View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20495_low_1 (Length: 977)

Name: NF20495_low_1
Description: NF20495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20495_low_1
NF20495_low_1
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (21-954)||(47418995-47419927)
chr3 (64-954)||(47390635-47391517)
chr3 (236-907)||(47421501-47422184)
chr3 (148-950)||(47407753-47408575)
chr3 (381-544)||(47424609-47424771)
chr3 (267-328)||(47425227-47425288)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (745-812)||(46796313-46796380)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 884; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 884; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 47419927 - 47418995
Alignment:
Q  21 actgtaactgtttaccaccaacatactcaaacaaatacagttcaagatcctgtctttaaccatgaggcaatcaaaataaataatcccaactgtgaatctc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47419927 actgtaactgtttaccaccaacatactcaaacaaatacagttcaagatcctgtctttaaccatgaggcaatcaaaacaaataatcccaactgtgaatctc 47419828  T
Q  121 tcagcatgcaaagctgcagcagatgagtaatcaacaagccacagtcaatgaacaaccgagtagccaagtcaatcgtagtaaacaggtaccatttggcttg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419827 tcagcatgcaaagctgcagcagatgagtaatcaacaagccacaatcaatgaacaaccgagtagccaagtcaatcgtagtaaacaggtaccatttggcttg 47419728  T
Q  221 ttgcttcctatcttgattccccaacttcctaaggacagggccatgcaacttcaaactttatttgataaattgaaggtgggtttctcaatccagtttcact 320  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419727 ttgcttcctatcttgattcgccaacttcccaaggacagggccatgcaacttcaaactttatttaataaattgaaggtgggtttctcaatccagtttcact 47419628  T
Q  321 atcatgtcctttttccatctcttccgtgctaaactactaaagtttgttgtgcaaggcttgttcatattactaagtttttggttttgtcaattttttgttg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  47419627 atcatgtcctttttccatctcttccgtgctaaactactaaagtttgttgtgcaaggcttgttcatattactaagtttttggttttgtcaatttt--gttg 47419530  T
Q  421 tcattcgt-atagagagatgaaatacccaaagaacattttgtacggcttatgaaagggattgtgggggatcagatgcttaggatagcattagcaaaagtg 519  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419529 tcattcgttatagagagatgaaatgcccaaagaacattttgtacggcttatgaaagggattgtgggggatcagatgcttaggatagcattagcaaaagtg 47419430  T
Q  520 caacaacaggtaggtagaatagatgttttttcttaaggtggttagagataggtttcaacgttatgctaagaaccgtcctttttcttgtagacaaaaacca 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419429 caacaacaggtaggtagaatagatgttttttcttaaggtggttagagataggtttcaacgttatgctaagaaccgtcctttttcttgtagacaaaaacca 47419330  T
Q  620 acacaggttcttctggtggacagcagccccctgtaaggatttctactgttacttccagtggaacaaaatttaatgatcccgatgcattagcacaactgca 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419329 acacaggttcttctggtggacagcagccccctgtaaggatttctactgttacttccagtggaacaaaatttaatgatcccgatgcattagcacaactgca 47419230  T
Q  720 tcagagaagcaggaatgcagctgcagaccattctcataatgcttcttcagctatccaagtaaagagtgagccaacctattcaactatggacatcagtgct 819  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419229 tcagagaagctggaatgcagctgcagaccattctcataatgcttcttcagctatccaagtaaagagtgagccaacctattcaactatggacatcagtgct 47419130  T
Q  820 aaaaaacctcaggaacatgatgttcgagtcgtgcaatcaaatcaattaccaacatccagttctattgctattagtcaagaaactgaaagatccaccgttc 919  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47419129 aaaaaacctcaggaacatgatgttcgagtcgtgcaatcaaatcaattaccaacatccagttctattgctattagtcaagaaactgaaagatccaccattc 47419030  T
Q  920 acatgcaaggccttaataagcagcaacaacagcat 954  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419029 acatgcaaggccttaataagcagcaacaacagcat 47418995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 47391517 - 47390635
Alignment:
Q  64 aagatcctgtctttaaccatgaggcaatcaaaataaataatcccaactgtgaatc-tctcagcatgcaaagctgcagcagatgagtaatcaacaagccac 162  Q
    |||| ||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||   ||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  47391517 aagaacctgtttttaacaacgaggcaatcaaaacaaataatcccaa---tgaacaatctcagtatgcaaagctgcagcagatgagtaatcaacaggcctc 47391421  T
Q  163 agtcaatgaacaaccgagtagccaagtcaatcgtagtaaacaggtaccatttggcttgttgcttcctatcttgattccccaacttcctaaggacagggcc 262  Q
     ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||     
T  47391420 ggtcaacgaacaacctattagccaagtcaatcgtagtaaacaggtaccatttggcttgttgctccctatattgattccccaacttcccaaggacagggca 47391321  T
