View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20464_low_11 (Length: 512)
Name: NF20464_low_11
Description: NF20464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20464_low_11 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 7725521 - 7725044
Alignment:
| Q |
1 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctattgtgagagttagggaggagaaaagtgtagtaaaagaagccattgtgagttcaatactattgcaaatggatg |
100 |
Q |
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| T |
7725521 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctactgtgagaattagagaggagaaaagtgtagcaaaagaagccattgtgagttcaatgctattgctaatggatg |
7725422 |
T |
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| Q |
101 |
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200 |
Q |
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| T |
7725421 |
agtgattaatgtatgtgaagggttcctttttatagaaatgaatatgtgaagaaaatgtataatcttatac-tcatttaatcttttttaattgactacatt |
7725323 |
T |
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| Q |
201 |
tgtactggtatatataatattcctctttaatcttctttgtagttggtatgatctggaatgaacaattgttgcttacagtataattacttttataaaatag |
300 |
Q |
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| T |
7725322 |
tgtactggtatatataatactcctgtttaatctgctttgtagttggtatgatctggaatgaacaattgttgcttacagtattattactttaataaaataa |
7725223 |
T |
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| Q |
301 |
ttttggtttgtaattgtttatatcttcacggaacatgtgctcatctttggtatatacaatgctgtcaagaaaacaattatatagaatgactatcattaca |
400 |
Q |
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| T |
7725222 |
ttttggcttgtaattgtttatatcttcacgga--atgtgctcatctttggtatatacaatgctgtgaacaaaaaaattatatacaatgaccatcattaga |
7725125 |
T |
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| Q |
401 |
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481 |
Q |
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| T |
7725124 |
gtcaatattataaaacttggatgctttatcaactgggtgcataaactctaatatattgatgctacttgttttttgtttttt |
7725044 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 7732931 - 7732449
Alignment:
| Q |
1 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctattgtgagagttagggaggagaaaagtgtagtaaaagaagccattgtgagttcaatactattgcaaatggatg |
100 |
Q |
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| T |
7732931 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctattgtgagaattagagtggagaaaagtgtagaaaaagaagccatggtgagttcaatgctattggtaatggatg |
7732832 |
T |
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| Q |
101 |
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199 |
Q |
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| T |
7732831 |
agtgtttaatgtctgtgaagggttcctttttaaagaaatgaatatgtgtagaaaatgtataatctgatacattatttaatcttttttaattgactatata |
7732732 |
T |
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| Q |
200 |
ttgtactggtatatataatattcctctttaatcttctttgtagttggtatgatctggaatgaacaattgttgcttacagtataattacttttataaaata |
299 |
Q |
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| T |
7732731 |
ttgtggt-atatatataatattcgtctttaatatgctttgtagttggtatgatctggaataaacaattgttgcttacagtattattactttaataaaata |
7732633 |
T |
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| Q |
300 |
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399 |
Q |
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| T |
7732632 |
gttttggtttctaattgtttatatcttcacgga--atgagctcatctttggtatatacaatgctgtcaacaaaaaaattatatacaatgaccatcattac |
7732535 |
T |
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| Q |
400 |
agtcaatattataaaacttggacgctttatcaactgggtgcatgaactctaatatattgatgctacttgttttatattttttattc |
485 |
Q |
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| T |
7732534 |
ggtcaatattataaaacttggatgctttatcaactgggtgcatgaactctaatatattgttgctacttgttttttgtcttttattc |
7732449 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 7710621 - 7710204
Alignment:
| Q |
1 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctattgtgagagttagggaggagaaaagtgtagtaaaagaagccattgtgagttcaatactattgcaaatggatg |
100 |
Q |
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| T |
7710621 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctattgtgagaattagagtggagaaaagtgtagaaaaagaagccatggtgagttcaatgctatggctaatggatg |
7710522 |
T |
|
| Q |
101 |
agtgattaatgtatgtgaaggg-ttcgtttttatagaaatgaatatatgaagaaaatttataatctgatacattatttaaacttttttcattgactacat |
199 |
Q |
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| T |
7710521 |
agtgattaatgtatgtgaagggcttcctttatatagaaatgaataaatgaagaaaatgtataatctgatacattatttaatcttttttaattgactatac |
7710422 |
T |
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| Q |
200 |
ttgtactggtatatataatattcctctttaatcttctttgtagttggtatgatctggaatgaacaattgttgcttacagtataattacttttataaaata |
299 |
Q |
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| T |
7710421 |
ttgaactggtatatataatattcctctttaatcttctttgtagttggtatgatctggcatgagcaactgttgcttacagtattattactttaataaaatt |
7710322 |
T |
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| Q |
300 |
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397 |
Q |
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| T |
7710321 |
attttggtttctaattttggtatgatcttcacgga--atgtgctcatctttgatatatacaattgtgtcaaaaaaaaaattatatacaatgaccatcatt |
7710224 |
T |
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| Q |
398 |
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417 |
Q |
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| T |
7710223 |
acagtcaatattataaaact |
7710204 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 195 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 7718162 - 7717869
Alignment:
| Q |
195 |
tacatttgtactggtatatataatattcctctttaatcttctttgtagttggtatgatctggaatgaacaattgttgcttacagtataattacttttata |
294 |
Q |
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| T |
7718162 |
tacatttgtactggtatatataatattcctctttaatcttctttgtagttggtatgatctggaattaaaaattgttgcttacagtataattacttcaata |
7718063 |
T |
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| Q |
295 |
aaatagttttggtttgtaattgtttatatcttcacggaacatgtgctcatctttggtatatacaatgctgtcaagaaaacaattatatagaatgactatc |
394 |
Q |
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| T |
7718062 |
aaatagttatggtttgtaattgtttatatcttcacggaa--tgtgctcatctttggcatatacaatgctgtcaagaaaacaattatatacaatgactatc |
7717965 |
T |
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| Q |
395 |
attacagtcaatattataaaacttggacgctttatcaactgggtgcatgaactctaatatattgatgctacttgttttatattttttattcgccct |
490 |
Q |
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| T |
7717964 |
attacagtcaatattataaaacttggatgctttatcaactgggtgcaagaactctaatatattgatgctaccagttttttattttttcttctccct |
7717869 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 7746974 - 7747152
Alignment:
| Q |
1 |
gatgagcaagaaaatgagagaagggctattgtgagagttagggaggagaaaagtgtagtaaaagaagccattgtgagttcaatactattgcaaatggatg |
100 |
Q |
| |
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| T |
7746974 |
gatgagcatgaaaatgagagaaggactattgtgagagttagggaggagaaaagtgtaacaaaagaagccattgtgagttcaatgctattgctaatggatg |
7747073 |
T |
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| Q |
101 |
agtgattaatgtatgtgaagggttcgtttttatagaaatgaatatatgaagaaaatttataatctgatacattatttaa |
179 |
Q |
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| T |
7747074 |
agtgattaatgtatgtgaagggttcctttttatagaaataaatatgtgaagaaaatgtataatctcatacattatttaa |
7747152 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 116 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 7698500 - 7698464
Alignment:
| Q |
116 |
tgaagggttcgtttttatagaaatgaatatatgaaga |
152 |
Q |
| |
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| T |
7698500 |
tgaagggttcctttttatagaaattaatatatgaaga |
7698464 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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