View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20467_low_6 (Length: 439)

Name: NF20467_low_6
Description: NF20467
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20467_low_6
NF20467_low_6
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (155-429)||(30224173-30224452)
chr8 (154-429)||(5567368-5567648)
chr8 (155-429)||(25248955-25249228)
chr8 (157-429)||(3375443-3375709)
chr8 (157-404)||(31032038-31032285)
chr8 (170-429)||(6428700-6428963)
chr8 (191-404)||(3379149-3379366)
chr8 (240-434)||(36535855-36536035)
chr8 (1-125)||(9490505-9490630)
chr8 (211-273)||(14935576-14935638)
chr8 (155-208)||(5567676-5567729)
chr8 (352-404)||(19473676-19473728)
chr8 (352-404)||(19544601-19544653)
chr8 (352-404)||(19588043-19588095)
chr8 (124-154)||(9490210-9490240)
chr8 (241-303)||(29274787-29274849)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (155-429)||(7040304-7040583)
chr4 (155-429)||(23564684-23564963)
chr4 (170-429)||(18656066-18656330)
chr4 (155-424)||(23566383-23566628)
chr4 (155-429)||(52520542-52520824)
chr4 (155-429)||(52518700-52518982)
chr4 (238-396)||(54296454-54296617)
chr4 (211-339)||(3529251-3529379)
chr4 (211-339)||(23985773-23985901)
chr4 (211-404)||(52545137-52545333)
chr4 (155-344)||(3274538-3274728)
chr4 (323-404)||(56074680-56074766)
chr4 (211-311)||(24807423-24807522)
chr4 (211-261)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (155-429)||(29758063-29758342)
chr2 (170-334)||(20516053-20516223)
chr2 (300-387)||(8759115-8759207)
chr2 (157-223)||(8759203-8759269)
chr2 (310-404)||(18612074-18612174)
chr2 (162-212)||(31155713-31155763)
chr2 (312-349)||(17149025-17149062)
chr2 (219-271)||(18739679-18739730)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (157-429)||(44963108-44963385)
chr7 (155-429)||(20046504-20046787)
chr7 (155-429)||(28124596-28124878)
chr7 (155-429)||(28126423-28126705)
chr7 (155-429)||(4895525-4895806)
chr7 (211-334)||(37405559-37405682)
chr7 (310-429)||(28014282-28014406)
chr7 (157-243)||(44962228-44962314)
chr7 (211-429)||(25471780-25472003)
chr7 (276-351)||(4880267-4880343)
chr7 (366-415)||(8405666-8405715)
chr7 (268-344)||(4571066-4571144)
chr7 (261-323)||(36989570-36989632)
chr7 (155-200)||(6324013-6324058)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (157-429)||(19645309-19645586)
chr6 (155-429)||(5376818-5377100)
chr6 (163-429)||(5378681-5378955)
chr6 (181-429)||(1088662-1088915)
chr6 (157-352)||(15149129-15149331)
chr6 (211-334)||(15868391-15868514)
chr6 (211-334)||(33866098-33866221)
chr6 (211-334)||(15866579-15866702)
chr6 (211-334)||(33869245-33869368)
chr6 (239-320)||(9415095-9415176)
chr6 (155-225)||(9414962-9415032)
chr6 (211-339)||(14611083-14611210)
chr6 (211-282)||(32079909-32079980)
chr6 (155-212)||(9415050-9415107)
chr6 (314-429)||(8915570-8915690)
chr6 (352-406)||(24544764-24544818)
chr6 (218-338)||(28884359-28884480)
chr6 (314-415)||(20985831-20985937)
chr6 (211-271)||(14620510-14620570)
chr6 (263-339)||(14618975-14619050)
chr6 (155-195)||(30376225-30376265)
chr6 (387-415)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (154-429)||(17402791-17403074)
chr3 (157-429)||(1139958-1140223)
chr3 (155-429)||(6789563-6789842)
chr3 (211-344)||(20302625-20302760)
chr3 (211-311)||(20327167-20327269)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (161-429)||(17449260-17449532)
chr1 (155-429)||(16808587-16808869)
chr1 (211-334)||(9312028-9312151)
chr1 (211-334)||(3282800-3282923)
chr1 (211-334)||(3284501-3284624)
chr1 (211-334)||(9310411-9310534)
chr1 (154-262)||(48940618-48940726)
chr1 (211-304)||(37664694-37664787)
chr1 (211-304)||(37674416-37674509)
chr1 (211-304)||(37702185-37702278)
chr1 (258-413)||(48941646-48941810)
chr1 (218-311)||(902083-902175)
chr1 (211-396)||(5924828-5925006)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (211-404)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (211-334)||(6225-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (211-334)||(39787168-39787291)
chr5 (211-352)||(25076206-25076348)
chr5 (211-352)||(25134175-25134317)
chr5 (352-402)||(20012959-20013009)
chr5 (267-311)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (211-388)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (329-429)||(19063-19167)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 30224173 - 30224452
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224173 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 30224272  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30224273 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 30224372  T
Q  352 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224373 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 30224452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 5567368 - 5567648
Alignment:
Q  154 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagc 253  Q
    ||||||| |||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5567368 atgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaagtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagc 5567467  T
Q  254 ttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-- 351  Q
    || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||      
T  5567468 ttagttagaagttagttggagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttcta 5567567  T
Q  352 ---tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567568 caatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5567648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 25248955 - 25249228
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataa---gtaaactagagttagta 251  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  25248955 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttaattgataataagtaaactagagttagta 25249045  T
Q  252 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 351  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25249046 gcttggttagaagttagttaaaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttatcaatctattcatttc 25249145  T
Q  352 -----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25249146 tacaatgagttactttgagtatctccctcatgagtacccttatgcttgctatcttgcttacatatatgacttttctccctatg 25249228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 157 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 3375709 - 3375443
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 256  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375709 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttctgttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 3375610  T
Q  257 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctgagt 356  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||         
T  3375609 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaactctattgtacccattcattatctttt-tcaatctattcatttc----- 3375516  T
Q  357 tactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375515 tacaatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttacttacatctatgacctttctccctatg 3375443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 157 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31032285 - 31032038
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 256  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032285 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 31032186  T
Q  257 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttct 352  Q
    ||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |    
T  31032185 gttagaag----ttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacattactacactcattcatgatcttttatcaatctattcattctataat 31032090  T
