View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20453_high_1 (Length: 911)

Name: NF20453_high_1
Description: NF20453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20453_high_1
NF20453_high_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (10-558)||(53145803-53146351)
chr3 (616-832)||(53145530-53145746)
chr3 (824-892)||(53144497-53144565)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (12-424)||(38176925-38177337)
chr4 (10-445)||(5532478-5532910)
chr4 (9-370)||(5921195-5921556)
chr4 (9-370)||(5934655-5935016)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-425)||(11731780-11732193)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-406)||(45452361-45452755)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-370)||(34841546-34841907)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-406)||(45320254-45320650)
chr8 (18-379)||(40916254-40916615)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 53146351 - 53145803
Alignment:
Q  10 ccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146351 ccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaaca 53146252  T
Q  110 aatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146251 aatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaag 53146152  T
Q  210 atgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146151 atgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgc 53146052  T
Q  310 attggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgcaat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146051 attggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgcaat 53145952  T
Q  410 agctgaggaggaagatgattatgaagaagaagaaggtgaggaacattttgtggagcagtagctggatcaaactcttggggtaatgccctattggtaacta 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53145951 agctgaggaggaagatgattatgaagaagaagaaggtgaggaacattttgtggagcagtagctggatcaaactcttggggtaatgccctattggtaacta 53145852  T
Q  510 tgtttactatacaactttgctgctatccgtgtatctactacagccataa 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53145851 tgtttactatacaactttgctgctatccgtgtatctactacagccataa 53145803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 616 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 53145746 - 53145530
Alignment:
Q  616 gaagtgtaatactagtatttctgaactgtttgaaaatctgaatgcgtcctgtcagacagggttattctatacttctattattcctataatgctaagaatg 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53145746 gaagtgtaatactagtatttctgaactgtttgaaaatctgaatgcgtcctgtcagacagggttattctatacttctattattcctataatgctatgaatg 53145647  T
Q  716 tattcatgtatgtgtgtgaattagagttttatttcctacctattcgctttgttttaagaaaatggttggacttggaactttcctatcattgctttgtacc 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  53145646 tattcatgtatgtgtgtgaattagagttttatttcctacctattcgctttgttttaagaaaatggttggacttggaactttcctatcattgctttatatc 53145547  T
Q  816 cgatatcatgaactcat 832  Q
    ||||| |||||||||||    
T  53145546 cgataccatgaactcat 53145530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 824 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 53144565 - 53144497
Alignment:
Q  824 tgaactcatcccttactcctagattcatgcttcatttggaagctggagaaaaaattgcatggaacagtt 892  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53144565 tgaactcatcccttactcctagattcatgcttcatttggaagctggagaaaaaattgcatggaacagtt 53144497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 137; Significance: 5e-71; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 38177337 - 38176925
Alignment:
Q  12 aagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaa 111  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || || || |    
T  38177337 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 38177238  T
Q  112 tcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagat 211  Q
    | || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| | |  | | ||| |    
T  38177237 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 38177138  T
Q  212 gtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcat 311  Q
    | | |||||||| ||||| || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||  |||||||||| || ||||||    
T  38177137 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 38177038  T
Q  312 tggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgcaatag 411  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |  |    
T  38177037 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccagcaataccaggatgctactg 38176938  T
Q  412 ctgaggaggaaga 424  Q
    |||| ||||||||    
T  38176937 ctgatgaggaaga 38176925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 445
Target Start/End: Original strand, 5532478 - 5532910
Alignment:
Q  10 ccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaaca 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5532478 ccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagccatgtttagaggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaaca 5532577  T
Q  110 aatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaaga-atttgaa 208  Q
    ||| || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |   |||||    
T  5532578 aatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtctactgtctgtgatattcc-cccaacagggttgaa 5532676  T
Q  209 gatgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttg 308  Q
     ||| | || || || ||||| ||||| || || |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||| || | ||||| || |||    
T  5532677 aatggcttcaacattcattggaaactccacatccattcaggaaatgttccgtagggtgagtgagcagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttg 5532776  T
Q  309 cattggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgcaa 408  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||| |||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  5532777 cattggtacactggtgaaggcatggacgaaatggaattcactgaggctgagagcaacatgaatgatctggttgctgagtatcaacagtaccaagatgcca 5532876  T
Q  409 tagctgaggaggaagatgattatgaagaagaagaagg 445  Q
      ||||| |||   ||||| |||| ||||||||||||    
T  5532877 ccgctgatgag---gatgagtatggagaagaagaagg 5532910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 5921556 - 5921195
Alignment:
Q  9 tccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| | |||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  5921556 tccaagaatatgatgtgtgctgccgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaac 5921457  T
Q  109 aaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaa 208  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| ||||| |     |||||    
T  5921456 aaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaa 5921357  T
Q  209 gatgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttg 308  Q
    |||| | || || || || || ||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||||| || |||    
T  5921356 gatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgctatgttcaggagaaaggctttcttg 5921257  T
Q  309 cattggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaa 370  Q
    |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  5921256 cattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaa 5921195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 5935016 - 5934655
Alignment:
Q  9 tccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaac 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || ||| | |||||||| || || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  5935016 tccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacggtacctcactgcatcagccatcttcagaggcaagatgagcacaaaggaagttgatgaac 5934917  T
Q  109 aaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaa 208  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| ||||| |     |||||    
T  5934916 aaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaa 5934817  T
Q  209 gatgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttg 308  Q
    |||| | || || || || || ||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||||| || |||    
T  5934816 gatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgctatgttcaggagaaaggctttcttg 5934717  T
Q  309 cattggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaa 370  Q
    |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  5934716 cattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaa 5934655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 126; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 11732193 - 11731780
Alignment:
Q  12 aagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| ||||||||| | || ||||||||||| || || || ||||| || |    
T  11732193 aagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttccgtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcaga 11732094  T
Q  112 tcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagat 211  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||    | |||||    
T  11732093 tgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagggccttaagat 11731994  T
Q  212 gtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcat 311  Q
    | | || ||||| || || || || ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||  |||||||||| || ||||||    
T  11731993 ggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 11731894  T
Q  312 tggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgcaatag 411  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| | || || |||||||| ||||||||||||||||  |    
T  11731893 tggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccaggatgcaactg 11731794  T
Q  412 ctgaggaggaagat 425  Q
    |||| || ||||||    
T  11731793 ctgacgaagaagat 11731780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 3e-60; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 45452755 - 45452361
Alignment:
Q  12 aagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaa 111  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  45452755 aagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggttgatgagcaga 45452656  T
Q  112 tcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagat 211  Q
    | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||| || |    | | || ||    
T  45452655 tgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtgatatccctccaactggtcttaaaat 45452556  T
Q  212 gtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcat 311  Q
    | | || ||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||||||  | || || || ||||||    
T  45452555 ggcttctacttttattggtaactccacatctattcaagaaatgtttaggagggtgagtgagcaattcacggctatgttccgcagaaaagctttcttgcat 45452456  T
Q  312 tggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgc 406  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||  | ||  |||||||||| |||||||| |||||    
T  45452455 tggtatactggagagggtatggatgagatggagtttactgaagcagaaagcaacatgaatgaccttgtctcagagtaccagcaataccaagatgc 45452361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Original strand, 34841546 - 34841907
Alignment:
Q  9 tccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaac 108  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  34841546 tccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatggtcgatacctcactgcgtctgccatgttcaggggtaagatgagcaccaaagaggtggatgagc 34841645  T
Q  109 aaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaa 208  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||  | || |    | |       
T  34841646 aaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatgttaagtcaagtgtttgtgacattgctcctagaggtctctc 34841745  T
Q  209 gatgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttg 308  Q
     ||| | ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||  || | ||||| || |||    
T  34841746 catggcctccacctttatcggtaactcaacctcaattcaggaaatgtttaggagggtgagcgagcaatttaccgctatgtttaggaggaaggctttcttg 34841845  T
Q  309 cattggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaa 370  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||    
T  34841846 cattggtacactggtgaaggcatggatgaaatggaattcacagaagcagagagcaacatgaa 34841907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 406
Target Start/End: Original strand, 45320254 - 45320650
Alignment:
Q  10 ccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaaca 109  Q
    ||||||| ||||||||||| || || || || ||||| || || ||||| || || ||  |||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||    
T  45320254 ccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaaca 45320353  T
Q  110 aatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccaccca-agaatttgaa 208  Q
      | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| | ||   ||       
T  45320354 ggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctgtgatgtcccacctagaggcctt-tc 45320452  T
Q  209 gatgtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttg 308  Q
    |||| | || || ||| |||| || || || || || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||  |||| |||||| |  | || || || |||    
T  45320453 gatggcttcgacatttgttggcaattcgacatctatacaggagatgtttaggagagtgagtgaacagttctctgccatgttcagaaggaaagcattcttg 45320552  T
Q  309 cattggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgc 406  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| || || || |||||||| || ||||| ||| | || || || || |||||||||||||||||    
T  45320553 cattggtataccggagaaggaatggatgaaatggaatttactgaagcagaaagcaatatgaatgatcttgttgctgaatatcaacaataccaggatgc 45320650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 40916615 - 40916254
Alignment:
Q  18 atgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatca 117  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||| | ||  |||| || || ||||||||| | || || |||||||| ||||| |||||| |||| || || |    
T  40916615 atgatgtgtgctgctgatccaagacatggtaggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaagaagttgatcaacagatgataa 40916516  T
Q  118 atgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtc 217  Q
    |||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || || |     |||  |||||| ||    
T  40916515 atgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttgtgatattccgccaacagggttgtcgatgtcttc 40916416  T
Q  218 cacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcattggtat 317  Q
     || ||||| ||||| || || || ||||| || ||||| ||  | ||    |||||||||||||  |||||   | | ||||| |||||||||||||||    
T  40916415 gacatttatggggaattcgacatctattcaagaaatgtttagacgtgtttcggagcagtttactgttatgtttaagagaaaggcatttttgcattggtat 40916316  T
Q  318 actggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggt 379  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  40916315 actgctgaaggaatggatgagatggagtttactgaggctgagagtaatatgaatgatttggt 40916254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University