View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20471_low_2 (Length: 231)
Name: NF20471_low_2
Description: NF20471
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20471_low_2 |
 | |
|
| [»] chr3 (9 HSPs) |
| |
|
| [»] chr1 (7 HSPs) |
| |
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| [»] chr8 (5 HSPs) |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
| |
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| [»] scaffold0257 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 12094640 - 12094870
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12094640 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctctattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
12094739 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
12094740 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacataccgacaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttattgcggttat |
12094839 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12094840 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
12094870 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44277450 - 44277220
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44277450 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgattttctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
44277351 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
44277350 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatggtttttgctgcggttat |
44277251 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
44277250 |
gtattgaaaatagcatgccaatataattttt |
44277220 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 40931680 - 40931908
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40931680 |
agctagattaacacaaaagttcctattatactcttgtctttgatttcctccattttatgtttatttaccccatctcatagttactcccaataccaatacc |
40931779 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40931780 |
aaaattaattaaagtcaa-tatccttcaataccgatacatagtgacaataccaatacatacggttcatctagtaaatca-attgtttttgctgcggttat |
40931877 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40931878 |
gtattaaaaatagcatgccatcacaattttt |
40931908 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 4 - 138
Target Start/End: Original strand, 19911570 - 19911704
Alignment:
| Q |
4 |
tagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaaa |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19911570 |
tagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccacctcataattactcccaataccaataccaaa |
19911669 |
T |
|
| Q |
104 |
attaattaaattcaaccatccttcaataccaatac |
138 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19911670 |
attaattaaattcaatcatccttcaataccaatac |
19911704 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 88 - 231
Target Start/End: Original strand, 19911693 - 19911836
Alignment:
| Q |
88 |
caataccaataccaaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgttt |
187 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |
|
|
| T |
19911693 |
caataccaataccaaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctattaaatcacattgttt |
19911792 |
T |
|
| Q |
188 |
ttgttgcggttatgtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19911793 |
ttgcttcggttatgtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
19911836 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Original strand, 38805303 - 38805444
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactc------ccaatacc |
94 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38805303 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
38805402 |
T |
|
| Q |
95 |
aataccaaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaat |
136 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38805403 |
aataccaaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaat |
38805444 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 96
Target Start/End: Original strand, 4226766 - 4226856
Alignment:
| Q |
3 |
ctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaa |
96 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4226766 |
ctagtttgacacaaa-gttcctattatacccttgtgtttgatttcctccatttt--atttatttaccccatctcataattactctcaataccaa |
4226856 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Original strand, 4235808 - 4235900
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaa |
96 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4235808 |
agctagtttgatacaaa-gttcctattatacccttgtgtttgatttcctccatttt--atttatttacccaatctcataattactctcaataccaa |
4235900 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 199 - 231
Target Start/End: Original strand, 38805443 - 38805475
Alignment:
| Q |
199 |
atgtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38805443 |
atgtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
38805475 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13984986 - 13984756
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13984986 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
13984887 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
13984886 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgttgtggttat |
13984787 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13984786 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
13984756 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 3943118 - 3943348
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3943118 |
agctaatttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
3943217 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3943218 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttactgcggttat |
3943317 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
3943318 |
gtattgaaaatagcatgccaatataattttt |
3943348 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Original strand, 9588734 - 9588958
Alignment:
| Q |
7 |
tttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaaaatt |
106 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9588734 |
tttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgattttctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaaaatt |
9588833 |
T |
|
| Q |
107 |
aattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttatgtattg |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
9588834 |
aattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgctgcggttatatattg |
9588933 |
T |
|
| Q |
207 |
aaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9588934 |
aaaatagcatgccaatacaattttt |
9588958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 41959136 - 41959276
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41959136 |
agctagtttgacacaaaagttcatattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
41959235 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacata |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41959236 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacata |
41959276 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 9 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 44228216 - 44228068
Alignment:
| Q |
9 |
tgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaaaattaa |
108 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
44228216 |
tgacataaaagttcctattatacccttgttttttatttccttcattttacatttatttaccccatctaataatcacttccaataccaataccaaatttaa |
44228117 |
T |
|
| Q |
109 |
ttaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatac |
157 |
Q |
| |
|
||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
44228116 |
ttaaagtcaatcaaatggcaataccaatacataccggcaataccgatac |
44228068 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Original strand, 1168419 - 1168499
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataatta |
83 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
1168419 |
agctattttgacacaaaagttcatagtttacccttgtctttgatttcctccatttt--atttatttaccccgtctcataatta |
