View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20487_low_5 (Length: 425)

Name: NF20487_low_5
Description: NF20487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20487_low_5
NF20487_low_5
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-414)||(1541214-1541627)
chr7 (27-414)||(1604389-1604776)
chr7 (27-414)||(1106002-1106389)
chr7 (25-414)||(1088653-1089042)
chr7 (16-414)||(1596059-1596457)
chr7 (1-414)||(1557153-1557571)
chr7 (26-414)||(1550473-1550861)
chr7 (27-414)||(2321195-2321582)
chr7 (26-414)||(3955231-3955619)
chr7 (27-414)||(2329693-2330080)
chr7 (27-414)||(2337592-2337979)
chr7 (26-256)||(3852663-3852893)
chr7 (246-414)||(30792308-30792477)
chr7 (246-414)||(9532045-9532212)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (6-414)||(18738990-18739398)
chr8 (6-414)||(18743954-18744362)
chr8 (6-414)||(18748915-18749323)
chr8 (6-414)||(18723263-18723671)
chr8 (386-414)||(18732996-18733024)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (25-414)||(888-1277)
scaffold0491 (6-414)||(5756-6164)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (258-413)||(36620613-36620768)
chr5 (258-413)||(39102236-39102391)
chr5 (258-413)||(8873042-8873198)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (246-413)||(19250411-19250577)
chr1 (258-413)||(41668796-41668951)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (261-413)||(42977725-42977877)
chr4 (258-413)||(48712381-48712535)
chr4 (246-413)||(54122926-54123093)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (261-413)||(31658025-31658177)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (258-413)||(1257819-1257974)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 1541214 - 1541627
Alignment:
Q  1 ataagaaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541214 ataagaaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagaaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcg 1541313  T
Q  101 agcagtgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatga 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541314 agctgtgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcaatgcactattggagcagtgcaatcatga 1541413  T
Q  201 tgaagatatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541414 tgaagatatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaata 1541513  T
Q  301 agcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541514 agcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataa 1541613  T
Q  401 tattctcacttcat 414  Q
    ||||||||||||||    
T  1541614 tattctcacttcat 1541627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 1604776 - 1604389
Alignment:
Q  27 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  1604776 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaattatattgaaggagtcgagctgtgccaaagtcacaaacactag 1604677  T
Q  127 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 226  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604676 cctgccactcatagtttagcaatatattgctactagatacatctctatgcatgattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 1604577  T
Q  227 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatag 326  Q
    |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  1604576 tcctttaatagtgttaaccctttttctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatag 1604477  T
Q  327 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1604476 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattttcacttcat 1604389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 27 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 1106389 - 1106002
Alignment:
Q  27 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |    
T  1106389 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactattgttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctgtgccaaagtcagcgacactgg 1106290  T
Q  127 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1106289 cctgccactcagagtttagcaagatattgctactagatacatctctatgcacgattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 1106190  T
Q  227 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatag 326  Q
    |||||||| |||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  1106189 tcctttaatagtgttaacccttgttctccaattgaattccacggcttctacatcatcatacaagatagagaacaggcttcctttctccatgtactgatag 1106090  T
Q  327 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1106089 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 1106002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 25 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 1089042 - 1088653
Alignment:
Q  25 ttaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacact 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||    
T  1089042 ttaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactattgttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctgtgccaaagtccgcgacact 1088943  T
Q  125 agcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgca 224  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  1088942 ggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcggtgcaatcaggatgaagataagatagagcaaatgca 1088843  T
Q  225 actcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 324  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1088842 actcctttaacagtgttaaccctttttctccaattgaattccacagcttctacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgat 1088743  T
Q  325 agatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1088742 agatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtttgtgctttatttctgataatattctcacttcat 1088653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 16 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 1596457 - 1596059
Alignment:
Q  16 tatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtc 115  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  1596457 tatcaatgactaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgatttgatgaatcatattgaaggagtcgggatgtgccaaagtc 1596358  T
Q  116 agacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaaga 215  Q
    | | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  1596357 acaaacactagcatgccattcagagtttagtaagatattgctactagatacatctctatgcactattggagtagtgcattcatgatgaagatatgaaaga 1596258  T
Q  216 gcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctcca 315  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  1596257 gcaaatgcaattcctttaacagtgttaacccttgttctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaacaggcttcctttctcca 1596158  T
Q  316 tgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596157 tgtactgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 1596059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 1557153 - 1557571
Alignment:
Q  1 ataagaaagaaagaatatcaaagattaat-----ttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaagg 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1557153 ataagaaagaaagaatatcaaagattaatataatttaccaggagcaatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaagg 1557252  T
