View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20383_low_11 (Length: 249)

Name: NF20383_low_11
Description: NF20383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20383_low_11
NF20383_low_11
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (12-234)||(24194248-24194470)
chr5 (33-213)||(26727792-26727973)
chr5 (30-232)||(19316299-19316501)
chr5 (27-170)||(17169669-17169812)
chr5 (12-129)||(17364222-17364339)
chr5 (77-234)||(19859298-19859454)
chr5 (68-151)||(31479654-31479737)
chr5 (30-107)||(19268518-19268595)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (12-218)||(11773892-11774098)
chr7 (30-234)||(8323847-8324050)
chr7 (31-229)||(8327051-8327248)
chr7 (16-196)||(3170161-3170340)
chr7 (30-205)||(20910397-20910572)
chr7 (33-232)||(13761558-13761757)
chr7 (30-178)||(29731190-29731339)
chr7 (30-178)||(29741608-29741757)
chr7 (30-180)||(29741056-29741207)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (12-234)||(20407906-20408128)
chr1 (12-221)||(21719738-21719946)
chr1 (33-234)||(23475707-23475907)
chr1 (13-234)||(22615221-22615442)
chr1 (81-234)||(21219206-21219359)
chr1 (12-184)||(18621821-18621993)
chr1 (31-205)||(21402675-21402849)
chr1 (30-135)||(21423339-21423444)
chr1 (30-123)||(21978663-21978756)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (12-234)||(16218753-16218975)
chr3 (12-232)||(2546957-2547176)
chr3 (30-234)||(27052508-27052711)
chr3 (12-234)||(10726020-10726241)
chr3 (30-233)||(10934547-10934750)
chr3 (12-196)||(15539096-15539281)
chr3 (12-214)||(19631818-19632018)
chr3 (12-234)||(15045082-15045303)
chr3 (27-187)||(19614479-19614639)
chr3 (31-234)||(19659707-19659903)
chr3 (33-135)||(5347465-5347567)
chr3 (27-128)||(12696587-12696688)
chr3 (65-173)||(4813974-4814082)
chr3 (29-213)||(13440188-13440366)
chr3 (76-144)||(8853207-8853275)
chr3 (31-130)||(12252746-12252845)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (16-229)||(15711472-15711684)
chr4 (34-234)||(16571261-16571459)
chr4 (12-198)||(11776273-11776450)
chr4 (29-215)||(21982020-21982207)
chr4 (140-234)||(15692359-15692453)
chr4 (33-234)||(17959937-17960137)
chr4 (68-135)||(28800969-28801036)
chr4 (44-172)||(9566647-9566775)
[»] scaffold0190 (1 HSPs)
scaffold0190 (31-234)||(1779-1982)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (31-220)||(14566428-14566617)
chr6 (30-232)||(19977154-19977357)
chr6 (32-234)||(19980308-19980510)
chr6 (78-234)||(16308506-16308664)
chr6 (34-130)||(5484754-5484850)
chr6 (14-205)||(18557444-18557634)
chr6 (29-135)||(19725333-19725436)
chr6 (12-234)||(23294110-23294337)
chr6 (30-116)||(10974969-10975055)
chr6 (133-213)||(9520827-9520907)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (30-234)||(21654276-21654479)
chr2 (12-234)||(28774275-28774497)
chr2 (12-152)||(18995291-18995431)
chr2 (60-205)||(24282032-24282180)
[»] scaffold0205 (1 HSPs)
scaffold0205 (12-232)||(943-1162)
[»] scaffold0193 (1 HSPs)
scaffold0193 (12-215)||(18878-19081)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (67-196)||(10649-10778)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (12-205)||(24624924-24625117)
chr8 (29-135)||(18830622-18830728)
chr8 (18-196)||(21695153-21695330)
chr8 (27-130)||(18828556-18828659)
chr8 (33-102)||(17610725-17610794)
chr8 (148-234)||(14393520-14393606)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (30-234)||(204654-204858)
[»] scaffold0530 (1 HSPs)
scaffold0530 (31-187)||(3047-3194)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (12-214)||(371223-371424)
[»] scaffold0964 (1 HSPs)
scaffold0964 (30-205)||(2233-2409)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (12-202)||(1943-2131)
[»] scaffold0228 (3 HSPs)
scaffold0228 (31-123)||(7024-7116)
scaffold0228 (31-123)||(14606-14698)
scaffold0228 (31-123)||(24558-24650)
[»] scaffold0039 (1 HSPs)
scaffold0039 (60-215)||(7960-8115)
[»] scaffold0412 (1 HSPs)
scaffold0412 (37-130)||(3291-3384)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (68-144)||(155100-155175)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (59-135)||(10217-10293)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Original strand, 24194248 - 24194470
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24194248 atcatcaaaacgacatatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 24194347  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24194348 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaaatcacaattaacataaaagcacttaaactcataattgaaaatataagattatgacttaattgatgaa 24194447  T
Q  212 aagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  24194448 aagaaaccatcctccttacctct 24194470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 33 - 213
Target Start/End: Original strand, 26727792 - 26727973
Alignment:
Q  33 caacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattca 132  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||     
T  26727792 caacaacaactatgaagtttaaacacataacacaacaatttcatgaagtttatcatatccacaaattcacatgaattaggagcacgaaactcatca-tcg 26727890  T
Q  133 aaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcactt-aaactcataattgaaaata-gaagattatgacttaattgatgaaaa 213  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  26727891 aaaatcacaaaagtcacaattaacataaaagcacttaaaacccataattgaaaagatgaagattatgacttaattgatgaaaa 26727973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 30 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 19316501 - 19316299
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  19316501 caacaaaaacaattatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccaaaatttcacatgaaataggagcacgaattttatcat 19316402  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctta 229  Q
    ||||||     |||||||||||||| || | ||||| |||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  19316401 tcaaaaccacaaaaagtcacaattatcacaaaagcatttaaacacataattgaaaatactaaattatgacttaattgatgaaaagagaccatccccctta 19316302  T
Q  230 cct 232  Q
    |||    
T  19316301 cct 19316299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 27 - 170
Target Start/End: Original strand, 17169669 - 17169812
Alignment:
Q  27 tatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcat 126  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| |||  ||||    
T  17169669 tatcaaaaacaactaatatgaagtttaagatcttaacacaacaattacatgaagtttatcgtacacataaattcacttgaattaggagcatgaaagtcat 17169768  T
Q  127 cattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaa 170  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| | | | ||||||||||    
T  17169769 cattcaaaattcacaaaagtcacaattgagacaaaagcacttaa 17169812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 129
Target Start/End: Original strand, 17364222 - 17364339
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||     
