View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20463_high_8 (Length: 525)

Name: NF20463_high_8
Description: NF20463
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20463_high_8
NF20463_high_8
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (16-512)||(32832334-32832830)
chr3 (16-512)||(32845615-32846111)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-512)||(17931813-17932309)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-512)||(46188335-46188831)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 32832830 - 32832334
Alignment:
Q  16 cttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32832830 cttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattgtatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 32832731  T
Q  116 agtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattgttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32832730 agtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattgttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatc 32832631  T
Q  216 ctggtaatgaaaaatcaaagttgcctcttaactgcatctttaggatgggaggtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaactgcaaa 315  Q
    | ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32832630 ccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaccgcaaa 32832531  T
Q  316 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagaatctttgatgacaaggcttatttttcttgtataagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32832530 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgtagaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 32832431  T
Q  416 acaatcactaaagacgtacctcaggtacttggtgaaacactcctttcaaatatttccactttaggttctgaaatattgccactttcagagaagtttt 512  Q
    ||| ||| |||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32832430 acactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacactcctttcaaatatttccactttaggttcggaaatattgccactttcagagaagtttt 32832334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 32846111 - 32845615
Alignment:
Q  16 cttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32846111 cttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattgtatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 32846012  T
Q  116 agtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattgttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32846011 agtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattgttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatc 32845912  T
Q  216 ctggtaatgaaaaatcaaagttgcctcttaactgcatctttaggatgggaggtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaactgcaaa 315  Q
    | ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32845911 ccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaccgcaaa 32845812  T
Q  316 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagaatctttgatgacaaggcttatttttcttgtataagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32845811 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgtagaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 32845712  T
Q  416 acaatcactaaagacgtacctcaggtacttggtgaaacactcctttcaaatatttccactttaggttctgaaatattgccactttcagagaagtttt 512  Q
    ||| ||| |||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32845711 acactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacactcctttcaaatatttccactttaggttcggaaatattgccactttcagagaagtttt 32845615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 512
Target Start/End: Original strand, 17931813 - 17932309
Alignment:
Q  16 cttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 115  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17931813 cttttgtccctcgccttctttaacatctattgttgttaacaaatattgtatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 17931912  T
Q  116 agtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattgttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatc 215  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17931913 agtgttatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaacgctaatgttattgttctaagcacagagattttgtcaaatggttggtatc 17932012  T
Q  216 ctggtaatgaaaaatcaaagttgcctcttaactgcatctttaggatgggaggtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaactgcaaa 315  Q
    | ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17932013 ccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtagctttagaatgggtagtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaccgcaaa 17932112  T
Q  316 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagaatctttgatgacaaggcttatttttcttgtataagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17932113 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttattttgcttgtagaagggaagaagattcagatggaatacttggggtg 17932212  T
Q  416 acaatcactaaagacgtacctcaggtacttggtgaaacactcctttcaaatatttccactttaggttctgaaatattgccactttcagagaagtttt 512  Q
    ||| ||| ||||||||||  ||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17932213 acactcaataaagacgtagttcaggcagctggtgaaatactcctttcaaatatttccactttaggttctgaaatattgccagtttcagagaagtttt 17932309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 16 - 512
Target Start/End: Original strand, 46188335 - 46188831
Alignment:
Q  16 cttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacattaaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgct 115  Q
    ||||||| | ||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46188335 cttttgttcttcaccttctttaacttccattgtagttaacaaatatgctatgagaagtgacattaaaagttataatgtctctggtatggggtgtagtgct 46188434  T
Q  116 agtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattgttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||  |||||||||||||  |||||||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  46188435 agtgctatttgtattgatttagctcagaatcttctcaaagttcataaaaaatctaatgttattgtcttaagcacagagattttgtcccacggttggtatc 46188534  T
Q  216 ctggtaatgaaaaatcaaagttgcctcttaactgcatctttaggatgggaggtgcagcaattcttctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaactgcaaa 315  Q
    | ||||| |||||||||||||||| | |||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46188535 caggtaaggaaaaatcaaagttgcttattaactgtctctttagaatgggaagtgcagcaattcttctttcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaatgcaaa 46188634  T
Q  316 atacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagaatctttgatgacaaggcttatttttcttgtataagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 415  Q
    |||   |||| ||||| | |||||||||||||||   |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46188635 atatttgttacttaggacacttagaacacaaagagcttttgatgataaagcttatttatcctgtataagggaagaagattcagatggaaaacttggggtg 46188734  T
Q  416 acaatcactaaagacgtacctcaggtacttggtgaaacactcctttcaaatatttccactttaggttctgaaatattgccactttcagagaagtttt 512  Q
    ||| |||  |  || || | ||| |||  |||||||||||| | |||||||||||| |   | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  46188735 acactcaagagggatgtgcttcatgtagctggtgaaacacttcgttcaaatatttcaatcattggttctgaaatattgccagtttcagagaaatttt 46188831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University