View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20424_low_10 (Length: 402)

Name: NF20424_low_10
Description: NF20424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20424_low_10
NF20424_low_10
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (17-402)||(17645516-17645901)
chr4 (83-402)||(17605450-17605772)
chr4 (112-402)||(17632068-17632361)
chr4 (118-392)||(16480333-16480610)
chr4 (17-174)||(16481154-16481311)
chr4 (20-168)||(17604892-17605040)
chr4 (29-172)||(17663948-17664091)
chr4 (112-254)||(16480573-16480715)
chr4 (17-191)||(17649956-17650130)
chr4 (17-174)||(17644970-17645127)
chr4 (17-174)||(17631472-17631629)
chr4 (276-392)||(16475475-16475591)
chr4 (17-173)||(17676238-17676394)
chr4 (270-396)||(20751101-20751227)
chr4 (270-396)||(17949737-17949863)
chr4 (270-396)||(17953589-17953715)
chr4 (26-115)||(16480667-16480756)
chr4 (21-95)||(17632022-17632096)
chr4 (270-396)||(18766857-18766983)
chr4 (17-81)||(20751374-20751438)
chr4 (58-146)||(29883477-29883565)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (75-191)||(32670006-32670122)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 402
Target Start/End: Original strand, 17645516 - 17645901
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17645516 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 17645615  T
Q  117 tagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttctgaatgctacgagttcaactttgcctatgaatata 216  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17645616 tagtaaccaacttgtgaatggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttctgaatgctacgagttcaactttgcctatgaatata 17645715  T
Q  217 agcaaccagcttgtgaatggatattcttcctcacaaacggaacctctatcacaaacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcata 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17645716 agcaaccagcttgtgaatggatattcttcctcacaaacggaacctctatcacaaacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcata 17645815  T
Q  317 tatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatcaccttcatcacctgaataccctttctattcacat 402  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17645816 tatcccctcaatcacctcatagacctttactgtcaccaagccttttttcatcaccttcatcacctgaataccctttctattcacat 17645901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 83 - 402
Target Start/End: Original strand, 17605450 - 17605772
Alignment:
Q  83 ttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatggtagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttct 182  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||  | |||  ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  17605450 ttgtgaatggtttccattcttcacaaacaaatgtcattaatgaacttgtgaatggtttcccttcgacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtatctct 17605549  T
Q  183 gaatgctacgagttcaactttgcctatgaatataagcaaccagcttgtgaatggatattcttcctcacaaacg---gaacctctatcacaaacttctgaa 279  Q
    ||||||||| |   |||||||   ||||||     | ||||| | ||||| ||| | |||||||||||||||    || || ||||||| ||||||| ||    
T  17605550 gaatgctaccaacccaactttttatatgaacgaccgtaaccaacctgtgattggtttttcttcctcacaaacaaatgaccccctatcaccaacttctaaa 17605649  T
Q  280 tttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatcaccttcatcac 379  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||||||||||   |||||||| || ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17605650 tttatgttgccatcaccgaagagtaacatgaatttcatatccccccaatcaccttataagcctttgctatcaccaagccttttttcttcaccttcatcac 17605749  T
Q  380 ctgaataccctttctattcacat 402  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  17605750 ctgaataccctttatattcacat 17605772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 112 - 402
Target Start/End: Original strand, 17632068 - 17632361
Alignment:
Q  112 aatggtagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttctgaatgctacgagttcaactttgcctatga 211  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||| |  ||||||    
T  17632068 aatggtagtaaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaaataaatatgtctaatccttcagtgtctctgaatgctaccaatccaactctctctatga 17632167  T
Q  212 atataagcaaccagcttgtgaatggatattcttcctcacaaacg---gaacctctatcacaaacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacat 308  Q
    |    |  ||||| ||||||| ||  | |||||||||||||||    || || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||    
T  17632168 acgacaataaccaacttgtgattgatttttcttcctcacaaacaaatgaccccctatcaccaacttttgaatttatattgccttcaccagaaaataacat 17632267  T
Q  309 gaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatcaccttcatcacctgaataccctttctattcacat 402  Q
    ||||    ||||||| |||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17632268 gaatttcctatccccccagtcaccttataggcatctactatcaccaagccttttttcttcgcctccatcacctgaataccctttatattcacat 17632361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 118 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 16480610 - 16480333
Alignment:
Q  118 agtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttctgaatgctacgagttcaactttgcctatgaatataa 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||| | | ||||||||||||||||    |    
T  16480610 agtaaccaacctgtgattggtttttcttcctcacaaacaaatgtgtctaattcttcggtgactctgaatgctaccaatccaactttgcctatgaacgata 16480511  T
Q  218 gcaaccagcttgtgaatggatattcttcctcacaaacg---gaacctctatcacaaacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatca 314  Q