Q  96 agtcgagcagtgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaat 195  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1557253 agtcgagctgtgccaaagtcacaaacactagcctgccactcagagttaacaaatatattgctactagatacatctctatgcactattggagcattgcaat 1557352  T
Q  196 catgatgaagatatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacaga 295  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  1557353 catgatgaagataagatagagcaaatgcaactcctttaacagtgttaaccctttttctccaattgaattccacagcttccacatcatcatacaagacaga 1557452  T
Q  296 gaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttct 395  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  1557453 gaacaagcttcctttctccatgtattgatatatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacgatatgtttgtgctttatttct 1557552  T
Q  396 gataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||||||||||    
T  1557553 gataatattctcacttcat 1557571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 26 - 414
Target Start/End: Original strand, 1550473 - 1550861
Alignment:
Q  26 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacacta 125  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1550473 taatttaccgggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggaatcgagctgtgccaaagtcagagacacta 1550572  T
Q  126 gcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 225  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1550573 gccttccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtacaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 1550672  T
Q  226 ctcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgata 325  Q
     ||||||||||||| | | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  1550673 ttcctttaacagtgctaatcctttttctccaattgaattccacagcttctacatcgtcatacaagacagtgaacaagcttcctctctccatgtactgata 1550772  T
Q  326 gatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  1550773 gatcaaaaacatgattctcttgtgcaagcagaatccatgaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgtcaatattctcacttcat 1550861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 27 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2321582 - 2321195
Alignment:
Q  27 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  2321582 aatttaccaggagctatatatccaatggttccagcaactatagttcggtttgatgaatcatattgaaggagtcgagctgttccaaagtcagaaacactag 2321483  T
Q  127 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 226  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||  |||| |||||    
T  2321482 gatgccactcagagtttagcaagatattgctggtagatacatctctgtgcactattggaggggtacaatcatgatgaagatatgataggccaaaggcaac 2321383  T
Q  227 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatag 326  Q
     |||||||||   || | |||||| ||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||    
T  2321382 ccctttaacaacattaagcctttttctccaattgaattccatggcctctgcatcatcatacaagacggagaacaaacttcctctctccatgtaatggtag 2321283  T
Q  327 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321282 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatttcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 2321195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 26 - 414
Target Start/End: Original strand, 3955231 - 3955619
Alignment:
Q  26 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacacta 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  3955231 taatttaccaggagctatatatccaatagttccaccaactattgtttgattagatgaatcatattgaaggagtcgagctatgccaaagtcagaaacacta 3955330  T
Q  126 gcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 225  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  3955331 ggctgccattctgagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagaggtgaaatcatgatgaagatatgatagagcagatgcaa 3955430  T
Q  226 ctcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgata 325  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||| | |||||  | |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||| || |||||    
T  3955431 ctcctttaatggtgttaacccttttcctccaatcgaattttatggcttcgacatcatcatgcaagacggagaacaagcttcctttttccatatactgata 3955530  T
Q  326 gatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3955531 gatcaaaaacataactcttttatgcaaacaaaatccataaagcttcacaatatttctgtgctttatttctgataatattttcacttcat 3955619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 27 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2330080 - 2329693
Alignment:
Q  27 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  2330080 aatttacctggagctatatatccaattgttccaacaactatagttcgattcgatgaatcatattgaaggagtcgagatgtgccaaagtcagaaacactag 2329981  T
Q  127 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 226  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2329980 gcttccactcagagtttagcaagatattgcccgtagatacatctctatgcacaatggcaggggtgcaatcatgatgaagatatgatagaccaaatgcaac 2329881  T
Q  227 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatag 326  Q
     ||||||| |   || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||    
T  2329880 acctttaataacattaaccctttttctccaattgaattccacggcttcaccttcatcatacaagacagagaacaagctacctttctccatgtactcgtag 2329781  T
Q  327 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||||||||| |||| |  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2329780 atcaaaaacatgattcttctgtggagacagaatccataaagcttcacgatatgccggtgctttatatctgataatattctcacttcat 2329693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 27 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2337979 - 2337592
Alignment:
Q  27 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||    
T  2337979 aatttacctggagctatatatccaattgttccaacaactatagttcgatttgatgaatcatattgaaggattcgagatgtgccaaagtcagaaacactag 2337880  T
Q  127 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 226  Q
     || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2337879 gcttccactccgagtttagcaagatattgccagtagatacatctctatgcacaatggcaggggtgcaatcatgatgaagatatgatagaccaaatgcaac 2337780  T
Q  227 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatag 326  Q
     ||||||| |   || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||    
T  2337779 acctttaataacattaaccctttttctccaattgaattccacggcttcaacttcatcatacaagccagagaacaagctacctttctccatgtactcgtag 2337680  T
Q  327 atcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||||||||| |||| |  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  2337679 atcaaaaacatgattcttctgtggagacagaatccataaagcttcacgatatgtcggtgctttatatctgataatattttcacttcat 2337592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 26 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 3852893 - 3852663
Alignment:
Q  26 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacacta 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||    
T  3852893 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactattgttcgattggatgaatcacattgaaggagtcgagctataccaaagtcagaaacacta 3852794  T
Q  126 gcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 225  Q
    | |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  3852793 ggctgccattccgagtttagaaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggaaaggtgaaatcatgatgaagatatgatagagcagatgcaa 3852694  T
Q  226 ctcctttaacagtgttgacccttttcctcca 256  Q
    ||||||||||| |||| | |||||| |||||    
