View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20409_high_1 (Length: 865)

Name: NF20409_high_1
Description: NF20409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20409_high_1
NF20409_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-865)||(47477272-47478116)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 865
Target Start/End: Original strand, 47477272 - 47478116
Alignment:
Q  14 attattcttggtaaaggctttcattaaggcgattctttctcaccgtatttgtttatcttatgtgttgatcaaagactctctgctatgattaagcaacctg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  47477272 attattcttggtaaaggctttcattaaggcgattctttctcgccgtatttgtttatcttatgtgttgatcaaggactctccgctctgattaagcaacctg 47477371  T
Q  114 aaatctgatgcgatattcatgggaccaggatttgtaggagtgttgctattaattatgtctcaactctcaactccttattgtagatgattattttctgctt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47477372 aaatctgatgcgatattcatgggaccaggatttgtaggagtgttgctattaattatgtctcaactctcaactccttattgtagatgattattttctgctt 47477471  T
Q  214 ttcatgtcaaatgatttagaggcgttggttatgaaaaacattttagtcattatagaacaatgtttgttcaggcgatcaacttacagaaatctgattttat 313  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47477472 ttcatgttaaatgatttagaggcgttggttataaaaaatattttagtcattatagaacaatgtttgttcaggcgatcaacttacagaaatctgattttat 47477571  T
Q  314 ttttgcaacaggaatgtctcgtctcaaatgaaaaattttattgccaatattctgatagtgcatgcaggcatgcatcgtcttcaaagctaaatactatttt 413  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47477572 ttttgcaacaggaacgtctcgtctcaaatgaaaatttttattgccaatattctgatagtgcatgcaggcatgcatcgtcttcaaagctagatactatttt 47477671  T
Q  414 agaattgattttttgaaccccaatattagtcataacccaaggtacgtttagcgtagcactgggagttcaannnnnnnngtttgaggaggctataaatggt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  47477672 agaattgattttttgaaccccaatattggtcataacccaaggtacgtttagcgtagcactgggagttcaattttttttgtttgaggaggctataaatggt 47477771  T
Q  514 gctctgtaatggtagaaatatttcaatttgtgatcaaaataggttgtatgatggtagcatgatcgcaaaactacctcaaattgacaactcatggaattac 613  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47477772 gctcggtaatggtagaaatatttcaatttgtgatcaaaataggttgtatgatggtagcatgatcgcaaaactacctcaaattgacaactcatggaattac 47477871  T
Q  614 atgacattagcaaatttattttatcaagtgttactgacaaaattttatcttgacgaaactgaacaaagtgtcaacaaaaagtcaaaaatttttgccttgt 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  47477872 atgacattagcaaatttattttatcaagtcttactgacaaaattttatcttgacgaaactgaacaaagtgtcaacaaaaagtcaagactttttgctttgt 47477971  T
Q  714 gaagcatgtttacaaattacaagtcacaatggattgtgtatcattccttattaacaccgtagtagatatcatgaaactattaagcatttgctacacgaag 813  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47477972 gaagcatgt-------ttacaagtcacaatggattgtgtatcattccttattaacaccgtagtagatatcatgaaactattaagcatttgctacacgaag 47478064  T
Q  814 actcaacttcaatggaatgccagccagcgaagaacaattatatacacaatct 865  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47478065 actcaacttcaatggaatgccagccagcgaagaacaattatatacacaatct 47478116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University