View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20438_high_2 (Length: 516)

Name: NF20438_high_2
Description: NF20438
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20438_high_2
NF20438_high_2
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (17-499)||(2786973-2787455)
chr2 (19-348)||(21797966-21798304)
chr2 (22-348)||(27737593-27737928)
chr2 (44-348)||(21803120-21803433)
chr2 (44-348)||(44801401-44801714)
chr2 (29-348)||(15010488-15010818)
chr2 (44-348)||(27635228-27635543)
chr2 (129-340)||(6068167-6068377)
chr2 (390-499)||(27743562-27743671)
chr2 (43-115)||(6068402-6068473)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (44-348)||(29515709-29516022)
chr8 (37-340)||(4168457-4168769)
chr8 (29-189)||(4168131-4168301)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (44-348)||(36183618-36183931)
chr4 (44-348)||(28378526-28378839)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (47-348)||(28393784-28394095)
chr7 (45-115)||(11610504-11610574)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (28-348)||(53127735-53128052)
chr3 (175-324)||(41119340-41119490)
chr3 (75-113)||(25089422-25089460)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (138-312)||(26472027-26472203)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (129-277)||(5958398-5958546)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 2787455 - 2786973
Alignment:
Q  17 tttgataccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2787455 tttgataccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccacacaataatctttaacctaagtgtaaattgcttaaattgagatagaaaatgaaggaaaatc 2787356  T
Q  117 tnnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataaga 216  Q
    |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2787355 taaaaaaaatggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacaataaga 2787256  T
Q  217 tcaaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaat 316  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2787255 tcgaatcgcagatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaat 2787156  T
Q  317 caaagatttaaaatatcaaattgtattaaccttttagagtacttaacaacattacatagaacccactcagattatgttgtgaagtactcaaatcatgcag 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2787155 caaagatttaaaatatcaaattgtattaaccttttagagtacttaacaacattacatagaacccactcagattatgttgtgaagtactcaaatcatgcag 2787056  T
Q  417 tatgtccttacagaaaagtaaccgaagggaacagtacaaggcaagtctctcaacaaatgaacttataaaccccagcaaaatag 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2787055 tatgtccttacagaaaagtaaccgaagggaacagtacaaggcaagcctcttaacaaatgaacttataaaccccagcaaaatag 2786973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21798304 - 21797966
Alignment:
Q  19 tgataccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat--- 115  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  21798304 tgataccacttgatgtggatccaagaaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgat 21798205  T
Q  116 -------ctnnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaa 208  Q
           ||       ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21798204 agaaaatctaagaaaattgaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaa 21798106  T
Q  209 caataagatcaaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctc 308  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21798105 cgataagatcgaatcgcggatccgccacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctc 21798006  T
Q  309 cctttaatcaaagatttaaaatatcaaattgtattaacct 348  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21798005 ccttcaatcaaagattgaaaatatcaaattgtattaacct 21797966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 27737928 - 27737593
Alignment:
Q  22 taccacttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat------ 115  Q
    |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  27737928 taccacttgatgtggatccaacaaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatggtaga 27737829  T
Q  116 ----ctnnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaa 211  Q
        ||       ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  27737828 aaatctaagaaaattgaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaatgatcgccacattcaagatgaacga 27737730  T
Q  212 taagatcaaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccct 311  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27737729 taagatcgaatcgcggatccgccacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccct 27737630  T
Q  312 ttaatcaaagatttaaaatatcaaattgtattaacct 348  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27737629 tcaatcaaagattgaaaatatcaaattgtattaacct 27737593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 44 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 21803433 - 21803120
Alignment:
Q  44 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 133  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  21803433 aaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 21803334  T
Q  134 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 233  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  21803333 ctaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatccgc 21803235  T
Q  234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21803234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 21803135  T
Q  334 aaattgtattaacct 348  Q
    |||||||||||||||    
T  21803134 aaattgtattaacct 21803120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 44 - 348
Target Start/End: Original strand, 44801401 - 44801714
Alignment:
Q  44 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 133  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  44801401 aaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgaaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 44801500  T
Q  134 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 233  Q
    |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  44801501 ctagtaatagaaagaacacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatccgc 44801599  T
Q  234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  44801600 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 44801699  T
Q  334 aaattgtattaacct 348  Q
    |||||||||||||||    
T  44801700 aaattgtattaacct 44801714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 29 - 348
Target Start/End: Original strand, 15010488 - 15010818
Alignment:
Q  29 tgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat-----------ct 117  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||           ||    