Q  263 atgcaacttcaaactttatttgataaattgaaggtgggtttctcaatccagtttcactatcatgtcctttttccatctcttccgtgctaaactactaaag 362  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  47391320 atgcaacttcaaactttatttaacaaattgaaggtgggtttctcaaaccagtttca-tatcatgtcctttttccctctatgccgtgctaaactactaaag 47391222  T
Q  363 tttgttgtgcaaggcttgttcatattactaagtttttggttttgtcaattttttgttgtcattcgtatagagagatgaaatacccaaagaacattttgta 462  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  47391221 tttgttgtgcaaggctttttcatatttctaagtttttcattttgtcaatttc--gttgtcatttgtctagagagatgaaatacctaaagaacattttgta 47391124  T
Q  463 cggcttatgaaagggattgtgggggatcagatgcttaggatagcattagcaaaagtgcaacaacaggtaggtagaatagatgttttttcttaaggtggtt 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  47391123 cggcttatgaaagggattgtgggggatcagatgcttaggatagcattaacaaaagtgcaacaacaggtaggcagaatagatgatttttcctaaggtggtt 47391024  T
Q  563 agagataggtttcaacgttatgctaagaaccgtcctttttcttgtagacaaaaaccaacacaggttcttctggtggacagcagccccctgtaaggatttc 662  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  |    
T  47391023 agagatagatttcaacgttatgctaagaaccatcctttttattgcagacaaaaaccaatacaggttcttctgg---acagcagccccctgtaaggatgcc 47390927  T
Q  663 tactgttacttccagtggaacaaaatttaatgatcccgatgcattagcacaactgcatcagagaagcaggaatgcagctgcagaccattctcataatgct 762  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47390926 aactgttacttccagtggaacaaaatttaacgatccccatgcattagcacaactgcatcagagaagtatgaatgctgctgcagaccattctcataatgct 47390827  T
Q  763 tcttcagctatccaagtaaagagtgagccaacctattcaactatggacatcagtgctaaaaaacctcaggaacatgatgttcgagtcgtgcaatcaaatc 862  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47390826 tcttcagctatccaagtgaagagtgagccaacctattcaactatggacatcagtgctaaaaaacctcaggaacatgatgttcgagtagtgcaatcaaatc 47390727  T
Q  863 aattaccaacatccagttctattgctattagtcaagaaactgaaagatccaccgttcacatgcaaggccttaataagcagcaacaacagcat 954  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47390726 aattaccaacatccagttctattgctgttagtcaagaaactgaaagatctgccgttcacatgcaaggcctaaataagcagcaacaacagcat 47390635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 236 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 47422184 - 47421501
Alignment:
Q  236 attccccaacttcctaaggacagggccatgcaacttcaaactttatttgataaattgaaggtgggtttctcaatccagtttcactatcatgtcctttttc 335  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  47422184 attctccaacttcccaaggacaaggccatgcaacttcaaactttatttaataaattgaaggtgggtttctcaaaccagtttcaccatcatgtcctttttc 47422085  T
Q  336 catctcttccgtgctaaactactaaagtttgttgtgcaaggcttgttcatattactaagtttttggttttgtcaattttttgttgtcattcg-tatagag 434  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  47422084 cctctcttccgtgcttaactactaaagtttgttgtgcaaggcttgttcatatcactaagtttttggttttgtcaa--ttttgttgtcattcgttatagag 47421987  T
Q  435 agatgaaatacccaaagaacattttgtacggcttatgaaagggattgtgggggatcagatgcttaggatagcattagcaaaagtgcaacaacaggtaggt 534  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47421986 agatgaaataccgaaagaacattttgtacggcttatgaaagggattgtgggggatccgatgcttaggatagcattagcaaaagtgcaacaacaggtaggt 47421887  T
Q  535 agaatag--------------------atgttttttcttaaggtggttagagataggtttcaacgttatgctaagaaccgtcctttttcttgtagacaaa 614  Q
    |||||||                    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||    
T  47421886 agaatagatagtttactttatcttacaatgtgttttcttaaggtggttaaagatagatttcaacgttatgctaagaaccatcctttttctt----acaaa 47421791  T
Q  615 aaccaacacaggttcttctggtggacagcagccccctgtaaggatttctactgttacttccagtggaacaaaatttaatgatcccgatgcattagcacaa 714  Q
    |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  47421790 aaccaatacaggttcttc---tggacagcagccccctgtaaggatgccaactgttacttccagtggaacaaaatttaatggtcctgatgcattagcacaa 47421694  T
Q  715 ctgcatcagagaagcaggaatgcagctgcagaccattctcataatgcttcttcagctatccaagtaaagagtgagccaacctattcaactatggacatca 814  Q
    || ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47421693 ctacatcagagaagtacgaatgctgctgcagaccattctcataatgcttcttcagctatccaagtgaagagtgagccaagctattcaactatggacatca 47421594  T
Q  815 gtgctaaaaaacctcaggaacatgatgttcgagtcgtgcaatcaaatcaattaccaacatccagttctattgctattagtcaagaaactgaaa 907  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||| | ||||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  47421593 gtgctaaaaaatctcaggaacatgatgttcgagtagtggaaccaactcaattactaccatccagttctaacaccattagtcaagaaactgaaa 47421501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 148 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 47408575 - 47407753
Alignment:
Q  148 taatcaacaagccacagtcaatgaacaaccgagtagccaagtcaatcgtagtaaacaggtaccatttggcttgttgcttcctatcttgattccccaactt 247  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  47408575 taatcaagaagccgcagtcaatgaacaacctagtagccaaatcaatcgtaataaacaggtgccaattggcttgttgctccctatcataattccccaactt 47408476  T
Q  248 cctaaggacagggccatgcaacttcaaactttatttgataaattgaaggtgggtttctcaatccagtttcactatcatgtcctttttccatctcttccgt 347  Q
     |  | ||||  |||||  |||||||||||||| | || |||||||||||  ||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||| | ||||  ||    
T  47408475 gccgaagacaaagccattgaacttcaaactttaatggaaaaattgaaggtctgtttctcaaaccagtttggctatcatgtcttttttccctttcttttgt 47408376  T
Q  348 gctaaactactaa----agtttgttgtgcaaggcttgttcatattactaagtttttggttttgtcaattttttgttgtcattcgta-tagagagatgaaa 442  Q
    |||||||||||||    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  47408375 gctaaactactaactaaagtttgttgtgcgaggctttttcatattactaaatttttggttttgtcaatttt--gttgtcatttgttctagagagatgaaa 47408278  T
Q  443 tacccaaagaacattttgtacggcttatgaaagggattgtgggggatcagatgcttaggatagcattagcaaaagtgcaacaacaggtaggtaga----- 537  Q
    || ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||||         
T  47408277 tatccaaagatcagtgtgtaaggcttttgaaagggattgtggaggatcagatgattaggaaagcattaacagaagtgcagcaacaggtaggtagagtatg 47408178  T
Q  538 ----------------atagatgttttttcttaaggtggttagagataggtttcaacgttatgctaagaaccgtcctttttcttgtagacaaaaaccaac 621  Q
                    | ||||||||||| |||||| | ||  | |||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||| |||| ||||     
T  47408177 tggtttatgcagccttacagatgtttttt-ttaaggcgattgaatatagatttcaacgttatgctaagaaccattgtttttcttgcagataaaatccaat 47408079  T
Q  622 acaggttcttctggtggacagcagccccctgtaaggatttctactgttacttccagtggaacaaaatttaatgatcccgatgcattagcacaactgcatc 721  Q
    || ||||||||   |||||| |||| |||| |||| ||  | ||||||||||| | |  | || |||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||    
T  47408078 acgggttcttc---tggacaacagcaccctataagcatgccaactgttacttcaattccagcacaatttaatgatccccatgcaatagtaaaactgcatc 47407982  T
Q  722 agagaagcaggaatgcagctgcagaccattctcataatgcttcttcagctatccaagtaaagagtgagccaacctattcaactatggacatcagtgctaa 821  Q
     |||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||||| |||| || ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  47407981 cgagaagtatgaatgctgctgcggaccattctcataataattcttcagtaatccaagtgaagactgggccgacttattcaactatggacattagtactaa 47407882  T
Q  822 aaaacctcaggaacatgatgttcgagtcgtgcaatcaaatcaattaccaacatccagttctattgctattagtcaagaaactgaaagatccaccgttcac 921  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||   |||| |||||||   | ||| |||||||||||||||   || | ||||||    
T  47407881 aaaatctcaggaacatgatgttcaagcagtggaaccaactcaattactgccatctagttctaacaccatttgtcaagaaactgaaaacaccccagttcac 47407782  T
Q  922 atgcaaggccttaataagcagcaacaaca 950  Q
    |  |||||| || |||| |||||||||||    
T  47407781 acacaaggcttttataatcagcaacaaca 47407753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 381 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 47424771 - 47424609
Alignment:
Q  381 ttcatattactaagtttttggttttgtcaattttttgttgtcattcgta-tagagagatgaaatacccaaagaacattttgtacggcttatgaaagggat 479  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||||||  | ||||||| ||  |||||||||||| |  ||||| | || |||||||||||||||||||| ||    
T  47424771 ttcatgttactaagttttttgtcttgtcaatttt--gatgtcatttgttctagagagatgaagtgtccaaacatcaatttgtacggcttatgaaaggcat 47424674  T
Q  480 tgtgggggatcagatgcttaggatagcattagcaaaagtgcaacaacaggtaggtagaatagatg 544  Q
    ||||||| | ||||||||||    | ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  47424673 tgtggggaagcagatgcttatatcaacattaacagaagtgcaccaacaggtacgtagattagatg 47424609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 267 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 47425288 - 47425227
Alignment:
Q  267 aacttcaaactttatttgataaattgaaggtgggtttctcaatccagtttcactatcatgtc 328  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  47425288 aacttcaaactttatttgacaaattgaaggtgtgtttctcaaatcagtttcactatcatgtc 47425227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 745 - 812
Target Start/End: Original strand, 46796313 - 46796380
Alignment:
Q  745 gaccattctcataatgcttcttcagctatccaagtaaagagtgagccaacctattcaactatggacat 812  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  46796313 gaccattctcatattacttcttcagctcttcaagtgaagagtgagccgacctattcaattatggacat 46796380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University