View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20474_high_4 (Length: 411)

Name: NF20474_high_4
Description: NF20474
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20474_high_4
NF20474_high_4
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (54-375)||(20581936-20582264)
chr2 (54-372)||(17781594-17781919)
chr2 (54-351)||(20562797-20563101)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 54 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 20582264 - 20581936
Alignment:
Q  54 gagagtttgtggtttggtgtgccaattgccacgtggccggtctatgcagagcaacaaattaatgcat-------ggttagggaattgggattagcggtgg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||||||||||| ||||    
T  20582264 gagagtttgtggtttggtgtgccaattgccacgtggccggtctatgcagagcaacaaatgaatgcattccagatggttagggaattgggattagcagtgg 20582165  T
Q  147 agattaggctggattatagggtgggtggggatctggtgttggcagaagaagttaagaatggtagtagtaccttgatgaacaatagtgatgagattaggag 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20582164 agattaggctggattatagggtgggtggggatctggtgttggcagaagaagttaagaatggtgttagtaccttgatgaacaatagtgatgagattaggag 20582065  T
Q  247 gaaggtaaaagaaatgagtgaaaagtgtaaggttagtttgatggagaatggatcatcttataccaaccttatgtctctgattcaagaattgacaaaatga 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20582064 gaaggtaaaagaaatgagtgaaaagtgtaaggttagtttgatggagaatggatcatcttataccaaccttatgtctctgattcaagaattgacaaaatga 20581965  T
Q  347 tcaacccatattagatatatcatttaatt 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20581964 tcaacccatattagatatatcatttaatt 20581936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 54 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 17781919 - 17781594
Alignment:
Q  54 gagagtttgtggtttggtgtgccaattgccacgtggccggtctatgcagagcaacaaattaatgc-------atggttagggaattgggattagcggtgg 146  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||       |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  17781919 gagagtttgtggtatggtgtgccaattgctacgtggccggtgtatgcagagcaacaaatgaacgcgtttcaaatggttagagaattgggattagcagtgg 17781820  T
Q  147 agattaggctggattatagggtgggtggggatctggtgttggcagaagaagttaagaatggtagtagtaccttgatgaacaatagtgatgagattaggag 246  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||   ||||||||||||| | ||||||  | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  17781819 agattaggttggattatcgtgtgggtggagatttggtacaggcagaagaagttgaaaatggtgttcgtacattgatgaaccttagtgatgagattaggag 17781720  T
Q  247 gaaggtaaaagaaatgagtgaaaagtgtaaggttagtttgatggagaatggatcatcttataccaaccttatgtctctgattcaagaattgacaaaatga 346  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||  |||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17781719 gaaggtaaaagatatgagagaaaagtgtagagttgctttgatggagaacggatcgtcttatactaaccttatgtctctgattcaagagttgacaaaatga 17781620  T
Q  347 tcaacccatattagatatatcattta 372  Q
    || |||| | ||||||||||| ||||    
T  17781619 tcgacccgtgttagatatatctttta 17781594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 54 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 20563101 - 20562797
Alignment:
Q  54 gagagtttgtggtttggtgtgccaattgccacgtggccggtctatgcagagcaacaaattaatgcat-------ggttagggaattgggattagcggtgg 146  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||       ||||||||||| |||| |||| ||||    
T  20563101 gagagtttgtggtatggtgtgccaattgccacgtggccagtttatgcggagcaacaaatgaatgcattcgagatggttagggaatcgggactagccgtgg 20563002  T
Q  147 agattaggctggattatagggtgggtggggatctggtgttggcagaagaagttaagaatggtagtagtaccttgatgaacaatagtgatgagattaggag 246  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20563001 agattaggttggattatagggtgggtggggatttggtgcaggcagaagaagtcaagaatggtgtaactaccttgatgaacaatagtcatgagattaggag 20562902  T
Q  247 gaaggtaaaagaaatgagtgaaaagtgtaaggttagtttgatggagaatggatcatcttataccaaccttatgtctctgattcaagaattgacaaaatga 346  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||| || |||||||||    
T  20562901 gaaggttaaagaaatgagtgaaaagtgtagatttgctttgatggataatggatcatcttatactaatcttgtatctctcattcaagagttaacaaaatga 20562802  T
Q  347 tcaac 351  Q
     ||||    
T  20562801 ccaac 20562797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University