View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20389_high_1 (Length: 610)

Name: NF20389_high_1
Description: NF20389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20389_high_1
NF20389_high_1
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (15-610)||(32718430-32719023)
chr1 (26-497)||(9579259-9579727)
chr1 (98-346)||(9584866-9585116)
chr1 (403-607)||(9585158-9585365)
chr1 (527-610)||(9579734-9579817)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 32719023 - 32718430
Alignment:
Q  15 cacagaccagaaatagcagaacgcagcgattgaatcactgcaaacagatggcaaaaacatcgcaggcagccacccccctgaaccaaaaccacttccaaca 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32719023 cacagaccagaaatagcagaacgcagcgattgaatcactgcaaacagatggcaaaaacattgcaggcagccacccccctgaaccaaaaccgcttccaaca 32718924  T
Q  115 aagtacatatttagcgagaagaaacatcccctgatacccctaagcatgctagagaggattcaaccagcactttcaaatcatacttaaactttgacgactt 214  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32718923 aagcacatatttagcgagaacaaacatcccctgatacctctaagcatgctagaggg--ttcaaccagcactttcaaatcatacttaaactttgacgactc 32718826  T
Q  215 taatctctgccaactccacgataaaagcttgacactgtccataatcgattcattatctcaatccttatgatgaaaaatccttgcatttctcgccttcgaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32718825 taatctctgccaactccacgataaaagcttgacactgtccataatcgattcatcatctcaatccttatgatgaaaaatccttgcatttctcgccttcgaa 32718726  T
Q  315 atgttccacatactcgcgaaccagatggcttccagtccctgaactgcatcttttgttacgggaaccagccctgtaaatgtaataaagtggatggtactca 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32718725 atgttccacatactcgcgaaccagatggcttccagtccctgaactgcatcttttgttatgggaaccagccctgtaaatgtaataaagtggatggtactca 32718626  T
Q  415 tagtgtgaaacaccacctgtacacaaatccattgcgcaattctgaaccagacttttgagacagtcgggcaagcaaaaaataagtggttggaagtctatct 514  Q
    || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32718625 tattgtgaaacaccacctgtacaccaagccattgcgcaattctgaaccagacttttgagacagtcgggcaagcaaaaaataagtggttggaagtctatct 32718526  T
Q  515 ctccacatcctcctatgcaatgtaactcctccctacctataattcctcttctacatagattgtccttggatggaatacgattttgcattacctgcc 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32718525 ctccacatcctcctatgcaatgtaactcctccctacctataattcctcttctacatagattgtcctcggatggaatacgattttgcattacctgcc 32718430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 26 - 497
Target Start/End: Original strand, 9579259 - 9579727
Alignment:
Q  26 aatagcagaacgcagcgattgaatcactgcaaacagatggca-aaaacatcgcaggcagccacccccctgaaccaaaaccacttccaacaaagtacatat 124  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||| || | ||||||    
T  9579259 aatagcagaacgcagcgactgcatcactgcaaacagatagcacaaaacaacgcag-cagccacccccctgaaacaaaactgcttccaataatgcacatat 9579357  T
Q  125 ttagcgagaagaaacatcccctgatacccctaagcatgctagagaggattcaaccagcact--ttcaaatcatacttaaactttgacgactttaatctct 222  Q
    ||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||| | |  ||| |||| ||||  |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  9579358 ttagcaaaaacaaacatccactgatacccctaagcatgctagcggg--ttcgaccaccactggttcaatccatacataaactttgacgactttaatctca 9579455  T
Q  223 gccaactccacgataaaagcttgacactgtccataatcgattcattatctcaatccttatgatgaaaaatccttgcatttctcgccttcgaaatgttcca 322  Q
     ||||||| | |||||||| |||||||| || | |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  9579456 accaactcgatgataaaagattgacactatcgacaatcgattcagtatc-caatccttataatgaaaaatcctttcatttctcgccttccaaatgctcca 9579554  T
Q  323 catactcgcgaaccagatggcttccagtccctgaactgcatcttttgttacgggaaccagccctgtaaatgtaataaagtggatggtactcatagtgtga 422  Q
    |||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||    
T  9579555 catactcgtgaaccaaatggcttcaagttcctgaactgcatctttcgtcac--gaaccagccctgtaaaggtaataaagttgatggtacacat--tgtga 9579650  T
Q  423 aacaccacctgtacacaaatccattgcgcaattctgaaccagac--ttttgagacagtcgggcaagcaaaaaataag 497  Q
    |||||||| ||||| |  | ||| |||||||||| |||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  9579651 aacaccacttgtactcccagccaatgcgcaattccgaaccatacttttttgatacagttgggcaagcaaaacataag 9579727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 98 - 346
Target Start/End: Original strand, 9584866 - 9585116
Alignment:
Q  98 caaaaccacttccaacaaagtacatatttagcgagaagaaacatcccctgatacccctaagcatgctagagaggattcaaccagcact--ttcaa-at-- 192  Q
    ||||||| ||||||| || | | ||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |  ||| |||| ||||  ||||| ||      
T  9584866 caaaaccgcttccaagaatgcaaatatttagcaaaaacaaacatcccccgatacccctaagcatgctagcggg--ttcgaccaccactggttcaatattc 9584963  T
Q  193 catacttaaactttgacgactttaatctctgccaactccacgataaaagcttgacactgtccataatcgattcattatctcaatccttatgatgaaaaat 292  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||| |  | || | ||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  9584964 catacataaactttgacgactttaatctcaaccaactcaatgataaaagcttgacactatggacaagcaattcagtatc-caatccttatgatgaaaaac 9585062  T
Q  293 ccttgcatttctcgccttcgaaatgttccacatactcgcgaaccagatggcttc 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9585063 ccttgcatttctcgccttcaaaatgctccacatactcgcgaaccaaatggcttc 9585116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 403 - 607
Target Start/End: Original strand, 9585158 - 9585365
Alignment:
Q  403 ggatggtactcatagtgtgaaacaccacctgtacacaaatccattgcgcaattctgaaccagacttttgagacagtcgggcaagcaaaaaataagtggtt 502  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |||| |||||| |  | ||| ||| |||||| |||||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  9585158 ggatggtacacataatgtgaaataccatctgtactcccagccaatgcacaattccgaaccatacttttcttacagtcgggcatgcaaaaaataagtggct 9585257  T
Q  503 ggaagtctat--ctctccacatcctcctatgcaa-tgtaactcctccctacctataattcctcttctacatagattgtccttggatggaatacgattttg 599  Q
     ||||| | |  ||||| ||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  9585258 agaagtatgtgtctctctacatccttctatgcaaatgtaactcttacctacctataatttcttttctacataaattgtcctttgatggaatacaattttg 9585357  T
Q  600 cattacct 607  Q
    ||||||||    
T  9585358 cattacct 9585365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 527 - 610
Target Start/End: Original strand, 9579734 - 9579817
Alignment:
Q  527 ctatgcaatgtaactcctccctacctataattcctcttctacatagattgtccttggatggaatacgattttgcattacctgcc 610  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9579734 ctatacaatgtaactcatccctacctataattcctcttctacatggactgtgcttgggtggaatacgattttgcattacctgcc 9579817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University