View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20473_low_4 (Length: 594)

Name: NF20473_low_4
Description: NF20473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20473_low_4
NF20473_low_4
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-575)||(4630848-4631419)
chr7 (124-477)||(4845713-4846066)
chr7 (124-572)||(4711678-4712126)
chr7 (1-437)||(4863843-4864276)
chr7 (1-446)||(4636778-4637220)
chr7 (124-572)||(4666982-4667430)
chr7 (1-393)||(4662912-4663301)
chr7 (124-572)||(4815870-4816315)
chr7 (1-572)||(4783441-4784009)
chr7 (214-572)||(4672837-4673192)
chr7 (124-572)||(4696796-4697241)
chr7 (124-431)||(4653564-4653868)
chr7 (1-194)||(4672597-4672790)
chr7 (221-465)||(4643848-4644089)
chr7 (1-200)||(4643592-4643791)
chr7 (507-572)||(4644131-4644196)
chr7 (124-181)||(4647570-4647625)
chr7 (522-572)||(4653935-4653985)
chr7 (1-53)||(4816386-4816438)
chr7 (520-572)||(4845618-4845670)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-572)||(18925348-18925916)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Original strand, 4630848 - 4631419
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630848 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 4630947  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630948 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaatcttaccatataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 4631047  T
Q  201 ctctgtggcatccattccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcactt 300  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    |    
T  4631048 ctttgttgcatccattccataacttctcgcagttaagtaaacagcttctggtgcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgat---gt 4631144  T
Q  301 ccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaa 400  Q
    ||| ||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  4631145 ccaaaataacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcataatttggtggaa 4631244  T
Q  401 cttgattttcaccaacattgactctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggta 500  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||  | |||| | |||| |  ||  |||| | |||||| | | ||||| || |||||| |||| |||||||    
T  4631245 cttgattttcaccagcgttgactctataaactgtttccatagctttgttgttaagaatctggtattcaccgctgtcaaaatcaagtatctttaaatggta 4631344  T
Q  501 gttcgtgtcactgagattagtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagctaa 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4631345 gttcgtgtcactgagattagtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagctaa 4631419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4846066 - 4845713
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtggcatccattccataac 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| | |||||||||    
T  4846066 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccataac 4845967  T
Q  224 ttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactatt 323  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  4845966 ttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaaacttgatacactaag 4845867  T
Q  324 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845866 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 4845767  T
Q  424 ctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtca 477  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  4845766 ctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattctctgttgtca 4845713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 124 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 4712126 - 4711678
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtggcatccattccataac 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  4712126 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataac 4712027  T
Q  224 ttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactatt 323  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |     
T  4712026 ttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttg 4711927  T
Q  324 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 423  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  4711926 tggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgact 4711827  T
Q  424 ctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggtagttcgtgtcactgagattagtgt 523  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| || ||  |||||| ||||||  |||||||| |  |||||   ||  || |||| || | |||| | || |  ||||    
T  4711826 ctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaaggtattttgggtcattaaggtccgtgt 4711727  T
Q  524 aatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4711726 aatagagaaaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagc 4711678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 4863843 - 4864276
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| | | | ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4863843 taatccttatgaacaggaaccatacgagaaccgctccaccgtatcacatcagcgttttcctcagccatactattaactatgaaaatctgaaaggctctat 4863942  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    |||||| || | ||||  ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4863943 cacctttatttgttatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactc 4864042  T
Q  201 ctctgtggcatccattccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcactt 300  Q
    ||||||||||| |  ||| |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |    
T  4864043 ctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gt 4864139  T
Q  301 ccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaa 400  Q
      | || |||||||||  || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||    
T  4864140 ttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaa 4864239  T
Q  401 cttgattttcaccaacattgactctataaaccatctc 437  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  4864240 cttgactttcaccgacattgactctataaaccgtctc 4864276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 4636778 - 4637220
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| | | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  4636778 taatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctat 4636877  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    |||||| ||   | ||   |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4636878 cacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattataatc 4636977  T
Q  201 ctctgtggcatccattccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcactt 300  Q
    || |||  ||| |||||| |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||  |||  |||| | ||   |     
T  4636978 ctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttatgtgt- 4637076  T
Q  301 ccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaa 400  Q
      | |  ||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4637077 --aaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcattgccccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggtggaa 4637174  T
Q  401 cttgattttcaccaacattgactctataaaccatctccaaatcttt 446  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4637175 cttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagcttt 4637220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 124 - 572
Target Start/End: Original strand, 4666982 - 4667430
