View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20435_high_4 (Length: 710)

Name: NF20435_high_4
Description: NF20435
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20435_high_4
NF20435_high_4
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (14-691)||(14241298-14241975)
chr5 (18-691)||(41452317-41452990)
chr5 (19-691)||(14371346-14372018)
chr5 (18-691)||(41439148-41439821)
chr5 (308-360)||(41229717-41229769)
chr5 (308-360)||(42786266-42786318)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (369-688)||(21111091-21111404)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (80-246)||(22751087-22751253)
chr3 (107-228)||(22727795-22727916)
chr3 (107-223)||(22739072-22739188)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 691
Target Start/End: Original strand, 14241298 - 14241975
Alignment:
Q  14 gcacagacaaatgtagtcatggctgaagtgtaaagatattttttcaaccagccttgttcggcatccctgagtgcagttattttagatagaaacttcattt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241298 gcacagacaaatgtagtcatggctgaagtgtaaagatattttttcaaccagccttgttcggcatccctgagtgcagttattttagatagaaacttcattt 14241397  T
Q  114 cccatccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaaacttctc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241398 cccatccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggttttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaaacttctc 14241497  T
Q  214 ttgcaatgatcccaatggaacatttgccaacataaccacaacggttgaaacaaaagtagcaattgaagcgagtccaatgttcttatacaaaattaacaat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241498 ttgcaatgatcccaatggaacatttgccaacataaccacaacggttgaaacaaaagtagcaattgaagcgagtccaatgttcttatacaaaattaacaat 14241597  T
Q  314 gccaatgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtaccagccaaaagtaccaactctttcggcatcaacagttatgaaattgataatttctc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241598 gccaatgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtaccaaccaaaagtaccaactctttcggcatcaacagttatgaaattgataatttctc 14241697  T
Q  414 cagaactgtgacactgctttgattgacatgaaagtgttaaggctttattatatatgatcgtcacaagcagtgcacggattcgaagtcctagttgctgcaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241698 cagaactgtgacactgctttgattgacatgaaagtgttaaggctttattatatatgatcgtcacaagcagtgcacggattcgaagtcctagttgctgcaa 14241797  T
Q  514 cctaaagtacaaatgtctttctgttaagcactctacaagctttgcaaataaaaaggaagaaaccaacacatagccttgattctcatataacctttttccg 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241798 cctaaagtacaaatgtctttctgttaagcactctacaagctttgcaaataaaaaggaagaaaccaacacatagccttgattctcatataacctttttccg 14241897  T
Q  614 tcaatgtattgaacaaaagaatcaataagataaggaccaacataagtagaaaaagtgtttaccaatgcaagaaaagca 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14241898 tcaatgtattgaacaaaagaatcaataagataaggaccaacataagtagaaaaagtgtttaccaatgcaagaaaagca 14241975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 691
Target Start/End: Original strand, 41452317 - 41452990
Alignment:
Q  18 agacaaatgtagtcatggctgaagtgtaaagatattttttcaaccagccttgttcggcatccctgagtgcagttattttagatagaaacttcatttccca 117  Q
    ||||||||||||||| |||   ||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41452317 agacaaatgtagtcacggcgttagtataaagaaattttttcaaccagccttgttcagcgtccctgagcgcagttattttagatagaaacttcatttccca 41452416  T
Q  118 tccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaaacttctcttgc 217  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41452417 tccttgcagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagatgtggtcttcattcttgtatcctttgactccatcaacttattttgaaacttctcttgc 41452516  T
Q  218 aatgatcccaatggaacatttgccaacataaccacaacggttgaaacaaaagtagcaattgaagcgagtccaatgttcttatacaaaattaacaatgcca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  41452517 aatgatcccaatggaacatttgctaacataacaataatagttgcaacaaaagcagcaattgaagcaagtccaagatttttatacaaaattaacaatgcca 41452616  T
Q  318 atgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtaccagccaaaagtaccaactctttcggcatcaacagttatgaaattgataatttctccaga 417  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  41452617 gtgtaacttgcaaagctactaaccacaaatcatgcatgtaccaactgaaactaccaactctttcggcatcaacagtcatgaaattgattatttctccaga 41452716  T
Q  418 actgtgacactgctttgattgacatgaaagtgttaaggctttattatatatgatcgtcacaagcagtgcacggattcgaagtcctagttgctgcaaccta 517  Q
    | | || |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  41452717 agtatggcactgtcttgattgacctgaaagtgttaaggctttactatatatcatagtcacaagcagtgctcgggttcgaagtccgagttgctgcaaccta 41452816  T