T  17364222 atcatcaaaacaacttatcaacaacaacaactatgaattttaagcacataacatatcaatttcatgaagtttatcatgcccataaattcacatgaattaa 17364321  T
Q  112 gagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  17364322 gagcacgaaattcatcat 17364339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 77 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 19859454 - 19859298
Alignment:
Q  77 gaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcat 176  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||| | || ||||||||| |||||||||| || ||||||||  |||    
T  19859454 gaagtttatcatacccataatttcacatgaattaagagcacgaaattcatca-tcaatattcacaaaagtcataattaacataaaaacacttaaatccat 19859356  T
Q  177 aattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaa-gaaaccatcctccttacctct 234  Q
    |||||||||||  |||||||  ||||||| || |||| ||||||| || ||||||||||    
T  19859355 aattgaaaataagagattatagcttaatt-ataaaaaggaaaccaccccccttacctct 19859298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 68 - 151
Target Start/End: Original strand, 31479654 - 31479737
Alignment:
Q  68 caatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaa 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||   | |||||||||||    
T  31479654 caatttcatgaagtttatcatacccataatttcacatgaaataggagcatgaattttatcattcaaaaccataaaaagtcacaa 31479737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 107
Target Start/End: Original strand, 19268518 - 19268595
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | |||| || |||| |||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19268518 caacaacaacaactatgaagtttaagatattaacaccacaaattcatgacatttatcatacccacaatttcacatgaa 19268595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 11774098 - 11773892
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11774098 atcatcaaaacaacttatcaacaacaacaactatgaagtttaagcgcataacacaacaatttcatgaagtttatcatatccacaaattcacttgaattag 11773999  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11773998 gagcacgaatttcatcattcaaaaatcacaaaagtcacaattaacacaaaatcacttaatcccataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 11773899  T
Q  212 aagaaac 218  Q
    | |||||    
T  11773898 aggaaac 11773892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 8324050 - 8323847
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  8324050 caacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcctgaagtttatcttacccacaaattcacatgaattaggagcacaaaattcatcat 8323951  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctta 229  Q
      |||| |  |||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  8323950 ggaaaattaccaaaa-acacaattaacataaaagcaattaaacccataatagaaattaagagactatgacttaaataatgaaaagaaaccatccccctta 8323852  T
Q  230 cctct 234  Q
    |||||    
T  8323851 cctct 8323847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8327248 - 8327051
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | ||| | ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  8327248 aacaacaacaactatgaagtttaagaacataacataacaatttcctgaagtttaccgtacccacaaattcacatgaattaggagcacgaaattcatcatg 8327149  T
Q  131 caaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctta 229  Q
     |||| |  |||||  ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||    
T  8327148 gaaaattaccaaaa-acacaattaacataaaagcacttaaatccataattgaaattaagagattatgacttaaataatgaaaagaaacgatccccctta 8327051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 3170340 - 3170161
Alignment:
Q  16 tcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagc 115  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||||||||  | ||| |||| ||||||| ||||    
T  3170340 tcaaaacaacttatcaacaacaacaactatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatacatataaaatcacatgaattaagagc 3170241  T
Q  116 acgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattat 196  Q
    ||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  3170240 acgaaattcatca-tcaaaattcacaaaaatcacaattaacataaaagaacttaaacccataattgaaaataagagattat 3170161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 20910572 - 20910397
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    |||||| |||||||||||  ||||| | | ||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  20910572 caacaataacaactatgagttttaagcacataacatatcaatttcatgaagtttatcatacccataaattcacatgaattaggagcacaaatttcatcat 20910473  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    ||||||   | |||||| ||||||| || | ||||| |||||||||||||||  ||||   |||||||||||||||    
T  20910472 tcaaaatcataaaaagtaacaattatcacaaaagcaattaaactcataattgttaataagtgattatgacttaatt 20910397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 13761757 - 13761558
Alignment:
Q  33 caacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattca 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| || || ||   ||||||||||||||| ||||||||    
T  13761757 caacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaaccatttcatgaaatttatcatacccacaattttacatggtataggagcacgaattttatcattca 13761658  T
Q  133 aaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttacct 232  Q
    ||      |||| |||||||||  | | || ||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||  ||||||||||| |||| | ||||||    
T  13761657 aacccacaaaaaatcacaattactacaaaaacacttaaacccataagtgaaattaagagattataacttaattagtgaaaagaaactatcccctttacct 13761558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 30 - 178
Target Start/End: Original strand, 29731190 - 29731339
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||| |||||||| |||||    
T  29731190 caacaacaacaattatgaagtttaagctcttaacatgacaatttcatgaagtttatcatactcacaattccacatgaaataggagtacgaattttatcat 29731289  T
Q  130 tcaaaa-atctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataa 178  Q
    ||||||   |  |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||    
T  29731290 tcaaaaccaccaaaaagtcacaattatcacaaaagcacttaaacccataa 29731339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 29741757 - 29741608
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||| || |||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||| |||||||| |||||    
T  29741757 caacaacaataattatgaagtttaagctcttaagatgacaatttcatgaagtttatcatactcacaattccacatgaaataggagtacgaattttatcat 29741658  T
Q  130 tcaaaa-atctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataa 178  Q
    ||||||   |  |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||    
T  29741657 tcaaaaccaccaaaaagtcacaattatcacaaaagcacttaaacccataa 29741608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 29741207 - 29741056
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||| ||||| || ||||| | ||| |||| |||||||||||| || |||||    
T  29741207 caacagcaacaattatgaagtttaagctcttaacatgacaatttcatgcagtgtatcacactcacaattccacatgaaataggagcacgaaatttatcat 29741108  T
Q  130 tcaaaaatctc--aaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataatt 180  Q
    ||  ||||| |  |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||    
