View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20473_low_1 (Length: 690)

Name: NF20473_low_1
Description: NF20473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20473_low_1
NF20473_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-683)||(47028919-47029591)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 47029591 - 47028919
Alignment:
Q  18 aatttgatgtacaaataa-----agaaaactaatctgttggtgtgattttttaatcaaatatgaagtatgtactttgtaaaatgtaggacttaaacaaag 112  Q
    ||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47029591 aatttgatgtacaaataatggaaagaaaactaatctgttggtgtgattttttaatcaaatatgaagtatgtgctttgtaaaatgtaggacttaaacaaag 47029492  T
Q  113 aaatatt--gagttttaatattcaaacacaatggtaaattatgtaaccaactaacacattccaaacttcattaatggagaaggccaggactattacggct 210  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  47029491 aaatattttgagttttaatattcaaacacaatggtaaattatgtaaccaactaacacaatccaaacttcattaatggagaaggccaggactattacggcc 47029392  T
Q  211 ctagaaagaaggttgaaggttatgttagtcgaaaagggtgctaaggtggaagagctaaggctggccacaaaagagttacttcattaatggagaagtcaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47029391 ctagaaagaaggttgaaggttatgttagtcgaaaagggtgctaaggaggaagagctaaggctggccacaaaagagttacttcattaatggagaagtcaat 47029292  T
Q  311 cctatccgaggaggatctggaggccgtgaagaaagagaggagtttgctgctttaaagttgagagggacggtttggtggaccaagtttgcaaagtacgtct 410  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47029291 cctatctgaggaggatctggaggccgtgaagaaagagaggagtttgctgctttaaagttgagagggacggtttggtggaccaagtttgcaaagtacgtct 47029192  T
Q  411 ggactcatttaataacgccattgcccagatccaacaattcaatcctggcgtggttttgaagctggacgagcttgattgctgcaaggagtttaacgaatgg 510  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47029191 ggactcctttaataacgccattgcccagatccaacaattcaatcctggcgtggttttgaagctggacgagcttgattgctgcaaggagtttaacgaatgg 47029092  T
Q  511 gagattgtctagatgtaatttgttttgaacaagggctcggtgcctcgtgtcttttggtggccactgtgtatgtatccgactttgaaatatttcttgtatg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47029091 gagattgtctagatgtaatttgttttgaacaagggctcggtgcctcgtgtcttttggtggccactgtgtatgtatccgactttgaaatatttcttgtatg 47028992  T
Q  611 cactaagtgttttgaatgcttctgttctttgtataccgtgtatttttctccgactgtcgtttcctctgtgctg 683  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  47028991 cactaagtgttttgaatgcttctgttctttgtatactgtgtatttttctcggactgtcgtttcctttgtgctg 47028919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University