View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20392_low_1 (Length: 822)
Name: NF20392_low_1
Description: NF20392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20392_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 14053105 - 14052313
Alignment:
| Q |
13 |
aagaatatggcacttactaatatagaagaatccacaaattatcaagatcttcccacaaattccttcttaagggatatgaaaagggttaattaaatgcttt |
112 |
Q |
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| T |
14053105 |
aagaaaatggcacttactaatgtagaagaatccacaatttatcaagatcttcccacaaattccttcttaagggatatgaaaatggttaattaaatgcttt |
14053006 |
T |
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| Q |
113 |
tagaggatagcctgcttttggcctccaacattaacacttagtgtatgtttgatataacatcggtattgttggtcgaatccaaatgtatgcattggcaaca |
212 |
Q |
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| T |
14053005 |
tagaggatagtctgcttttggcctccaacattaacacttagtgtatgtttgatataacatcgatattgttggtcgaatccaaatgtatacattggcaaca |
14052906 |
T |
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| Q |
213 |
taagatgtatacatcggacaattttaaaagattgctttatcaattgtgctgctaagttctctttttccgtcactgattgttcttctccccttgtttgctc |
312 |
Q |
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| T |
14052905 |
taagatgtatacatcggacaattttaaaagatccctttatcaattgtgcggctaagttctctttttccgtcaccgattgttcttctccccttgtttgctc |
14052806 |
T |
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| Q |
313 |
aaaattgataaaatacc-ctatcgaaggtagtgtattttcagataaaatactctattgaaagcttactttcggtaaaaatcgagtattaaagcggagttg |
411 |
Q |
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| T |
14052805 |
aaaattgataaaatacctctattgaaggtagtgtattttcagataaaatactctactgaaagcttacttccggtaaaaatcgagtattaaagcggagttg |
14052706 |
T |
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| Q |
412 |
gatgagcaatgtcactcaattccttactctataatttgtccaactgaaaacgaggatgtgattgggaaaaggaaggcttgactgcttggttttcgaaagt |
511 |
Q |
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| T |
14052705 |
gatgagcaatgtcactcaattccttactctataatttgtccaactgaaaacggggatgtgattgggaaaaggaaggcttgactgcttggttttcgaaagt |
14052606 |
T |
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| Q |
512 |
acttgttcgactcaaacgtgagcaccagcaactttaaatcatttgtgttttgtaatccatgttctagctccatataatacatttattcttgaagattcaa |
611 |
Q |
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14052605 |
acttgttcgactcgaacatgatcaccagcaactttaaatcatttgtgttttgtaatccatgttctaactccatataatacatttattcttgaaaattcaa |
14052506 |
T |
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| Q |
612 |
ctatacacattgatacacaccacttcctatccaccaaaaaacctcatacaatagaaaataaaatatttataatataataatagttatcatctcccattct |
711 |
Q |
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| T |
14052505 |
ctatacacattgatacacaccacttcctatccaccaaaaaacctcatacaatagaaaataaaatatttataatataataatagttatcatctcccattct |
14052406 |
T |
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| Q |
712 |
aaaattggaatgaaaccttccttctgtacatactagatttccctcaacactacatgttctcaactatattaatattaatacaaaacaatttga |
804 |
Q |
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| T |
14052405 |
aaaattggaatgaaaccatccttctgtacatactagatttccctcaacactacatgttctcaactatattaatattaatacaaaacaatttga |
14052313 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 14363133 - 14362341
Alignment:
| Q |
13 |
aagaatatggcacttactaatatagaagaatccacaaattatcaagatcttcccacaaattccttcttaagggatatgaaaagggttaattaaatgcttt |
112 |
Q |
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14363133 |
aagaaaatggcacttactaatgtagaagaatccacaatttatcaagatcttcccacaaattccttcttaagggatatgaaaatggttaattaaatgcttt |
14363034 |
T |
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| Q |
113 |
tagaggatagcctgcttttggcctccaacattaacacttagtgtatgtttgatataacatcggtattgttggtcgaatccaaatgtatgcattggcaaca |
212 |
Q |
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14363033 |
tagaggatagtctgcttttggcctccaacattaacacttagtgtatgtttgatataacatcgatattgttggtcgaatccaaatgtatacattggcaaca |
14362934 |
T |
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| Q |
213 |
taagatgtatacatcggacaattttaaaagattgctttatcaattgtgctgctaagttctctttttccgtcactgattgttcttctccccttgtttgctc |
312 |
Q |
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14362933 |
taagatgtatacatcggacaattttaaaagatccctttatcaattgtgcggctaagttctctttttccgtcaccgattgttcttctccccttgtttgctc |
14362834 |
T |
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| Q |
313 |
aaaattgataaaatacc-ctatcgaaggtagtgtattttcagataaaatactctattgaaagcttactttcggtaaaaatcgagtattaaagcggagttg |
411 |
Q |
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| T |
14362833 |
aaaattgataaaatacctctattgaaggtagtgtattttcagataaaatactctactgaaagcttacttccggtaaaaatcgagtattaaagcggagttg |
14362734 |
T |
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| Q |
412 |
gatgagcaatgtcactcaattccttactctataatttgtccaactgaaaacgaggatgtgattgggaaaaggaaggcttgactgcttggttttcgaaagt |
511 |
Q |
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| T |
14362733 |
gatgagcaatgtcactcaattccttactctataatttgtccaactgaaaacggggatgtgattgggaaaaggaaggcttgactgcttggttttcgaaagt |
14362634 |
T |
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| Q |
512 |
acttgttcgactcaaacgtgagcaccagcaactttaaatcatttgtgttttgtaatccatgttctagctccatataatacatttattcttgaagattcaa |
611 |
Q |
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acttgttcgactcgaacatgatcaccagcaactttaaatcatttgtgttttgtaatccatgttctaactccatataatacatttattcttgaaaattcaa |
14362534 |
T |
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| Q |
612 |
ctatacacattgatacacaccacttcctatccaccaaaaaacctcatacaatagaaaataaaatatttataatataataatagttatcatctcccattct |
711 |
Q |
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| T |
14362533 |
ctatacacattgatacacaccacttcctatccaccaaaaaacctcatacaatagaaaataaaatatttataatataataatagttatcatctcccattct |
14362434 |
T |
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| Q |
712 |
aaaattggaatgaaaccttccttctgtacatactagatttccctcaacactacatgttctcaactatattaatattaatacaaaacaatttga |
804 |
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| T |
14362433 |
aaaattggaatgaaaccatccttctgtacatactagatttccctcaacactacatgttctcaactatattaatattaatacaaaacaatttga |
14362341 |
T |
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