View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20392_low_3 (Length: 556)

Name: NF20392_low_3
Description: NF20392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20392_low_3
NF20392_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-540)||(35680546-35681073)
chr8 (53-511)||(35685837-35686293)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (56-388)||(23669421-23669753)
chr3 (56-388)||(24041697-24042029)
chr3 (79-460)||(23685130-23685507)
chr3 (79-460)||(24057367-24057744)
chr3 (70-508)||(23674163-23674596)
chr3 (70-508)||(24046439-24046872)
chr3 (61-222)||(52548577-52548738)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 35681073 - 35680546
Alignment:
Q  13 atactcaaactcaaaaaatgcagagaatgtgtatgacaggctaattagtacctgaaacaagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35681073 atactcaaactcaaaaaatgcagagaatgtgtatgacaggctaattagtacctgaaacaagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagac 35680974  T
Q  113 ttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtagacatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680973 ttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtagacatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaa 35680874  T
Q  213 tcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctcccttaaagttctcactgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680873 tcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctcccttaaagttctcactgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgc 35680774  T
Q  313 aactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccacaccatatgttcctctgccaatagccttaattggaacatacttcatatcaacctcaaac 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680773 aactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccacaccatatgttcctctgccaatagccttaattggaacatacttcatatcaacctcaaac 35680674  T
Q  413 aatgtttttgatattctataataatgctttccctttggcttaattctgtaagggggttcaactaacgttgccatttttccctgcaaattagcatcaccag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680673 aatgtttttgatattctataataatgctttccctttggcttaattctgtaagggggttcaactaacgttgccatttttccctgcaaattagcatcaccag 35680574  T
Q  513 ttcaccacaatatattaagcaaaattaa 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35680573 ttcaccacaatatattaagcaaaattaa 35680546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 53 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 35686293 - 35685837
Alignment:
Q  53 ctaattagtacctgaaacaagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaa 152  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| |||||  |||||||||||||| |||||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35686293 ctaattagtacccgaaacaaaaaatatctgcaaatatcattagaaagtgactgagcggactttataatctgatgaagatctgtatccatgagttcataaa 35686194  T
Q  153 ccaagtagacatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctc 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35686193 ccaagtagacatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataa-atctttcaaaacgatcacattttcatgtcgaatatttctaagcagcatcatctc 35686095  T
Q  253 ccttaaagttctcactgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacacc 352  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  35686094 ccttaaagttttcattgaatcaacacaattatcaaagatgttgctaatcttcttaattgcaactttctcattagtatccttattgatagatgaacacacc 35685995  T
Q  353 acaccatatgttcctctgccaatagccttaattggaacatacttcatatcaacctcaaacaatgtttttgatattctataataatgctttccctttggct 452  Q
    | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  35685994 aaaccatttgctcctctgccaatagccttgattggaacatacttcatatcaacctcaaacaatatttttgatattgaataataatgctttccctttggct 35685895  T
Q  453 taattctgtaagggggttcaactaacgttgccatttttccctgcaaattagcatcacca 511  Q
    ||| | ||||||| |||||||||||  |||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  35685894 taactttgtaaggaggttcaactaattttgcca-tttgacctgcaaattagcatcacca 35685837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 56 - 388
Target Start/End: Original strand, 23669421 - 23669753
Alignment:
Q  56 attagtacctgaaacaagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaacca 155  Q
    |||||||||||||  |||||   ||||||||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||||||| ||||    
T  23669421 attagtacctgaactaagaagagtttgcaatgattattggaaagtggcttagaggacttgataatacgatgaaggtctttatccatgagttcatagacca 23669520  T