Q  518 aagtacaaatgtctttctgttaagcactctacaagctttgcaaataaaaaggaagaaaccaacacatagccttgattctcatataacctttttccgtcaa 617  Q
    ||| || |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  41452817 aagaaccaatgcctctgtgttaagcactctacaagctttgcaaagaaaaatgcagaaaccaacacatagccttgattctcgtatagcctttttccatcaa 41452916  T
Q  618 tgtattgaacaaaagaatcaataagataaggaccaacataagtagaaaaagtgtttaccaatgcaagaaaagca 691  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||    
T  41452917 ggtattgaacaaaagagtcaataagataaggaccaacataagaagcaaaagtgtttaataatgcaagaaaagca 41452990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 14372018 - 14371346
Alignment:
Q  19 gacaaatgtagtcatggctgaagtgtaaagatattttttcaaccagccttgttcggcatccctgagtgcagttattttagatagaaacttcatttcccat 118  Q
    |||||| |||||||  || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14372018 gacaaacgtagtcacagcggaagtataaagatactttttcaaccacccctgttcggcgtctctgagctcagttattttagacagaaacttcatttcccat 14371919  T
Q  119 ccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaaacttctcttgca 218  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |    
T  14371918 ccttgtagtttgaggatcctcatgtttcttaaaatttcagatgtggtcttcattctagtatcctttgactccatcaacttattatgtaacttctcttgga 14371819  T
Q  219 atgatcccaatggaacatttgccaacataaccacaacggttgaaacaaaagtagcaattgaagcgagtccaatgttcttatacaaaattaacaatgccaa 318  Q
    ||||||||  ||||| | ||||||||||||| |  | ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14371818 atgatcccgttggaagagttgccaacataacaatgatggttgtaacaaaagcagcaactgaagcaagtccaaggtttttatacaaaatcaacaatgccaa 14371719  T
Q  319 tgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtaccagccaaaagtaccaactctttcggcatcaacagttatgaaattgataatttctccagaa 418  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| |  ||| |||||||| |||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  14371718 tgtaacttgcaaagctactatccacaaatcatgcatataccaactgaaactaccaactgtttcagcatcaacggtcatgaaattgattatttctccagaa 14371619  T
Q  419 ctgtgacactgctttgattgacatgaaagtgttaaggctttattatatatgatcgtcacaagcagtgcacggattcgaagtcctagttgctgcaacctaa 518  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14371618 gtgtgacactgccttgattgagatgaaagtgttaaggctttgttatatatcaatgtcacaagcagtgcttggattcgaagtccgagttgctgcaacctaa 14371519  T
Q  519 agtacaaatgtctttctgttaagcactctacaagctttgcaaataaaaaggaagaaaccaacacatagccttgattctcatataacctttttccgtcaat 618  Q
    || ||   || || | ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  14371518 agaactgctgcctgtttgttaagctttctacaagctttgcaaagaaaaaggaagaaaccaacacatagccttgattctcatatagcctttttccatcaag 14371419  T
Q  619 gtattgaacaaaagaatcaataagataaggaccaacataagtagaaaaagtgtttaccaatgcaagaaaagca 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14371418 gtattgaacaaaagaatcaataagataagggccaacataagtagaaaaagtgtttaccaatgcaagagaagca 14371346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 691
Target Start/End: Original strand, 41439148 - 41439821
Alignment:
Q  18 agacaaatgtagtcatggctgaagtgtaaagatattttttcaaccagccttgttcggcatccctgagtgcagttattttagatagaaacttcatttccca 117  Q
    ||||||||||||| | |||   ||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41439148 agacaaatgtagtaacggcgttagtataaagaaattttttcaaccagccttgttcagcgtccctgagcgcagttattttagatagaaacttcatttccca 41439247  T
Q  118 tccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaaacttctcttgc 217  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  41439248 tccttgcagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagatgtggtcttcattcttgtatcctttgactccatcaactttttttgaaacttctcttgt 41439347  T
Q  218 aatgatcccaatggaacatttgccaacataaccacaacggttgaaacaaaagtagcaattgaagcgagtccaatgttcttatacaaaattaacaatgcca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  41439348 aatgatcccaatggaacatttgctaacataacaatgatagttgcaacaaaagcagcaattgaagcaagtccaagatttttatacaaaattaacaatgcca 41439447  T
Q  318 atgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtaccagccaaaagtaccaactctttcggcatcaacagttatgaaattgataatttctccaga 417  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  41439448 gtgtaacttgcaaagctactaaccacaaatcatgcatgtaccaactgaatttatcaactctttcggcatcaacagtcatgaaattgattatttctccaga 41439547  T
Q  418 actgtgacactgctttgattgacatgaaagtgttaaggctttattatatatgatcgtcacaagcagtgcacggattcgaagtcctagttgctgcaaccta 517  Q
      | || |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||| ||| |||||| | |||||||||||||    
T  41439548 ggtatggcactgtcttgattgacctgaaagtgttaaggctttaccatatatcatagtcacaagcagtgctcgggttcaaagtccgaattgctgcaaccta 41439647  T
