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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20463_low_1 (Length: 1023)
Name: NF20463_low_1
Description: NF20463
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20463_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 928; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 928; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 1007
Target Start/End: Complemental strand, 19702759 - 19701753
Alignment:
| Q |
3 |
catgtcgaagaatatgatcgatcaaattgaggtagaaataactattaaagtagtcattaaatttgtctttatcctgacacagatatgcagaaatttaaga |
102 |
Q |
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| T |
19702759 |
catgtccaaaaagatgatcgatcaaattgaggtagaaataactattatagtagtcattaaatttgtctttatcctgacacagatatgcagaaatttacga |
19702660 |
T |
|
| Q |
103 |
ttaactgtcattaaattttcaagctagaagttctcaataattcagcacaagttcatatctcataacgaagttcattgattcaatgtgtgtttacagttcc |
202 |
Q |
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| T |
19702659 |
ttaactgtcattaagttttcaagcaagaagttctcaataattcagcacaagttcatatctcataacgaagttcattgattcaatgtgtgtttacagttcc |
19702560 |
T |
|
| Q |
203 |
tattctgtgtaaaagaaaacacctgaggacaacaatcaatgagtaaaaatggaagtgaacaaagaacaaaatggtaaaaatgattagactacacttagac |
302 |
Q |
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| T |
19702559 |
tattctgtgtaaaagaaaacacctgaggacaacaatcaatgagtaaaaatggaagtgaacaaagaacaaaatggtaaaaatgattagactacacttagac |
19702460 |
T |
|
| Q |
303 |
caaaatgcaataattagctacctaaacttattaaaagattgtcaaacaattgctttatataacataataatacaaagagtaggacattgtggagtacccg |
402 |
Q |
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| T |
19702459 |
caaaatgcaataattagctacctaaacttattaaaagattgtcaaacaattgctttatataacataataatacaaagagtaggacattgtggagtacccg |
19702360 |
T |
|
| Q |
403 |
ccaggcaaaacttctgttgttatcagactatgtaaaaaattgaagtgttctgaatttgtgaaatcaaagcacgcttcttgaaagaactcccattttgaaa |
502 |
Q |
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| T |
19702359 |
ccaggtaaaacttctgttgttatcagagtatgtaaaaaattgaagtgttctgaatttgtgaaatcaaagcacgcttcttgaaagaactcccattttgaaa |
19702260 |
T |
|
| Q |
503 |
tgaatccttcgtcaactgtcatttccctaaccaccaagaccagtaagaccaacagtcacggattcaataccgacggcgagaga--gagaaatcctgtttt |
600 |
Q |
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| T |
19702259 |
tgaatccttcgttaactgtcatttccctaaccaccaagaccggtaagaccaacagtcacggattcaatagcgacggcgagagagagagaaattctgtttt |
19702160 |
T |
|
| Q |
601 |
atcgtgaagtggttgtttaatccatgggataagaggtcactcagctgtggatacagttcatgcatttaagccagctcaattcttaaaagcaataagcgct |
700 |
Q |
| |
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| T |
19702159 |
atcctgaagtggttgtttaatccatgggataagaggtcactcagctgtggatacagttcatgcatttaagccagcccaattcttaaaagcaataagcgct |
19702060 |
T |
|
| Q |
701 |
tccatttttctgacattctttttccttaacctggccactttgagctttttatgtgtctccatgaacgcttgcttgtatctccacttatcaacaaatattt |
800 |
Q |
| |
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| T |
19702059 |
tccatttttctgacattctttttccttaacctggccactttgagctttttatgtgtctccatgaacgcttgcttgtatctccacttatcaacaaatattt |
19701960 |
T |
|
| Q |
801 |
tcatctctttagatttctccacaacttgcatcacagcatcaaagaaacctcccttgaccatagcatacaagaatgcatcaaccagattctggtcaaattt |
900 |
Q |
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| T |
19701959 |
tcatctctttagatttctccacaacttgcatcacagcatcaaagaaacctcccttgaccatagcatacaagaatgcatcaaccagattctggtcaaattt |
19701860 |
T |
|
| Q |
901 |
gatccccttcggcccatcccctgctaactttcgcttaacctcattccacaacatcattacatcaaaatatttttctgccgaaacacatccgttaatcagg |
1000 |
Q |
| |
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|
| T |
19701859 |
gatccccttcggcccatcccctgctaactttcgcttaacctcattccacaacatcattacatcaaaatatttttctgccgaaacatatccgttaatcagg |
19701760 |
T |
|
| Q |
1001 |
gataagt |
1007 |
Q |
| |
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| T |
19701759 |
gacaagt |