T  15010488 tgatgtggatccaataaggattcaccatacaagaatctttgacctaagtgtaaatttcttaaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaaatct 15010587  T
Q  118 nnnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagat 217  Q
           ||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  15010588 aagaaaatttaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaaatgggaagaacgatcgccacattcaagatgaactataagat 15010686  T
Q  218 caaatcgcggatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatc 317  Q
    | ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  15010687 cgaatcgcggatccactacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctccaatc 15010786  T
Q  318 aaagatt-taaaatatcaaattgtattaacct 348  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  15010787 aaagattgaaaaatatcaaattgtattaacct 15010818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 44 - 348
Target Start/End: Original strand, 27635228 - 27635543
Alignment:
Q  44 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 133  Q
    |||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  27635228 aaggattcaccatacaagaatctttaacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 27635327  T
Q  134 ctaagaatagaaa--gaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatcc 231  Q
    ||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  27635328 ctaggaatacaaaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaaatgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatcc 27635426  T
Q  232 gtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaata 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27635427 gccacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaatagcaattctaaatctcccttcaatcaaagattgaaaata 27635526  T
Q  332 tcaaattgtattaacct 348  Q
    |||||||||| ||||||    
T  27635527 tcaaattgtactaacct 27635543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 6068377 - 6068167
Alignment:
Q  129 ccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcgga 228  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| |||||||  ||| || ||    
T  6068377 ccaaattaggaatagaaagaaaacataaaaaatggaatta-atgagaagtgggaagaacaatcgtcacattcaagaagaacgataagattgaattgcaga 6068279  T
Q  229 tccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttt-aatcaaagatttaa 327  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || |    
T  6068278 tccgccacaagaatatgatgctcttgataaagatctaaatttggttcatcaaacaacctagaagagcaatactaactctcgctttcaatcaaaga-ttga 6068180  T
Q  328 aatatcaaattgt 340  Q
    |||||||||||||    
T  6068179 aatatcaaattgt 6068167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 390 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 27743671 - 27743562
Alignment:
Q  390 atgttgtgaagtactcaaatcatgcagtatgtccttacagaaaagtaaccgaagggaacagtacaaggcaagtctctcaacaaatgaacttataaacccc 489  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  27743671 atgttgtgaagtactaaaatcatgcagtatgtccttatggaaaagtaaccgaagggaacagtacaagtcaagcctctcaacaaatgaactaataaaccca 27743572  T
Q  490 agcaaaatag 499  Q
    ||||||||||    
T  27743571 agcaaaatag 27743562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 6068473 - 6068402
Alignment:
Q  43 taaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat 115  Q
    |||||||||| || | || |||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  6068473 taaggattcagcacataaggatctttgacctttgtgtaaatttcttgaa-tgagataaaaaatgaaggaaaat 6068402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 44 - 348
Target Start/End: Original strand, 29515709 - 29516022
Alignment:
Q  44 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaa 133  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| |||||    
T  29515709 aaggattcaccatataaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 29515808  T
Q  134 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 233  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  29515809 ctaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcggatccgc 29515907  T
Q  234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  29515908 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagaattggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 29516007  T
Q  334 aaattgtattaacct 348  Q
    |||||||||||||||    
T  29516008 aaattgtattaacct 29516022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 37 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 4168769 - 4168457
Alignment:
Q  37 atctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnntt 126  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||| || |||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||          ||       ||    
T  4168769 atctaataaggattcaccatacatggatctttaacctaagttataatttcttggattgagatagaaaatgaaggaaaatgattggaaatctaagaaaatt 4168670  T
Q  127 ggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcg 226  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||| ||    
T  4168669 gaccaaactaggaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgagaagtggcaagaacgattgccacattcaagatgtacgataagatcgaatcacg 4168570  T
Q  227 gatccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagattta 326  Q
    |||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||     
T  4168569 gattagccacaagaataaaatgctcttgataaggagctagatttggttcatccaataacctagaatagcaattctaactttttcttcaatcaaaga-ttg 4168471  T
Q  327 aaatatcaaattgt 340  Q
    ||||||||||||||    
T  4168470 aaatatcaaattgt 4168457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4168301 - 4168131
Alignment:
Q  29 tgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaag----------gaaaatctn 118  Q
    ||||||| ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| | || |||||  |||||||||||||||||||          ||||||||     
T  4168301 tgatgtggatcaaataaagattcaccatacaaagatctttgacctaagtttgaaattcttagattgagatagaaaatgaagaaaaatggtagaaaatcta 4168202  T
Q  119 nnnnnnttggccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacga 189  Q
          ||  ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4168201 agaaaattaaccaaactagaaatacaaagaaaacatacaaaatggaattagatgagaagtgggaagaacga 4168131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 44 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 36183931 - 36183618
Alignment:
Q  44 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaa----------tctnnnnnnnttggccaaa 133  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||       ||  |||||    
T  36183931 aaggattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaaaggtagaaaatctaagaaaattaaccaaa 36183832  T
