View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20413_low_1 (Length: 1106)

Name: NF20413_low_1
Description: NF20413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20413_low_1
NF20413_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-1092)||(38480351-38481424)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1013; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1013; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1092
Target Start/End: Complemental strand, 38481424 - 38480351
Alignment:
Q  19 catgtagcattctgttatatttgacaaagacagatgattcagtatcagcttcctcttctcttccatatcttgcgctcccatcatgtgccgcctcacctgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481424 catgtagcattctgttatatttgacaaagacagatgattcagtatcagcttcctcttctcttccatatcttgcgctcccatcatgtgccgcctcacctgc 38481325  T
Q  119 attgatacatacgttaatttgaattctctagtgtatgcaggttcatagcattttttcaaaactgcttatctacctccatcaatggcagaacgaaatcgat 218  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481324 attgatacgtatcttaatttgaattctctagtgtatgcaggttcatagcattttttcaaaactgcttatctacctccatcaatggcagaacgaaatcgat 38481225  T
Q  219 gcatacgcaggacgtgctctgatatttggcgatcaatatcaggatccatttggtccaacacaataaacaacagatcaaatcgagaaagtaaagagtccgg 318  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481224 gcatacgcagaacgtgctctgatatttggcgatcaatatcaggatccatttggtccaacacaataaacaacagatcaaatcgagaaagtaaagagtccgg 38481125  T
Q  319 tagtccaatatttttagttggagtcagtgaacgatcatactgtagaatcaaacgacaaaagccacaaagtcaagtttggaagagttaaaggtacagtaga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481124 tagtccaatatttttagttggagtcagtgaacgatcatactgtagaatcaaacgaaaaaagccacaaagtcaagtttggaagagttaaaggtacagtaga 38481025  T
Q  419 atattagtaacttatgttgttaatacagaactgcaaatagcagaatgccacttacagttccatatatgggatttgcagctgccaccacactgcaacgagc 518  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481024 atattagtaacttttgttgttaatacagaactgcaaatagcagaatgccacttacagttccatatatgggatttgcagctgccaccacactgcaacgagc 38480925  T
Q  519 attaagtgaggcatggatcccagctttagcgatagttacagtctgctgctccataacttcgtgtatagctacacgatcttgatcattcattttgtcaaat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480924 attaagtgaggcatggatcccagctttagcgatagttacggtctgctgctccataacttcgtgtatagctacacgatcttgatcattcattttgtcaaat 38480825  T
Q  619 tcatcaatgcagacaacacctctgtcagcaagaaccattgccccagcttctaaccttctttctcctgacaaaaagaaattataatttttctttagatggc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480824 tcatcaatgcagacaacacctctgtcagcaagaaccattgccccagcttctaaccttctttctcctgacaaaaagaaattataatttttctttagatggc 38480725  T
Q  719 aaaagtcataagagaattatgtattggccttgaagaatgtttacctgtttcttgatctgaagtaactgctgctgtcaaaccaaccccagaagaaccccgg 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480724 aaaagtcataagagaattatgtattgtccttgaagaatgtttacctgtttcttgatctgaagtaactgctgctgtcaaaccaaccccagaagaaccccgg 38480625  T
Q  819 cctgtagttgatatggccaagggagcaatattcataattgctctcaagagttgagacttagcaacagagggatcaccaaccatcatcatattaatgtcac 918  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480624 ccagtagttgatatggccaagggagcaatattcataattgctctcaagagttgagacttagcaacagagggatcaccaaccatcatcatattaatgtcac 38480525  T
Q  919 taaaagaagaaggcacaccagtattacaacttttgtaaacaatattaagagagataaatgtcaagaatgtgttggactgcaataataccatcttccnnnn 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  38480524 taaaagaagaaggcacaccagtattacaacttttgtaaacaatattaagagagataaatttcaagaatgtgttggactgcaataataccatcttccaaaa 38480425  T
Q  1019 nnnctaagggatataatgatatatggggaaagcactaaccctctcaaatgagttccattctttaggttcttctc 1092  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480424 aaactaagggatataatgatatatggggaaagcactaaccctctcaaatgagttccattctttaggttcttctc 38480351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University