Q  518 aagtacaaatgtctttctgttaagcactctacaagctttgcaaataaaaaggaagaaaccaacacatagccttgattctcatataacctttttccgtcaa 617  Q
    ||| || |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  41439648 aagaaccaatgcctctgtgttaagcactctacaagctttgcaaagaaaaatgcagaaacaaacacatagccttgattctcgtatagcctttttccatcaa 41439747  T
Q  618 tgtattgaacaaaagaatcaataagataaggaccaacataagtagaaaaagtgtttaccaatgcaagaaaagca 691  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| || | ||||| ||||||||||    
T  41439748 ggtattgaacaaaagagtcaataagataaggaccaacataagaagcaaaagttttcaacaatgtaagaaaagca 41439821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 308 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 41229769 - 41229717
Alignment:
Q  308 aacaatgccaatgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtacca 360  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  41229769 aacaatgccgatttaactttcaaagctaccaaccacaaatcatgcatatacca 41229717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 308 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 42786318 - 42786266
Alignment:
Q  308 aacaatgccaatgtaactttcaaagctagtaaccacaaatcatgcatgtacca 360  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  42786318 aacaatgccgatttaactttcaaagctaccaaccacaaatcatgcatatacca 42786266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 369 - 688
Target Start/End: Original strand, 21111091 - 21111404
Alignment:
Q  369 taccaactctttcggcatcaacagttatgaaattgataatttctccagaactgtgacactgctttgattgacatgaaagtgttaaggctttattatatat 468  Q
    ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || | || |||||  || ||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  21111091 taccaactcgtt-ggcatcaacagtcatgaaattgattatttctccataagtatggcactgtcttaatt-acctgaaagtgttgaggctttattatatat 21111188  T
Q  469 gatcgtcacaagcagtgcacggattcgaagtcctagttgctgcaacctaaagtacaaatgtctttctgttaagcactctacaagctttgcaaataaaaag 568  Q
     || ||||||||||||||  || |||||||||| ||| |||||||||||| | || |||| || | |||||||||||||||||   | ||||| |||||     
T  21111189 catagtcacaagcagtgcttgggttcgaagtccgagtggctgcaacctaaggaactaatgcctctgtgttaagcactctacaa---tggcaaagaaaaat 21111285  T
Q  569 gaagaaaccaacacatagccttgattctcatataacctttttccgtcaatgtattgaacaaaagaatcaataagataaggaccaacataagtagaaaaag 668  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| || ||||     
T  21111286 gcagaaaccaacacatagctttgattctcatatagcc-ttttccatcaagataatgaacaaaagagtcaataagttaaggaccaccataagaagcaaaat 21111384  T
Q  669 tgtttaccaatgcaagaaaa 688  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  21111385 tgtttaacaatgcaagaaaa 21111404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 246
Target Start/End: Original strand, 22751087 - 22751253
Alignment:
Q  80 ctgagtgcagttattttagatagaaacttcatttcccatccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcat 179  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||    
T  22751087 ctgagttcagttatcttagacagaaacttcatttcccatccttgaagtttgagaatcctcatgttccttaaaatctcagatgtggccttcattcttttat 22751186  T
Q  180 cctttgactccatcaacttatcttgaaacttctcttgcaatgatcccaatggaacatttgccaacat 246  Q
    |  ||||  |||||||||| | ||||||||||||| | | |||  | || |||||||||||||||||    
T  22751187 ctcttgatgccatcaacttgttttgaaacttctctaggattgacactaaaggaacatttgccaacat 22751253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 107 - 228
Target Start/End: Original strand, 22727795 - 22727916
Alignment:
Q  107 ttcatttcccatccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaa 206  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| | |||||||||   ||| ||  ||||||| |||||| ||||||    
T  22727795 ttcatctcccatgcttgaagtttaagaatcctcatgttcattagaatctcagacgtcgccttcattcttttatctttgaactccattaacttaacttgaa 22727894  T
Q  207 acttctcttgcaatgatcccaa 228  Q
    |||||||||||| |||| ||||    
T  22727895 acttctcttgcagtgatgccaa 22727916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 107 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22739188 - 22739072
Alignment:
Q  107 ttcatttcccatccttgtagtttaaggatcctcatgttccttaaaatttcagacgtggtcttcattctagcatcctttgactccatcaacttatcttgaa 206  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| | |||||||||   ||| ||  | ||||| |||||| ||||||    
T  22739188 ttcatctcccatgcttgaagtttaagaatcctcatgttcattagaatctcagacgtcgccttcattcttttatctttaaattccattaacttaccttgaa 22739089  T
Q  207 acttctcttgcaatgat 223  Q
    |||||||||||| ||||    
T  22739088 acttctcttgcagtgat 22739072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University