Q  134 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 233  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  36183831 ctaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaggtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgtagatccgt 36183733  T
Q  234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36183732 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaatagcaattctaactctcccttcaatcaaagattgaaaatatc 36183633  T
Q  334 aaattgtattaacct 348  Q
    |||||||| ||||||    
T  36183632 aaattgtactaacct 36183618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 44 - 348
Target Start/End: Original strand, 28378526 - 28378839
Alignment:
Q  44 aaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaa----------atctnnnnnnnttggccaaa 133  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||       ||| |||||    
T  28378526 aaggatttactatacaaggatctttgatctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaacgaaggaaagtgatagaaaatctaagaaaattgaccaaa 28378625  T
Q  134 ctaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgt 233  Q
    | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||     
T  28378626 cgaggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcacggatccgc 28378724  T
Q  234 cacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaaaatatc 333  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  28378725 aacaagaataagatgctcttgaaaaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactatcccttcaatcaaagattgaaaatatc 28378824  T
Q  334 aaattgtattaacct 348  Q
    |||||||||||||||    
T  28378825 aaattgtattaacct 28378839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 47 - 348
Target Start/End: Original strand, 28393784 - 28394095
Alignment:
Q  47 gattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat----------ctnnnnnnnttggccaaacta 136  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       ||| ||||||||    
T  28393784 gattcaccatacaaggatctttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatgatagaaaatctaagaaaattgaccaaacta 28393883  T
Q  137 agaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgtcac 236  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||    
T  28393884 ggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgtcacattcaagatgaatgataagatcgaatcgcggatccgccac 28393982  T
Q  237 aagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatt-taaaatatcaa 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  28393983 aagaataagatgctcttgataaggatctaggtttggttcatccaagaacctagaagagcaattttaactctcccttcaatcaaagattgaaaaatatcaa 28394082  T
Q  336 attgtattaacct 348  Q
    |||||||||||||    
T  28394083 attgtattaacct 28394095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 11610574 - 11610504
Alignment:
Q  45 aggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaat 115  Q
    |||||||| | ||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  11610574 aggattcatcgtacaatgatctttaatttaagtgtagatttcttgaattgagataacaaataaaggaaaat 11610504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 6e-97; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 53128052 - 53127735
Alignment:
Q  28 ttgatgtgaatctagtaaggattcaccatacaatgatctttgacataagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaaatctnnnnnnnttg 127  Q
    |||||||| ||| | |||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |       |||    
T  53128052 ttgatgtggatccaataaggattcatcatataaggatttttgacctaagtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaagaaaatttaagaaaattg 53127953  T
Q  128 gccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcgg 227  Q
     ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  53127952 accaaa-taggaatagaaagaaaacatacaaa-tggaattagatgagaagtgggaagaacgatcgccacattcaagatgaacgataagatcgaatcgcgg 53127855  T
Q  228 atccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatttaa 327  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| || |    
T  53127854 atccgccacaagaataagatgctcttgataaggatctagattcgattcatccaacaacctagaagagcaattctaactctctgttcaatcaaaga-ttga 53127756  T
Q  328 aatatcaaattgtattaacct 348  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  53127755 aatatcaaattgtattaacct 53127735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41119490 - 41119340
Alignment:
Q  175 aagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgtcacaagaataag-atgctcttgataaggatctagatttggt 273  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||| || |||  |||||||| | | ||||||||| |||||||||| | ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  41119490 aagtgggaagaatgattgccacattcatgaagaatgataagatcgatt-gcggatccgccacaagaatacggatgttctagataaggatctagaattggt 41119392  T
Q  274 tcatcc-aagaacctagaagagcaattctaactctccctttaatcaaagatt 324  Q
    |||||| || |||||||| ||||||  ||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  41119391 tcatccaaataacctagaggagcaaaactagctctcacttcaatcgaagatt 41119340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 75 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 25089460 - 25089422
Alignment:
Q  75 agtgtaaatttcttgaattgagatagaaaatgaaggaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  25089460 agtgtaaatttcttgaatgaagatagaaaatgaaggaaa 25089422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 138 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 26472203 - 26472027
Alignment:
Q  138 gaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcggatccgtcaca 237  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||    
T  26472203 gaatagaaagaaaacatacaagatgaaataagatgagaaatgggaagaatgatcgtcacattcaagatgaacaataagatcgaatcgtagatccgccaca 26472104  T
Q  238 aga--ataagatgctcttgataaggatctagatttggttcatccaagaacctagaagagcaattctaactctccctt 312  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||    
T  26472103 agaatataagatgctcttgatacggatttagatttggttcatccaagaatctagtagagcaattccaactctacctt 26472027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 129 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 5958546 - 5958398
Alignment:
Q  129 ccaaactaagaatagaaagaaaacatacaaaatggaattagatgacaagtgggaagaacgatcgccgcattcaagatgaacaataagatcaaatcgcgga 228  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||| ||||| | ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5958546 ccaaattaggaatagaaagaaaacatacaaaacaaaattagatgagaagtggaaagaatgttcgtcacattcaagatgaacgataagatcaaatcacgga 5958447  T
Q  229 tccgtcacaagaataagatgctcttgataaggatctagatttggttcat 277  Q
     ||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5958446 cccgtcacaaaaataagatgttctttataaggatttagatttggttcat 5958398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University