19701753 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 188 - 1007
Target Start/End: Original strand, 20014034 - 20014862
Alignment:
| Q |
188 |
tgtgtttacagttcctattctgtgtaaaagaaaacacctgaggacaacaatcaatgagtaaa--aatgga--agtgaacaaagaacaaaatggtaaaaat |
283 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| | || |||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
20014034 |
tgtgtatacagttcctattctatgtacaagaaaacagctgaggacgacaatcaatgagtaaataaatacagtagaaaacagagaacaaaatggtaaaaat |
20014133 |
T |
|
| Q |
284 |
gattagactacacttagaccaaaatgcaataattagctacctaaacttattaaaagattgtcaaacaattgctttatataacataa----taatacaaag |
379 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
20014134 |
gattagactgaacttggcccaaaatgcaataattagctattaaaacatccaaaaagattgtcaaacaattgtattatataacatcaaaagtaatacaaag |
20014233 |
T |
|
| Q |
380 |
agtaggacattgtggagtacccgccagg-caaaacttctgttgttatcagactatgtaaaaaattgaagtgttctgaatttgtgaaatcaaagcacgctt |
478 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || || | | |
|
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| T |
20014234 |
agtaggacattgtggagtacccgccaggacaaaacttctgttgttatcagagtatgtaaaaagttgaagtgctctgaatttgtgaaatgcaaacatgtgt |
20014333 |
T |
|
| Q |
479 |
cttgaaagaactcccattttgaaatgaatccttcgtcaactgtcatttccctaaccaccaagaccagtaagaccaacagtcacggattcaataccgacgg |
578 |
Q |
| |
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| T |
20014334 |
ctcgaaagaactttgattttgaaatgaatccttcttcaactgtcattttacta-ccacctagacgggtaagaccaacagctgcggattcaaaagcatcgg |
20014432 |
T |
|
| Q |
579 |
cgagagagagaaatcc-tgttttatcgtgaagtggttgtttaatccatgggataagaggtcactcagctgtggatacagttcatgcatttaagccagctc |
677 |
Q |
| |
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| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| | |
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| T |
20014433 |
caagagagagaaattcatgttttatcctgaagtggttgtttagtctgtgagataagaggtccctcaccagtgcatacagttcacgcatttaagccagccc |
20014532 |
T |
|
| Q |
678 |
aattcttaaaagcaataagcgcttccatttttctgacattctttttccttaacctggccactttgagctttttatgtgtctccatgaacgcttgcttgta |
777 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
20014533 |
aattcttgaaagcaataagagcttccatttttctgacattctttttccttaacctggccactttgagctttttatgtgtctccatgaacgcttgcttgta |
20014632 |
T |
|
| Q |
778 |
tctccacttatcaacaaatattttcatctctttagatttctccacaacttgcatcacagcatcaaagaaacctcccttgaccatagcatacaagaatgca |
877 |
Q |
| |
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| T |
20014633 |
tctccacttatcaacaaatattttcatctctttagatttctccacaacttgcatcacagcatcaaagaaacctcccttgaccatagcatacaggaatgca |
20014732 |
T |
|
| Q |
878 |
tcaaccagattctggtcaaatttgatccccttcggcccatcccctgctaactttcgcttaacctcattccacaacatcattacatcaaaatatttttctg |
977 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
20014733 |
tcaaccagattctggtcaaatttgatcccctttggcccatcccccgctaactttctcttaacctcgttccacaacatcattacatcaaaatatttttctg |
20014832 |
T |
|
| Q |
978 |
ccgaaacacatccgttaatcagggataagt |
1007 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||| |||| |
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| T |
20014833 |
ccgaaacatatccgttaatcagggacaagt |
20014862 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 19961496 - 19961342
Alignment:
| Q |
16 |
atgatcgatcaaattgaggtagaaataactattaaagtagtcattaaatttgtctttatcctgacacagatatgcagaa---atttaagattaactgtca |
112 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |
|
|
| T |
19961496 |
atgatcgaccaaattgagctagaaataactattgcagtagtcataaaattatt-tttatcctgacccagatatgcagaagaaatttaagattaactgcca |
19961398 |
T |
|
| Q |
113 |
ttaaattttcaagctagaagttctcaataattcagcacaagttcatatctcataac |
168 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
19961397 |
ttaaattttcaagctagcagttctcaatgatttaccacaagtttatatcccataac |
19961342 |
T |
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