View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20456_low_48 (Length: 236)

Name: NF20456_low_48
Description: NF20456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20456_low_48
NF20456_low_48
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (1-221)||(13271921-13272141)
chr3 (1-221)||(6140727-6140947)
chr3 (1-221)||(6257643-6257863)
chr3 (1-221)||(6592721-6592941)
chr3 (1-221)||(6915542-6915762)
chr3 (9-220)||(6723455-6723666)
chr3 (1-221)||(6236166-6236386)
chr3 (1-221)||(6898529-6898749)
chr3 (2-221)||(6880957-6881176)
chr3 (2-221)||(7748443-7748662)
chr3 (1-221)||(6850647-6850866)
chr3 (42-221)||(6167338-6167517)
chr3 (1-219)||(6243760-6243978)
chr3 (1-221)||(6264123-6264343)
chr3 (33-206)||(7586324-7586497)
chr3 (39-139)||(4390323-4390423)
chr3 (10-221)||(5297186-5297397)
chr3 (86-221)||(5266520-5266655)
chr3 (90-195)||(8453099-8453204)
chr3 (90-214)||(6528477-6528601)
chr3 (90-214)||(6481446-6481570)
chr3 (90-214)||(8570415-8570539)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (50-194)||(6574746-6574890)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 13271921 - 13272141
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271921 cattggttcagagttttgcggctataatccatcaaatgttccatttagatcccttgaaactttgcgggttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 13272020  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  13272021 tgtcttgaaggtttcccattgcttcaagagctttgtataacgcattgtcccaagttgaagagtgctctgcctcagcacgttccttgtttgcaaaagttgg 13272120  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13272121 agattattgattgccaagagt 13272141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6140947 - 6140727
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6140947 cattggttcagagttttgcagctataattcatcaaatgttgcatttagatcccttgaaactttgcgggttgagtatatgtctgaatggaaggaatggtta 6140848  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6140847 tgccttgaaggtttccctttgcttcaagagctttgtctaaaacaatgtcccaagttgaaaagtgccctgcctcatcatcttccttgtttgcaaaagttgg 6140748  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  6140747 agattattgattgcgaagagt 6140727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6257863 - 6257643
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6257863 cattggttcagagttttgcggctataattcatcaaatgttgcatttagatcccttgaaactttgcgggttgagtatatgtctgaatggaaggaatggtta 6257764  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6257763 tgccttgaaggtttccctctgcttcaagagctttgtctaaaacaatgtcccaagttgaaaagtgccctgcctcatcatcttccttgtttgcaaaagttgg 6257664  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  6257663 agattattgattgcgaagagt 6257643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 6592721 - 6592941
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  6592721 cattggtacagaattttacggctataattcatcaaatgttccatttagattccttgaaacattgcgatttgagaacatgtctgaatggaaggaatggtta 6592820  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6592821 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagagccctgcctcaacaccttccttctttgcaaaaattgg 6592920  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  6592921 agattactgattgccaagagt 6592941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6915762 - 6915542
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  6915762 cattggtacagagttctatggctacaattcatcaaatgtttcatttaaatcccttgaaactttgcgatttgagcacatgtccgaatggaaggaatggtta 6915663  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6915662 tgtcttgaatgtttccctttgcttcaagagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagttccctgcctcaacaccttccttctttgcaaaaattgg 6915563  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6915562 agattattgattgccaagagt 6915542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 220
Target Start/End: Original strand, 6723455 - 6723666
Alignment:
Q  9 cagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttga 108  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||| | |||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6723455 cagagttttgcggctataatgcttcaagtgttccatttagatcccttgtaactttgcgatttgagcaaatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttga 6723554  T
Q  109 aggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttggagattatt 208  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  6723555 aggtttccctttgctacaagagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagttccctgcctcaacaccttccttcattgcaaaaattggagattatt 6723654  T
Q  209 gattgccaagag 220  Q
    ||||||||||||    
T  6723655 gattgccaagag 6723666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6236386 - 6236166
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| | ||| || | |||||||||||||||| |||||||    
T  6236386 cattggttcagagttttgcggctataattcatcaaatgttccatttagatcccttgaaacattgtgttttaagaacatgtctgaatggaaggtatggtta 6236287  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    |||| || |||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6236286 tgtcgtggaggtttcccttttcttaaagagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagtgacctgcctcaataccttccttgtttgcaaaaattgg 6236187  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6236186 agattattgattgccaagagt 6236166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6898749 - 6898529