T  29741107 tc-gaaatcaccaaaaagtcacaattatcacaaaagcacttaaacccataatt 29741056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Original strand, 20407906 - 20408128
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20407906 atcatcaaaaccacttatcaagaacaacaactttgaagtttaagctcttaaatcaacaatttcgtgaagattatcatacccacaaattcacttgaattag 20408005  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    | |||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  20408006 gggcacgaattttatcattcaaaactaacaaaagtcacaattaacacaaaagcacttaaaatcataattgaaaataagagattatgacttaattgataaa 20408105  T
Q  212 aagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  20408106 aagaaaccatcccccttacctct 20408128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 221
Target Start/End: Original strand, 21719738 - 21719946
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  21719738 atcaccaaaacaacttatcaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatacctacaaattcacatgaattag 21719837  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatc-tcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatga 210  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||  |||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  21719838 gagcacgaaattcatca-taaaaaatcaccaaaagacacaattaacataaaaccacttaaacccataattg-aaattgaagattatgacttaattgatga 21719935  T
Q  211 aaagaaaccat 221  Q
    |||||||||||    
T  21719936 aaagaaaccat 21719946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 23475907 - 23475707
Alignment:
Q  33 caacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattca 132  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||||||     
T  23475907 caacaacaactatgaagtttaggctcttaacacaacaatttcatgaattttatcatacccacaatttcacatgaaatgagagcacgaatttcatcattc- 23475809  T
Q  133 aaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttacct 232  Q
    |||| | ||||||||| ||||| || | || ||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  23475808 aaaaccacaaaagtcataattatcacaaaaacacttaaacccataattgaaagtaatagattatgacttaactgaagaaaagaaaccatcccccttacct 23475709  T
Q  233 ct 234  Q
    ||    
T  23475708 ct 23475707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 22615221 - 22615442
Alignment:
Q  13 tcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattagg 112  Q
    |||| ||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||| | |  || ||  |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |    
T  22615221 tcattaaaacaacttataaacaataacaactatgaagtttaagcacaaaacactgcaatttcatgaagtttatcataccaacaatatcacttgaattgag 22615320  T
Q  113 agcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaa 212  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||| | ||||||    
T  22615321 agcacaaatttcatcattcaaaaatcacaaaagtcagaattaacacaaaaacacttaaactcataatttaaaataagagattatagcttaact-atgaaa 22615419  T
Q  213 a-gaaaccatcctccttacctct 234  Q
    | |||||||||| ||||||||||    
T  22615420 aggaaaccatcccccttacctct 22615442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 81 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 21219359 - 21219206
Alignment:
Q  81 tttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataatt 180  Q
    ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||    
T  21219359 tttatcatacctacacattcacatgaattaggagcacaaatttcatcattcaaaactacaaaaagtcacaattatcacaaaagcacttaaactcataatt 21219260  T
Q  181 gaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    ||||||   | |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  21219259 gaaaattataaattatgacttaattgatgaaaataaaccaccccccttacctct 21219206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 18621993 - 18621821
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| ||  | || ||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||    
T  18621993 atcatcaaaacaactcaacaccaacaacaactatgaggtttaagctattaacacaacaatttcttgaagttcatcatacccataatttcacatgaaatag 18621894  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaa 184  Q
    ||||||| |||| |||||||||||   | |||||||||||||| || | || | ||||||| |||||||||||    
T  18621893 gagcacggattttatcattcaaaaccataaaaagtcacaattatcacaaaaacccttaaacccataattgaaa 18621821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 31 - 205
Target Start/End: Original strand, 21402675 - 21402849
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    |||||||||||| ||||  ||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  21402675 aacaacaacaaccatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatatccttaaatttacatgaattatgagcacgaaattcatcatt 21402774  T
Q  131 caaaaatctc-aaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    | |||||| | |||||||||||||| || | ||  |||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||    
T  21402775 c-aaaatcacaaaaagtcacaattatcacaaaaatacttaaacccataattgaaaataagcgattatgtcttaatt 21402849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 135
Target Start/End: Original strand, 21423339 - 21423444
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | | || |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||| |||||| |||||    
T  21423339 caacaacaacaactatgaagtttaggttatcaacacaacaatctcataaagtttatcatacccacaatttcacatgaaataagagcaggaattttatcat 21423438  T
Q  130 tcaaaa 135  Q
    | ||||    
T  21423439 ttaaaa 21423444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 30 - 123
Target Start/End: Original strand, 21978663 - 21978756
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaattt 123  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||  | |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||| ||||    
T  21978663 caacagcaacaattatgaagtttaagatattaacacaacatattcatgaagtttatcatacccacaatttcacatgaaaaaggagcacgtattt 21978756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 16218975 - 16218753
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16218975 atcatcaaaacaacttatcaacaacagctactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 16218876  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||  ||||||| |||||    
T  16218875 gagcatgaatttcatcaatcaaaaatcataaaagtctcaattaacacaaaagcacttaaactcgtaattgaaaataagagattatagcttaatt-atgaa 16218777  T
Q  212 aa-gaaaccatcctccttacctct 234  Q
    || |||||||||| ||||||||||    
T  16218776 aaggaaaccatcccccttacctct 16218753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 2547176 - 2546957
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2547176 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaattag 2547077  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||  | |||||    
T  2547076 gagcacaaatttcatcattcaaaaatcacaaaagtcacaataaacataaaagcacttaaacccataattgaaaataatagattataacttagct-atgaa 2546978  T
Q  212 aagaaaccatcctccttacct 232  Q
    | |||||||||  ||||||||    
T  2546977 aggaaaccatctcccttacct 2546957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 30 - 234
