View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20384_high_4 (Length: 758)

Name: NF20384_high_4
Description: NF20384
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20384_high_4
NF20384_high_4
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (18-758)||(38608305-38609045)
chr8 (18-758)||(38793088-38793828)
chr8 (18-758)||(38121078-38121818)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-758)||(28730652-28731392)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-152)||(34875874-34876008)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-152)||(31529212-31529346)
chr1 (18-152)||(51801280-51801414)
[»] scaffold0082 (2 HSPs)
scaffold0082 (203-330)||(34038-34165)
scaffold0082 (374-474)||(33897-33997)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 758
Target Start/End: Original strand, 38608305 - 38609045
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608305 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 38608404  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608405 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattc 38608504  T
Q  218 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608505 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 38608604  T
Q  318 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcacgttcacactaccggtgtcaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagatgctatgctcaggct 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38608605 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggct 38608704  T
Q  418 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38608705 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctt 38608804  T
Q  518 tctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttg 617  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38608805 tctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttg 38608904  T
Q  618 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38608905 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagt 38609004  T
Q  718 taaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgc 758  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38609005 taaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgc 38609045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 758
Target Start/End: Original strand, 38793088 - 38793828
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793088 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 38793187  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793188 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattc 38793287  T
Q  218 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793288 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 38793387  T
Q  318 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcacgttcacactaccggtgtcaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagatgctatgctcaggct 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38793388 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcacgttcacactcacggcgtcaccgtgctccctgctataatgcgcctcatgctacgagatgcaatgctcaggct 38793487  T
Q  418 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38793488 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctt 38793587  T
Q  518 tctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttg 617  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38793588 tctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttg 38793687  T
Q  618 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38793688 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagt 38793787  T
Q  718 taaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgc 758  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38793788 taaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgc 38793828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 38121818 - 38121078
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  38121818 atctccttcgtgaacacatagttccaggtatattcaccatcgaatatcttcggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttg 38121719  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattc 217  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||  |||||  ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38121718 cgtaaccgtcacttccgagtcgattcatcagaacaacacttccggcagtgctccaaaagtcttcatcggaggcgttgagattactcaaccggatctattc 38121619  T
Q  218 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  38121618 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctaagctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgagttctctctcctttccgt 38121519  T
Q  318 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcacgttcacactaccggtgtcaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagatgctatgctcaggct 417  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  38121518 ttcatcctgatcaccgttccggtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgctccctgctattatgcgcctcatgctacgagatgcaatggtaaggct 38121419  T
Q  418 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  38121418 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgctatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctt 38121319  T
Q  518 tctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttg 617  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38121318 tctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttg 38121219  T
Q  618 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38121218 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagt 38121119  T
Q  718 taaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgc 758  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  38121118 taaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagattgttgtgc 38121078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 28731392 - 28730652
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  28731392 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgtcttgcttttggcaccaagatcgagactctcagtcccggccgttg 28731293  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaacattactaccggcggtgctccaaaagttttcatcggaggcgttgagattgctcaaccggatctattc 217  Q
    | |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  28731292 cgtaactgtcacttccgagtcgattcatccgaacagcacttccggcggtgctccaaaagtattcatcggaggcgttgagattactcaaccagatctattc 28731193  T
Q  218 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28731192 aacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgcctctacgctttctccgttttcttgcgacgttgagagaatgacttcactctcctttccgt 28731093  T
Q  318 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcacgttcacactaccggtgtcaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagatgctatgctcaggct 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||    
T  28731092 ttcatcctgatcaccgttccagtgctcatgttcacactcccggcgccaccgtgcttcctgctattatgcgcctcatgctacgagacacaacgctcaggct 28730993  T
Q  418 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28730992 ccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcaatgaaggtaaaatacgaagagctcataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctt 28730893  T
Q  518 tctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttg 617  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  28730892 tctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcgttacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttg 28730793  T
Q  618 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| || ||    
T  28730792 gaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgacattagcaccgatgaggattaactatgttagggt 28730693  T
Q  718 taaggttgctgacgtcattcgcaatgtgaagatagttgtgc 758  Q
     ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  28730692 gaaggttgctgacgtcatccgtaatgtgaagatagttgtgc 28730652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 152
Target Start/End: Original strand, 34875874 - 34876008
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  34875874 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagatcgagactctcagtcccggccgttg 34875973  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaaca 152  Q
    | ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  34875974 cgtaaccatcacttccgagtcgattcatccgaaca 34876008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 31529346 - 31529212
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  31529346 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtatattcaccatcgaatatctccggcgacttgcttttggcaccaagattgagactctcagtcccggccgttg 31529247  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaaca 152  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  31529246 cgtaaccgtcacttccgagtcgattcatccgaaca 31529212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 51801414 - 51801280
Alignment:
Q  18 atctcctccgtgaacacatcgttccaggtttattcactatcgagtatttgcgtacgcttccttttggcaccaagatcgagacgctcagtccaggccgttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| | ||  | ||    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  51801414 atctcctccgtgaacacatcgttccagatatattcaccatcaaatacctccggcgacttgcttttggcaccaagatcgagactctcagtcccggccgttg 51801315  T
Q  118 cataaccgtcacttccgattcgattcattcgaaca 152  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51801314 cgtaatcgtcacttccgattcgattcatccgaaca 51801280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082 (Bit Score: 48; Significance: 5e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0082
Description:

Target: scaffold0082; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 203 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 34165 - 34038
Alignment:
Q  203 caaccggatctattcaacaacggaatggttgttgttcacggccttcaaggtttcgtctctacactttctccgttttcttgtgacgttgagagaatgactt 302  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| | || |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |    
T  34165 caacctgatctcttcaacaacggcatggtggttattcatggccttcaaggtttcatctctccgctctctccgttttattgcgacgtggagaggatgacct 34066  T
Q  303 cactctcctttccgtttcatcctgatca 330  Q
    | ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  34065 cgctctcgttcccgttccatccagatca 34038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 33997 - 33897
Alignment:
Q  374 cctgctattatgcgcctcatgctacgagatgctatgctcaggctccgtaataacggtttcagcatcctctcccttgcgatgaaggtaaaatacgcagagc 473  Q
    |||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| |||||||||| || || |||||||||||  |||| || |||||||| || ||||| ||||    
T  33997 cctgctataatgcgcctgatgctcagagatgccatgctccggctccgtaacaatggcttcagcatcctagccctcgctatgaaggtgaagtacgccgagc 33898  T
Q  474 t 474  Q
    |    
T  33897 t 33897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University