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6898749 cattggtacagagatttgtggctacaattcatcaaatgatccatttagatcccttgaaactttgcgatttgagcacatgtctgaatggaaggaatggtta 6898650  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  6898649 tgtcttgaatgttttcatttgcttcaagagctttgtatcaaacattgtccgaagttgaaaagttccctgcctcaacaccttccttctttgcaaaagttga 6898550  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  6898549 aaattattgattgccaagagt 6898529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6881176 - 6880957
Alignment:
Q  2 attggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttat 101  Q
    |||||| ||||||||  |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  | ||| |||||||||||||||||||||    
T  6881176 attggtacagagtttctcggctataattcatcagatgttccatttagatcccttgaaactttgcgatttgaaaacatggctgaatggaaggaatggttat 6881077  T
Q  102 gtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  6881076 gtcttgaaggtttccctttgcttcaaaagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagtgcccttcctcaacacctcccttctttgcaaaaattgga 6880977  T
Q  202 gattattgattgccaagagt 221  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6880976 gattattgattgccaagagt 6880957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7748662 - 7748443
Alignment:
Q  2 attggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttat 101  Q
    |||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  7748662 attggtgcagagatttgtggctataattcatcaaatgtttcatttagatctcttgaaactttgcgatttgagcacatgtcagaatggaaggaatggttat 7748563  T
Q  102 gtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgga 201  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  7748562 gtcttgaatgtttccctttgcttcgagagctttgtataaaacattgtccgaagttgaaaagttccctgcctcaacaccttccttctttgcaaaaattgga 7748463  T
Q  202 gattattgattgccaagagt 221  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7748462 gattattgattgccaagagt 7748443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 6850647 - 6850866
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  6850647 cattggtccagagttttacggctacaattcatcaaatgttccatttaaatcccttgaaactttgcgatttgggcacatgtctgagtggaaggaatggt-a 6850745  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    |  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||    
T  6850746 tcccttgaaggtttccctttacttcaagagctttgtataaaacattgtccgaagttgaaaagtgccctgcctcaacacctcccttcttagcaaaaattgg 6850845  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6850846 agattattgattgccaagagt 6850866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 42 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6167517 - 6167338
Alignment:
Q  42 catttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaa 141  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6167517 catttagatcccttgaaactttgcgggtggagtatatgtctgaatggaaggaatggttatgccttgaaggtttccctttgcttcaagagctttgtctaaa 6167418  T
Q  142 gcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttggagattattgattgccaagagt 221  Q
     || ||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6167417 acaatgtcccaagttgaaaagtgctctgcctcatcatcttccttgtttgcaaaagttggaaattattgattgcgaagagt 6167338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6243978 - 6243760
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  6243978 cattggttcagagttttgccgctataattcatcaaattttacatttagatcccttgaaactttgcggtttgagaatatgtctgaatggaaagattggtta 6243879  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||   | ||||||||||||||| |    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  6243878 tgtattgaaggtttccctttgctgaaagagctttcaataagatactgtcccaagttgaaaaggaaactgcctcaacatcttccttgcttgcaaaaattgg 6243779  T
Q  201 agattattgattgccaaga 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  6243778 agataattgattgccaaga 6243760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6264343 - 6264123
Alignment:
Q  1 cattggttcagagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggtta 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||  || | ||||||||||||||||||||||||    
T  6264343 cattggttcagagttttgccgctataattcagcaaatgttccatttagatcccttgaaactttgtgtttcaagaacatgtctgaatggaaggaatggtta 6264244  T
Q  101 tgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttgg 200  Q
    |||||||| |||||||||||  || ||| ||||| | |||| ||||||||||| |||||| || |||||||| | ||||| |||| ||||| ||| ||||    
T  6264243 tgtcttgatggtttccctttagttaaagagctttctctaaatcattgtcccaaattgaaaagtaccctgccttatcacctcccttctttgctaaaattgg 6264144  T
Q  201 agattattgattgccaagagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6264143 agattattgattgccaagagt 6264123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 7586497 - 7586324
Alignment:
Q  33 caaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgct 132  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |||||    ||||| |||||| ||||||||| |  ||||||||| || ||||||||| ||| |||    
T  7586497 caaatgttccattcagatcccttgaaattctgcattttgattcgatgtcggaatgggaggaatggtcacatcttgaagggtttcctttgcttaaagagct 7586398  T
Q  133 ttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttggagatta 206  Q