Q  353 gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31032089 gagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 31032038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 170 - 429
Target Start/End: Original strand, 6428700 - 6428963
Alignment:
Q  170 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 269  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  6428700 aagttatgtggagttagtta--gtagttagacaagagttagtaatcaactataattagttgataagtaaactagagttagtaccttagttaaaagttagt 6428797  T
Q  270 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt----tctgagttactttg 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| |      |||||| |||||    
T  6428798 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtaatcattcatcatcttttaatcaaatctattcactctacaatgagtttctttg 6428897  T
Q  364 agtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6428898 agtatctctcacatgagtactcttatgtttgctatcttacttacatctatgacttctctccttatg 6428963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 191 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 3379366 - 3379149
Alignment:
Q  191 ggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaacta 290  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3379366 ggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagttaaactagagttagtagtttagttagaagttagttagagttagttactcaaacta 3379267  T
Q  291 atctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactct 386  Q
    ||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||| |    
T  3379266 atctctatattaaggaaaactattgtactcattcatcattttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtacttt 3379167  T
Q  387 tatgcttgctatcttgct 404  Q
    ||| |||||| |||||||    
T  3379166 tatacttgctttcttgct 3379149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 240 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 36536035 - 36535855
Alignment:
Q  240 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaa 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36536035 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatagcaatactgttgtactcattcatcatcttttatcaa 36535936  T
Q  340 tctattcatttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatgcttct 434  Q
    ||||||||||||               ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36535935 tctattcatttc--------------aatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatgattct 36535855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 9490630 - 9490505
Alignment:
Q  1 ctatttaatatcatattgttcgaagtttttccttttatccatttctcaatt-ttttaagatgaggacatagtttcaatnnnnnnnntgaatttgaaagta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||    
T  9490630 ctatttaatatcatattgttcgaagtttttccttttattcatttctcaatttttttaagatgaggacatagtttcaataaaaaaaatgaatttgaaatta 9490531  T
Q  100 ttagagtaatcagtatttttcttata 125  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||    
T  9490530 ttagagtaaccggtatttttcttata 9490505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 273
Target Start/End: Original strand, 14935576 - 14935638
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaga 273  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14935576 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtaacttggttagaagttagttaga 14935638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 5567729 - 5567676
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtt 208  Q
    |||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567729 tgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagtt 5567676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 404
Target Start/End: Original strand, 19473676 - 19473728
Alignment:
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19473676 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19473728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 404
Target Start/End: Original strand, 19544601 - 19544653
Alignment:
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19544601 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19544653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 19588095 - 19588043
Alignment:
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19588095 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 124 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 9490240 - 9490210
Alignment:
Q  124 tataagttacgaaatacttccctatagacca 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490240 tataagttacgaaatacttccctatagacca 9490210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 241 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 29274849 - 29274787
Alignment:
Q  241 tagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 303  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| || |||||| ||||||||    
T  29274849 tagagttagtagcttggttacgggttagttagagttaattactccaattaatctttatatata 29274787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 7040304 - 7040583
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040304 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 7040403  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  7040404 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 7040503  T
Q  352 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040504 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 7040583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 23564963 - 23564684
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564963 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 23564864  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  23564863 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 23564764  T
Q  352 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564763 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctattttgcttacatctatgacttttctccctatg 23564684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 170 - 429
Target Start/End: Original strand, 18656066 - 18656330
Alignment:
Q  170 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 269  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18656066 aagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagcttagttagaagttagt 18656165  T
Q  270 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttga 364  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||    
T  18656166 tagagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttga 18656265  T
Q  365 gtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656266 gtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 18656330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 155 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 23566628 - 23566383
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566628 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagacttagtagct 23566538  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctga 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  23566537 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatc------------- 23566451  T
Q  355 gttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 424  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566450 --tactttgagtatctccctcatgggtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 23566383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 52520542 - 52520824
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520542 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52520641  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 350  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||    
T  52520642 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattt 52520741  T
Q  351 c----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |    ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||    
