View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20462_low_1 (Length: 516)

Name: NF20462_low_1
Description: NF20462
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20462_low_1
NF20462_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (73-505)||(8158982-8159435)
chr6 (1-46)||(8158910-8158955)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-383)||(44306520-44306900)
chr8 (1-469)||(44301308-44301794)
chr8 (1-377)||(43896073-43896446)
chr8 (1-469)||(44312207-44312679)
chr8 (213-353)||(43895568-43895705)
chr8 (213-353)||(44305992-44306129)
chr8 (472-507)||(44312137-44312172)
chr8 (472-506)||(43895856-43895890)
chr8 (475-504)||(44306284-44306313)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-386)||(18701668-18702054)
chr4 (386-419)||(18701618-18701651)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (73-469)||(4084080-4084492)
chr3 (1-49)||(4084516-4084564)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (73-369)||(35856724-35857017)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (254-297)||(15040305-15040348)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (85-141)||(10541388-10541444)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 73 - 505
Target Start/End: Original strand, 8158982 - 8159435
Alignment:
Q  73 attaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaag 172  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |   ||| |||||    
T  8158982 attaacttacctaagaatttatcagggtgttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattgagattcctcgtttgggtaag 8159081  T
Q  173 agacatg---atgatgagattgagtatgctg------------------atgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaat 251  Q
    |||| ||   ||||||||| |||| | | ||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159082 agacgtgaacatgatgagagtgaggaagttgataaaatcaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaat 8159181  T
Q  252 ctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159182 ctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgctgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttc 8159281  T
Q  352 aaatggtgtgaattgattcattctagagaaataattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatggtgaatc 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8159282 aaatggtgtgaattgattcattctagagaaataattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatgctgaatc 8159381  T
Q  452 tgttgcttaattattgatactgtgttctgcatttaacacttgatcctatctctg 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159382 tgttgcttaattattgatactgtgttctgcatttaacacttgatcctatctctg 8159435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Original strand, 8158910 - 8158955
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttc 46  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8158910 tgaattgtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttc 8158955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 44306900 - 44306520
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgacttattaacttatctaagaatctatcagggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306900 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgacttattaacttatctaagaatctatcagggt 44306801  T
Q  101 gttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44306800 gttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgttg 44306701  T
Q  201 atgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||   |    
T  44306700 atgaagctcatgctggagaaattgttatgttgttcgatgctcttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatgactt---c 44306604  T
Q  301 tgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagaga-aattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat 383  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  44306603 tgccgatgttcctacttattctgtctcataagattctggagagagttttttcaaatggtgtgaatggattcattctagggaaat 44306520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 44301794 - 44301308
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtga------cttattaacttatctaagaatctat 94  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    |  |  |||||||      ||| ||||||| |||||||||||||    
T  44301794 tgaattgtctggaagtgttgatgcgccatttgtagcaaaggttttcacaaatt---tgtattggagtgatggattctt-ttaacttgtctaagaatctat 44301699  T
Q  95 cagggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagt 194  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  44301698 cagggtgttatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagatttatagcttgtctaagagacatgatgatgtgattgagt 44301599  T
Q  195 atgctgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgac 294  Q
     || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |  |  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||      
T  44301598 ttgttgatgaagctcatgccggagaaattgttattgtgttagctattgttcttaaatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatacaatg-- 44301501  T
Q  295 ttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgatt-----cattctagagaaat------ 383  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||| || |||||          
T  44301500 -tcttctgccgatgttcctacttattcggtgtcaaaagattctggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattccattccagtgaaatgatcct 44301402  T
