View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20443_low_1 (Length: 720)

Name: NF20443_low_1
Description: NF20443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20443_low_1
NF20443_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-702)||(21129447-21130147)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 21130147 - 21129447
Alignment:
Q  10 aggagcagagagtatatgtaacaagtggaactattcccaaactatttttagtaaagataccagtttctatcaggcttttccttcttgtccaagttacttt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21130147 aggagcagagagtatatgtaacaagtggaactattcccaaactatttttagtaaagataccagtttctatcaggcttttccttcttgtccaagttacttt 21130048  T
Q  110 tctgtaaatgtgaattacagtggattttactcactgcaaaagttttatatatatat--------caacaaacattcaatcaaatgtttagcacataactt 201  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21130047 tctgtaaatatgaattacagtggattttactcactgcaaaagttttatatatatatatatatatcaacaaacattcaatcaaatgtttagcacataactt 21129948  T
Q  202 tttgaaggatgtgcatctttatattattcagtatacttatgcttgacatgactaaagataaagaattctgttttacccttttcaggtttacaagttaaag 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21129947 tttgaaggatgtgcatctttatattattcagtatacttatgcttgacatgactaaagataaagaattctgttttacccttttcaggtttacaagttaaag 21129848  T
Q  302 cggattctgagaatatgaagcatgctgcagcatctgggaagtatcttccaacaagaactttgatcacaatgaaaaactgttagttttctttgacatgtat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21129847 cggattctgagaatatgaagcatgctgcagcatctgggaagtatcttccaacaagaactttgatcacaatgaaaaactgttagttttctttgacatgtat 21129748  T
Q  402 aatgttgtaagaaaaatttaacagtaaatatgatcgagtctcaacgtacctgagcatggaagttgagaacaaacaaatcctagattcatgaagatgcaag 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21129747 aatgttgtaagaaaaatttaacagtaaatatgatcgagtctcaacgtacctgagcatggaagttgagaacaaacgaatcctagattcatgaagatgcaag 21129648  T
Q  502 gtactggaatatgactgcatattctaattatgcaaaccgaggtttttggttgtaaaatgtaaatcctactgatccagataccacaaatttcatataggtt 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21129647 gtactggaatatgactgcatattctaattatgcaaaccgaggtttttggttgtaaaatgtaaatcctactgatccagataccacaaatttcatataggtt 21129548  T
Q  602 gtgtaaagagttactagaaaatctacactgatgataaggaggaggaacttatgtgtatagaactttgtttttagctttccatttattttcatagagtaaa 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21129547 gtgtaaagagttactagaaaatctacactgatgataaggaggaggaacttatgtgtatagaactttgtttttagctttccatttactttcatagagtaaa 21129448  T
Q  702 g 702  Q
    |    
T  21129447 g 21129447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University