    | ||||| | ||||| ||| | |||||||||||||||    || || | ||||| || || ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||      
T  16480510 gtaaccaacctgtgattggtttttcttcctcacaaacaaatgaccccccatcaccaaattttgaatttatgttgccttcaccgaaaaacaacatgaattt 16480411  T
Q  315 tatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatcaccttcatcacctgaatacccttt 392  Q
      ||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16480410 cctatccccccagtcaccttataggcctctactatcaccaagcctattttcttcaccatcatcgcctgaatacccttt 16480333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 16481311 - 16481154
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||  ||||| || ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||| |||||||||||||     
T  16481311 atgttcaatatcagccaataattaaatcccatgaacattattatccaattaatggtagtaaccaaattgtgaattgtttccattcctcacaaacaaatgc 16481212  T
Q  117 tagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttca 174  Q
    || |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  16481211 taataaccaacttctgaatggttttccttcaatacaaacaaatatggctaatccttca 16481154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 168
Target Start/End: Original strand, 17604892 - 17605040
Alignment:
Q  20 ttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatggtag 119  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||||| ||     
T  17604892 ttcaatatcatccaataattaaatctcaagaacattattatcctactaatggtagtaaccaatttgtgaatgattttcattccttacaaacaaatgctaa 17604991  T
Q  120 taaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaat 168  Q
    ||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  17604992 taaccaaattctgaatggtttcccttcaacacaaacaaatatggctaat 17605040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 17664091 - 17663948
Alignment:
Q  29 agccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatggtagtaaccaact 128  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | |||||||||||||  | |||||||||    
T  17664091 agccaataattccataccaggaacatcattatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatggtttccatacctcacaaacaaatgacaataaccaact 17663992  T
Q  129 tgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatcctt 172  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||  ||| |||||||||||||    
T  17663991 tgtgaatggtttccctttaacacaagaaaacgtgtctaatcctt 17663948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 112 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 16480715 - 16480573
Alignment:
Q  112 aatggtagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttctgaatgctacgagttcaactttgcctatga 211  Q
    ||||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  16480715 aatggtagtaaccaagtcgtcaatggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaattcttcagtgactctgaatgctaccaatccaactttgcctatga 16480616  T
Q  212 atataagcaaccagcttgtgaatggatattcttcctcacaaac 254  Q
    |    || ||||| | ||||| ||| | |||||||||||||||    
T  16480615 acggcagtaaccaacctgtgattggtttttcttcctcacaaac 16480573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 191
Target Start/End: Original strand, 17649956 - 17650130
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 116  Q
    |||| ||| |||| |||||||| | ||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | |||||||||||||     
T  17649956 atgtccaatatcaaccaataatcccataccaggaacatcattatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatggtttccatgcctcacaaacaaatga 17650055  T
Q  117 tagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttcagtgtttctgaatgctac 191  Q
     | ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||| || || ||||||    
T  17650056 caataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaagaaaacgtgtctaatccttcaatgtctccgattgctac 17650130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 17644970 - 17645127
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 116  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||||||  ||||||  |||||||| |||  ||||| |||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||      
T  17644970 atgttcaaaatcatccaatatttcaatctcaaaaacattattatcctatcaatcatagtagccaacttgtgaatggtattcattcctcacaaacaaatta 17645069  T
Q  117 tagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttca 174  Q
     ||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  17645070 cagtaaccaacttgtgaaaggcttcccttcaacacaaacaaatgtgtccaatctttca 17645127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 17631472 - 17631629
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 116  Q
    |||||||| || | |||||||||  |||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||   |||| |||||||||||||     
T  17631472 atgttcaatataatccaataattacatctcaagaacattattatcctattaatggtagcaaccaatttgtgaatggttccaattcctcacaaacaaatgc 17631571  T
Q  117 tagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttca 174  Q
    || || ||||||| | | |||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  17631572 taatacccaacttctcaatggtttcccttcattacaaacaaatgtggctaatccttca 17631629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 276 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 16475591 - 16475475
Alignment:
