View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20446_low_1 (Length: 760)

Name: NF20446_low_1
Description: NF20446
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20446_low_1
NF20446_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-752)||(48695302-48696043)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 689; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 689; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 48696043 - 48695302
Alignment:
Q  19 ggaaagactctaaactgtttaacttaacagttactacttgttttgtgagagatttgatttgcttgggggtatcattcggaaacttgaatccacttgtttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48696043 ggaaagactctaaactgtttaacgtaacagttactacttgttttgtgagagatttgatttgcttgggggtatcatttggaaacttgaatccacttgtttt 48695944  T
Q  119 gaaagattatttctatttgcacgcaaaaccttgagagaagatgatgtcttgcttgatggcaaagagtgcacttgtatggcccgtgtgtgagtgagagaga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695943 gaaagattatttctatttgcacgcaaaaccttgagagaagatgatgtcttgcttgatggcaaagagtgcacttgtatggcccgtgtgtgagtgagagaga 48695844  T
Q  219 gag--------ggccaagaagacggtggtcacagacagaagacagtaccattttattttggttcttgtttacaacggtcagcatagttacttcctggttt 310  Q
    |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  48695843 gagagagagagggccaagaagacggtggtcacagacagaagacagtaccattttattttggttcttgtttacaatggtcagcacagttacttcctggttt 48695744  T
Q  311 gttttaaatttaattttctattctcagagtatttgtataatgtacaactttgattgattgattgctgctgcctcagtttgggcgggcttacattaacata 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695743 gttttaaatttaattttctattctcagagtatttgtataatatacaactttgattgattgattgctgctgcctcagtttgggcgggcttacattaacata 48695644  T
Q  411 cctacatgtacatctatatatgtacttaaaaagtataataatgaatgaatgaataaaacattgggaaagtggagttccaccctagccagccagctagctt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695643 cctacatgtacatctatatatgtacttaaaaagtataataatgaatgaatgaataaaacattgggaaattggagttccaccctagccagccagctagctt 48695544  T
Q  511 tgtcctgctgcttcctttggctttgtttgttgttggacagtagaagtgggactccaaggattcaggctcattatgcctctgctgctactgcttaaaagcc 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695543 tgtcctgctgcttcctttggctttgtttgttgttggacagtagaagtgggactccaaggattcaggctcattatgcctctgctgctactgcttaaaagcc 48695444  T
Q  611 tctttaatgactttaatctcccttccgccgaagataagggtgatgatgatgaagtagtggcctcacactcattgggtatatcaatccttaacattccatt 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695443 tctttaatgactttaatctcccttccgccgaagataagggtgatgatgatgaagtagtggcctcacactcattgggtatatcaatccttaacattccatt 48695344  T
Q  711 tccttcatcatcagctctgctgttgttatttatagtattatc 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695343 tccttcatcatcagctctgctgttgttatttatagtattatc 48695302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University