View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20435_low_10 (Length: 489)

Name: NF20435_low_10
Description: NF20435
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20435_low_10
NF20435_low_10
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-485)||(35138541-35139022)
chr7 (1-485)||(35131233-35131714)
chr7 (33-77)||(35123179-35123223)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (21-482)||(14278299-14278760)
chr6 (27-477)||(14283784-14284233)
chr6 (20-315)||(14258458-14258753)
[»] scaffold1030 (1 HSPs)
scaffold1030 (21-438)||(2774-3191)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Original strand, 35138541 - 35139022
Alignment:
Q  1 aattacataatagtagttattattgttaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35138541 aattacataatagtagttattttt---aatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttg 35138637  T
Q  101 aatgatttttaatcaaatcagtcatgggtctattgattctcaaataagaatgaatgcgttgaaatgaagaatcaccactaatagttcctaatgaatcact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  35138638 aatgatttttaatcaaatcagtcatggatctattgattctcaaataagaatgaattcgttgaaatgaagaattaccactagtagttcctaatgagtcact 35138737  T
Q  201 cagattctgatccatcaatagttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccaca 300  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35138738 cagattctgatccactaatagttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccaca 35138837  T
Q  301 tgtttctcccacaaatgatcccttctactaatattcctcaagtgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagaaacttgaggatgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35138838 tgtttctcccacaaatgatcccttctactaatattcctcaaatgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagaaacttgaggatgc 35138937  T
Q  401 aatccacaagttcatcaggtaaatctaaaagagaaaccttgcaatccccttgattcaccaatcttggtactgagtggtttgccaa 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35138938 aatccacaagttcatcaggtaaatctaaaagagaaaccttgcaatccccttgattcaccaatcttggtactgagtggtttgccaa 35139022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Original strand, 35131233 - 35131714
Alignment:
Q  1 aattacataatagtagttattattgttaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35131233 aattacataatagtagttat---tgttaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttg 35131329  T
Q  101 aatgatttttaatcaaatcagtcatgggtctattgattctcaaataagaatgaatgcgttgaaatgaagaatcaccactaatagttcctaatgaatcact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||    
T  35131330 aatgatttttaatcaaatcagtcatggatctattgattctcaaataagaatgaattcgttgaaatgaagaattaccactagtagttcctaatgagtcgct 35131429  T
Q  201 cagattctgatccatcaatagttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccaca 300  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35131430 cagattccgatccactaatagttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccaca 35131529  T
Q  301 tgtttctcccacaaatgatcccttctactaatattcctcaagtgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagaaacttgaggatgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35131530 tgtttctcccacaaatgatcccttctactaatattcctcaaatgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagacacttgaggatgc 35131629  T
Q  401 aatccacaagttcatcaggtaaatctaaaagagaaaccttgcaatccccttgattcaccaatcttggtactgagtggtttgccaa 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  35131630 aatccacaagttcatcaggtaaatctaaaagagaaaccttgcaatccccttgattcttcaatcttggtactgagtggttttccaa 35131714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 77
Target Start/End: Original strand, 35123179 - 35123223
Alignment:
Q  33 taccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaag 77  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  35123179 taccttataaacttgagcaggaaaccagaattgaccagtctcaag 35123223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 21 - 482
Target Start/End: Original strand, 14278299 - 14278760
Alignment:
Q  21 tattgttaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttgaatgatttttaatcaaatca 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  14278299 tattgctaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaagcgaccagtctcaaggaggatatacaaagccatttttgagtgatttttaatcaaacca 14278398  T
Q  121 gtcatgggtctattgattctcaaataagaatgaatgcgttgaaatgaagaatcaccactaatagttcctaatgaatcactcagattctgatccatcaata 220  Q
     ||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||  ||||    
T  14278399 atcaaggttctattgattttcaaataagaatgaaggcgttgagatggagaatcaccactaatagttccaaatggttcactcagattttgatccactaata 14278498  T
Q  221 gttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccacatgtttctcccacaaatgatc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  14278499 gttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcatcacctaccaacctgctccatttttgttcgacatgtttctcccacaaacaatc 14278598  T
Q  321 ccttctactaatattcctcaagtgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagaaacttgaggatgcaatccacaagttcatcaggt 420  Q
