View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20418_low_5 (Length: 388)

Name: NF20418_low_5
Description: NF20418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20418_low_5
NF20418_low_5
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-373)||(38452554-38452927)
chr5 (1-373)||(38169983-38170356)
chr5 (4-369)||(38182249-38182614)
chr5 (4-369)||(38188517-38188882)
chr5 (4-369)||(38209475-38209840)
chr5 (4-369)||(38215742-38216107)
chr5 (4-371)||(38185775-38186141)
chr5 (4-371)||(38212216-38212582)
chr5 (2-273)||(38220102-38220373)
chr5 (163-371)||(38220590-38220797)
chr5 (117-371)||(38156187-38156438)
chr5 (163-273)||(38220372-38220482)
chr5 (163-273)||(38220481-38220591)
chr5 (60-368)||(38443690-38443991)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 38452927 - 38452554
Alignment:
Q  1 ttctccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38452927 ttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgc 38452828  T
Q  101 ggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtga 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  38452827 ggactacatgttatgaatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttccaaggtgaaggattttcacggactacatgtcgtga 38452728  T
Q  201 atgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaa-ttttcttttgaagtgtagtcaaattgta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  38452727 atgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatgtagttctctaattttttttttgaagtgtagttaaattgta 38452628  T
Q  300 cggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatctct 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38452627 cggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatctct 38452554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 38169983 - 38170356
Alignment:
Q  1 ttctccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38169983 ttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgc 38170082  T
Q  101 ggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtga 200  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38170083 ggactacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttccaaggtgaaggattttcacggactgcatgtcgtga 38170182  T
Q  201 atgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcact-aattttcttttgaagtgtagtcaaattgta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| || ||       |||||||||||| ||||||||    
T  38170183 atgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagcattgctttttgaaggctaatgtagttctctaaaaaaaaaattgaagtgtagttaaattgta 38170282  T
Q  300 cggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatctct 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38170283 cggattcaaattgattaatatattggttctattttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatctct 38170356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 4 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 38182614 - 38182249
Alignment:
Q  4 tccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcgga 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38182614 tccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcgga 38182515  T
Q  104 ctacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatg 203  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  38182514 atacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttctaaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacg 38182415  T
Q  204 atgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacgga 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38182414 atgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttttctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacgga 38182315  T
Q  304 ttcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 369  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38182314 ttcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 38182249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 4 - 369
Target Start/End: Original strand, 38188517 - 38188882
Alignment:
Q  4 tccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcgga 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38188517 tccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcgga 38188616  T
Q  104 ctacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatg 203  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  38188617 atacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttctaaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacg 38188716  T
Q  204 atgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacgga 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38188717 atgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttttctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacgga 38188816  T
Q  304 ttcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 369  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38188817 ttcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 38188882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 4 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 38209840 - 38209475
Alignment:
Q  4 tccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcgga 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38209840 tccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcgga 38209741  T
Q  104 ctacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatg 203  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  38209740 atacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttctaaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacg 38209641  T
Q  204 atgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacgga 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38209640 atgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttttctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacgga 38209541  T
Q  304 ttcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 369  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38209540 ttcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 38209475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 4 - 369
Target Start/End: Original strand, 38215742 - 38216107
Alignment:
Q  4 tccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcgga 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38215742 tccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgagtaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcgga 38215841  T
Q  104 ctacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatg 203  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  38215842 atacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttttaaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacg 38215941  T