Q  384 --------aattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatggtgaatctgttgcttaattattgat 469  Q
            | || |||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  44301401 acttacccagtttgtttggcttgttagctttgctatgttttgttgcttatttataacttattttttatggtaaatctgctgcttaattattgat 44301308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 43896446 - 43896073
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgacttattaacttatctaagaatctatcagggt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||  |    ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43896446 tgaattgtctggaagcattgatgcgccatttgttgcaaaggttttcacaaatgtgattaggaatgatggattagtaacttatctaagaatctatcagggt 43896347  T
Q  101 gttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgctg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||||| |||||||| | | ||    
T  43896346 gttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgtttaagagacatgatgataagattgaggaagttg 43896247  T
Q  201 atgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgc 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||   |    
T  43896246 atgaagctcatgctggagagattattattgtgttagatgctattcttaaatctggagatactttcactgatgggtctgttagatatacaatgactt---c 43896150  T
Q  301 tgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctag 377  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  43896149 tgccgatgttcctgattattctatctcataagattctggagagaaattttcaaatggtgtggatggattcattctag 43896073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 44312679 - 44312207
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgacttattaacttatctaagaatctatcagggt 100  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    ||  |  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312679 tgaattgtctggaagtgttgatgagccatttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggattaggtacttattaacttatctaagaatctatcagggt 44312580  T
Q  101 gttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgctg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |   ||| ||||||||||| ||| | ||||| || | | ||    
T  44312579 gttattaagaagggtgattttattacaaacgttaacactggtaagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatggtaagattaaggaagttg 44312480  T
Q  201 atgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  44312479 atgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatgggtctgttagatatataatgactt---c 44312383  T
Q  301 tgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaat--------------aat 386  Q
    |||||||||||        || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |              | |    
T  44312382 tgccgatgttc--------tccgtctcaaaagtttctggagagaaattttcaaatggtgtgaatggattcattcaagagaattgatcctacttcgccagt 44312291  T
Q  387 tggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataactta-ttttttatggtgaatctgttgcttaattattgat 469  Q
    |||||||| || ||| || |||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44312290 tggtttggcttgttaactatgctttggtttgttgcttatttataacttatttttttatggtgaatttgttgcttaattattgat 44312207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 213 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 43895705 - 43895568
Alignment:
Q  213 ctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgccgatgttcc 312  Q
    ||||| ||||||||  |||||||| |||| |   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||| |   ||| | || |||     
T  43895705 ctggacaaattgttgctgtgtttggtgctgagtgtgaatctggagatacttttgctgatgggtctgttagatattcaatgacct---ctgtcaatattct 43895609  T
Q  313 tgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaa 353  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  43895608 tacttgttcggtctcaaaagattctggagggcaattttcaa 43895568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 44306129 - 44305992
Alignment:
Q  213 ctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgccgatgttcc 312  Q
    ||||| ||||||||  |||||||| |||| |   ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||  |||||| |   ||| | || |||     
T  44306129 ctggacaaattgttgctgtgtttggtgctgagtgtgaatctggagatacttttgctgatgggtccgttagatattcaatgacct---ctgtcaatattct 44306033  T
Q  313 tgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaa 353  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  44306032 tacttgttcggtctcaaaagattctggagggcaattttcaa 44305992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 472 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 44312172 - 44312137
Alignment:
Q  472 tgtgttctgcatttaacacttgatcctatctctgct 507  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44312172 tgtgttctgcatttaacagttgatcctatctctgct 44312137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 472 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 43895890 - 43895856
Alignment:
Q  472 tgtgttctgcatttaacacttgatcctatctctgc 506  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43895890 tgtgttctgcatttaacacctgatcctatctctgc 43895856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 44306313 - 44306284
Alignment:
Q  475 gttctgcatttaacacttgatcctatctct 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306313 gttctgcatttaacacttgatcctatctct 44306284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 18702054 - 18701668