Q  156 agtagacatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctccct 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||| || |||||||||||| || |||| || || ||||| | ||||||||||    
T  23669521 agtagacatccttaaaacttgttctttggtctggtatcataacatctttcagagaaatcacattctcatgccgaacatgtcgaagcaacttcatctccct 23669620  T
Q  256 taaagttctcactgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccaca 355  Q
    ||||||||| | || ||||  ||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||  ||||||||||||||||||||||     
T  23669621 taaagttctgagtgcatcaccacaatcatcaaatacgttgctaatcttcttgattgccactttctcgttggtatccatattgatggatgagcacaccacg 23669720  T
Q  356 ccatatgttcctctgccaatagccttaattgga 388  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  23669721 ccatatgttcctcggccaataggcttgattgga 23669753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 56 - 388
Target Start/End: Original strand, 24041697 - 24042029
Alignment:
Q  56 attagtacctgaaacaagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaacca 155  Q
    |||||||||||||  |||||   ||||||||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||||||| ||||    
T  24041697 attagtacctgaactaagaagagtttgcaatgattattggaaagtggcttagaggacttgataatacgatgaaggtctttatccatgagttcatagacca 24041796  T
Q  156 agtagacatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctccct 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||| || |||||||||||| || |||| || || ||||| | ||||||||||    
T  24041797 agtagacatccttaaaacttgttctttggtctggtatcataacatctttcagagaaatcacattctcatgccgaacatgtcgaagcaacttcatctccct 24041896  T
Q  256 taaagttctcactgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccaca 355  Q
    ||||||||| | || ||||  ||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||  ||||||||||||||||||||||     
T  24041897 taaagttctgagtgcatcaccacaatcatcaaatacgttgctaatcttcttgattgccactttctcgttggtatccatattgatggatgagcacaccacg 24041996  T
Q  356 ccatatgttcctctgccaatagccttaattgga 388  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  24041997 ccatatgttcctcggccaataggcttgattgga 24042029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 460
Target Start/End: Original strand, 23685130 - 23685507
Alignment:
Q  79 tttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtagacatccttaaaacttgtt 178  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| |||    ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  23685130 tttgcaatgatcattggaaagtggcttagaggacttaatac---gatgaagatctttatccatgaattcatagaccaagtagatatccttaaaacttgtt 23685226  T
Q  179 ctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctcccttaaagttctcactgaatcaatac 278  Q
    || ||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||  ||    
T  23685227 ctttggtccggtatcataacatctttcagagcaatcacattctcatgccgac-atgtctaagcaacttcatctcccttaaagttctcagtgcgtcaccac 23685325  T
Q  279 aattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccacaccatatgttcctctgccaatagc 378  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||     
T  23685326 aatcatcaaatacattgctaatcttcttgattgccactttctcattggtatccatattgatggatgagcacaccatgccatatgttgctcggccaatagg 23685425  T
Q  379 cttaattggaacatacttcatatcaacctcaaacaatgtttttgatattctataataatgctttccctttggcttaattctg 460  Q
    ||| ||||||  ||||||  ||| ||  |||||||||||||   | ||| ||||| ||||||||| | ||||| || |||||    
T  23685426 cttgattggacgatactttgtatgaatatcaaacaatgtttcccacattgtataacaatgctttctccttggcctatttctg 23685507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 460
Target Start/End: Original strand, 24057367 - 24057744
Alignment:
Q  79 tttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtagacatccttaaaacttgtt 178  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| |||    ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  24057367 tttgcaatgatcattggaaagtggcttagaggacttaatac---gatgaagatctttatccatgaattcatagaccaagtagatatccttaaaacttgtt 24057463  T
Q  179 ctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctcccttaaagttctcactgaatcaatac 278  Q
    || ||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||  ||    
T  24057464 ctttggtccggtatcataacatctttcagagcaatcacattctcatgccgac-atgtctaagcaacttcatctcccttaaagttctcagtgcgtcaccac 24057562  T
Q  279 aattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccacaccatatgttcctctgccaatagc 378  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||     
T  24057563 aatcatcaaatacattgctaatcttcttgattgccactttctcattggtatccatattgatggatgagcacaccatgccatatgttgctcggccaatagg 24057662  T
