View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20456_low_10 (Length: 547)
Name: NF20456_low_10
Description: NF20456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20456_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 42144605 - 42144078
Alignment:
| Q |
1 |
gatatgtttcagttcctgaatttgttgatttctttcattcatttcatattggagaggaaattgcggcagagattaaggttccttataataagagtcaaac |
100 |
Q |
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| T |
42144605 |
gatatgtttcagttcctgaatttgttgatttctttcattcatttcatattggagaggaaattgcggcagagattaaggttccttataataagagtcaaac |
42144506 |
T |
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| Q |
101 |
tcacccagcagcattagtcaaagaaaaatatggtatttcaaaatgggaactatttaaggcatgcttttcaaaagaatggcttcttatgaagaggaatgct |
200 |
Q |
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| T |
42144505 |
tcacccagcagcattagtcaaagaaaaatatggtatttcaaaatgggaactatttaaggcatgcttttcaaaggaatggcttcttatgaagaggaatgct |
42144406 |
T |
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| Q |
201 |
tttgtttatgtgttcaaaacaacacagatagcaatcatgtctgttattacttttactgtgttctttagaacaaagatgccggttggtactgttcaagatg |
300 |
Q |
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| T |
42144405 |
tttgtttatgtgttcaaaacaacacagatagcaatcatgtctgttattacttttactgtgttctttagaacaaagatgccggttggtactgttcaagatg |
42144306 |
T |
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| Q |
301 |
gacaaaaattctacggtgcattattcttcactctgataaatgtgatgtttaatgggttggcagaagtatacatgacagttgctaggcttcctgtgttcca |
400 |
Q |
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| T |
42144305 |
gacaaaaattctacggtgcattattcttcactctgataaatgtgatgtttaatgggttggcagaagtatacatgacagttgctaggcttcctgtgttcca |
42144206 |
T |
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| Q |
401 |
caaacagagggatttcttgttttaccctgcatgggcatttggattacctatatggattcttaggatcccgatctcctttttggaatctttgatatggatt |
500 |
Q |
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| T |
42144205 |
caaacagagggatttcttgttttaccctgcatgggcatttggattacctatatggattcttagggtcccgatctcctttttggaatctttgatatggatt |
42144106 |
T |
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| Q |
501 |
gtacttacatattttacagttgggtttg |
528 |
Q |
| |
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| T |
42144105 |
gtacttacatattttacagttgggtttg |
42144078 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 42156552 - 42156027
Alignment:
| Q |
1 |
gatatgtttcagttcctgaatttgttgatttctttcattcatttcatattggagaggaaattgcggcagagattaaggttccttataataagagtcaaac |
100 |
Q |
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| T |
42156552 |
gatatgtttcagttcctgaatttgttgatttctttcattcatttcatattggagaagaaattgcggcagaacttaaggttccttataataagagacaaac |
42156453 |
T |
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| Q |
101 |
tcacccagcagcattagtcaaagaaaaatatggtatttcaaaatgggaactatttaaggcatgcttttcaaaagaatggcttcttatgaagaggaatgct |
200 |
Q |
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| T |
42156452 |
tcacccagctgcgttagtgaaagaaaaatatggtatttcaaattgggaactatttaaggcatgcttttctaaagaatggcttcttatgaagaggaatgct |
42156353 |
T |
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| Q |
201 |
tttgtttatgtgttcaaaacaacacagatagcaatcatgtctgttattacttttactgtgttctttagaacaaagatgccggttggtactgttcaagatg |
300 |
Q |
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| T |
42156352 |
tttgtttatgtgttcaagacaacacagataacaatcatttctattattacttttactgtgttctttagaacaaagatgcctgttggtactgttcaagatg |
42156253 |
T |
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| Q |
301 |
gacaaaaattctacggtgcattattcttcactctgataaatgtgatgtttaatgggttggcagaagtatacatgacagttgctaggcttcctgtgttcca |
400 |
Q |
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| T |
42156252 |
gacaaaaattccatggtgcattattttttacactgataaatgtgatgttcaatgggatggcagaactatccatgactgttgctaggcttcctgtgttcta |
