View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20472_high_5 (Length: 332)

Name: NF20472_high_5
Description: NF20472
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20472_high_5
NF20472_high_5
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-332)||(1868503-1868834)
chr1 (1-332)||(1842894-1843225)
chr1 (67-332)||(1856971-1857236)
chr1 (67-332)||(1815808-1816073)
chr1 (63-332)||(9161630-9161899)
chr1 (63-332)||(9200023-9200292)
chr1 (63-332)||(9155718-9155987)
chr1 (65-332)||(9218539-9218806)
chr1 (63-332)||(9170456-9170725)
chr1 (55-332)||(9229424-9229701)
chr1 (66-332)||(9118556-9118822)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 1868503 - 1868834
Alignment:
Q  1 tttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaggtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868503 tttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtag 1868602  T
Q  101 ctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1868603 ctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaa 1868702  T
Q  201 agtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatg 300  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1868703 agtatcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatg 1868802  T
Q  301 caaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1868803 caaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgt 1868834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Original strand, 1842894 - 1843225
Alignment:
Q  1 tttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaggtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1842894 tttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtag 1842993  T
Q  101 ctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaa 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  1842994 ctgaaactttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaa 1843093  T
Q  201 agtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatg 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1843094 agtatcagattttggagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatg 1843193  T
Q  301 caaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1843194 caaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgt 1843225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 67 - 332
Target Start/End: Original strand, 1856971 - 1857236
Alignment:
Q  67 tggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaagagtg 166  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  1856971 tggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtg 1857070  T
Q  167 ataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgca 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1857071 ataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgca 1857170  T
Q  267 aggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1857171 aggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgt 1857236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 67 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 1816073 - 1815808
Alignment:
Q  67 tggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaagagtg 166  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  |||||||||| |||| |||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1816073 tggaaaactcgtcttaggatagctgttgaggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtg 1815974  T
Q  167 ataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgca 266  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815973 ctaacattctcttagatggaaccaacaccgctaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgca 1815874  T
Q  267 aggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815873 aggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 1815808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9161899 - 9161630
Alignment:
Q  63 aacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaag 162  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||| ||||||  ||| | |||||| || ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  9161899 aacatggaaaacacgtttaaagatagcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaag 9161800  T
Q  163 agtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatgg 262  Q
    |||   ||||||||||||||||  |   |||  || ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  9161799 agtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatgg 9161700  T
Q  263 tgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    | ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||   ||| |||| ||||||||||||||    
T  9161699 tacaaggaactcttggttacttagatccggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgt 9161630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9200292 - 9200023
Alignment:
Q  63 aacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaag 162  Q
    |||||||||||| ||| | | |||||| || |||  ||||| |||||| |||||||||||||||  ||| ||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  9200292 aacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaag 9200193  T
Q  163 agtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatgg 262  Q
    |||   ||||||||||| ||||  |   ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  9200192 agtaccaacattctcttggatgacaattacaccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatgg 9200093  T
Q  263 tgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    ||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||   ||| |||| ||||||||||||||    
T  9200092 tgcaaggaacacttggatacttagatcccgagtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgt 9200023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 63 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9155987 - 9155718
Alignment:
Q  63 aacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaag 162  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||| ||||||  ||| | |||||| || ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||     
T  9155987 aacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaa 9155888  T
Q  163 agtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatgg 262  Q
    |||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  9155887 agtaccaacattctcttggatgacaattacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatgg 9155788  T
Q  263 tgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    | ||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||    
T  9155787 ttcaaggaactcttggatacctagatccagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgt 9155718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 65 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9218806 - 9218539
Alignment:
Q  65 catggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaagag 164  Q
    |||||||||| ||| | | |||||| ||||||  |||||  ||||| |||||||||||||||  ||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||    
T  9218806 catggaaaacacgtttaaggatagcagcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagag 9218707  T
Q  165 tgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtg 264  Q
    |   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||     
T  9218706 taccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggta 9218607  T
Q  265 caaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||||||    
T  9218606 caaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgt 9218539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 63 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9170725 - 9170456
Alignment:
Q  63 aacatggaaaactcgtcttaag-atagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaa 161  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||| ||||||  ||||| |||||| || ||||||||||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||| ||    
T  9170725 aacatggaaaacccg-cttaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaa 9170627  T
Q  162 gagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatg 261  Q
    ||||   ||||||||||| ||||  |   |||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||    
T  9170626 gagtaccaacattctcttggatgacaattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatg 9170527  T
Q  262 gtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    |||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||    ||||||| || |||||||||||    
T  9170526 gtgcaaggaacacttggatacttagatcccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgt 9170456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 55 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9229701 - 9229424
Alignment:
Q  55 aataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagag 154  Q
    ||||||| || ||||||||| ||| | | |||||| || ||  |||| | |||||| |||||||||||||||| ||| ||  |||| |||||||| ||||    
T  9229701 aataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagag 9229602  T
Q  155 atgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagc 254  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||| ||||  |   |||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    ||||    
T  9229601 atgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagc 9229502  T
Q  255 cacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    |||  |||| ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||    
T  9229501 cactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacaccaactaacagagaaaagtgatgt 9229424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 66 - 332
Target Start/End: Original strand, 9118556 - 9118822
Alignment:
Q  66 atggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacctattatccacagagatgtcaagagt 165  Q
    |||| |||| ||||| | |||||| ||||||  ||||| |||||| || ||||||||||||| ||| ||| | || |||||||| |||||||| ||||||    
T  9118556 atgggaaacacgtctaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagt 9118655  T
Q  166 gataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgc 265  Q
       ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||| |    
T  9118656 accaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtac 9118755  T
Q  266 aaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgt 332  Q
    |||||||  |||| ||||| || |||||||| ||||||||    |||||||| ||||||||||||||    
T  9118756 aaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgt 9118822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University