Q  276 tgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatcaccttca 375  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||    ||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  16475591 tgaatttatgttgccttcaccgaaaaacaacatgaatttcctatccccccagtcaccttataggcctctactatcaccaagcctattttcttcaccatca 16475492  T
Q  376 tcacctgaatacccttt 392  Q
    || ||||||||||||||    
T  16475491 tcgcctgaatacccttt 16475475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 17676394 - 17676238
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatgg 116  Q
    |||| ||| |||| |||||||||| ||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| | || ||||||||||     
T  17676394 atgtccaatatcaaccaataattccataccaggaacatcattatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatga 17676295  T
Q  117 tagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttc 173  Q
     | ||||||| |||||| |||||| |||||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  17676294 caataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacatgaaaatgtgcctaatccttc 17676238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 270 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 20751227 - 20751101
Alignment:
Q  270 aacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatca 369  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |      
T  20751227 aacttctgaatttttgttaccttcactagaaagtaacatggattttctatcccctcagtcaccttatagccctcaactatcaccgagccttttctctttg 20751128  T
Q  370 ccttcatcacctgaataccctttctat 396  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  20751127 ctttcatcacctgaataccctttctat 20751101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 17949863 - 17949737
Alignment:
Q  270 aacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatca 369  Q
    |||||| || ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||| || |      
T  17949863 aacttcagagtttttgttgccttcactagaaagtaacatgaattttctattccctcagtcaccttatagccctcaactatcaccaagccttttctctttg 17949764  T
Q  370 ccttcatcacctgaataccctttctat 396  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||    
T  17949763 ctttcatcacctaaataccctttctat 17949737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 17953715 - 17953589
Alignment:
Q  270 aacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatca 369  Q
    |||||| || ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||| || |      
T  17953715 aacttcagagtttttgttgccttcactagaaagtaacatgaattttctattccctcagtcaccttatagccctcaactatcaccaagccttttctctttg 17953616  T
Q  370 ccttcatcacctgaataccctttctat 396  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||    
T  17953615 ctttcatcacctaaataccctttctat 17953589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 16480756 - 16480667
Alignment:
Q  26 atcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatg 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||| |||  ||||||||||||    
T  16480756 atcagccaataatccaatctcaggaatattattatccttcgaatggtagtaaccaagtcgtcaatggttttccttcaacacaaacaaatg 16480667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 95
Target Start/End: Original strand, 17632022 - 17632096
Alignment:
Q  21 tcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttt 95  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17632022 tcaatatcagccaataattcaatctcatgaatattacgatcctctgaatggtagtaaccaagttgtgaatggttt 17632096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 270 - 396
Target Start/End: Original strand, 18766857 - 18766983
Alignment:
Q  270 aacttctgaatttatgttgacttcaccaaaaagtaacatgaatcatatatcccctcagtcaccttatagacctttactgtcaccaagccttttttcatca 369  Q
    ||||||||| ||| ||||| | |||  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||| ||||| ||        
T  18766857 aacttctgagtttttgttgccatcattagaaagtaacatgaattttatatcccctcagtcaccttatagccctcaactatcaccaagtcttttctctatg 18766956  T
Q  370 ccttcatcacctgaataccctttctat 396  Q
    | |||||||||| |||| |||||||||    
T  18766957 ctttcatcacctaaatatcctttctat 18766983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 20751438 - 20751374
Alignment:
Q  17 atgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaatggtagtaaccaa 81  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||| |||  |||||||||||||||||| |||||    
T  20751438 atgttcaatatcagccaataacccaatctcaagaatattattatcctatgaatggtagtgaccaa 20751374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 146
Target Start/End: Original strand, 29883477 - 29883565
Alignment:
Q  58 tatcctatgaatggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatggtagtaaccaacttgtgattggttttccttc 146  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| | ||  || |||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||||    
T  29883477 tatcctatgaatggtagtagccagcttgtgaatggtttccttttatcgcaaataaatggtattaaccaacatgtgaacggttttccttc 29883565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 191
Target Start/End: Original strand, 32670006 - 32670122
Alignment:
Q  75 taaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatggtagtaaccaacttgtgattggttttccttcaacacaaacaaatgtgtctaatccttca 174  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||    
T  32670006 taaccaacttgtgaattgttttcacacatcacaagcaaatggtagtaaccaacttgtcaatggttttgctccatcacaaacatatctgtctaatccttca 32670105  T
Q  175 gtgtttctgaatgctac 191  Q
    |||| ||||||||||||    
T  32670106 gtgtctctgaatgctac 32670122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University