataattcgtgtcgtccgttgatgcttgctaaattgtattttattattgtaacatgacaatattttcacgtgtaaaaagaacaa 200  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||| || |   | |||| ||| || ||||||| |||| ||||  |||||||||||| || ||||||||||  |    
T  7960847 tgacaagagaccggaatataattcccgtcgaccataagtacttgttaagttatattttaatattctaacgggacaatattttcgcgcgtaaaaagaatta 7960748  T
Q  201 atttaaagg 209  Q
    |||||||||    
T  7960747 atttaaagg 7960739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0267 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0267
Description:

Target: scaffold0267; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 443 - 589
Target Start/End: Original strand, 5199 - 5343
Alignment:
Q  443 attcatcgttaaaaattagaattttcagacttaaaaacaattcctgttacaatttataatcatacaatttaacagagcaccagtggtacgacattcatca 542  Q
    |||||||||||||||| | |  ||||||||||||| | ||||| | ||||| ||| ||||||||||| ||||||||  | || || ||  || |||||||    
T  5199 attcatcgttaaaaataaaa--tttcagacttaaatataattcattttacagtttctaatcatacaacttaacagaatatcattgatagaacgttcatca 5296  T
Q  543 cattccggaccctatgaaaatctactcagacatggtaattataataa 589  Q
     |||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5297 tattccaaactctataaaaatctactcagacatggtaattataataa 5343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0267; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 129
Target Start/End: Original strand, 4719 - 4809
Alignment:
Q  37 aaggcgatgcaaattaatttggttgcaaaattgggaaaataacttgattttaattacttttaaatgacgagagcccggaatataattcgtgtc 129  Q
    |||| ||||| ||||| |||| |||  ||||| ||||| ||||||| || |||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  4719 aaggtgatgctaattagtttgattgtgaaattaggaaattaacttgtttctaattattttta--tgacgagagaccggaatataatttgtgtc 4809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University