     | ||||||||||||||||||  |  |||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||  ||| || |||||||  |||| ||||||||||    
T  14278599 gcctctactaatattcctcaaacgactacacacttgcgatatcctatacaaatcttgtggtgaaagacgcttaagtatgcaatgtacaatttcatcaggt 14278698  T
Q  421 aaatctaaaagagaaaccttgcaatccccttgattcaccaatcttggtactgagtggtttgc 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||    
T  14278699 aaatctaaaagagaaaccttgcaatccccttgattcttcaattttggtgctgagtggtttgc 14278760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Original strand, 14283784 - 14284233
Alignment:
Q  27 taatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttgaatgatttttaatcaaatcagtcatg 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  | ||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| |    
T  14283784 taatcataccttataaacttgagcaggaaagcagaagcaactagtctcaaggaaaatatacaaagccatttt-gaatgatttttaataaaagcaatcaag 14283882  T
Q  127 ggtctattgattctcaaataagaatgaatgcgttgaaatgaagaatcaccactaatagttcctaatgaatcactcagattctgatccatcaatagttcct 226  Q
    | ||||||| || | ||||||||||||  |||| ||||  | ||||||||||||||||||||  | ||    |||| |||||||||||  |||||| | |    
T  14283883 gatctattgctttttaaataagaatgatggcgtcgaaaaaaggaatcaccactaatagttccagaagatctcctcaaattctgatccactaatagtcctt 14283982  T
Q  227 tatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccacatgtttctcccacaaatgatcccttct 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  14283983 tatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctaccaacatgctccacttttgttcgacatgtttctcccataaataatcgcttct 14284082  T
Q  327 actaatattcctcaagtgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagaaacttgaggatgcaatccacaagttcatcaggtaaatct 426  Q
    ||| || |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| | ||||||||  |||| |||||||| |||||||    
T  14284083 actcatgttcctcaaattagtacacacttgtgctatcctaaacaaatcttgtgatgaaagatgcttaatgatgcaatgtacaacttcatcagataaatct 14284182  T
Q  427 aaaagagaaaccttgcaatccccttgattcaccaatcttggtactgagtgg 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  14284183 aaaagagaaaccttgcaatccccttgattctccaattttgctactgagtgg 14284233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Original strand, 14258458 - 14258753
Alignment:
Q  20 ttattgttaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttgaatgatttttaatcaaatc 119  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||      
T  14258458 ttattgataatcatagcttataaacttgagcaggaaaccagaagcgaccagtctcaaggaaaatatacaaaggcatttttgaatgatttttaatcaaaga 14258557  T
Q  120 agtcatgggtctattgattctcaaataagaatgaatgcgttgaaatgaagaatcaccactaatagttcctaatgaatcactcagattctgatccatcaat 219  Q
    | ||| || ||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||  |||||||  |||||||||||||  ||||   ||||| ||| || ||||  |||    
T  14258558 aatcaaggatctattgcttttcaaataagaatgatggcgtcgaaagaaagaatcgtcactaatagttccacatgatctactcaaattatgctccactaat 14258657  T
Q  220 agttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccacatgtttctcccacaaa 315  Q
    ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  14258658 agtcctttatattttgttgtatgctactcccattcatggtaagcattattacctaccaacctgctccatttttgttcgacatgtttctctcacaaa 14258753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1030 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold1030
Description:

Target: scaffold1030; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 21 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 3191 - 2774
Alignment:
Q  21 tattgttaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaaacggccagtctcaagaaaaatatatagagccatttttgaatgatttttaatcaaatca 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  3191 tattgctaatcataccttataaacttgagcaggaaaccagaagcgaccagtctcaaggaagatatacaaagccatttttgagtgatttttaatcaaacca 3092  T
Q  121 gtcatgggtctattgattctcaaataagaatgaatgcgttgaaatgaagaatcaccactaatagttcctaatgaatcactcagattctgatccatcaata 220  Q
     ||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||  ||||    
T  3091 atcaaggttctattgattttcaaataagaatgaaggcgttgagatggagaatcaccactaatagttccaaatggttcactcagattttgatccactaata 2992  T
Q  221 gttccttatattttgttgtatgatactcccattcatggtaagcatcattacctagcaacctgctccatttttgttccacatgtttctcccacaaatgatc 320  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||    
T  2991 gttccttacattttgttgtatgatacttccattcatggtaagcatcatcacctaccaacctgctccatttttgttcgacatgtttctcccacatacaatc 2892  T
Q  321 ccttctactaatattcctcaagtgggtacacacttgtgctaccctaaacaaatcttgtggtgaaagaaacttgaggatgcaatccacaagttcatcaggt 420  Q
     | ||||||||||||||||||  |  |||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||   || || ||| |||| |||| |||| |||||    
T  2891 gcctctactaatattcctcaaacgactacacacttgcgataacctaatcaaatcttgtggtgaaagacgtttaagtatgtaatctacaatttcaccaggt 2792  T
Q  421 aaatctaaaagagaaacc 438  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2791 aaatctaaaagagaaacc 2774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University