Target Start/End: Original strand, 27052508 - 27052711
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27052508 caacaacaacaactatgaagtttaagctcttaacacagcaatttcatcaagtttatcatacccacaaattcacatgaattaggagcacgaatttcatcat 27052607  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctta 229  Q
    ||||||     |||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  27052608 tcaaaaccacaaaaagtcacaattatcacaaaatcacttaaactcataattgaaaataatacattgtgacttatttgatgaaaagaaaccatcc-cctta 27052706  T
Q  230 cctct 234  Q
    |||||    
T  27052707 cctct 27052711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Original strand, 10726020 - 10726241
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  10726020 atcatcaaaacaacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagctcttaacataacaattttatgaaatttatcatacctacaaattaacatgaattag 10726119  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||| |||| || ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||    
T  10726120 gagcacgaatttcatcatccaaaatcaccaaaagtcacaattatcataaaaacacttaaaaccataattgaaaataaaagattatgacttaa-tcatgaa 10726218  T
Q  212 aagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    ||| ||||| || ||||||||||    
T  10726219 aagcaaccaacccccttacctct 10726241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 30 - 233
Target Start/End: Original strand, 10934547 - 10934750
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||| | |||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10934547 caacaacaacaactatggagtttaagctcttaacacaacgatttcgttaagtttatcatttccataaattcacatgaattaggagcacgaatttcatcat 10934646  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaa-gtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctt 228  Q
    || |||| | ||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  10934647 tc-aaaaccacaaaaggtcacaattaacacataagcatttaaactcataattgaaaataatagattatgacttaattagtgaaaagaaaccatccccctt 10934745  T
Q  229 acctc 233  Q
    |||||    
T  10934746 acctc 10934750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 196
Target Start/End: Original strand, 15539096 - 15539281
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||  || || |||||||||||||||| |||||||| | | |||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  15539096 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatcaagtttaatcacataactcaacaatttcatgaagttgatcatatccacaaattcacatgaattag 15539195  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcactt-aaactcataattgaaaatagaagattat 196  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  15539196 gagcacaaatttcattattcaaaaatcacaaaagtcacagttaacaaaaaagcacttaaaacccataattaaaaatagaagattat 15539281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 19632018 - 19631818
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || ||| ||||| |||||||  || |||||| | | ||| ||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  19632018 atcatcaaaacaacttataaacaaaaacaact--gaggtttaagcacataacacaatcaattcatgaagtttatcataccagcaaattcacatgaattag 19631921  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaata-gaagattatgacttaattgatga 210  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  19631920 gagcacgaaattcattat-caaaaatcacaaaagccacaattaacacaaaagcacttaaactcataattgaaaagatgaagattatgacttaattgatga 19631822  T
Q  211 aaag 214  Q
    ||||    
T  19631821 aaag 19631818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 15045303 - 15045082
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||  ||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||     
T  15045303 atcatcaaaacaagttatcaacaacaacaaccatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatacccttaaatttacatgaattat 15045204  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaa-ctcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatga 210  Q
    ||||||||| |||| |||  ||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||  ||||| || |||    
T  15045203 gagcacgaaattcaacat--aaaaatcacaaaatccacaattaacataaaagcacttaaatcccataattgaaaatagtagattatagcttaaatg-tga 15045107  T
Q  211 aaa-gaaaccatcctccttacctct 234  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||    
T  15045106 aaaggaaaccatcccccttacctct 15045082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 27 - 187
Target Start/End: Original strand, 19614479 - 19614639
Alignment:
Q  27 tatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcat 126  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19614479 tatcaacaacaacaacaatgaaatttaatcacataacatatcaatttcatgaagtttatcatatccacaaattcacatgaattaggagcacgaaattcat 19614578  T
Q  127 cattcaaaaatctc-aaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaata 187  Q
    || ||||||||  | ||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  19614579 ca-tcaaaaatgacaaaaagtcacaattaacacaaaagcatttaaatccataattgaaaata 19614639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 19659903 - 19659707
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    ||||||||||||||||| || ||| | | ||| ||||  | |||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |            
T  19659903 aacaacaacaactatgaggtctaagcacataagacaatcaattctagaagtttatcatacccgcaaattcacatgaattaggagcacgaaat-------- 19659812  T
Q  131 caaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaata-gaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctta 229  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  | | |||| |||||    
T  19659811 caaaaatcacaaaagtcacaattaacacaaaagcactaaaactcataattgaaaagatgaagattatgacttaattgatgaaaaagatctatccccctta 19659712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 33 - 135
Target Start/End: Original strand, 5347465 - 5347567
Alignment:
Q  33 caacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattca 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||    
T  5347465 caacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaatttcacatgaaataggagcagaaattttatcattca 5347564  T
Q  133 aaa 135  Q
    |||    
T  5347565 aaa 5347567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 27 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 12696688 - 12696587
Alignment:
Q  27 tatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcat 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| ||||| ||    
T  12696688 tatcaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaatttcacatgaaaaaggagcacaaattttat 12696589  T
Q  127 ca 128  Q
    ||    
T  12696588 ca 12696587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 173
Target Start/End: Original strand, 4813974 - 4814082
Alignment:
Q  65 caacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagc 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| |||| ||||    
T  4813974 caacaatttcatgaagtttatcatatccacaatttcacatgaaatgggagcacgaatttcatcattcaaaaccacaaaaagtcacaattatcataaaagc 4814073  T
Q  165 acttaaact 173  Q
    |||||||||    
T  4814074 acttaaact 4814082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 213