42156153 |
T |
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| Q |
401 |
caaacagagggatttcttgttttaccctgcatgggcatttggattacctatatggattcttaggatcccgatctcctttttggaatctttgatatggatt |
500 |
Q |
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| T |
42156152 |
taaacaaagggatttcatgttttatcctgcatgggcatttggattacccatatggattcttaggattcctctttcctttttggaatcagcgatatggatt |
42156053 |
T |
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| Q |
501 |
gtacttacatattttacagttgggtt |
526 |
Q |
| |
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| T |
42156052 |
gttcttacatattttacaattgggtt |
42156027 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 42175724 - 42175199
Alignment:
| Q |
1 |
gatatgtttcagttcctgaatttgttgatttctttcattcatttcatattggagaggaaattgcggcagagattaaggttccttataataagagtcaaac |
100 |
Q |
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| T |
42175724 |
gatatgtttcagttcctgaattttttgagttctttcattcatttcatattggagaggaaattgcggcagagattaaggttccttataataagagtcaaac |
42175625 |
T |
|
| Q |
101 |
tcacccagcagcattagtcaaagaaaaatatggtatttcaaaatgggaactatttaaggcatgcttttcaaaagaatggcttcttatgaagaggaatgct |
200 |
Q |
| |
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| T |
42175624 |
ccacccagctgcattagtgaaagaaaaatatggtatttcaagttggaaagtatttaaggcatgcttttcaaaggaatggcttcttatgaaaaggaatgct |
42175525 |
T |
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| Q |
201 |
tttgtttatgtgttcaaaacaacacagatagcaatcatgtctgttattacttttactgtgttctttagaacaaagatgccggttggtactgttcaagatg |
300 |
Q |
| |
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| T |
42175524 |
tttgtttatgtgttcaaaacaacacagatagcaatcatgtctattattacttttactgtgttctttagaacaaaaatgccggttggtactgttcaagatg |
42175425 |
T |
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| Q |
301 |
gacaaaaattctacggtgcattattcttcactctgataaatgtgatgtttaatgggttggcagaagtatacatgacagttgctaggcttcctgtgttcca |
400 |
Q |
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| T |
42175424 |
gacaaaaattccatggtgcattattctttacaatgataaatgtgatgttcaatgggatggcagaactatccatgacagtttataggctacctgtgttcta |
42175325 |
T |
|
| Q |
401 |
caaacagagggatttcttgttttaccctgcatgggcatttggattacctatatggattcttaggatcccgatctcctttttggaatctttgatatggatt |
500 |
Q |
| |
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| T |
42175324 |
caaacaaagggatatcatgttttaccctgcatgggcatttgcattacccatatggattcttaggatccctctttcctttatggaatcagcgatatggatt |
42175225 |
T |
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| Q |
501 |
gtacttacatattttacagttgggtt |
526 |
Q |
| |
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| T |
42175224 |
gttcttacatattttacaattgggtt |
42175199 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 42135471 - 42135283
Alignment:
| Q |
2 |
atatgtttcagttcctgaatttgttgatttctttcattcatttcatattggagaggaaattgcggcagagattaaggttccttataataagagtcaaact |
101 |
Q |
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| T |
42135471 |
atatgtttcagtttctgaatttgttgattcctttgattcatttcacattggagagcagcttgtgacggagcttatggttcggtatgataagagacaaact |
42135372 |
T |
|
| Q |
102 |
cacccagcagcattagtcaaagaaaaatatggtatttcaaaatgggaactatttaaggcatgcttttcaaaagaatggcttcttatgaa |
190 |
Q |
| |
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| T |
42135371 |
cacccagctgcattagtgaaagaaaagtttggaatatcaaagtgggaaatattgaaggcatgtatttcaagagaatggttacttatgaa |
42135283 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 181
Target Start/End: Original strand, 19539700 - 19539770
Alignment:
| Q |
111 |
gcattagtcaaagaaaaatatggtatttcaaaatgggaactatttaaggcatgcttttcaaaagaatggct |
181 |
Q |
| |
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| T |
19539700 |
gcattagtaaaggaaaagtttggaatctccaaatgggaactcttcaaggcatgcttttcaagagaatggct |
19539770 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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