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtggcatccattccataac 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| || ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  4666982 tcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataac 4667081  T
Q  224 ttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactatt 323  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| | |||||||||| ||||||||  |||| ||  ||||||||  || |     
T  4667082 ttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaataacttgatatgctttg 4667181  T
Q  324 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 423  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||    
T  4667182 tggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcaccaggtggaacttgactttcaccaacgctgact 4667281  T
Q  424 ctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggtagttcgtgtcactgagattagtgt 523  Q
    ||||||||| |||||| | |||| |  ||  |||| | ||||||  || ||||| |  ||||||   |  |||| || || | ||||||||| || ||||    
T  4667282 ctataaaccgtctccatagctttgttgttaggaatatggtattcattgctgtcaaagtcaagtaatgtcaaatgataatttgggtcactgaggtttgtgt 4667381  T
Q  524 aatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4667382 aatagagaaaagacggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 4667430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Original strand, 4662912 - 4663301
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||  ||| ||| ||| | | | | |||| ||||||||||| | |||||    
T  4662912 taatccttatgaacaggaaccatacgaccattactccaccttatcacatcggctaattcttcaactaaattatcatctataaaaatctgaaacattctat 4663011  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    |||||| || | | ||  ||   ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  4663012 cacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattataatc 4663111  T
Q  201 ctctgtggcatccattccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcactt 300  Q
    ||||||  ||| | |||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  4663112 ctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatc---t 4663208  T
Q  301 ccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcactt 393  Q
    ||| || ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4663209 ccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaataacgaaacatacctgtatcatcactt 4663301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 124 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 4816315 - 4815870
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtggcatccattccataac 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  4816315 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataac 4816216  T
Q  224 ttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactatt 323  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||  |||  |||| | ||    |  | |  ||||||||||||||      
T  4816215 ttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gtgtaaagtcacttgatacactaga 4816119  T
Q  324 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 423  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |   ||| | |||||||||||| |||||| ||||||    
T  4816118 tgggtactctttctccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgact 4816019  T
Q  424 ctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggtagttcgtgtcactgagattagtgt 523  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |  ||  ||| || ||||||  |||||||||||||| ||| |||   | | || |    ||||||||| || ||||    
T  4816018 ctataaaccgtctctaaagctttgttgttaagaacttggtattccgtgttgtcagaaccaggtaacttgatacgataatcttggtcactgaggtttgtgt 4815919  T
Q  524 aatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||    
T  4815918 aatagagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagc 4815870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 4784009 - 4783441
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    |  ||||| | | | | | |||||||||||||||| | |||||    
T  4784009 taatccttatgaacaggaaccaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcagcatgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctat 4783910  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    |||| |  | | | ||   |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4783909 caccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatc 4783810  T
Q  201 ctctgtggcatccattccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcactt 300  Q
    ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||  |||  |||| | ||    |    
T  4783809 ctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gt 4783713  T
Q  301 ccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaa 400  Q
      | |  ||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |   ||| | |||    
T  4783712 gtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaa 4783613  T
Q  401 cttgattttcaccaacattgactctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggta 500  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| |  ||  ||| ||  || ||  |||||||| ||||| |||  ||   | | ||    
T  4783612 cttgattttgaccaacgttgactctataaaccgtctctaaagctttgtagttaagaacttgataatccgtgttgtcaaaaccaggtaaattgataagata 4783513  T
Q  501 gttcgtgtcactgagattagtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
     |    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||    
T  4783512 atcttggtcactgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagc 4783441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 214 - 572
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4673192
Alignment:
Q  214 attccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttg 313  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||   |   |||  ||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  314 atacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcacc 413  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||| |||||||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcacccggtggaacttgactttcacc 4673033  T
Q  414 aacattgactctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggtagttcgtgtcactg 513  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||  |||||| ||||||  |||||||  |  |||||   ||  |||| || || | |||||||    
T  4673034 aacgttgactctataaaccatttccaaagctttttcgttatgaatttggtattccgtgttgtctaagtcaagtgatttcaaatgataatttgggtcactg 4673133  T
Q  514 agattagtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4673134 aggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaatttcgattccgttaatgaaagc 4673192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 124 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 4697241 - 4696796
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtggcatccattccataac 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||  ||    
T  4697241 tcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgac 4697142  T
Q  224 ttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactatt 323  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  || |     
T  4697141 ttcttgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttg 4697045  T
Q  324 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 423  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |   ||||| ||||||||||  |||| |||||||||    