Q  379 cttaattggaacatacttcatatcaacctcaaacaatgtttttgatattctataataatgctttccctttggcttaattctg 460  Q
    ||| ||||||  ||||||  ||| ||  |||||||||||||   | ||| ||||| ||||||||| | ||||| || |||||    
T  24057663 cttgattggacgatactttgtatgaatatcaaacaatgtttcccacattgtataacaatgctttctccttggcctatttctg 24057744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 508
Target Start/End: Original strand, 23674163 - 23674596
Alignment:
Q  70 caagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtagacatcctta 169  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||| ||| ||  || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  23674163 caagaaatattggcaatgatcattggaaattcgctgagaggacttcataatatgacgaatattagtatccattagttcatagaccaagtagacatcctta 23674262  T
Q  170 aaac---ttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctcccttaaagttctca 266  Q
    ||||   ||||| | ||  |  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||| |    
T  23674263 aaacatgttgttttttgatctagtatcataacatctttcaaagtgatcacattctcgtgccgaacatgtctaagaagcttcatctcccataaagttctta 23674362  T
Q  267 ctgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccacaccatatgttcc 366  Q
     || ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || || ||| |||||| ||||||||||||| ||||    ||    
T  23674363 gtgcatcaatcaaattatcaaatacattgctaatcttcttcattgcgactttctcattggtctccttactgatggctgagcacaccacaacatacaaccc 23674462  T
Q  367 tctgccaatagccttaattggaacatacttcatatcaacctcaaacaatgtttttgatattctataataatgctttccctttggcttaattctgtaaggg 466  Q
    || || |||   ||  ||| ||  |||||||||||||| |       |||||||  | ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| | | |     
T  23674463 tcggcaaatctgctcgattagactatacttcatatcaatc-------atgttttccacattgtataattatgctttacctttggcttaattctcttatga 23674555  T
Q  467 ggttcaactaacgttgccatttttccctgcaaattagcatca 508  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  23674556 ggttccactaaagttgccattttt-cctgcaaaatagcatca 23674596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 508
Target Start/End: Original strand, 24046439 - 24046872
Alignment:
Q  70 caagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtagacatcctta 169  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||| ||| ||  || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  24046439 caagaaatattggcaatgatcattggaaattcgctgagaggacttcataatatgacgaatattagtatccattagttcatagaccaagtagacatcctta 24046538  T
Q  170 aaac---ttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctcgtgtcgaatatttctaagcagcatcatctcccttaaagttctca 266  Q
    ||||   ||||| | ||  |  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||| |    
T  24046539 aaacatgttgttttttgatctagtatcataacatctttcaaagtgatcacattctcgtgccgaacatgtctaagaagcttcatctcccataaagttctta 24046638  T
Q  267 ctgaatcaatacaattatcaaatatattgctaatcttcttaattgcaactttctcatcagtatctttattgatggatgagcacaccacaccatatgttcc 366  Q
     || ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || || ||| |||||| ||||||||||||| ||||    ||    
T  24046639 gtgcatcaatcaaattatcaaatacattgctaatcttcttcattgcgactttctcattggtctccttactgatggctgagcacaccacaacatacaaccc 24046738  T
Q  367 tctgccaatagccttaattggaacatacttcatatcaacctcaaacaatgtttttgatattctataataatgctttccctttggcttaattctgtaaggg 466  Q
    || || |||   ||  ||| ||  |||||||||||||| |       |||||||  | ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| | | |     
T  24046739 tcggcaaatctgctcgattagactatacttcatatcaatc-------atgttttccacattgtataattatgctttacctttggcttaattctcttatga 24046831  T
Q  467 ggttcaactaacgttgccatttttccctgcaaattagcatca 508  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  24046832 ggttccactaaagttgccattttt-cctgcaaaatagcatca 24046872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 52548738 - 52548577
Alignment:
Q  61 tacctgaaacaagaaatatttgcaatgatcattagaaagtggctgagtagacttgataatttgatgaagatctgtttccatgagttcataaaccaagtag 160  Q
    ||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||  || | |||||| ||||| ||||| | ||| || ||||||||||||||||| |  ||     
T  52548738 tacctgaaagaggaaatattggcagtgatcattagaaagtgcttgggaagacttaataatctgatgcaaatcggtgtccatgagttcataaacaagataa 52548639  T
Q  161 acatccttaaaacttgttctatgtaccggcatcataacatctttcaaagcaatcacattctc 222  Q
    |||||||||||| |  | |||||    |||||||| |  |||||||||||||| ||||||||    
T  52548638 acatccttaaaattattcctatgattaggcatcatgatgtctttcaaagcaataacattctc 52548577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University