Q  204 atgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacgga 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38215942 atgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttttctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacgga 38216041  T
Q  304 ttcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 369  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38216042 ttcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttat 38216107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Original strand, 38185775 - 38186141
Alignment:
Q  4 tccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcgga 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38185775 tccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcgga 38185874  T
Q  104 ctacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatg 203  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  38185875 atacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttctaaggtgaaggactttcacggactg-atgtcgtgaacg 38185973  T
Q  204 atgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacgga 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38185974 atgaatttgaagatattctaaaattgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatataattttctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacgga 38186073  T
Q  304 ttcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatct 371  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38186074 ttcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatct 38186141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 38212582 - 38212216
Alignment:
Q  4 tccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcgga 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38212582 tccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcgga 38212483  T
Q  104 ctacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatg 203  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  38212482 atacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttctaaggtgaaggactttcacggactg-atgtcgtgaacg 38212384  T
Q  204 atgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacgga 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  38212383 atgaatttgaagatattctaaaattgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatataattttctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacgga 38212284  T
Q  304 ttcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatct 371  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38212283 ttcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatct 38212216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 2 - 273
Target Start/End: Original strand, 38220102 - 38220373
Alignment:
Q  2 tctccttgtgaagaatattcagctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcg 101  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220102 tctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgtccatggcgactaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcg 38220201  T
Q  102 gactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaa 201  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220202 gactacatgttatgaatgatgaatttgaagatattctaaaattttatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaa 38220301  T
Q  202 tgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaatt 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38220302 tgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagtgttgctttttgaaacctaatgtagttctctaatt 38220373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 163 - 371
Target Start/End: Original strand, 38220590 - 38220797
Alignment:
Q  163 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38220590 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagtgttgctttttgaaacctaatgta 38220689  T
Q  263 gttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttg 362  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220690 gttctctaattttcttttgaagtgtagtc-aattgtacggattcaaattgattaatatattggttctattttatcatggatttgtctcctatatttcttg 38220788  T
Q  363 cacttatct 371  Q
    |||||||||    
T  38220789 cacttatct 38220797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 117 - 371
Target Start/End: Original strand, 38156187 - 38156438
Alignment:
Q  117 atgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaaga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  38156187 atgatgaatttgaagatattctaaaattgtttttgaagcgcaatttttctaagaagaaggaatttcatggacttcatgttgtgaatgatgaattcgaaga 38156286  T
Q  217 tattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgatta 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   | ||||| ||||||||| || ||    
T  38156287 tattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatgtagttctctaatttttttttgaagtgtagt--tactgtacagattcaaatcgagta 38156384  T
Q  317 atatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatct 371  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38156385 atatattggttc-tttttatcatggatttgtctcctatatttcttgcacttatct 38156438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 163 - 273
Target Start/End: Original strand, 38220372 - 38220482
Alignment:
Q  163 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38220372 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagtgttgctttttgaaacctaatgta 38220471  T
Q  263 gttcactaatt 273  Q
    |||| ||||||    
T  38220472 gttctctaatt 38220482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 163 - 273
Target Start/End: Original strand, 38220481 - 38220591
Alignment:
Q  163 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38220481 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcattttggaagtgttgctttttgaaacctaatgta 38220580  T
Q  263 gttcactaatt 273  Q
    |||| ||||||    
T  38220581 gttctctaatt 38220591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 60 - 368
Target Start/End: Original strand, 38443690 - 38443991
Alignment:
Q  60 ctaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaa 159  Q
    ||||||| ||||| |||||| || |||||||| ||||||  ||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||    
T  38443690 ctaaggatacggtcacaaaaactaagatgaagcaatttcatggactgcatatcgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaactgtttttgaagcgtaa 38443789  T
Q  160 tttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaat 259  Q
    |||||| |||  |||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||  ||   |||||||   |   |    
T  38443790 tttttcaaagaagaaggaatttcatggactacacatcgtgaacgatgaattcgaagatattctacaactgttttgaaattgtaattttttgatgtccggt 38443889  T
Q  260 gtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctatatttc 359  Q
    ||||||||||||| |  || || |||  |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  38443890 gtagttcactaatgt--ttctg-agtacagtc-aattgtatggattcaaatttattaatatattgg---ttttttatcatggatctgtctcatatatttc 38443982  T
Q  360 ttgcactta 368  Q
    || ||||||    
T  38443983 ttccactta 38443991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University