View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20491_high_1 (Length: 607)

Name: NF20491_high_1
Description: NF20491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20491_high_1
NF20491_high_1
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (18-596)||(53065514-53066092)
chr3 (18-586)||(53331239-53331806)
chr3 (18-586)||(53334923-53335490)
chr3 (18-586)||(53338600-53339167)
chr3 (43-265)||(53072652-53072871)
chr3 (231-361)||(53356799-53356929)
chr3 (18-145)||(53363565-53363693)
chr3 (498-564)||(53072963-53073028)
chr3 (383-442)||(53072870-53072929)
chr3 (43-100)||(53331782-53331839)
chr3 (43-100)||(53335466-53335523)
chr3 (43-100)||(53339143-53339200)
chr3 (43-100)||(53363669-53363726)
chr3 (48-96)||(53356946-53356994)
chr3 (43-100)||(53065481-53065538)
chr3 (186-238)||(53363511-53363566)
chr3 (524-564)||(53066074-53066114)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 596
Target Start/End: Original strand, 53065514 - 53066092
Alignment:
Q  18 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctctttccctttctcaagacg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53065514 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaatttatcagtaacagctcctctttccttttctcaagacg 53065613  T
Q  118 ctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgctccttgaagagttcagcaaactctttctcatgcttcaagtatgcatgctgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  53065614 ctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttccttttctcttcatgctccttgaagagttcagcaaactctttctcatgcttcaagtatgcatgctga 53065713  T
Q  218 tagagagacattgatcctaaataattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggcataattggacacc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53065714 tagagagacattgatcctaaataattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggtataattggacacc 53065813  T
Q  318 acttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaagaaacaaccataagctgcggttatttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  53065814 acttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaagaaacaaccataagctgaggttatttga 53065913  T
Q  418 tcaaatgcaaaaacagcagagagagttaccttccaacgtctttgcgtaaatcgggcatttggtttcttttggcttctcaccatcataaagaagctctcca 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53065914 tcaaatgcaaacacagcagagagagttaccttccaacgtctttgcgtaaatcgggcatttgatttcttttggcttctcaccatcataaagaagctctcca 53066013  T
Q  518 tcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctactctctgctcct 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  53066014 tcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctactttttgctcct 53066092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 53331806 - 53331239
Alignment:
Q  18 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttt-ccctttctcaagac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  53331806 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttttccctttcccaagac 53331707  T
Q  117 gctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgctccttgaagagttcagcaaactctttctcatgcttcaagtatgcatgctg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53331706 gctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgcttcttgaagagttcagcaaactttttctcatgcttcaagtatgcatgctg 53331607  T
Q  217 ttagagagacattgatcctaaataattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggcataattggacac 316  Q
    |||||||||     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53331606 ttagagaga-----atcctaaagaattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggtataattggacac 53331512  T
Q  317 cacttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaagaaacaaccataagctgcggttatttg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  53331511 cacttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaataaacaaccataagctgaggttatttg 53331412  T
Q  417 atcaaatgcaaaaacag---cagagagagttaccttccaacgtctttgcgtaaatcgggcatttggtttcttttggcttctcaccatcataaagaagctc 513  Q
    | |||||||||  | ||    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  53331411 accaaatgcaagcagagagagagagagagttacctttcaatgtctctgcgtaaaccgggcattcgaattcttttggcttctcaccatcataaagcagatc 53331312  T
Q  514 tccatcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctact 586  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53331311 tccctcggtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctact 53331239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 53335490 - 53334923
Alignment:
Q  18 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttt-ccctttctcaagac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  53335490 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttttccctttcccaagac 53335391  T
Q  117 gctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgctccttgaagagttcagcaaactctttctcatgcttcaagtatgcatgctg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53335390 gctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgcttcttgaagagttcagcaaactttttctcatgcttcaagtatgcatgctg 53335291  T
Q  217 ttagagagacattgatcctaaataattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggcataattggacac 316  Q
    |||||||||     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53335290 ttagagaga-----atcctaaagaattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggtataattggacac 53335196  T
Q  317 cacttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaagaaacaaccataagctgcggttatttg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  53335195 cacttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaataaacaaccataagctgaggttatttg 53335096  T
Q  417 atcaaatgcaaaaacag---cagagagagttaccttccaacgtctttgcgtaaatcgggcatttggtttcttttggcttctcaccatcataaagaagctc 513  Q
    | |||||||||  | ||    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  53335095 accaaatgcaagcagagagagagagagagttacctttcaatgtctctgcgtaaaccgggcattcgaattcttttggcttctcaccatcataaagcagatc 53334996  T
Q  514 tccatcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctact 586  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53334995 tccctcggtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctact 53334923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 53339167 - 53338600
Alignment:
Q  18 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttt-ccctttctcaagac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  53339167 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttttccctttcccaagac 53339068  T
