View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20481_low_2 (Length: 464)

Name: NF20481_low_2
Description: NF20481
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20481_low_2
NF20481_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-453)||(2460408-2460842)
chr5 (19-443)||(2449390-2449815)
chr5 (19-421)||(2444636-2445034)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Original strand, 2460408 - 2460842
Alignment:
Q  19 ggtttgtcacggatgctattggaattcatgccatgtttggcgcgtttgtttttggaattttggttccaaaagatggagcatttgccggtgctcttgtgga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2460408 ggtttgtcacggatgctattggaattcatgccatgtttggcgcgtttgtttttggaattttggttccaaaagatggagcatttgccggtgctcttgtgga 2460507  T
Q  119 gaaaatagaggatcttgtgtctggtctattactcccactttattttgtgtcaagtggattgaagaccgacatagctaccattcaggggctgcagtcatgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2460508 gaaaatagaggatcttgtgtctggtctattactcccactttattttgtgtcaagtggattgaagaccgacatagctaccattcaggggctgcagtcatgg 2460607  T
Q  219 ggtcttctagtttttgttacatttacggcttgttttgggaagattgtcgggactattgtagtgtctcttctatgtaaagtacctttcaacgagtctttag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2460608 ggtcttctagtttttgttacatttacggcttgttttgggaagattgtcgggactattgtagtgtctcttctatgtaaagtacctttcaacgagtctttag 2460707  T
Q  319 tgcttggattcttgatgaacagtaaaggcttggttgaattaattgtcctcaacatcggtaaagatagaaaggtatttgaattgattttcttgctctcatt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2460708 tgcttggattcttgatgaacagtaaaggcttggttgaattaattgtcctcaacatcggtaaagatagaaaggtatttgaattgattttcttgctctcatt 2460807  T
Q  419 attcatataattaatttaatatggtgcttgttcat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2460808 attcatataattaatttaatatggtgcttgttcat 2460842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 443
Target Start/End: Original strand, 2449390 - 2449815
Alignment:
Q  19 ggtttgtcacggatgctattggaattcatgccatgtttggcgcgtttgtttttggaattttggttccaaaagatggagcatttgccggtgctcttgtgga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2449390 ggtttgtcacggatgctattggaattcatgccatgtttggcgcgtttgtttttggaattttggttccaaaagatggagcgtttgccggtgctcttgtgga 2449489  T
Q  119 gaaaatagaggatcttgtgtctggtctattactcccactttattttgtgtcaagtggattgaagaccgacatagctaccattcaggggctgcagtcatgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449490 gaaaatagaggatcttgtgtctggtctattactcccactctattttgtgtctagtggattgaagaccgacatagctaccattcaggggctgcagtcatgg 2449589  T
Q  219 ggtcttctagtttttgttacatttacggcttgttttgggaagattgtcgggactattgtagtgtctcttctatgtaaagtacctttcaacgagtctttag 318  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449590 ggtcttctagttttcgttacatttacggcttgttttgggaagattgttgggactattgttgtgtctcttatatgtaaagtacctttcaacgagtctttag 2449689  T
Q  319 tgcttggattcttgatgaacagtaaaggcttggttgaattaattgtcctcaacatcggtaaagatagaaaggtatttgaattgattttcttgctctcatt 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  2449690 tgcttggattcttgatgaatagtaaaggcttggttgaattaattgtcctcaacattggtaaagatagaaaggtatttgagtttattttcttgctctcatt 2449789  T
Q  419 attcatat-aattaatttaatatggt 443  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||    
T  2449790 attcctataaattaatttaatatggt 2449815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 421
Target Start/End: Original strand, 2444636 - 2445034
Alignment:
Q  19 ggtttgtcacggatgctattggaattcatgccatgtttggcgcgtttgtttttggaattttggttccaaaagatggagcatttgccggtgctcttgtgga 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  2444636 ggtttgtcacagatgctattggaattcatgccatgtttggcgcttttgtttttggaattttggttccaaaagacggaccattttctggtgctcttgtgga 2444735  T
Q  119 gaaaatagaggatcttgtgtctggtctattactcccactttattttgtgtcaagtggattgaagaccgacatagctaccattcaggggctgcagtcatgg 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  2444736 gaaaatagaggatcttgtctctggtttattgctcccactttattttgtgtcaagtggattgaagaccaacattgctaccattcaggggctgcaatcttgg 2444835  T
Q  219 ggtcttctagtttttgttacatttacggcttgttttgggaagattgtcgggactattgtagtgtctcttctatgtaaagtacctttcaacgagtctttag 318  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  2444836 ggtcttctcgtttttgtcacatttactgcttgttttgggaagattgttgggactattgttgtgtctcttttatgtaaagtgtcttttaatgagtctttag 2444935  T
Q  319 tgcttggattcttgatgaacagtaaaggcttggttgaattaattgtcctcaacatcggtaaagatagaaaggtatttgaattgattttcttgctctcatt 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||| |    
T  2444936 tgcttggattcttgatgaatagtaaaggcttggttgaattaattgtcctcaacattggtaaagatcgaaaggtatttgaatt----ttcttgctctcact 2445031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University