View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2048_low_2 (Length: 449)

Name: NF2048_low_2
Description: NF2048
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2048_low_2
NF2048_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-431)||(10239313-10239725)
chr5 (19-425)||(10230539-10230945)
chr5 (19-425)||(10254880-10255286)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 10239725 - 10239313
Alignment:
Q  19 aaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239725 aaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagc 10239626  T
Q  119 cgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239625 cgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcgg 10239526  T
Q  219 cacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239525 cacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccg 10239426  T
Q  319 tctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcggccgttatgattttaacggcaaactc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10239425 tctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaataggccgttatgattttaacggcaaactc 10239326  T
Q  419 ttcatgaagatga 431  Q
    |||||||| ||||    
T  10239325 ttcatgaatatga 10239313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 10230945 - 10230539
Alignment:
Q  19 aaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagc 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  10230945 aaacccacagttccttccacgtggaccctaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgccattacaatctcaaacgggaaagccacactatgtagc 10230846  T
Q  119 cgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcgg 218  Q
    ||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10230845 cgttatgtaaaaacctacaagtacaaaattgaaaacaaagctggtcaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattgctttagcgg 10230746  T
Q  219 cacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccg 318  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  10230745 cacgtggatccgtggttgtagcacgggtgttaaccggtcagtataacccatctaacggcattggattggtcaacacaagtttagctctgtttggtaaccg 10230646  T
Q  319 tctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcggccgttatgattttaacggcaaactc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10230645 tctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaagtcaaactaacaccaaacggtgacatccaaacaatgggccgttatgatttcaacggcaaactc 10230546  T
Q  419 ttcatga 425  Q
    || ||||    
T  10230545 ttgatga 10230539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Original strand, 10254880 - 10255286
Alignment:
Q  19 aaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagc 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10254880 aaacccacagttccttccacgtggaccctaccacctcttcgacggtgatggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagc 10254979  T
Q  119 cgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcgg 218  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |    
T  10254980 cgttacgttcaaacttacaaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctg 10255079  T
Q  219 cacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccg 318  Q
    ||||||| || ||  | | |||||||||  || |||| || || |||||   |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||      
T  10255080 cacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtcatatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaa 10255179  T
Q  319 tctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcggccgttatgattttaacggcaaactc 418  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10255180 actttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaacaattggccgttatgattttaacggtaaactc 10255279  T
Q  419 ttcatga 425  Q
    | |||||    
T  10255280 tccatga 10255286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University