View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20485_low_2 (Length: 723)

Name: NF20485_low_2
Description: NF20485
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20485_low_2
NF20485_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-723)||(2788171-2788877)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 723
Target Start/End: Original strand, 2788171 - 2788877
Alignment:
Q  14 atgaacatgaagatctttgcaatgtgttcatgatgaattgaatttttccttgttctttggatatgtttgtgtaacactttttccttcaacaattgttttc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788171 atgaacatgaagatctttgcaatgtgttcatgatgaattgaatttttccttgttctttggatatgtttgtgtaacactttttccttcaacaattgttttc 2788270  T
Q  114 aacttgatcatataagtctttttgatttggagagagaaattaggtatagttctggataacaaattgttttgtttggttttaacttttaagattatggtca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788271 aacttgatcatataagtctttttgatttggagagagaaattaggtatagttctggataacaaattgttttgtttggttttaacttttaagattatggtca 2788370  T
Q  214 ccattcatttagcttttaaatgcaaatatagtaaataaaaatttcaaattatgtcttatccgtacaatttgactgattannnnnnnnnnnngaggtgaat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  2788371 ccattcatttagcttttaaatgcaaatatagtaaataaaattttcaaattatgtcttatccgtacaatttgactgattatttttcttttttgaggtgaat 2788470  T
Q  314 ttgactgattcttgattgttgcaatatcttgaatgcaacatgtggatgtggtgttatactataaaaagataatgctatattttagcatgtataatataat 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || | |  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2788471 ttgactgattcttgattgttgcaatatcttgaatgcaacatgtgg---tgttatactactataaaaagatgatgctatattttagcttgtataatataat 2788567  T
Q  414 aataggcataacacactcataaccacaaatctagacgcttgtggttagggaattcaaacattcatgaataagcgaattatgattgtctaattaagatcaa 513  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  2788568 aatagacataacacactcataaccacaaatttagacgcttgtggttagggaattcaaacattcataaataagcgaatcatgaccgtctaattaagatcaa 2788667  T
Q  514 actatgagattttggagatttttatacatctttaaatatcgtttatctatattataaattgagttatataatcttgaatgaatggtctagatttgtaact 613  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788668 actatgagattttggggatttttatacacctttaaatattgtttatctatattataaattgagtcatataatcttgaatgaatggtctagatttgtaact 2788767  T
Q  614 gtttgaatgatgaaattttttaaagctaaaaattcatattctataaccactatacgtatctctgattacattaagattcatttaggggattgactctttt 713  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2788768 gtttgaatgatgaaattttttaaaccaaacaattcatattctataaccactatacgtatctctgactacattaagattcatttacgggattgactctttt 2788867  T
Q  714 gacatgtgtt 723  Q
    ||||| ||||    
T  2788868 gacatatgtt 2788877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University