T  52520742 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctctttcttacatctatgatctttctccctatg 52520824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 52518700 - 52518982
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518700 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52518799  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 349  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  52518800 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactgttgtactcaatcatcatcttttaatcaaatattttcattc 52518899  T
Q  350 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
       | ||  |  || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  52518900 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagttctcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 52518982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 238 - 396
Target Start/End: Original strand, 54296454 - 54296617
Alignment:
Q  238 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-at 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  54296454 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttaat 54296553  T
Q  337 caatctattcattt----ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgct 396  Q
    ||||| ||||||||     |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54296554 caatcaattcattttataatgagtttctatgagtatctccctcatcagtactcttatgcttgct 54296617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 211 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 3529379 - 3529251
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3529379 taatcaactgtagttagttgataggtaaactaaagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3529280  T
Q  311 tattgtactcattcattatcttttatcaa 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529279 tattgtactcattcattatcttttatcaa 3529251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 211 - 339
Target Start/End: Original strand, 23985773 - 23985901
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23985773 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataggaacac 23985872  T
Q  311 tattgtactcattcattatcttttatcaa 339  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23985873 tattgtactcattcaccatcttttatcaa 23985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 211 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 52545333 - 52545137
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  52545333 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttggttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 52545235  T
Q  311 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    |  |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  52545234 tcatgta-tcattttattatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgct 52545137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 155 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 3274728 - 3274538
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  3274728 tgttaaaatagttggaagttatatgaagttagttaaggtagtaaaactatagttagtaatcaactataattagttgataggtaaacaagagttagtggct 3274629  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaa-cactattgtactcattcattatcttttatcaatctat 344  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||  | ||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3274628 tgattagaagttagttagagttaattactcaaattaatttctatatataaacatcatcatggtaatcattcatcatcttttatcaatctat 3274538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 323 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 56074766 - 56074680
Alignment:
Q  323 tcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||     ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  56074766 tcatcatcttttatcattctattcatttctataacgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 56074680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 311
Target Start/End: Original strand, 24807423 - 24807522
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||||||| | ||||||  |||||||||| ||||||    
T  24807423 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagaagcttggttaagagttaggaagagttagttacac-aactaaaatctatatataggaacac 24807521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 18395866 - 18395816
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttag 261  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  18395866 taatcaactatagttagttgataggtaaactatagttaataggttggttag 18395816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 29758063 - 29758342
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758063 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagacttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 29758162  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  29758163 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 29758262  T
Q  352 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758263 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 29758342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 170 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 20516223 - 20516053
Alignment:
Q  170 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 269  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  20516223 aagttatgtgcagttagttaaggtaattaaactggagttagtaattaactatagttagt---taagttagctagggttagtagcttggttaaaagatagt 20516127  T
Q  270 tagag-----gtagttact----caaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt 334  Q
    |||||      ||||||||    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20516126 tagagttagtttagttactcaaacaaactaatttttatatataagaacactattgtactcattcattatttttt 20516053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 300 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 8759207 - 8759115
Alignment:
Q  300 tataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactctt 387  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8759207 tataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctgttcatttctacaatgagtttctttgagtatctccctcatgagtactctt 8759115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 157 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 8759269 - 8759203
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatag 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8759269 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatag 8759203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 310 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 18612174 - 18612074
Alignment:
Q  310 ctattgtactcattcattat-cttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgc 403  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||     ||||||  | | | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18612174 ctattgtactcaatcattatacttttatcaatctattcatttctataatgagtttttgtaaatatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgc 18612075  T
Q  404 t 404  Q
    |    
T  18612074 t 18612074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 162 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 31155763 - 31155713
Alignment:
Q  162 atagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 212  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31155763 atagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttaaactagagttagta 31155713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 17149062 - 17149025
Alignment:
Q  312 attgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 349  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17149062 attgtactctatcattatcttttatcaatctattcatt 17149025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 219 - 271
Target Start/End: Original strand, 18739679 - 18739730
Alignment:
Q  219 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 271  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  18739679 tatagttagttgatacgttaactagagttagtagtctggttag-agttagtta 18739730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 157 - 429
Target Start/End: Original strand, 44963108 - 44963385
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 256  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963108 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 44963207  T
Q  257 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  44963208 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 44963307  T
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44963308 tgaatttctttgagtatctccctcatgaatactcttatgcttgctatcttacttacatctatgacttttctccctatg 44963385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 20046787 - 20046504
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046787 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 20046688  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatc-ttttatcaatctattcattt 350  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20046687 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatctttttatcaatctattcattt 20046588  T
Q  351 c-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |     |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046587 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctcgcttacatctatgacttttctccctatg 20046504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 28124878 - 28124596
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124878 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28124779  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 349  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  28124778 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 28124679  T
Q  350 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
       | ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28124678 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 28124596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 28126705 - 28126423
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126705 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28126606  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 349  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  28126605 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 28126506  T
Q  350 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
       | ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28126505 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 28126423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 4895525 - 4895806
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895525 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagattagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 4895624  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atcaatctattcatt-- 349  Q
     ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||      
T  4895625 tttggttagaagttagttagagttatttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaatatattcattcc 4895724  T
Q  350 --tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
      | ||  |  || ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4895725 aatatggatctctatgagtatctcccagatgagtactcttatgtttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 4895806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 37405682 - 37405559
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37405682 taatcaactatagttagttgatagataaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 37405583  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  37405582 tattgtactcattcactatctttt 37405559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 310 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 28014406 - 28014282
Alignment:
Q  310 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||     ||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28014406 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagcactcttatgcttgctatcttgct 28014307  T
Q  405 tacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |||||||||||  ||||||||||||    
T  28014306 tacatctatgatctttctccctatg 28014282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 157 - 243
Target Start/End: Original strand, 44962228 - 44962314
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactag 243  Q
    |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44962228 ttaacatagttggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagacttgagtgagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag 44962314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 25472003 - 25471780
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtt-agaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata-agaac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| || ||||||   ||| ||||||||| || | |   ||||| |||    ||    
T  25472003 taattaactatagttagttgataggttaactagagttagtaggttggttcagtagttag--ggagttagttactccaagtcactcctataaatacctcac 25471906  T
Q  309 actattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt-----ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgc 403  Q
     ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||      |||||| || | |||||||||| | ||| || |||||||||||||||||| |    
T  25471905 tctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttatataatgagtttctattagtatctcccacgtgaataatcttatgcttgctatctttc 25471806  T
Q  404 ttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||    
T  25471805 ttacatctatgatctttctccttatg 25471780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 351
Target Start/End: Original strand, 4880267 - 4880343
Alignment:
Q  276 tagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatct-attcatttc 351  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4880267 tagttacttcaattaatctcgatatatatgaacaccattatactcattcatcatcttttatcaatctaattcatttc 4880343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 366 - 415
Target Start/End: Original strand, 8405666 - 8405715
Alignment:
Q  366 tatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatga 415  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8405666 tatctcccccatgaatactcttatgcttgctattttgcttacatatatga 8405715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 344
Target Start/End: Original strand, 4571066 - 4571144
Alignment:
Q  268 gttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact-attgtactca--ttcattatcttttatcaatctat 344  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4571066 gttagagttaattacttcaactaatctctatatatatgaacactcattgta-tcattttcattatcttttatcaatctat 4571144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 261 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 36989632 - 36989570
Alignment:
Q  261 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcatt 323  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||    
T  36989632 gaagttatgtagagttagttattcaaactaatctctatatatagaaacattattgtagtcatt 36989570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 200
Target Start/End: Original strand, 6324013 - 6324058
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttaga 200  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6324013 tgttaaaatagtagaaagttatgtggagttagtttagatagttaga 6324058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 157 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 19645586 - 19645309
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 256  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19645586 ttaagatagttagaagatatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactaaagttagtagcttg 19645487  T