Target Start/End: Original strand, 13440188 - 13440366
Alignment:
Q  29 tcaacaacaacaactatgaagtttaaactctta--atacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcat 126  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| | || | ||||||| ||||||||    
T  13440188 tcaacaacaacaactctgaagtttaagctcttataacacaacaatttcatgaagtttatcataaccataatttcacataaaatgggagcacaaatttcat 13440287  T
Q  127 cattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaa 213  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||       | || ||||||||||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  13440288 cattc-aaaaccacaaaaatcacaa-------aaaaccacttaaactcataattaagaataatagtttatgacttaattgatgaaaa 13440366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 76 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 8853275 - 8853207
Alignment:
Q  76 tgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaa 144  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||    
T  8853275 tgaagtttataatacacacaaattcacttgaattaggaccatgaatttcatcattcaaaaatcacaaaa 8853207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 12252845 - 12252746
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||| |  || |||||||||||||||| || || ||||| ||||  ||||||| | |||| ||||||    
T  12252845 aacaacaacaactatgaagtttaagctactaacacaagatattgatgaagtttatcatacacagaatttcacatgaaaaaggagcatggattttatcatt 12252746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 229
Target Start/End: Original strand, 15711472 - 15711684
Alignment:
Q  16 tcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagc 115  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  15711472 tcaaaacaacttaacaacaacaacaactatgaagtttaatctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaatttacatgaattaggagc 15711571  T
Q  116 acgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaaga 215  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| || | || |||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||    
T  15711572 acgaatttcatcattc-gaaacctcaaaagtcacaattatcacaaaaacacttaaattcataattgaaaataggagattataccttaattagtgaaaaga 15711670  T
Q  216 aaccatcctcctta 229  Q
    |||||||| |||||    
T  15711671 aaccatccccctta 15711684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Original strand, 16571261 - 16571459
Alignment:
Q  34 aacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       
T  16571261 aacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaacaattttatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaattttatcatt-tt 16571359  T
Q  134 aaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttacctc 233  Q
    ||||   ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  16571360 aaattaaaaaagtcacaattaacacaaaagcacttaaactcataattg-aaataatatattatgacttaattgatgaaaagaaacaatcccccttgcctc 16571458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 198
Target Start/End: Original strand, 11776273 - 11776450
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11776273 atcattaaaacaacttatcaacaacaacaattatgaagtttaagctctgaagacaacaatttcatgaagtttatcacacccacaaattcacttgaattag 11776372  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatga 198  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  11776373 gagcacgaatttcatcattcaaaattcacaaaagtcacaa---------aagcacttaaactcataattgaaaataatagattatga 11776450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 29 - 215
Target Start/End: Original strand, 21982020 - 21982207
Alignment:
Q  29 tcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaat-acaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatc 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||    
T  21982020 tcaacaacaacaactatgaagtttaagctcttaaacacaacaatttcattaagtttatcatacccacaatttcacatgaaataggagcacaaattttatc 21982119  T
Q  128 attcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaaga 215  Q
    ||||||||     ||||| |||||||| || | |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||  |||||||  ||||||||    
T  21982120 attcaaaaccacaaaaagccacaattatcacaaaagcacttaaacccataagtgaaattaagagattatagcttaattagtgaaaaga 21982207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 140 - 234
Target Start/End: Original strand, 15692359 - 15692453
Alignment:
Q  140 caaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  15692359 caaaagtcacaattaacacaaaatcacttaaacttataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaggaaaccattccccttacctct 15692453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 17959937 - 17960137
Alignment:
Q  33 caacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattca 132  Q
    ||||||||||| |||  ||||| | | ||| | ||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||| |||||| || ||||||| | |    
T  17959937 caacaacaactttgagttttaagcacataacataacaaattcatgaagtttattataccaataaattcacttgagttaagagcacaaaattcatca-tga 17960035  T
Q  133 aaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatg-aaaagaaaccatcctccttacc 231  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||| | ||| ||||||||||| || |||||||    
T  17960036 aaaatcacaaaagtcccaattagcaccaaagcacttaaacccataattgaaaataagagattatagcttaact-atgaaaaagaaaccaccccccttacc 17960134  T
Q  232 tct 234  Q
    |||    
T  17960135 tct 17960137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 68 - 135
Target Start/End: Original strand, 28800969 - 28801036
Alignment:
Q  68 caatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaa 135  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28800969 caattttatgaagtttatcatacccttaaattcacatgaattaagagcacgaatttcatcattcaaaa 28801036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 172
Target Start/End: Original strand, 9566647 - 9566775
Alignment:
Q  44 atgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaa 143  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |  || ||||  |||||||| ||||| |||||| ||||     |||    
T  9566647 atgaagtttaagatattaacacaacaaattcatgaagtttatcatacccataattctacatgaaaaaggagcacaaattttatcatttaaaaccacaaaa 9566746  T
Q  144 agtcacaattaacatagaagcacttaaac 172  Q
    |||||||||||  | | ||||||||||||    
T  9566747 agtcacaattataacaaaagcacttaaac 9566775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0190 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0190
Description:

Target: scaffold0190; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 31 - 234
Target Start/End: Original strand, 1779 - 1982
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  1779 aacaacaaaaactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacatgttcacatgaattaggagcatgaatttcatcatt 1878  T
Q  131 caaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttac 230  Q
    |||||     |||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  1879 caaaaccacaaaaagtcacaattaccacaaaagcacttaaactcgtaattgaaaataatagattatgacttaattagtgaaaagaaaccatcccccttac 1978  T