T  4697044 tggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccagttacgaaacataccagtatcttggtttggtggaacttgattgccacccacattgact 4696945  T
Q  424 ctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggtagttcgtgtcactgagattagtgt 523  Q
    ||||||||| |||| ||  |||| || ||  ||| || ||| || ||||||||  |  |||||    |  |||| || || | ||||||||| || ||||    
T  4696944 ctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccctgttgtctaagtcaagtgatatcaaatgatattttgggtcactgaggtttgtgt 4696845  T
Q  524 aatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||    
T  4696844 aatagagaaaagaaggcattgacacaacttctattccgttaatgaaagc 4696796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 124 - 431
Target Start/End: Original strand, 4653564 - 4653868
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtggcatccattccataac 223  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  4653564 tcaaattcacaaaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataac 4653663  T
Q  224 ttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactatt 323  Q
    |||| ||||| | ||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||   || || || |||||||||||||       
T  4653664 ttctcgcagttaggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgat---ttacaaaatcacttgatacacttag 4653760  T
Q  324 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgact 423  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||| ||| |||||     ||||| ||||||||||||||||||| |||||     
T  4653761 tggatattgtttctctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacgaaacaaaccagtatctaggtttggtggaacttgattttcaccaacgttgaca 4653860  T
Q  424 ctataaac 431  Q
    ||||||||    
T  4653861 ctataaac 4653868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Original strand, 4672597 - 4672790
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4672597 taatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaacttataacatcagctctttcctcagccagagtgttagctataaaaatctgaaaggctctat 4672696  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacatt 194  Q
    |||||  ||   | ||   | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4672697 cacctgtattaatgataagcctgtcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4672790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 221 - 465
Target Start/End: Original strand, 4643848 - 4644089
Alignment:
Q  221 aacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacact 320  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||    | ||||| || ||||||| ||    
T  4643848 aacttcttgcagttaaataaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgatg---ttcataatcatttgatacgct 4643944  T
Q  321 atttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattg 420  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||||| |||||||| ||  |||||| |||    
T  4643945 tagcggatattgtttctccaagtaacgaggataatcattgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgaattcgaccaacgttg 4644044  T
Q  421 actctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtat 465  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||| ||||    
T  4644045 actctataaaccatctccaaagctttgtcattaagaatttggtat 4644089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 4643592 - 4643791
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| | | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  4643592 taatccttatgaacaggaaccaaacgagcaccactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctat 4643691  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    |||||| || | ||||   |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  4643692 cacctttatttgttatatccggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacattgaaatc 4643791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 507 - 572
Target Start/End: Original strand, 4644131 - 4644196
Alignment:
Q  507 gtcactgagattagtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||    
T  4644131 gtcactgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagc 4644196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 181
Target Start/End: Original strand, 4647570 - 4647625
Alignment:
Q  124 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaat 181  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  4647570 tcaaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 522 - 572
Target Start/End: Original strand, 4653935 - 4653985
Alignment:
Q  522 gtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||    
T  4653935 gtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcaattccattaatgaaagc 4653985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 4816438 - 4816386
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagc 53  Q
    ||||||||||||  |||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4816438 taatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccatatcacatcagc 4816386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 520 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 4845670 - 4845618
Alignment:
Q  520 gtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| | ||||||    
T  4845670 gtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaacgaaagc 4845618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 6e-91; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 18925916 - 18925348
Alignment:
Q  1 taatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcagctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctat 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||   ||||| | | | | | |||| ||||||||||| |||||||    
T  18925916 taatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaatgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctat 18925817  T
Q  101 caccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatc 200  Q
    |||||||||   ||||   |   |||||||| |||||||| || ||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18925816 caccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatc 18925717  T
Q  201 ctctgtggcatccattccataacttctggcagtaaagtaaacagcttctggtgcactgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcactt 300  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||||| |||||| |||| ||    |    
T  18925716 ctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattat---gt 18925620  T
Q  301 ccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggttgaa 400  Q
      | || || ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||| |||| || |||    
T  18925619 gtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcgttgtcccaataacgaaacatacctgtgtcattacttcgtggaa 18925520  T
Q  401 cttgattttcaccaacattgactctataaaccatctccaaatctttatcatttcgaatttcgtattcgctgttgtcagaaccaagtagctttgaatggta 500  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||| ||  |||| ||| | |  |||| |||||   |||| |||   ||||||| |||| |||| |     
T  18925519 cttgattatcaccaacgctgactctataaaccgtctctaacactttgtcactgctgattttgtatttcatgttttcaaggccaagtaactttaaatgatg 18925420  T
Q  501 gttcgtgtcactgagattagtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagc 572  Q
     || | |||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18925419 atttgagtcattgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatggacacgatctcaattccgttgatgaaagc 18925348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University