View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20435_low_26 (Length: 357)

Name: NF20435_low_26
Description: NF20435
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20435_low_26
NF20435_low_26
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-340)||(38850175-38850514)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-340)||(38325676-38326015)
chr8 (2-340)||(38313423-38313761)
chr8 (1-338)||(38300181-38300518)
chr8 (14-340)||(38320939-38321265)
chr8 (1-340)||(38308828-38309167)
chr8 (1-340)||(38316831-38317170)
chr8 (2-340)||(38306101-38306429)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 38850514 - 38850175
Alignment:
Q  1 atgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38850514 atgtttgtgaggcattcaaagagtaggagggaaaaatttaaggagtgctttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcacttacatttggatatat 38850415  T
Q  101 ctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850414 ctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataccggtgtgcgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatg 38850315  T
Q  201 tccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850314 tccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcctgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctact 38850215  T
Q  301 tccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850214 tccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 38850175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 38325676 - 38326015
Alignment:
Q  1 atgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  |||    |    
T  38325676 atgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggagaaatttaaggaatgcattgaaaaggttggtggtgtcgatagttccgttcgcttgcatcaggactcgt 38325775  T
Q  101 ctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatg 200  Q
    |||||||| |||  ||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  38325776 ctatgagtctgaactcaacttatttgatgcttgaaagtgctcttaaatatcggcgtgtgtttgaaagtcttcacttgtatgaggataattatgagttatg 38325875  T
Q  201 tccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctact 300  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  38325876 tccttcggtagaagagtagaaaagagtagaaaagatctgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgctaacatgattaatgacacaacgcatcctact 38325975  T
Q  301 tccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38325976 tccaatttgtaatttttgcaagtttggaaagtccaatgtg 38326015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 2 - 340
Target Start/End: Original strand, 38313423 - 38313761
Alignment:
Q  2 tgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatatc 101  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || ||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||    
T  38313423 tgtttgtaaggcattccaagagtagatggaaattttttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttgcatctagatatgtc 38313522  T
Q  102 tatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatgt 201  Q
    ||||||  |||  ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| | | ||| |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  38313523 tatgagagtgaactcaacttatttgatgcttcaaagtgctcttaaatatcagcgtgcgtttgaaagtcttcacttgtatgatgatgattatgattcatgt 38313622  T
Q  202 ccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctactt 301  Q
    ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  38313623 cctgcggcagaagactggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttacctttttgtgaaactgccaacatgattaatggcgcaacacatcctactt 38313722  T
Q  302 ccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||    
T  38313723 ccaacttgtatttttcgcaagtttggaaacttcaatgtg 38313761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 38300181 - 38300518
Alignment:
Q  1 atgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||| |       
T  38300181 atgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaaggagtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctggacacgc 38300280  T
Q  101 ctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatg 200  Q
    |||  ||  |||  |||||||||    |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  38300281 ctaaaagagtgaactcaacttattcaatgcttgaaagtgctcttaaatatcggcgtgtgtttgaaagtcttcacttgtatgatgatagttatgtgttatg 38300380  T
Q  201 tccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctact 300  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  38300381 tccttcggtagaagagtggaaaagagtacaaaagatttgtgtgttcttgttgccttttagtgaaactgccaacatgattaatgccacaacacatcctact 38300480  T
Q  301 tccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatg 338  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38300481 tccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatg 38300518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 340
Target Start/End: Original strand, 38320939 - 38321265
Alignment:
Q  14 attcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatatctatgagtttgag 113  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| || ||||||| | |||     
T  38320939 attcaaagagtcgaaggcaaaaatttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcagttcgcttgcatctggacatgtctatgactgtgaa 38321038  T
Q  114 ttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatgtccttcggcggaa 213  Q
     ||||||||| || |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||    
T  38321039 ctcaacttatttgatgcttgaaagtgctcttaaatataggtgtgtgtttgaaagtcttcacttgtatgatgataattatgagttatgtccttcggtagaa 38321138  T
Q  214 gagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctacttccaacttgtatt 313  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  38321139 gaatggaaaagagttgaaaagatttgtgtgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatt 38321238  T
Q  314 ttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||    
T  38321239 ttttgcaagtttggaaagttcaatgtg 38321265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 38308828 - 38309167
Alignment:
Q  1 atgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatat 100  Q
    |||||||||||||  |||||||||   |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| | || || |    
T  38308828 atgtttgtgaggcgatcaaagagtcacagggaaaaatttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtgttgatagttctgttcgtttgcatctagacatgt 38308927  T
Q  101 ctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatg 200  Q
    |||||||  |||  ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| | |  ||  ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||    
T  38308928 ctatgagagtgaactcaacttatttgatgcttcaaagtgctcttaaatatcagcttgcatttgaaagtcttcacttgtatgacgatggttatgattcatg 38309027  T
Q  201 tccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctact 300  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |  ||||||||| ||||    
T  38309028 tcctgcggcagaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgccttttagcgaaactgccaacacgataaatggtgcaacacatcgtact 38309127  T
Q  301 tccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38309128 tccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtg 38309167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Original strand, 38316831 - 38317170
Alignment:
Q  1 atgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatat 100  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||| |||| || |    
T  38316831 atgtttgtgaggaattcaaaaaatagaaggacaaaatttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtgttgatagttctgtttgcctgcatctggacatgt 38316930  T
Q  101 ctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatg 200  Q
    |||||||| |||  ||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||    
T  38316931 ctatgagtctgaactcaacttatgtgatgcttgaaagtgctcttaaatatcggcatgtatttgaaagttttcacttgtatgatgataattaccagttatg 38317030  T
Q  201 tccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctact 300  Q
    |||||  ||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  38317031 tcctttagcacatgagtggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgctgcctttttatgaaactgccaacatgattaatgacacaacgcatcctact 38317130  T
Q  301 tccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38317131 tcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtg 38317170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 340
Target Start/End: Original strand, 38306101 - 38306429
Alignment:
Q  2 tgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggatatatc 101  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||| |||| || ||    
T  38306101 tgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatggacatgtc 38306200  T
Q  102 tatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgatttatgt 201  Q
    ||||| | |||  ||||||||| || |||| || || ||||||||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  |  |||    
T  38306201 tatgactgtgaactcaacttatttgatgctcgatagtgctcttaaatatcaacatgtgtttgaaagttttcacttgtatgatggtgattatgtctcgtgt 38306300  T
Q  202 ccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctactt 301  Q
    ||||| ||          |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||| ||||    
T  38306301 ccttctgc----------aaaagagtggaaaagatttgtgcattcatgttgccttttcgtgaaactgccaacatgatcaatggtgcaacacatcccactt 38306390  T
Q  302 ccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtg 340  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38306391 ccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtg 38306429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University