1168499 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 182
Target Start/End: Original strand, 41959261 - 41959298
Alignment:
| Q |
145 |
tcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacat |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41959261 |
tcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacat |
41959298 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 10646650 - 10646880
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10646650 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
10646749 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
10646750 |
aaaattaattaaattgaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgctgcggttat |
10646849 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10646850 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
10646880 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41307956 - 41307726
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
41307956 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatatc |
41307857 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
41307856 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactgacaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgctgcggttat |
41307757 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41307756 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
41307726 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 8697891 - 8697663
Alignment:
| Q |
3 |
ctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaa |
102 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8697891 |
ctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaa |
8697792 |
T |
|
| Q |
103 |
aattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttatgt |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
8697791 |
aattaattaaattcaatcatccttcaataccaatatatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgctgcggttatgt |
8697692 |
T |
|
| Q |
203 |
attgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8697691 |
attgaaaatagcatgccaatacaattttt |
8697663 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 45278696 - 45278466
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45278696 |
agctaatttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
45278597 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
45278596 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatattggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttactgcggttat |
45278497 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
45278496 |
gtattgaaaatagcatgccaatataattttt |
45278466 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 40486448 - 40486223
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40486448 |
agctaatttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
40486349 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |
|
|
| T |
40486348 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgttttt-----gcttat |
40486254 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40486253 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
40486223 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 25060128 - 25059898
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25060128 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactctcaataccaatacc |
25060029 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
25060028 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactgacaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgctgcggttat |
25059929 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25059928 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
25059898 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 2911543 - 2911313
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2911543 |
agctaatttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
2911444 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacatcgtttttgttgcggttat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
2911443 |
aaaattaattaaattcaatcatccttcaataccaatacatactggcaataccaatacatatggttcatctagtaaatcacattgtttttgctgcggttat |
2911344 |
T |
|
| Q |
201 |
gtattgaaaatagcatgccaatacaattttt |
231 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
2911343 |
gtattgaaaatagcatgccaatataattttt |
2911313 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 34224373 - 34224256
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34224373 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
34224274 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattcaa |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34224273 |
aaaattaattaaattcaa |
34224256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0257 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0257
Description:
Target: scaffold0257; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 23525 - 23641
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23525 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
23624 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattca |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23625 |
aaaattaattaaattca |
23641 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 19996710 - 19996594
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
19996710 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacctttgtctttgatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
19996611 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaattca |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19996610 |
aaaattaattaaattca |
19996594 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 15305206 - 15305094
Alignment:
| Q |
5 |
agtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaaaa |
104 |
Q |
| |
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|
| T |
15305206 |
agtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcatccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaataccaaaa |
15305107 |
T |
|
| Q |
105 |
ttaattaaattca |
117 |
Q |
| |
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||||||||||||| |
|
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| T |
15305106 |
ttaattaaattca |
15305094 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 157
Target Start/End: Original strand, 31485620 - 31485702
Alignment:
| Q |
75 |
tcataattactcccaataccaataccaaaattaattaaattcaaccatccttcaataccaatacataccgtcaataccaatac |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
31485620 |
tcataattacttcgaataccaataccaaaattaattaaagtcaatcaaatggcaataccaatacataccggtaataccaatac |
31485702 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Original strand, 19361705 - 19361817
Alignment:
| Q |
1 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaatacc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19361705 |
agctagtttgacacaaaagttcctattatacccttgtctttgatttcctccattttatatttatttaccccatctaataattactcccaataccaatacc |
19361804 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaattaattaaa |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
19361805 |
aaaattaattaaa |
19361817 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 118
Target Start/End: Original strand, 20541521 - 20541640
Alignment:
| Q |
3 |
ctagtttgacacaaaagttcctattataccctt----gtctttaatttcctccattttacatttatttaccccatctcataattactcccaataccaata |
98 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
20541521 |
ctagttcgacacaaaagttcctattatacccttacttgtctttgatttcctctgttttacatttatttacctcatctcataattactcctgataccaata |
20541620 |
T |
|
| Q |
99 |
ccaaaattaattaaattcaa |
118 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
20541621 |
tcaaaactaattaaagtcaa |
20541640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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