Q  117 gctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgctccttgaagagttcagcaaactctttctcatgcttcaagtatgcatgctg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53339067 gctctttttcttcttcaatcagcatccaccgcttctttttctcttcatgcttcttgaagagttcagcaaactttttctcatgcttcaagtatgcatgctg 53338968  T
Q  217 ttagagagacattgatcctaaataattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggcataattggacac 316  Q
    |||||||||     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53338967 ttagagaga-----atcctaaagaattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggtataattggacac 53338873  T
Q  317 cacttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaagaaacaaccataagctgcggttatttg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  53338872 cacttgaggtctattgtatctatatctttcagcttgttatagactgtttattattccatatgaaacaagagaataaacaaccataagctgaggttatttg 53338773  T
Q  417 atcaaatgcaaaaacag---cagagagagttaccttccaacgtctttgcgtaaatcgggcatttggtttcttttggcttctcaccatcataaagaagctc 513  Q
    | |||||||||  | ||    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  53338772 accaaatgcaagcagagagagagagagagttacctttcaatgtctctgcgtaaaccgggcattcgaattcttttggcttctcaccatcataaagcagatc 53338673  T
Q  514 tccatcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctact 586  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53338672 tccctcggtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaagatcctcctttgtgctttctact 53338600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 43 - 265
Target Start/End: Original strand, 53072652 - 53072871
Alignment:
Q  43 attctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctctttccctttctcaagacgctctttttcttcttcaatcagcatc 142  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  53072652 attctctggccaagagcatagcataacatggtttcaacctatcagtaactgctcctctttccctttttcaagacgctacttttcttcttcaatcagcatc 53072751  T
Q  143 caccgcttctttttctcttcatgctccttgaagagttcagcaaactctttctcatgcttcaagtatgcatgctgttagagagacattgatcctaaataat 242  Q
    |   ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  53072752 c---gcttcttttcctctgcatgcttcttgaagagttcagcaaaccttttctcatgctccaagtatgcatgctgttagagagacattgatcctaaagaat 53072848  T
Q  243 taaaatatgcacatagaaactaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  53072849 taaaatatgcacatagaaactaa 53072871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 231 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 53356929 - 53356799
Alignment:
Q  231 atcctaaataattaaaatatgcacatagaaactaaatttatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggcataattggacaccacttgaggtctat 330  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53356929 atcctaaagaattaaaatatgcacatagaaactaaattcatgaaagtttaagagaaaaacttgccttatcgggtataattggacaccacttgaggtctat 53356830  T
Q  331 tgtatctatatctttcagcttgttatagact 361  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53356829 tgtatctatatctttcagcttattatagact 53356799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 53363693 - 53363565
Alignment:
Q  18 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctc-tttccctttctcaagac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  53363693 tcaacctatcagtaactgctcctctattctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacttatcagtaacagctcctcttttccctttcccaagac 53363594  T
Q  117 gctctttttcttcttcaatcagcatccac 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53363593 gctctttttcttcttcaatcagcatccac 53363565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 498 - 564
Target Start/End: Original strand, 53072963 - 53073028
Alignment:
Q  498 catcataaagaagctctccatcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaag 564  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53072963 catcataaaga-gctctccctcagtactttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaag 53073028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 383 - 442
Target Start/End: Original strand, 53072870 - 53072929
Alignment:
Q  383 aagagaagaaacaaccataagctgcggttatttgatcaaatgcaaaaacagcagagagag 442  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53072870 aagagaagaaacaaccataagctgaggttatttgatcaaatgcaaacacagcagagagag 53072929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 53331839 - 53331782
Alignment:
Q  43 attctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  53331839 attctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacctatcagtaactgctcctct 53331782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 53335523 - 53335466
Alignment:
Q  43 attctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  53335523 attctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacctatcagtaactgctcctct 53335466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 53339200 - 53339143
Alignment:
Q  43 attctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  53339200 attctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacctatcagtaactgctcctct 53339143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 53363726 - 53363669
Alignment:
Q  43 attctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  53363726 attctcaggccaagagcatagcataacatggtttcaacctatcagtaactgctcctct 53363669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 53356994 - 53356946
Alignment:
Q  48 caggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctc 96  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  53356994 caggcaaagagcatagcataacatggtttcaacctatcagtaacagctc 53356946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Original strand, 53065481 - 53065538
Alignment:
Q  43 attctcaggccaagagcatagcataatatggtttcaacttatcagtaacagctcctct 100  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  53065481 attctctggcaaagagcatagcataacatggtctcaacctatcagtaactgctcctct 53065538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 186 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 53363566 - 53363511
Alignment:
Q  186 actctttctcatgcttcaagtatgcatgct---gttagagagacattgatcctaaa 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||||||||||    
T  53363566 actctttctcatgcttcaagtatgcatgctaaagaaagagagacattgatcctaaa 53363511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 524 - 564
Target Start/End: Original strand, 53066074 - 53066114
Alignment:
Q  524 ctttctactttttgctcctttggcttcttcccatggagaag 564  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  53066074 ctttctactttttgctccttccgcttcttcccatgaagaag 53066114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University