View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20479_high_15 (Length: 537)
Name: NF20479_high_15
Description: NF20479
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20479_high_15 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 5686140 - 5685618
Alignment:
| Q |
1 |
ttaaggttggtctacttttaaaagaggtagaatatttaaatatataaaatatggtacaattttgtccaatataaatcaaaaccactcatttccaattatc |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5686140 |
ttaaggttggtctacttttaaaagagatagaatatttaagtatataaaatatggtacaattttgtccaatataaatcaaaaccactcatttccaattatc |
5686041 |
T |
|
| Q |
101 |
atctttcattattcacatggatgcatagtagcactatcattgtacaacataatataccactctttaataaaacatttggattatggttctagattcttac |
200 |
Q |
| |
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| T |
5686040 |
atctttcattattcacatggatgcatagtagcactatcattgtacaacataatataccactctttaataaaacatttggattatggttctaaattcttac |
5685941 |
T |
|
| Q |
201 |
atttccacacatttctgcatttggtctttctcattaacttggcccagacatatagtcttcactcttcagcaacttttgttcaagtattgaaataatattc |
300 |
Q |
| |
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| T |
5685940 |
atttccacacatttctgcatttggtctttctcattaacttggcccagacatatagtcttcactcttcagcaacttttgttcaagtattgaaataatattc |
5685841 |
T |
|
| Q |
301 |
atatcacactcatatattcataatagtacatttatagagcaattcaagggtagaaattacacactcaaaaattactagaaaatctctaagataacaatat |
400 |
Q |
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| T |
5685840 |
atatcacactcata-attcataatagtacatttatagagcaattcaagggtagaaattacacactcaaaaattactagaaaatctctaagataacaatat |
5685742 |
T |
|
| Q |
401 |
tcttgtatctattactaattacaaacatagcaataatgtatcaatannnnnnnngcttaagtcactacatatgtgacataatcatccccatatttagaga |
500 |
Q |
| |
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| T |
5685741 |
tcttgtatctattactaattacaaacatagcaataatgtatcaacattttttttgcttaagtcactacatatgtgacataatcatccccatatttagaga |
5685642 |
T |
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| Q |
501 |
actatactatatcataatcatagt |
524 |
Q |
| |
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| T |
5685641 |
actatactatatcataatcatagt |
5685618 |
T |
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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 42 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 5697881 - 5697709
Alignment:
| Q |
42 |
atataaaatatggtacaattttgtccaatataaatcaaaaccactcatttccaattatcatctttcattattcacatggatgcatagtagcactatcatt |
141 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
5697881 |
atataaaacatggtacaattttgtccaatataaatccaaaccactcatttccaattatcatctttcattattcacatggatgcatagtaacactatcatt |
5697782 |
T |
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| Q |
142 |
gtacaacat-aatataccactctttaataaaacatttggattatggttctagattcttacatttccacacatt |
213 |
Q |
| |
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| T |
5697781 |
gtacaacataaatttaccactctttaataaaacatttggattatggttctaaattcttacatttccacacatt |
5697709 |
T |
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