    || ||||||  | ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||| || ||  |||||||||    
T  7586397 ttctataaaaaaatgtcccaagttgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacagaaactggagatta 7586324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 139
Target Start/End: Original strand, 4390323 - 4390423
Alignment:
Q  39 ttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtat 138  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||| |||||| | |||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||    
T  4390323 ttccattcaggttccttgaaattttgcgatttgaggacatgtccaattggaaggaatggttatgtgttgaaggtttccctttgcttaaagagctttctat 4390422  T
Q  139 a 139  Q
    |    
T  4390423 a 4390423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5297397 - 5297186
Alignment:
Q  10 agagttttgcggctacaattcatcaaattttccatttagatcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttgaa 109  Q
    |||||||| |||  |||| ||||||||| || | || || ||||| | ||||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||| ||  |    
T  5297397 agagttttacggaaacaactcatcaaatgttgcgttcaggtccctcgcaattttgcgatttgagaaaatgtctgaatggaaagattggttatgtgttaca 5297298  T
Q  110 ggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaaagttggagattattg 209  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| |  ||||   | || || ||||||||| |    ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||    
T  5297297 ggtttccctttgctgaaagagctgtcaataagatactgccctaagttgaaaaggaaactgcctcaacatcttccttctttgcaaaaattgaagattagtg 5297198  T
Q  210 attgccaagagt 221  Q
    ||||||||||||    
T  5297197 attgccaagagt 5297186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5266655 - 5266520
Alignment:
Q  86 tggaaggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttcctt 185  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||| |   ||||| ||| ||||||      || ||||||||||||||||    
T  5266655 tggaaggaatggttatgtgttgaaagtttccctttgcttgaagagctttttatagaaagttgtcacaaattgaaaaaatatctacctcaacaccttcctt 5266556  T
Q  186 gtttgcaaaagttggagattattgattgccaagagt 221  Q
     ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||    
T  5266555 ctttgcaaaaattggtgattaatgattgcgaagagt 5266520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8453204 - 8453099
Alignment:
Q  90 aggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgttt 189  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||| ||||| |||||   | |||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||| |||    
T  8453204 aggaatggttgtgtcttgaagggtttcctttgcttaaagagctttatataagagaatgtcccaaattgaaaatgtccctgcctcaacaccttccttcttt 8453105  T
Q  190 gcaaaa 195  Q
     |||||    
T  8453104 acaaaa 8453099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 214
Target Start/End: Original strand, 6528477 - 6528601
Alignment:
Q  90 aggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgttt 189  Q
    ||||||||||||| |||| ||  || ||||||||| ||| | ||| |||||    ||||||| | |||||| | || ||||||||||||||||||| |||    
T  6528477 aggaatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataacaagttgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttcttt 6528576  T
Q  190 gcaaaagttggagattattgattgc 214  Q
     |||||  |||||||||||||||||    
T  6528577 acaaaaactggagattattgattgc 6528601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 214
Target Start/End: Original strand, 6481446 - 6481570
Alignment:
Q  90 aggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgttt 189  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |  | |||| ||| ||||  ||||||  |||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||| |||    
T  6481446 aggaatggttatgtcatgaagggtttctgtcgcttaaagagcttactataaaagattgtcccaaattgaaaagggcccttcctcaacaccttccttcttt 6481545  T
Q  190 gcaaaagttggagattattgattgc 214  Q
     || || |||  ||||||| |||||    
T  6481546 acagaaattgtcgattattaattgc 6481570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 214
Target Start/End: Original strand, 8570415 - 8570539
Alignment:
Q  90 aggaatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgtcccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgttt 189  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||| ||  ||||| |||||   |||||| ||  |||||| | |||||||||| ||||||||||| |||    
T  8570415 aggaatggttttgtattgaagggtttcctttgcttaaaaagctttctataagatattgtcacagattgaaaagggccctgcctcgacaccttccttcttt 8570514  T
Q  190 gcaaaagttggagattattgattgc 214  Q
     |||||  ||||||| | |||||||    
T  8570515 acaaaaactggagatcagtgattgc 8570539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 50 - 194
Target Start/End: Original strand, 6574746 - 6574890
Alignment:
Q  50 tcccttgaaattttgcggtttgagcatatgtctgaatggaaggaatggttatgtcttgaa-ggtttccctttgcttcaagtgctttgtataaagcattgt 148  Q
    ||||||||| |||||   |||| | ||||| | ||||||||||||||||| |  |||||| |||||||| |||||  ||| ||||| |||| | ||||||    
T  6574746 tcccttgaatttttggaatttgggaatatgcccgaatggaaggaatggttttaacttgaacggtttccc-ttgctcaaagagctttatatagaccattgt 6574844  T
Q  149 cccaagttgaaaggtgccctgcctcaacaccttccttgtttgcaaa 194  Q
    ||||| |||||| |   |||||||||| |||||| || ||||||||    
T  6574845 cccaaattgaaaaggttcctgcctcaaaaccttctttctttgcaaa 6574890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University