Q  257 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 351  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||         
T  19645486 gttagaaattagtcagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctatttatttctacaa 19645387  T
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19645386 tgaatttctttgagtatctccctcatgagtactcttatacttgctatcttggttacatctatgacttttctccctatg 19645309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 5376818 - 5377100
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376818 tgttaaaatagttggaagttatatgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 5376917  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 351  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5376918 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttc 5377017  T
Q  352 -----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
         |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377018 tacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5377100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 163 - 429
Target Start/End: Original strand, 5378681 - 5378955
Alignment:
Q  163 tagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 260  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5378681 tagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagtttggtta 5378780  T
Q  261 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tga 354  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     |||    
T  5378781 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttctacaatga 5378880  T
Q  355 gttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378881 gtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5378955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 181 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 1088915 - 1088662
Alignment:
Q  181 agttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagtt 280  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1088915 agttagttaaagtagttaaattagagttagtgatcaactatagttagttgataagtaaattagagttagtagctttgttagaagttagttagagttagtt 1088816  T
Q  281 actcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttac-tttgagtatctccctc 375  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| | ||||||||||||||      
T  1088815 agtcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttcttttgagtatctcccat 1088716  T
Q  376 atgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1088715 atgagtactcttatgtttgctatcttgcttacatctatgacttctcttcctatg 1088662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 157 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 15149331 - 15149129
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 256  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15149331 ttaagatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggtcagtagcttg 15149232  T
Q  257 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaac--ac-----tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 349  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||  ||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15149231 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatttctatatataggaacgtactgttgtactgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 15149132  T
Q  350 tct 352  Q
    |||    
T  15149131 tct 15149129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 15868391 - 15868514
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15868391 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 15868490  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15868491 tattgtactcattcattatctttt 15868514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 33866098 - 33866221
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  33866098 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcagactaatctctatatataggaacac 33866197  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  33866198 tattgtactcattcactatctttt 33866221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 15866579 - 15866702
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15866579 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttgggtagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatttaggaacac 15866678  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15866679 tattgtactcattcattatctttt 15866702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 33869245 - 33869368
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  33869245 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacttaaactaatctctatatataggaacac 33869344  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  33869345 tattgtacgcattcactatctttt 33869368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 239 - 320
Target Start/End: Original strand, 9415095 - 9415176
Alignment:
Q  239 actagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415095 actagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttagtgaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 9415176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 155 - 225
Target Start/End: Original strand, 9414962 - 9415032
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagtt 225  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  9414962 tgttaaaatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagactagagttagtgatcaactatagtt 9415032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 211 - 339
Target Start/End: Original strand, 14611083 - 14611210
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  14611083 taatcaactatggttagttgataggtaaattagagttagtagcttcgttaagagttatttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 14611181  T
Q  311 tattgtactca-ttcattatcttttatcaa 339  Q
    |  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14611182 tcgtgta-tcatttcattatcttttatcaa 14611210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 282
Target Start/End: Original strand, 32079909 - 32079980
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttac 282  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  32079909 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagaagcttggttaagagttagttagagttagttac 32079980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 212
Target Start/End: Original strand, 9415050 - 9415107
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 212  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9415050 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggaagttagactagagttagta 9415107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 314 - 429
Target Start/End: Original strand, 8915570 - 8915690
Alignment:
Q  314 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctg-----agttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttaca 408  Q
    |||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||      |||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8915570 tgtactcatttagcatcttttattaatctattcatttctataataagtttctatgagtatcttccacacgagtactcttatgcttgctctcttgcttaca 8915669  T
Q  409 tctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||||||| |||| || |||||    
T  8915670 tctatgatttttatctctatg 8915690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 406
Target Start/End: Original strand, 24544764 - 24544818
Alignment:
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgctta 406  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24544764 tgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgctta 24544818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 218 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 28884480 - 28884359
Alignment:
Q  218 ctatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact-attgt 316  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||   |||| |||||||   ||||||  || |||||| |||||| | ||||| | |||||    