Q  231 ctct 234  Q
    ||||    
T  1979 ctct 1982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 31 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14566617 - 14566428
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  14566617 aacaacaacaactatgaagtttaagctcataacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacatgaattaggagcacaaatttcatcatt 14566518  T
Q  131 caaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaacca 220  Q
    |||||     ||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  14566517 caaaaccacaaaaagtctcaattatcacaaaagcacttaaactcataattgaaaataatagattatgacttaattagtgaaaagaaacca 14566428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 30 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 19977357 - 19977154
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatac-aacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatca 128  Q
    |||||||||||||||||||||| || |   ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  19977357 caacaacaacaactatgaagttgaagcatataacacaaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacatgcattaggagcacgaaattcatca 19977258  T
Q  129 ttcaaaaatc-tcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcct 227  Q
     ||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  19977257 -tcaaagatcaccaaaagtcacaattaacataaaagcacttaaacccataattgaaattagaagattattacttaattgatgaaaggaaaccatctccct 19977159  T
Q  228 tacct 232  Q
    |||||    
T  19977158 tacct 19977154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 234
Target Start/End: Original strand, 19980308 - 19980510
Alignment:
Q  32 acaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattc 131  Q
    ||||||||||| |||  |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||| ||| || ||| |||    
T  19980308 acaacaacaaccatggtgtttgagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacgatttcacatgaaataggagcaggaactttatctttc 19980407  T
Q  132 aaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattg-aaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttac 230  Q
    ||||     ||||||||||||   || | ||||||||||||   |||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  19980408 aaaaccacaaaaagtcacaatattcacaaaagcacttaaacctgtaattgaaaaataagagattatga-ttaattgatgaagagaaaccatcccccttac 19980506  T
Q  231 ctct 234  Q
    ||||    
T  19980507 ctct 19980510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 78 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 16308664 - 16308506
Alignment:
Q  78 aagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcata 177  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||     |||||| ||||||| || | ||||||||||||| |||    
T  16308664 aagtttatcatacccacaaattctcatgaattaggagcatgaatttcatcattcaaaaccacaaaaagtaacaattatcacaaaagcacttaaacttata 16308565  T
Q  178 attgaaaatagaagattatgacttaattgatg---aaaagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||||||||   |||| || |||||| ||||||||||    
T  16308564 attgaaaatggtagatta-aacttaattgatggaaaaaaaaacccatcccccttacctct 16308506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 5484850 - 5484754
Alignment:
Q  34 aacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||    
T  5484850 aacaataactatgaagtttgaactattaatacaacaaatccatgtagtttatcatacccacaaattcacatgaaaaaggagcacgaattttatcatt 5484754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 205
Target Start/End: Original strand, 18557444 - 18557634
Alignment:
Q  14 catcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattagga 113  Q
    ||||||||| || |||| | || |||||| ||||| ||||| | | ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||| | | ||| ||    
T  18557444 catcaaaacaacttatctataagaacaaccatgaattttaagcacgtaatacatcaattttatgaattttatcatacccataatttcacattagttaaga 18557543  T
Q  114 gcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    |||| |||||||||||||||||  |  |||||| ||||||| || | ||| || ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  18557544 gcacaaatttcatcattcaaaacac-aaaaagttacaattatcacaaaagtacctaaacccataagtgaaaatactagattatgacttaatt 18557634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 19725436 - 19725333
Alignment:
Q  29 tcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatca 128  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||   || ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||  |||| ||||    
T  19725436 tcaacaacaacaactataaagtttaagctc---atgcaacaatttcatgaaatttatcatactcacaatttcacatgaaataggagcacatattttatca 19725340  T
Q  129 ttcaaaa 135  Q
    |||||||    
T  19725339 ttcaaaa 19725333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 23294337 - 23294110
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||  | | ||| | ||||| ||||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||     
T  23294337 atcatcaaaacaacttatcagcaacaacaactatgaattttatgcacataacataacaaattcatgaagtttaacatactcataattgcacatgaattaa 23294238  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaac------atagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    || |||  | ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||      ||  ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||  ||| |||    
T  23294237 gaacacacaattcatca-tcaaaaatcacaaaattcacaattaacacaaaaattaaagcacttaaacctacaattgaaaataaaagattatagcttcatt 23294139  T
Q  206 gatgaaaagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    ||||||| ||| | |||  ||||||||||    
T  23294138 gatgaaaggaatctatctcccttacctct 23294110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 116
Target Start/End: Original strand, 10974969 - 10975055
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagca 116  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||   || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||    
T  10974969 caacaacaaaaactatgaaatttaagctaccaacacaacaatctcatgaagtttatcatacccgcaatttcacatgaaataggagca 10975055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 213
Target Start/End: Original strand, 9520827 - 9520907
Alignment:
Q  133 aaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaat-agaagattatgacttaattgatgaaaa 213  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9520827 aaaatcacaaaagtcacaattcacacaaaagcacttaaacccataattaaaaataagaag-ttatggcttaattgatgaaaa 9520907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 234
Target Start/End: Original strand, 21654276 - 21654479
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21654276 caacaacaacaaccatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacaaatttcatcat 21654375  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctcctta 229  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| | |||||| ||||||||||||||  |||||||  ||||||| |||||||| || |||||  ||||    
T  21654376 tcaaaaatcacaatagtcacaattaacacaaaagtagttaaacccataattgaaaataagagattatagcttaatt-atgaaaaggaatcatccctctta 21654474  T
Q  230 cctct 234  Q
    |||||    