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgacttattaacttatctaagaatctatcagggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||   | | | |||  |  |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18702054 tgaattgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggcttttgcaaattggcatgagaggtatttcaaattaacttatctaagaatctatcagggt 18701955  T
Q  101 gttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagac-atgatgatgagattgagtatgct 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   ||| | ||||||| | | | || | || ||| | | |    
T  18701954 gttattaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgggcaagagacgaagttaataaaatcgaggaagtt 18701855  T
Q  200 gatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccg---atgggtctgttagatatataatgactt 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||    
T  18701854 gatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtttttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgccaatgggtctgttagatatacaatgactt 18701755  T
Q  297 ctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaataat 386  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18701754 ctgct---gatgttcctgcttattcggtctcaaaagattccgggcatacattttcaaatggtgtgaattgattcattctagagaaataat 18701668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 386 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 18701651 - 18701618
Alignment:
Q  386 ttggtttggtttattagctttgcaatggtttgtt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18701651 ttggtttggtttattagctttgcaatggtttgtt 18701618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 73 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4084492 - 4084080
Alignment:
Q  73 attaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaag 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |   |||| ||||    
T  4084492 attaacttatctaagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacaccggtaagaagattaagattcctcgtttgtttaag 4084393  T
Q  173 agacatgatgatgagattgagtatgctgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtt------tgatgctcatcttgaatctggagatactttta 266  Q
    ||||||||| ||  |||| ||   | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||      |||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  4084392 agacatgataatacgattaaggcagttgatgaagctcatgctggagaacttgttattgtgttaaagtttgatgctattcttaaatctggagatactttta 4084293  T
Q  267 ccgatgggtctgttagatatataatgacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattg 366  Q
    | || |||||| ||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4084292 ctgacgggtctattagatatacaatgacttctgc---cgatgttcctgcttattcggtctcaaaggattcaggagagaaattttcaaatggtgtgaatgg 4084196  T
Q  367 attcattctagagaaat-------------aattggtttggtttattagctttgcaatggtttgtttcttatttataacttattttttatggtgaatctg 453  Q
    |||||||| ||||||||             | ||||||||| || |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4084195 attcattccagagaaatgatcctacttaccagttggtttggcttgttagctttactatggtttgttgcttatttataacttattttttatggtgaatttg 4084096  T
Q  454 ttgcttaattattgat 469  Q
    ||||||||||||||||    
T  4084095 ttgcttaattattgat 4084080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 4084564 - 4084516
Alignment:
Q  1 tgaattgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcaca 49  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  4084564 tgaattgtttggaagtattgatgcaccatttgttggaaaggctttcaca 4084516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 369
Target Start/End: Original strand, 35856724 - 35857017
Alignment:
Q  73 attaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaag 172  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||  |   |||| ||||    
T  35856724 attaacatatctaagaatctatcagggcgttattagaaaaggggattttattactaatgttaacactggtgagaagattaaggttaatcatttgtttaag 35856823  T
Q  173 agacatgatgatgagattgagtatgctgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatg 272  Q
    |||  |  |||||  |||||  | | | |||| |||||||||||| |||||||| |||| | ||||| | ||  || | | ||||| || ||||| ||||    
T  35856824 agaagttgtgatggtattgatgaagttaatgaggctcatgctggacaaattgttgttgtatgtgatgttgattgtgcaccaggagaaacatttactgatg 35856923  T
Q  273 ggtctgttagatatataatgacttctgctgccgatgttcctgcttattcggtctcaaaagattgtggagagaaattttcaaatggtgtgaattgatt 369  Q
    ||||||||||||     |||||||   ||||| |||||| || |||||||||||||||||||| | | ||| ||| |||||||| ||||||| ||||    
T  35856924 ggtctgttagatgggctatgactt---ctgccaatgttcttgattattcggtctcaaaagattctagcgagcaatcttcaaatgttgtgaatggatt 35857017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 15040348 - 15040305
Alignment:
Q  254 ggagatacttttaccgatgggtctgttagatatataatgacttc 297  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  15040348 ggagatacttttactgatgggtctgttaaatatacaatgacttc 15040305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 85 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 10541444 - 10541388
Alignment:
Q  85 aagaatctatcagggtgttattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactgg 141  Q
    |||||||||| ||||||| |||  |||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  10541444 aagaatctatgagggtgtcattcggaagggagattttattacaaatgataacactgg 10541388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University