T  28884480 ctatagttagttgataggttaactagagttagaagctttgtttatagttggttagagtcggttacttcaattaatctgtatataaaggaacaatcattgt 28884381  T
Q  317 actcattcattatcttttatca 338  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  28884380 actcattcattatcttttatca 28884359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 20985937 - 20985831
Alignment:
Q  314 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttaca 408  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||     || ||  | | ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  20985937 tgtactcatttgctatcttttatcaatctattcatttctataatgaatttttataagtatctaccacatgagtactcttatgcttgcaaacttgattaca 20985838  T
Q  409 tctatga 415  Q
    |||||||    
T  20985837 tctatga 20985831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 271
Target Start/End: Original strand, 14620510 - 14620570
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 271  Q
    |||| ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  14620510 taatcaactatgattagttgataggtaaactacagttagtagcttggttaagagttagtta 14620570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 339
Target Start/End: Original strand, 14618975 - 14619050
Alignment:
Q  263 agttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactca-ttcattatcttttatcaa 339  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14618975 agttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacactcatgta-tcatttcattatcttttatcaa 14619050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 155 - 195
Target Start/End: Original strand, 30376225 - 30376265
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtag 195  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  30376225 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaacgtag 30376265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 387 - 415
Target Start/End: Original strand, 31528957 - 31528985
Alignment:
Q  387 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528957 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 31528985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 17403074 - 17402791
Alignment:
Q  154 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 251  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17403074 atgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 17402975  T
Q  252 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 350  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17402974 gtttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcattt 17402875  T
Q  351 c-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    |     |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402874 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 17402791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 157 - 429
Target Start/End: Original strand, 1139958 - 1140223
Alignment:
Q  157 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 256  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  1139958 ttaagatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag------------g 1140045  T
Q  257 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  1140046 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 1140145  T
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140146 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 1140223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Original strand, 6789563 - 6789842
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 254  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6789563 tgttaaaatagttggaagtaatgtgtagttagttaaggtagttagactagagttggtaatcatgtatagttagtggataagtgaactagagttagtagct 6789662  T
Q  255 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt----t 350  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||         
T  6789663 tggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaatactattgtactcattcactatcttttttcaatctattcattctaca 6789762  T
Q  351 ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatc-ttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
     |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6789763 atgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctttgcttacatctatgacttctctccctatg 6789842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 344
Target Start/End: Original strand, 20302625 - 20302760
Alignment:
Q  211 taattaactatagtt-agttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca 309  Q
    |||| |||||||||| |||||| | || ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20302625 taataaactatagtttagttgaaaggttaactagacttagtagattggtta-aagtaagttatagttggttattcaaactaatctctatatataagaaca 20302723  T
Q  310 ct-attgtactcatt--cattatcttttatcaatctat 344  Q
    || || |||| ||||  ||||||||||||| |||||||    
T  20302724 ctcatcgtac-catttccattatcttttataaatctat 20302760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 311
Target Start/End: Original strand, 20327167 - 20327269
Alignment:
Q  211 taattaactatagtt-agttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaa--tctctatatataagaa 307  Q
    |||| |||||||||| |||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  20327167 taataaactatagtttagttgaaaggttaactagacttagtagcttggtta-aagtaagttatagttggttactcaaactaatctctctatatataagaa 20327265  T
Q  308 cact 311  Q
    ||||    
T  20327266 cact 20327269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 161 - 429
Target Start/End: Original strand, 17449260 - 17449532
Alignment:
Q  161 gatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 260  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17449260 gatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttcgtta 17449359  T
Q  261 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgag 355  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     ||||    
T  17449360 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-tcaatctattcatgtctacaatgag 17449458  T
Q  356 ttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
     | || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17449459 attctatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatg 17449532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 155 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 16808869 - 16808587
Alignment:
Q  155 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 252  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808869 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 16808770  T
Q  253 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 349  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  16808769 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatatgaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 16808670  T
Q  350 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 429  Q
       | ||  |  || |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  16808669 caatatggatctctatgagtatctccgacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 16808587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 9312028 - 9312151
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9312028 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 9312127  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9312128 tattgtactcattcattatctttt 9312151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 3282800 - 3282923
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3282800 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3282899  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3282900 tattgtactcattcactatctttt 3282923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 3284501 - 3284624