T  3852693 ctcctttaacaatgttaatcctttttctcca 3852663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 246 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 30792477 - 30792308
Alignment:
Q  246 cttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattc-tt 344  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  30792477 ctttttctccaattgaatttcacaacttctacatcatcatacaaaacaaagaactagcttcttttctctacgtattgatagatcaaaaacacgattcttt 30792378  T
Q  345 ttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30792377 ttgtgcaagcagaatctataaagcttaacaatatttatgtgctttatttatgataatattctcacttcat 30792308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 246 - 414
Target Start/End: Original strand, 9532045 - 9532212
Alignment:
Q  246 cttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttt 345  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |  ||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9532045 ctttttctccaattgaattccacaacttctacatcatcatacaaaaacgagaacaaacttcctttctc-acgtattgatagatcaaaaacatgattcttt 9532143  T
Q  346 tgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    ||| ||| || |||||||||||||| ||||||| |  ||| ||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  9532144 tgtacaatcataatccataaagcttaacaatatttatgtgatttattttttataatattctcgcttcat 9532212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 414
Target Start/End: Original strand, 18738990 - 18739398
Alignment:
Q  6 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 105  Q
    ||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  18738990 aaagaaaaaatagcaatggttaatttacctggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagccgagcta 18739089  T
Q  106 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 205  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739090 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18739189  T
Q  206 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 305  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18739190 atatgaaaaagcaaatgcaactcctttaatagtgttaacccttttcctccacttgaattccacgacttttacatcatcatacaagacagagaacaagctt 18739289  T
Q  306 cctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 405  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739290 cctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 18739389  T
Q  406 tcacttcat 414  Q
    |||||||||    
T  18739390 tcacttcat 18739398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 414
Target Start/End: Original strand, 18743954 - 18744362
Alignment:
Q  6 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 105  Q
    ||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  18743954 aaagaaaaaatagcaatggttaatttacctggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagccgagcta 18744053  T
Q  106 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 205  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744054 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18744153  T
Q  206 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 305  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18744154 atatgaaaaagcaaatgcaactcctttaatagtgttaacccttttcctccacttgaattccacgacttttacatcatcatacaagacagagaacaagctt 18744253  T
Q  306 cctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 405  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744254 cctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 18744353  T
Q  406 tcacttcat 414  Q
    |||||||||    
T  18744354 tcacttcat 18744362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 414
Target Start/End: Original strand, 18748915 - 18749323
Alignment:
Q  6 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 105  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18748915 aaagaaaaaatatcaatggttaatttacccggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctg 18749014  T
Q  106 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 205  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749015 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18749114  T
Q  206 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749115 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaatagtgttaactctttttctccacttgaattccatggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 18749214  T
Q  306 cctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 405  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||    
T  18749215 cctctatccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtttgtgctttatttctgttaaaattc 18749314  T
Q  406 tcacttcat 414  Q
    |||||||||    
T  18749315 tcacttcat 18749323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 6 - 414
Target Start/End: Original strand, 18723263 - 18723671
Alignment:
Q  6 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 105  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18723263 aaagaaaaaatatcaatggttaatttacccggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctg 18723362  T
Q  106 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 205  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723363 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18723462  T
Q  206 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723463 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaatagtgttaactctttttctccacttgaatttcatggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 18723562  T
Q  306 cctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 405  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||| ||||    
T  18723563 cctctatccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcactatatgtttgtgctttatttctgttaaaattc 18723662  T
Q  406 tcacttcat 414  Q
    |||||||||    
T  18723663 tcacttcat 18723671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 386 - 414
Target Start/End: Original strand, 18732996 - 18733024
Alignment:
Q  386 ctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18732996 ctttatttctgataatattctcacttcat 18733024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 414
Target Start/End: Original strand, 888 - 1277
Alignment:
Q  25 ttaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacact 124  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||| | |||||    
T  888 ttaatttacctggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagccgagctatgccgaagtcacaaacact 987  T
Q  125 agcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgca 224  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  988 ggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaaaagcaaatgca 1087  T
Q  225 actcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 324  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1088 actcctttaatagtgttaacccttttcctccacttgaattccacgacttttacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgat 1187  T
Q  325 agatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1188 agatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcat 1277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 6 - 414
Target Start/End: Original strand, 5756 - 6164
Alignment:
Q  6 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 105  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5756 aaagaaaaaatatcaatggttaatttacccggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctg 5855  T
Q  106 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 205  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5856 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 5955  T
Q  206 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5956 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaatagtgttaactctttttctccacttgaattgcagggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 6055  T
Q  306 cctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattc 405  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||| ||||    
T  6056 cctctatccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaaaccataaagcttcacgatatgtttgtgctttatttctgttaaaattc 6155  T
Q  406 tcacttcat 414  Q
    |||||||||    
T  6156 tcacttcat 6164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 36620768 - 36620613
Alignment:
Q  258 ttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 357  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36620768 ttgaattccacagcttctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttctcttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 36620669  T
Q  358 atccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    ||||||||||||| ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36620668 atccataaagcttaacaatatttatctgctttatttttgataatattctcacttca 36620613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Original strand, 39102236 - 39102391
Alignment:
Q  258 ttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 357  Q
    |||||||||||  |||||| ||| |||||||| || ||||| || ||| |||| | |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39102236 ttgaattccacaacttctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttctcttttcatgtattgatatattaaaaacatgcttcttttgtgcaagcaaa 39102335  T
Q  358 atccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    ||||||||||||| ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39102336 atccataaagcttaacaatatttatctgctttatttttgataatattctcacttca 39102391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Original strand, 8873042 - 8873198
Alignment:
Q  258 ttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagc-aa 356  Q
    |||||||||||  |||||| ||| |||||||| |  ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8873042 ttgaattccacatcttctaaatcctcatacaaaatcgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 8873141  T
Q  357 aatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    |||||||||||||| | ||||| |   |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  8873142 aatccataaagcttaataatatttatctgctttattttttataatattctcacttca 8873198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 246 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 19250577 - 19250411
Alignment:
Q  246 cttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttt 345  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19250577 ctttttctccaattgaattccacaacttctacatcatcatacaaaaccgagaacaagcttcatttttc-atgtattgatagatcaaaaacatgattcttt 19250479  T
Q  346 tgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  ||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  19250478 tgtgcaagcagaatccataaagcttaacaatatttatgtgttttatatatgataatattctcacttca 19250411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Original strand, 41668796 - 41668951
Alignment:
Q  258 ttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 357  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  41668796 ttgaattccacagcttctaaatcctcatacaaaactgagaacaaactttcttttttcatgtatcgatagattaaaaacattattcttttgtgcaagcaaa 41668895  T
Q  358 atccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    ||||||||||||| ||||||| |   |||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  41668896 atccataaagcttaacaatatttatctgctttattttttataatattttcacttca 41668951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 261 - 413
Target Start/End: Original strand, 42977725 - 42977877
Alignment:
Q  261 aattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatc 360  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42977725 aattccacagcttctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatc 42977824  T
Q  361 cataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    |||||||||| ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42977825 cataaagcttaacaatatttatctgctttatttttgataatattctcacttca 42977877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Original strand, 48712381 - 48712535
Alignment:
Q  258 ttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 357  Q
    |||||||||||  |||||| ||| |||||||| |  ||||| || ||| || | | |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  48712381 ttgaattccacaacttctaaatcctcatacaaaatcgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattgaaaatatgattcttttgtgcaagcaaa 48712480  T
Q  358 atccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    ||||||||||||| ||||||| |   || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  48712481 atccataaagcttaacaatatttatctg-tttatttttgataatattctcacttca 48712535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 246 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 54123093 - 54122926
Alignment:
Q  246 cttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttt 345  Q
    |||||||| || |||||||||||  |||||| |||  ||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  54123093 cttttcctgcaattgaattccacatcttctaaatccgcatacaaaactgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttt 54122994  T
Q  346 tgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |  |||| |   |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  54122993 tgtgcaagcaaaatatataaagcttaaagatatttatctgctttattttttataatattctcacttca 54122926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 261 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 31658177 - 31658025
Alignment:
Q  261 aattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatc 360  Q
    ||||| || ||||||| ||| ||||| || || ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31658177 aattctacagcttctaaatcctcatataaaaccgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatc 31658078  T
Q  361 cataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    |||||||||| ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31658077 cataaagcttaacaatatttatctgctttatttttgataatattctcacttca 31658025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 258 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 1257974 - 1257819
Alignment:
Q  258 ttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaa 357  Q
    ||||||||| | ||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1257974 ttgaattcctcagcttctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaaacaaa 1257875  T
Q  358 atccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 413  Q
    || ||||||| || ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1257874 attcataaagtttaacaatatttatctgctttatttttgataatattctcacttca 1257819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University