View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20483_high_2 (Length: 693)

Name: NF20483_high_2
Description: NF20483
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20483_high_2
NF20483_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-676)||(6351938-6352611)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 676
Target Start/End: Original strand, 6351938 - 6352611
Alignment:
Q  1 gtgtagctaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatggaaagtggagtatgta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351938 gtgtaactaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatggaaagtggagtatgta 6352037  T
Q  101 atcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattacatttttgacaaattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6352038 atcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattacatttttgacaa-ttg 6352136  T
Q  201 accattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatatgttgcattttattacaaatgacagaattattatttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352137 accattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatagtttgcattttattacaaatgacagaattattatttga 6352236  T
Q  301 cgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcactgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgagaagtatacaagccat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352237 cgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcagtgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgagaagtatacaagccat 6352336  T
Q  401 tgcacctagggatccacgagtgtttgctttgtggcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgacatcaaatttttggt 500  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352337 tgcacctagggatccacgagcgcttgctttgttgcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgacatcaaatttttggt 6352436  T
Q  501 aaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatatnnnnnnnnttaaatcgaggctttaattgcggtgatagactgcaatttaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  6352437 aaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatataaaaaaaattaaatcgaggctttaattgcggtcat-gactgcaatttaa 6352535  T
Q  601 aaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcggttggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagt 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352536 aaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcgggtggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagt 6352611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University