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3284501 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3284600  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3284601 tattgtactcattcactatctttt 3284624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 9310411 - 9310534
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  9310411 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaattaatatctatatataggaacac 9310510  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310511 tattgtactcattcattatctttt 9310534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 154 - 262
Target Start/End: Original strand, 48940618 - 48940726
Alignment:
Q  154 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagc 253  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48940618 atgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacaagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagt 48940717  T
Q  254 ttggttaga 262  Q
    |||||||||    
T  48940718 ttggttaga 48940726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 211 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 37664787 - 37664694
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 304  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37664787 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37664694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 211 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 37674509 - 37674416
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 304  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37674509 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37674416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 211 - 304
Target Start/End: Original strand, 37702185 - 37702278
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 304  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37702185 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaaattagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37702278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Original strand, 48941646 - 48941810
Alignment:
Q  258 ttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttc---- 351  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||        
T  48941646 ttagaagttagttagagttggttactcaaactaatctctatacatataaacactattgtactcattcagtatcttttaatcaaatctattcatttctata 48941745  T
Q  352 ---tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctat 413  Q
       ||||||  | |||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  48941746 taatgagtttatatgagtatctctcacatgaatactcttatacttgctctcttgcttacatctat 48941810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 218 - 311
Target Start/End: Original strand, 902083 - 902175
Alignment:
Q  218 ctatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||| |||| |||||| |||||||    
T  902083 ctatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacac-aattaaactctctatataggaacact 902175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 211 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 5925006 - 5924828
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |   |||         ||| ||||||||||||||||||    
T  5925006 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagtagtttggttagaagttagttaaa--cagt---------taaactctatatataagaacac 5924918  T
Q  311 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgct 396  Q
    |  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||   |||| ||||||||||||||||    
T  5924917 tcgtgtattatttcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcctatatgaatactcttatgcttgct 5924828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 211 - 404
Target Start/End: Original strand, 58785 - 58982
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  58785 taatcaactatagttagttagtaggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 58884  T
Q  311 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 404  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  58885 tattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 58982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Original strand, 6225 - 6348
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6225 taatcaactatagttaattgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 6324  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  6325 tattgtactcattcactatctttt 6348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 211 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 39787291 - 39787168
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39787291 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 39787192  T
Q  311 tattgtactcattcattatctttt 334  Q
    |||| |||||||||| | ||||||    
T  39787191 tattttactcattcactgtctttt 39787168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 211 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 25076348 - 25076206
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca- 309  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| ||||| |||||     
T  25076348 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25076249  T
Q  310 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 352  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25076248 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttct 25076206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 211 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 25134317 - 25134175
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca- 309  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| ||||| |||||     
T  25134317 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25134218  T
Q  310 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 352  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25134217 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttct 25134175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 20013009 - 20012959
Alignment:
Q  352 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttg 402  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  20013009 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttg 20012959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 267 - 311
Target Start/End: Original strand, 6569888 - 6569932
Alignment:
Q  267 agttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact 311  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  6569888 agttagagttagttagtccaactaatctctatatataggaacact 6569932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 211 - 388
Target Start/End: Original strand, 39144 - 39325
Alignment:
Q  211 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 310  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  39144 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaaagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 39242  T
Q  311 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactctta 388  Q
    |  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||     ||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  39243 tcatgta-tcatttcatcatcttttatcaatctattcatttctataatgagtttttatgagtatctcccacatgagtactctta 39325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 329 - 429
Target Start/End: Original strand, 19063 - 19167
Alignment:
Q  329 tcttttatcaatctattcatttc----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 424  Q
    |||||||||||||||||||||      |||||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19063 tcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagcatctcccacatgagtactcctatgctttctatcttgcttacatctatgatttttctcc 19162  T
Q  425 ctatg 429  Q
    |||||    
T  19163 ctatg 19167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University