T  21654475 cctct 21654479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 234
Target Start/End: Original strand, 28774275 - 28774497
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| ||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||    
T  28774275 atcatcaaaacaactcaacaataacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaatttcacataaaatag 28774374  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
     ||||| ||||  |||||||||||     ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||  |||||||  ||||    
T  28774375 aagcacaaattctatcattcaaaaccacaaaaagtcacaattactataaaagcactgaaactcataagtgaaattaagagattatagcttaattagtgaa 28774474  T
Q  212 aagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    || | || |||| ||||||||||    
T  28774475 aatagactatcccccttacctct 28774497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 152
Target Start/End: Original strand, 18995291 - 18995431
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  18995291 atcatcaaaacaactcaacaacaacaacaactatgaagtttaagctattaacacaataaattcatgaagtttatcatacccacaatttcacatgaaatag 18995390  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaat 152  Q
    |||||  ||||| |||||| |||| |   ||||||||||||    
T  18995391 gagcataaattttatcatttaaaattacaaaaagtcacaat 18995431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 60 - 205
Target Start/End: Original strand, 24282032 - 24282180
Alignment:
Q  60 taatacaacaatttcatgaagtttat--catacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaa-tctcaaaagtcacaattaac 156  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |  |||||| ||||||| |    
T  24282032 taatacatcaatttcatgaagtttatatcatacccttaaattcacatgaattaagagcacgaattttatcattcaaaaacacaaaaaagttacaattatc 24282131  T
Q  157 atagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    | | ||  |||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  24282132 acaaaataacttaaactcataagtgaaaagactagattatgacttaatt 24282180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0205 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0205
Description:

Target: scaffold0205; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1162 - 943
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||  ||||| | | ||| |||  |||||||| || |||||| |||||| |||||||| |||||||     
T  1162 atcattaaaacaacttatcaacaacaacaaccatgatttttaagcacataacacattaatttcataaattttatcgtacccataaattcacatgaattaa 1063  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  1062 gagtacgaaattcatcat-caaaattcacaaaagtcacaattaacataaaagcgtttaaactcataattgaaaagagaagattatgaattaattgatgaa 964  T
Q  212 aagaaaccatcctccttacct 232  Q
    ||| |||||||| ||||||||    
T  963 aaggaaccatcccccttacct 943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0193 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0193
Description:

Target: scaffold0193; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 215
Target Start/End: Original strand, 18878 - 19081
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||| | || |||||||||||||||| ||||  ||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  18878 atcatcaaaccaacttatcaacaacaacaaccatgagttttaagcccataatacaacaattttatgaagtttatcatacccttaaattcacctgaattag 18977  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    || || |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||  ||||    
T  18978 gaacaggaatttcatctttcaaaaatataaaaagtcacaattatcacaaaagcacttaaactcataagtgaaaatactagataatgacttaattagtgaa 19077  T
Q  212 aaga 215  Q
    ||||    
T  19078 aaga 19081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 196
Target Start/End: Original strand, 10649 - 10778
Alignment:
Q  67 acaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcac 166  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||     
T  10649 acaatttcatgaagattatcatacccataaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatcacaaaagtcacaattaacataaaaacat 10748  T
Q  167 ttaaactcataattgaaaatagaagattat 196  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  10749 ttaaactcataattgtaaataagagattat 10778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 205
Target Start/End: Original strand, 24624924 - 24625117
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||| | |||||     
T  24624924 atcatcaaaacaacttatcaacaacaacaaccatgaattttaagcacataatacatcaattttatgaagtttatcatacccttaaattcacataaattaa 24625023  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||  | | |||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  24625024 gagcacgaatttcatcatttaaaaacataaaaagtcacaattattacaaaagcacttaaacccataagtgaaaatactagattatgacttaatt 24625117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 18830728 - 18830622
Alignment:
Q  29 tcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatca 128  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||| |||||||| |||||| ||||    
T  18830728 tcaacaacaataactatgaagtttaagctattaacacaacattttcatgaagtttattatacccataatttcacatgaaataggagcatgaattttatca 18830629  T
Q  129 ttcaaaa 135  Q
    |||||||    
T  18830628 ttcaaaa 18830622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 196
Target Start/End: Original strand, 21695153 - 21695330
Alignment:
Q  18 aaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcac 117  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||   ||| || |||||||||| |||| ||| || |  || ||||||| ||||||    
T  21695153 aaaacaacttatcaacaacatcaactatgaagtttaagcacataatatgtcaaattgatgaagtttaacatatccataattatacatgaattaagagcac 21695252  T
Q  118 gaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattat 196  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||  |  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  21695253 gaaattcatcat-caaaaatcacaaatgtcacaattaatgttaaagcacttaaacccataattgaaaataggagattat 21695330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 130
Target Start/End: Original strand, 18828556 - 18828659
Alignment:
Q  27 tatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcat 126  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||   | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||  |||| ||    
T  18828556 tatcaacaacaacaaccatgaggtttaagtacataatccatcaatttcatgaaatttatcatacccacaatttcacatgaaaaaggagcacagattttat 18828655  T
Q  127 catt 130  Q
    ||||    
T  18828656 catt 18828659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 17610794 - 17610725
Alignment:
Q  33 caacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcac 102  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17610794 caacaacaaccatgaagtttgaactattaacacaacaaacccatgaagtttatcatacccacaatttcac 17610725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 148 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 14393606 - 14393520
Alignment:
Q  148 acaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaagaaaccatcctccttacctct 234  Q
    |||||||||||| | |  ||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||    
T  14393606 acaattaacataaaggtgcttaaacccataattgaaaattagagattatgacttaattagtgaaaaggaaccattccccttacctct 14393520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 204858 - 204654
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcat 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||| ||    
T  204858 caacaacaacaattatgaagtttaaacatataacacaacaatttcatgaagtttatcaagcccacaaattcactcgaattaagagcacaaatatcattat 204759  T
Q  130 tcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaa-gaaaccatcctcctt 228  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||| | || ||||||||||||| |||||||||   |||| ||  ||||||| ||||||| |||||||||| ||||    
T  204758 tcaaaaatcacaaatgtcagaattaacacaaaaacacttaaactcatgattgaaaatgagagatcatagcttaatt-atgaaaacgaaaccatccccctt 204660  T
Q  229 acctct 234  Q
    ||||||    
T  204659 acctct 204654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0530 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0530
Description:

Target: scaffold0530; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 187
Target Start/End: Original strand, 3047 - 3194
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  3047 aacagcaacaactatgaagtttaagcacataatacaacaatttcatgaagtttattatactcataaattcacttgaattaggagcacggatttcatcat- 3145  T
Q  131 caaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaata 187  Q
             |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3146 --------acaaaagtcacaattaacataaaagcacttaaacccataattgaaaata 3194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 371424 - 371223
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||||  ||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||     
T  371424 atcatcaaaacaacttatcaacaacaataaccatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatacccttaaattcacatgaattaa 371325  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaa 211  Q
    ||||||| ||||||||||  ||    |  |||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||    
T  371324 gagcacggatttcatcatgaaagttacaaaaaaatcacaattaacaaaaaagcacttaaacccataattgaaaatatgtgattatgacttaatt-atgaa 371226  T
Q  212 aag 214  Q
    |||    
T  371225 aag 371223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0964 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0964
Description:

Target: scaffold0964; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 205
Target Start/End: Original strand, 2233 - 2409
Alignment:
Q  30 caacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaatt-cacttgaattaggagcacgaatttcatca 128  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||| | |  || ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| || ||| |||| | |||||||||||| |||||    
T  2233 caacaacaacatctatgagttttaaccacacaacacatcaattttatgaagtttatcacacccacaattttcacatgaaatgggagcacgaattccatca 2332  T
Q  129 ttcaaaaatctcaaaag-tcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaatt 205  Q
    ||||||| || |||||| | ||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  2333 ttcaaaa-tcacaaaaggttacaattatcacaaaagcacttaaacccataattgaaaatactagattatgacttaatt 2409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 1943 - 2131
Alignment:
Q  12 atcatcaaaacgacgtatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattag 111  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| | ||| | | ||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1943 atcatcaaaacaacttatcaacaacaacaaccatgaaatctaagcacataacatattaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcatatgaattag 2042  T
Q  112 gagcacgaatttcatcattcaaaaatctc-aaaagtcacaattaacatagaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgactta 202  Q
    |||| | || ||||| ||   |||||| | |||||||| |||||||| | || ||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||    
T  2043 gagcgcaaaattcataat--caaaatcacaaaaagtcataattaacaca-aaacacttaaacccataattgaaaataaaatattatggctta 2131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 3)
Name: scaffold0228
Description:

Target: scaffold0228; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 7116 - 7024
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  7116 aacaacaacaactatgaagtttaagctattaacaccacaaattcatgaagtttatcatacccacattttcacatgaattaggagcacaaattt 7024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 14698 - 14606
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  14698 aacaacaacaactatgaagtttaagctattaacaccacaaattcatgaagtttatcatacccacattttcacatgaattaggagcacaaattt 14606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 24650 - 24558
Alignment:
Q  31 aacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  24650 aacaacaacaactatgaagtttaagctattaacaccacaaattcatgaagtttatcatacccacattttcacatgaattaggagcacaaattt 24558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 215
Target Start/End: Original strand, 7960 - 8115
Alignment:
Q  60 taatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaagtcacaattaacata 159  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||| || |||| || ||||| |||||||||||||||||||    |||||||||||||| || |    
T  7960 taatacatcaattttatgaagtttatcaaacccttaaattaacatgaactaagagcatgaatttcatcattcaaaaacacaaaaagtcacaattatcaca 8059  T
Q  160 gaagcacttaaactcataattgaaaatagaagattatgacttaattgatgaaaaga 215  Q
     |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||  |||||||  ||||||||    
T  8060 aaagcacttaaacccataagtgaaattaagagattatagcttaattagtgaaaaga 8115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0412 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0412
Description:

Target: scaffold0412; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 130
Target Start/End: Original strand, 3291 - 3384
Alignment:
Q  37 aacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcatt 130  Q
    ||||||||||||||||||  | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |  || ||||  |||||||||||||| ||||||    
T  3291 aacaactatgaagtttaagatattaacacaacaaattcatgaagtttatcatacccataattctacgtgaaaaaggagcacgaattttatcatt 3384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 68 - 144
Target Start/End: Original strand, 155100 - 155175
Alignment:
Q  68 caatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaaatctcaaaa 144  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| |||||| || |||||| |||||||||| |||||    
T  155100 caatttcatgaagtttaacatacccataaattgacatgaattaagagcacaaaattcatc-ttcaaaaatcacaaaa 155175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 135
Target Start/End: Original strand, 10217 - 10293
Alignment:
Q  59 ttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaattaggagcacgaatttcatcattcaaaa 135  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |  || ||||  |||||||| ||||| |||||||||||    
T  10217 ttaacacaacaaattcatgaagtttatcatacccataattctacatgaaaaaggagcacaaattttatcattcaaaa 10293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University